BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg330245
Length=2232
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G36880.2 | Symbols: ACS | acetyl-CoA synthetase | chr5:14534... 3746 0.0
> AT5G36880.2 | Symbols: ACS | acetyl-CoA synthetase | chr5:14534613-14540299
REVERSE LENGTH=2583
Length=2583
Score = 3746 bits (2028), Expect = 0.0
Identities = 2165/2233 (97%), Gaps = 2/2233 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAATAGCTTCTCCTTCTTCTCCGATTCTCACCGTTGTCTCCAGCTCAGGCTCATTG 60
|||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4 ATGAAAATAGGATCTCCTTCTTCCCCGATTCTCAGCGTTGTCTCCAGCTCAGGCTCATTG 63
Query 61 GATTCGAAAATTAGTGGATCACTTGGATCTCGAATCCTTCCGGCTACTCAAAGATCATCC 120
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 GATCCGAAAATTAGTGGATCACTTGGATCTCGAATCCTTCCGGCTACTCAAAGATCATCC 123
Query 121 CCATCGGACAATCTTATCCTCCATAGGACAATGTCGTCTAATTACCTGAGGCATGTGGAG 180
|||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 124 CCATCGGAGAATCTTCTCCTCCATAGGAAAATGTCGTCTAATTCCCTGAGGCATGTCGAG 183
Query 181 TCCATGTCCCAGCTACCCTCAGGTACCGGAAAGATCTCTCAATTAAACGCCGTTGTTTTA 240
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 184 TCCATGTCCCAGCTACCCTCAGGTGCCGGAAAGATCTCTCAATTAAACGCCGTCGTGTTA 243
Query 241 GGAGAATCCCTTGCATCGGAGGAGAATGATCTCATCTTTCCCAGCAAGGAATTCTCCGGC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 GGAGAATCCCTTGCATCGGAGGAGAATGATCTCGTCTTTCCCAGCAAGGAATTCTCCGGC 303
Query 301 CAGGCTCTTGTTTCCTCCCCTCAACAGTACATGGAAATGCATAAGAGGTCGATGGATGAC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 CAGGCTCTTGTTTCCTCCCCTCAACAGTACATGGAAATGCATAAGAGGTCGATGGATGAC 363
Query 361 CCTGCTGGTTTTTGGTCTGACATTGCATCTGAGTTTTACTGGAAGCAGAAATGGGGTGAC 420
||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 CCTGCTGCTTTTTGGTCTGATATTGCGTCTGAGTTTTACTGGAAGCAGAAATGGGGTGAC 423
Query 421 CAAGTGTTTTCCGAAAATCTCGATGTCAGGAAGGGTCCTATTAGCATTGAGTGGTTTAAA 480
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 424 CAAGTGTTTTCCGAGAATCTCGATGTCAGGAAGGGTCCTATTAGCATCGAGTGGTTTAAA 483
Query 481 GGGGGAATCACCAATATTTGCTACAACTGTTTGGACAAAAACGTTGAAGCTGGGTTT-GG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 484 GGGGGAATCACCAATATTTGCTACAACTGTTTGGACAAAAACGTTGAAGCT-GGTTTGGG 542
Query 540 TGATAAAACAGCCATATACTGGGAAGGAAATGAACTTGGGGTAGATGCTTCCTTAACTTA 599
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TGATAAAACAGCCATACACTGGGAAGGAAATGAACTTGGGGTAGATGCTTCCTTAACTTA 602
Query 600 TTCTGAATTGCTCCAACAAGTTTGCCAGCTTGCTAATTACTTGAAAGATAATGGAGTGAA 659
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TTCTGAGTTGCTCCAACGAGTTTGCCAGCTTGCTAATTACTTGAAAGATAATGGAGTGAA 662
Query 660 GAAGGGTGATGCTGTTGTAATTTATTTACCTATGTTGATGGAACTTCCCATTGCTATGCT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 663 GAAGGGTGATGCTGTTGTAATTTATTTACCTATGTTGATGGAACTTCCCATCGCTATGCT 722
Query 720 TGCATGTGCACGGATCGGAGCTGTTCATTCGGTCGTTTTTGCGGGATTTTCTGCTGACTC 779
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 723 TGCATGTGCAAGGATCGGAGCTGTTCATTCGGTCGTTTTTGCTGGATTTTCTGCGGACTC 782
Query 780 TCTTGCCCAAAGAATCATTGATTGCAAGCCAAAAGTGATACTGACTTGCAATGCTGTTAA 839
|||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 TCTTGCCCAAAGAATCGTTGATTGCAAGCCAAATGTAATACTGACTTGCAATGCTGTTAA 842
Query 840 AAGAGGCCCTAAGACCATAAACCTTAAAGCTATTGTTGATGCTGCACTTGACCAATCTTC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 AAGAGGCCCTAAGACCATAAACCTTAAAGCTATTGTTGATGCTGCACTTGACCAATCTTC 902
Query 900 TAAAGATGGAGTCTCTGTAGGCATATGCTTGACCTATGACAACTCATTAGCGACAACAAG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TAAAGATGGAGTCTCTGTAGGCATATGCTTGACCTATGACAACTCATTAGCGACAACAAG 962
Query 960 GGAAAACACGAAATGGCAGAATGGAAGAGATGTGTGGTGGCAGGATGTCATTTCTCAATA 1019
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 963 GGAAAACACTAAATGGCAGAATGGAAGAGATGTGTGGTGGCAGGATGTTATTTCTCAATA 1022
Query 1020 TCCAACATCGTGTGAGGTGGAATGGGTTGATGCGGAAGATCCCCTGTTTTTGCTCTACAC 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TCCAACATCGTGTGAGGTGGAATGGGTTGATGCAGAAGATCCCCTGTTTTTGCTCTACAC 1082
Query 1080 AAGTGGAAGTACCGGGAAGCCAAAGGGTGTCCTACACACAACTGGAGGGTATATGATCTA 1139
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 CAGTGGAAGTACTGGGAAGCCAAAGGGTGTCCTACACACAACTGGAGGGTATATGATCTA 1142
Query 1140 CACTGCTACAACATTCAAGTATGCATTTGATTACAAATCAACAGATGTATACTGGTGTAC 1199
|||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CACTGCTACAACGTTCAAATATGCATTTGACTACAAATCAACAGATGTATACTGGTGTAC 1202
Query 1200 AGCAGACTGTGGTTGGATAACTGGCCATAGCTATGTTACTTATGGACCAATGCTAAATGG 1259
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1203 AGCAGATTGTGGTTGGATAACTGGCCATAGCTATGTTACTTATGGACCAATGCTTAATGG 1262
Query 1260 AGCCACTGTTGTTGTCTTTGAAGGGGCTCCAAACTACCCTGATTCTGGACGCTGTTGGGA 1319
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1263 AGCCACTGTTGTTGTCTTTGAGGGGGCTCCAAACTACCCTGACCCTGGACGCTGTTGGGA 1322
Query 1320 TATTGTTGACAAATACAAAGTTTCCATATTTTATACTGCCCCAACATTGGTGAGGTCTCT 1379
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 TATTGTTGACAAATACAAGGTTTCAATATTTTATACTGCCCCAACATTGGTGAGGTCTCT 1382
Query 1380 CATGCGTGATGATGATAAGTATGTAACACGTCACTCTCGCAAATCGCTACGGGTCCTTGG 1439
|||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1383 CATGCGCGATGACGATAAGTTTGTAACACGTCACTCGCGCAAATCGCTGCGGGTCCTTGG 1442
Query 1440 AAGTGTGGGAGAGCCCATCAATCCTAGTGCCTGGAGATGGTTCTTCAATGTAGTCGGTGA 1499
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AAGTGTTGGTGAGCCCATCAATCCTAGTGCCTGGAGATGGTTCTTCAATGTAGTCGGTGA 1502
Query 1500 CTCAAGGTGTCCCATTTCAGATACGTGGTGGCAAACTGAAACTGGTGGCTTCATGATAAC 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 TTCAAGGTGTCCCATTTCAGATACGTGGTGGCAAACTGAAACTGGTGGCTTCATGATAAC 1562
Query 1560 CCCATTGCCAGGTGCTTGGCCACAGAAGCCTGGTTCAGCTACTTTCCCTTTCTTTGGTGT 1619
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 CCCATTGCCAGGTGCTTGGCCCCAGAAACCTGGTTCAGCCACTTTCCCTTTCTTTGGTGT 1622
Query 1620 TCAGCCTGTCATAGTTGATGAAAAAGGCATTGAAATCGAAGGCGAGTGTAGTGGTTATCT 1679
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 TCAGCCTGTCATAGTTGATGAAAAGGGCAATGAAATCGAAGGCGAGTGTAGTGGTTATCT 1682
Query 1680 TTGTGTCAAAGGTTCATGGCCTGGGGCGTTTCGAACTCTATTTGGGGATCATGAAAGATA 1739
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 TTGTGTCAAAGGTTCATGGCCCGGGGCGTTTCGAACTCTGTTTGGGGATCATGAAAGATA 1742
Query 1740 TGAAACCACATACTTTAAACCTTTTGCCGGATATTATTTCAGTGGTGATGGTTGCAGAAG 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1743 CGAAACCACATACTTTAAACCTTTTGCCGGATATTATTTCAGTGGTGATGGTTGCAGCAG 1802
Query 1800 AGACAAGGATGGTTACTACTGGCTTACAGGGAGGGTTGATGATGTTATCAACGTCAGTGG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 AGACAAGGATGGTTACTACTGGCTTACAGGGAGGGTTGATGATGTTATCAACGTCAGTGG 1862
Query 1860 CCATCGAATCGGAACTGCTGAAGTGGAATCTGCTCTGGTTTTACATCCTCAATGTGCAGA 1919
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1863 CCATCGAATCGGAACTGCTGAAGTAGAATCTGCTCTGGTTTTACACCCTCAATGTGCAGA 1922
Query 1920 AGCAGCTGTTGTAGGCATAGAACATGAGGTAAAAGGTCAGGGAATTTATGCGTTTGTCAC 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 AGCAGCTGTTGTAGGCATAGAACATGAGGTAAAAGGTCAGGGAATTTATGCGTTTGTCAC 1982
Query 1980 TCTTCTGGAAGGTGTTCCTTACAGCGAGGAGCTTCGGAAAAGCCTAGTACTAATGGTCCG 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCTTCTGGAAGGTGTTCCTTACAGCGAGGAGCTTCGTAAAAGCCTAGTACTAATGGTCCG 2042
Query 2040 AAATCAGATTGGGGCTTTTGCAGCACCGGACAGAATACATTGGGCACCAGGGTTGCCAAA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 AAATCAGATTGGGGCTTTTGCAGCACCGGACAGAATACATTGGGCACCAGGGTTGCCAAA 2102
Query 2100 GACGAGAAGCGGAAAGATAATGAGGAGAATCTTGAGAAAGATTGCTTCAAGGCAATTAGA 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2103 GACGAGAAGCGGAAAGATAATGAGGAGAATCTTGAGAAAGATTGCTTCGAGGCAATTAGA 2162
Query 2160 AGAACTCGGAGATATTAGCACACTCGCGGATCCTAGTGTAGTTGATCAGCTTATTGCACT 2219
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 AGAACTCGGAGATACTAGCACACTCGCGGATCCTAGTGTAGTTGATCAGCTTATTGCACT 2222
Query 2220 TGCCGATGTGTGA 2232
|||||||||||||
Sbjct 2223 TGCCGATGTGTGA 2235
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110742402270
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5