BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg331225
Length=3384
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G48120.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5... 5221 0.0
> AT5G48120.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5:19507902-19514854
REVERSE LENGTH=3793
Length=3793
Score = 5221 bits (2827), Expect = 0.0
Identities = 3197/3378 (95%), Gaps = 15/3378 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTAGAACCAAATCAGCTCACTCAATATCTCGAAACTTTTGTTGACATTACTCGTTCC 60
||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 84 ATGGTAGAACCGAATCAGCTCGTTCAACATCTCGAAACTTTTGTTGACACTAATCGTTCC 143
Query 61 CCAACTCAACAGGATGATAGTCTTAAAGCGATTGCTTCTTCTTTGGAGAATGATTCTTTG 120
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 144 TCTTCTCAACAGGATGATAGTCTTAAAGCAATTGCTTCTTCTTTGGAGAATGATTCTTTA 203
Query 121 TCTATTAACCAATTGGTTAGAGAGATGGAGATGTATTTGACGACAACTGATAACGTTGTT 180
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||
Sbjct 204 TCTATTACCCAATTGGTTAGAGAGATGGAGATGTATTTGACAACAACCGATAACCTCGTT 263
Query 181 CGAGCACGAGGTATTCTCCTGCTTGCGGAGATTCTCGATTGTTTGAAAGCAAAGCCGTTG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 264 CGAGCACGAGGTATTCTCCTGCTTGCGGAGATTCTCGATTGTTTGAAAGCAAAGCCGTTG 323
Query 241 AACGATACAATTGTGCATACTCTCGTTGGATTCTTTACCGAAAAGCTGGCAGATTGGAGA 300
||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 AACGATACAATAGTTCATACGCTCGTTGGATTCTTTTCCGAAAAGCTGGCAGATTGGAGA 383
Query 301 GCGGTGCGTGGGGCACTTGTTGGTTGTTTGGCTCTAATGAAGAGGAAAGATGTAGCTGGT 360
||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 GCGATGTGCGGGGCGCTTGTTGGTTGTTTGGCTCTACTGAAGAGGAAAGATGTAGCTGGT 443
Query 361 GTTGTTACTGATATCGATGCACAAGCTATGGCGAAGTCAATGATACAGAATGTGCAAGTG 420
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 GTGGTTACTGATATCGATGTACAAGCTATGGCGAAGTCAATGATACAGAATGTGCAAGTG 503
Query 421 CAAGCTTTAGCACTGCATGAGCGCAAGCTCGGTTTTGAACTTCTGGAATGCCTTTTACAA 480
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 504 CAAGCTTTAGCACTGCATGAGCGCAAACTCGCTTTTGAACTTCTGGAGTGCCTTTTACAA 563
Query 481 CAACACTCTGAAGCTATTGTGACTATGGGCAATCTACTTGTTTATGCTACATGTGAAGCC 540
||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 564 CAACATTCTGAAGCTATTTTGACTATGGGTGATCTACTTGTTTATGCTATGTGTGAAGCC 623
Query 541 ATCGATGGAGAAAAAGACCCTCAATGTTTAATGATAGTTTTTCATCTAATAGAGCTTTTG 600
||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 624 ATCGACGGAGAAAAAGATCCTCAATGCTTAATGATAGTTTTTCATCTAGTAGAGCTTTTG 683
Query 601 GCTCAATTGTTCCCCAGTCCTTCTGGTCCACTCGCTTCTGATGCATCTGATCTTTTTGAA 660
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 GCTCCTTTGTTCCCCAGTCCTTCTGGTCCACTCGCTTCTGATGCATCTGATCTTTTTGAA 743
Query 661 GTTATTGGTTGCTACTTCCCTCTTCATTTTACGCATACAAAAGATGATGAAGCTAATATT 720
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 744 GTTATTGGTTGCTACTTCCCACTTCATTTTACGCATACAAAAGATGACGAAGCTAATATT 803
Query 721 AGAAGAGAGGACCTCTCAAGGGGACTATTGCTGGCGATCTCTTCAACACCtttttttGAA 780
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 804 AGAAGAGAGGATCTCTCAAGGGGACTACTGCTGGCGATCTCTTCGACACCTTTCTTTGAA 863
Query 781 CCGTATGCTATTCCTTTGCTTCTTGAAAAGCTTTCTTCTTCTCTACCAGTCGCAAAGGTT 840
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 CCGTATGCTATTCCGTTGCTTCTTGAAAAGCTTTCTTCTTCTCTACCAGTCGCAAAGGTT 923
Query 841 GATTCTTTGAAATGTTTGAAAGATTGCGCTATGAAATATGGAGTAGACAGAATGAAGAAG 900
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GATTCTTTGAAATGTCTGAAAGATTGCGCTTTGAAATATGGAGTAGACAGAATGAAGAAG 983
Query 901 CACTATGGAGGTCTTTGGTCTGCTTTGAAAGATACATTTTATTCTTCCACTGGGACACAT 960
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 984 CACTATGGAGCTCTTTGGTCTGCTTTGAAAGATACATTTTATTCCTCTACTGGGACACAT 1043
Query 961 TTGTCATTTGCTCCAGAATCCCTCAGTAGTCCAGGGTTTGAAATGAATGAGATCCACAGA 1020
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 TTGTCATTTGCTATAGAATCCCTCACTAGTCCAGGGTTTGAAATGAATGAGATCCACAGA 1103
Query 1021 GAAGCTGTTAGTCTTCTTCAGATGCTTGTTAAGCAAGATATATCGTTTTTAGGTTTTGTT 1080
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1104 GATGCTGTTAGTCTTCTTCAGAGGCTTGTTAAGCAAGATATCTCGTTTTTAGGTTTTGTA 1163
Query 1081 GTTGATGATATAGGCATAAACATGGTCTTTGATACCATCTCTAGATACTCTCAGTATAAA 1140
|||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1164 GTTGATGATACACGCATAAACACAGTCTTTGATACCATCTATAGATACCCTCAGTATAAA 1223
Query 1141 GAAATGCCTGACACAAGCAAACTGGAGGTTCTTGTTATCAGTCAGATACTGTCTGTTTCT 1200
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 GAAATGCCTGACCCAAGCAAACTGGAGGTTCTTGTTATCAGTCAGATACTGTCTGTTTCT 1283
Query 1201 GCCAAAGCTTCGGTTCAGTCATGCAATATAATCTTTCAAGCCAT-TTTCTTCCGCCTTAT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1284 GCCAAAGCTTCGGTTCAGTCATGCAATATAATCTTTGAAGCCATATTT-TTCCGCCTTAT 1342
Query 1260 GAATACTCTAGGGATTGTAGAGAAAACTTCTATTGGCGATGTTGTTCAAAACGGAAACTC 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 GAATACTCTAGGGATTGTAGAGAAAACTTCTACTGGCGATGTTGTTCAAAACGGAAACTC 1402
Query 1320 TACGGTCTCTACCAGACTCTACCATGGAGGTCTTCATCTTTGCATTGAACTTCTTGCAGC 1379
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 TACAGTCTCTACCAGACTCTACCATGGAGGTCTTCATCTATGCATTGAACTTCTTGCAGC 1462
Query 1380 ATCAAAAGATCTTATCCTGGGTTTCGAGGAATCTTCTCCAACACCTGGATATGCACAGGA 1439
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| | |
Sbjct 1463 ATCAAAAGATCTTATTCTGGGTTTCGAGGAATGTTCTCCAACATCTGGATGTGCA-A--A 1519
Query 1440 ATCATGGTGGTCTATGGTGAAAAGCATCTCAGTTCCATTGATCCAGGTGTTCACATCTGC 1499
||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1520 CTCAGGGTGCTCTATGGTGAAAAGCTTCTCAGTTCCATTGATCCAGGTGTTCACTTCTGC 1579
Query 1500 AGTACT-CAGCTCTAATGATGATTCTGTTACGGATGTATATTTTGGAGTAAAGGGTTTGC 1558
|||| | | |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1580 AGTA-TGCCGCTCGAATGATGATTCTGTTGTGGATGTATATCTTGGAGTTAAGGGTTTGC 1638
Query 1559 TGACTATGGGTATGTTTTGGGGCGGCTCTTCTCCTATATCGAGATCCGAATTCGAGAAGA 1618
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1639 TGACTATGGGTATGTTTCGGGGCGGCTCTTCTCCTGTATCGAGAACCGAATTCGAGAATA 1698
Query 1619 TTTTGATGACCTTAACATCAATCATCACAGCCAAGAGTGGCAAAACAGTGGTGTGGGAAT 1678
||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 TTTTGGTGACATTAACATCAATCATTACAGCCAAGAGTGGCAAAACAGTGGTGTGGGAAT 1758
Query 1679 TGGCATTGAAAGCACTGGTCTGCATCGGCTCATTTATTGATCGGTATCATGAGAGTGACA 1738
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 TGGCATTGAAGGCACTGGTCTGTATCGGCTCATTTATTGATCGGTATCATGAGAGTGACA 1818
Query 1739 AGGCTATGAGCTACATGAGTATAGTTATCGACAATTTGGTCTCATTGGCCTGTTCTAGTC 1798
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 AGGCTATGAGCTACATGAGTATAGTTGTCGACAATTTGGTCTCATTGGCCTGTTCTAGTC 1878
Query 1799 ATTGTGGTCTTTCATATCAGATGATATTAGAAGCAACTTCAGAAGTTTGCTCCACAGGGC 1858
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1879 ATTGTGGTCTTCCATATCAGATGATATTAGAAGCAACTTCAGAAGTTTGCTCCACTGGAC 1938
Query 1859 CAAAGTATGTGGAGAAAATGGTTCAAGGATTGGAAGAAGCTTTTTGTTCCAGTTTGTCTG 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 CAAAGTATGTGGAGAAAATGGTTCAAGGATTGGAAGAAGCTTTTTGTTCCAGTTTGTCTG 1998
Query 1919 ATTTCTGTGTCAATGGAAACTTCAAGTCAATTGACAATTGCTCTCAGCTCCTAG-GGTGT 1977
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1999 ATTTCTATGTCAATGGAAACTTCGAGTCAATTGACAATTGCTCTCAGCTCCT-GAAGTGT 2057
Query 1978 TTGACCAACAAATTGCTTCCAAGTGTGGCTGAGATAGATGGTCTCGAGAAACTCTTGGTG 2037
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2058 TTGACCAACAAATTGCTTCCACGTGTGGCTGAGATAGATGGTCTCGAGCAACTCTTGGTG 2117
Query 2038 CATTTCGCTATCAGTATGTGGAATCAAATTGAAACCTCTGGAGTTTTCAGTTGTGATTTT 2097
||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CATTTCGCTATCAGTATGTGGAAACAAATTGAATTTTGTGGAGTTTTCAGTTGTGATTTT 2177
Query 2098 AATGGAAGAGAGTTTGTTGAGGCAGCGATGACAACGATGAGGCAAGTTGTAGGAATTGCT 2157
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 AATGGTAGGGAGTTTGTTGAGGCAGCGATGACAACGATGAGGCAAGTTGTAGGAATTGCT 2237
Query 2158 TTGGTAGATTCACAGAACAGTATAATCCAAAAAGCTTATAGTGTGGTATCATCAAGCACG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2238 TTGGTAGATTCACAGAACAGTATAATCCAAAAAGCTTATAGTGTGGTATCATCTTGTACG 2297
Query 2218 CTTCCAGCTATGGAGTCTATTCCTTTGACCTTTGTTGCATTAGAGGGTCTACAGCGTGAC 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 CTTCCAGCTATGGAGTCTATTCCTTTGACCTTTGTTGCATTAGAGGGTCTACAGCGTGA- 2356
Query 2278 CTT-TCCTCTAGGGATGAATTGATACTTTCACTATTTGCATCAGTTATCGTAGCTGCGT- 2335
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2357 CTTGTCCTCTAGGGATGAATTGATACTTTCACTATTTGCATCAGTTATCATAGCTGCGTC 2416
Query 2336 CCCCTGCAGCATCCATTCCAGATGCGAAATCACTTGTACATCTGCTTTTGGTATCACTTC 2395
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2417 CCCCT-CAGCATCCATTCCAGATGCGAAATCACTTATACATCTGCTTTTGGTAACACTTC 2475
Query 2396 TTAAGGGTTATATCCCAGCTGCTCAAGCTTTGGGTTCAATGGTTAACAAATTGGGATCGG 2455
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2476 TTAAGGGTTATATCCCAGCAGCTCAAGCTTTGGGTTCAATGGTTAACAAATTGGGCTCGG 2535
Query 2456 GTTCTGGTGGAACAAATACCTCAAGGGATTGTTCCTTGGAAGAAGCATGTGCTATAATAT 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 GTTCTGGTGGAACAAATACCTCAAGGGATTGTTCCTTGGAAGAAGCATGTGCTATAATAT 2595
Query 2516 TTCACGCAGATTTTGCATCGGGAAAAAAGATTTCTTCTAATGAATCTACTAAAATTAT-G 2574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |
Sbjct 2596 TTCACGCAGATTTTGCATCGGGAAAAAAGATTTCTTCTAATGGATCTGCTAAAATTATAG 2655
Query 2575 TTTGGAAGTGAGACAACCTTGTCAAATATATGTTTAGGCTACTGTGGTTCCCTGGACCTT 2634
|| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2656 TT-GGAAGTGAGACAACCATGTCAAAGATATGTTTAGGTTACTGTGGTTCTCTGGACCTT 2714
Query 2635 CAAACCCGTACAATAACAGGACTAGCATGGATTGGGAAAGGTTTACTCATGCGGGGTTAT 2694
||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2715 CAAACCCGTGCAATCACAGGACTAGCATGGATTGGGAAAGGTTTACTCATGCGGGGCAAT 2774
Query 2695 GAAAGAGTTAATGAAATAGCACTGGTACTAGTGGAGTGCTTAAAATCCACTAACTGTTCT 2754
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2775 GAAAGAGTTAATGAAATAGCTCTGGTGCTAGTAGAGTGTTTAAAATCCAATAACTGTTCT 2834
Query 2755 GGGCATGCTCTGCATCCTTCTGCCATGAAACATGCAGCAGATGCATTCTCCACGCTAATG 2814
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2835 GGGCATGCGCTGCATCCTTCTGCCATGAAACATGCAGCAGATGCATTCTCTATAATAATG 2894
Query 2815 TCTGATTCGGAAGTGTGTCTGAACAGAAAATTTCATGCAGTTATACGACCACTCTATAAG 2874
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2895 TCTGATTCGGAAGTGTGTCTGAACAGAAAATTCCATGCAGTTATACGACCACTCTATAAA 2954
Query 2875 CAGCGGTTTTTCTCGGCGATAGTTCCCATTTTGGAGTCTTTGATTATGAATTCCCAGACT 2934
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2955 CAGCGGTGTTTCTCTACGATAGTTCCCATTTTGGAGTCTTTGATTATGAATTCCCAGACT 3014
Query 2935 CCACTATCGAGAACAATGTTATATGTAGCTCTCGCTCATGTTATATCCAATGTTCCAGTA 2994
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3015 TCACTATCGAGAACAATGTTGCATGTAGCTCTCGCTCATGTTATATCCAATGTTCCGGTA 3074
Query 2995 ACGGTCATATTGGACAATACCAAAAAGCTACAACCGTTGATACTGGAAGGCTTGTCTGTC 3054
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3075 ACAGTCATATTGGACAATACCAAAAAGCTACAACCGTTGATACTGGAAGGCTTGTCTGTC 3134
Query 3055 TTAAGCTTAGACTCTGTGGAGAAAGAAACTGTTTTTAGTCTATTACTGGTTTTATCTGGA 3114
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3135 TTAAGCTTGGACTCTGTGGAGAAAGAAACTCTTTTCAGTCTATTACTGGTTTTATCTGGA 3194
Query 3115 ACGCTTACTGATACTAAAGGACAACAATCTACCGGTGATAATGCACATATAATCATCGAA 3174
||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3195 ACGCTTACTGATACTAAGGGACAACAATCTGCCAGTGATAATGCACATATAATCATCGAA 3254
Query 3175 TGCCTGATCAGGCTTACTTCATATCCGCATCTAATGGTTGTTAGAGAAACAGCGATTCAG 3234
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 3255 TGCCTGATCAAGCTTACATCATATCCGCATCTAATGGTTGTTAGAGAAACATCAATTCAG 3314
Query 3235 TGTCTTGTTGCGCTGTTGGAATTGCCGCATAGAAGGATTTATCCTTTCAGAAGAGAGGTT 3294
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3315 TGTCTTGTTGCGTTGTTGGAATTGCCGCATAGAAGGATTTATCCTTTCAGAAGAGAGGTT 3374
Query 3295 TTACAAGCGATAGAAAAGTCACTCGATGATCCGAAACGGAGAGTTCGGGAAGAAGCGATT 3354
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||
Sbjct 3375 TTACAAGCAATAGAAAAGTCACTCGATGATCCGAAACGGAAAGTTCGAGAAGAAGCTATT 3434
Query 3355 AGATGCAGACAGGCTTGG 3372
|| |||||||||||||||
Sbjct 3435 AGGTGCAGACAGGCTTGG 3452
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168410427651
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5