BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg331392
Length=2871
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G49900.1 | Symbols: | Beta-glucosidase, GBA2 type family pr... 4440 0.0
> AT5G49900.1 | Symbols: | Beta-glucosidase, GBA2 type family
protein | chr5:20296518-20302346 REVERSE LENGTH=3301
Length=3301
Score = 4440 bits (2404), Expect = 0.0
Identities = 2726/2882 (95%), Gaps = 19/2882 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTTGAGGAAAAGATCAT-AACTATTGGTGAAGATGTAAAATCTTTCAACTCTTCTGA 59
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 68 ATGTTTGAGGAAAAGATCATGGA-TATTGGTGAAGATGTAAAACCTTTAAACTCTTCTGA 126
Query 60 TCA-TAAAGTTGATCCAGCAGTACCTGCATCTTTGACATGGCAAAGAAAGATAGACAGTG 118
| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 127 T-ACTAAAGTTGATCCGGCAGTACCTGCATCTTTGACATGGCAAAGAAAGATAGATAGTG 185
Query 119 ACG-GAAAGCCTCCCCGGGAATTCAATCTGACTGCTAAAGAGATTTTTCAGCTGGCTCCT 177
||| |||| |||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 186 ACGTAAAAG-CTCCACGGGAATTCAATCTGAGTGTTAAAGAGATTTTCCAGCTGGCTCCT 244
Query 178 GTTGGCATTCGGTTATGGTTTCTTTGCAGAGAAGAAGCTGCTAAAGGAAGGTTGGCCTTC 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 GTTGGCATTCGGTTATGGTTTCTTTGCAGAGAAGAAGCTGCTAAAGGAAGGTTGGCCTTC 304
Query 238 ATAGATCCATTCTCTAGGCACTCTGTAACGTCTTCCCATGGTGTTCCACTTGGGGGTATT 297
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 305 ATAGATCCATTCTCCAAGCACTCTGTAACGTCTTCCCATGGTGTTCCACTTGGAGGTATT 364
Query 298 GGTGCTGGTAGCATAGGAAGGAGTTTTCAAGGTGAATTCCAGCGATGGCAGCTATTCCCT 357
|| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 365 GGAGCTGGAAGCATAGGAAGGAGTTTTAAAGGTGAATTCCAGAGATGGCAGCTATTCCCT 424
Query 358 CCAAAATGTGAATATGAACCTGT-TCTAGCAAATCAATTCTCAGCGTTTGTTTCACGCGC 416
|||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 425 CCAAAATGTGAAGATGAACCAGTGT-TAGCAAATCAATTCTCAGCATTTGTTTCACGTGC 483
Query 417 CAATGGTAAAAAGTACTCGACG-GTGTTATGTCCTAGGAATCCAAAGATGGGA-AAACAA 474
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||
Sbjct 484 TAATGGTAAAAAGTACTCGA-GTGTGTTATGTCCTAGGAACCCAAAGCTTG-ACAAACAA 541
Query 475 GATTCGGAATCAGGAATTGGTTCTTGGGACTGGAATCTGAAAGGAGACAAGTCTACATAT 534
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 GATTCGGAATCAGGTATTGGTTCTTGGGACTGGAATCTGAAAGGAGACAAGTCTACATAC 601
Query 535 CATGCTTTATATCCGAGGTCTTGGACAATGTATGAGGGTGAACCTGATCCAGAGCTTAGG 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 CATGCTTTATATCCGAGGTCTTGGACAATGTATGAGGGTGAACCTGATCCAGAGCTTAGG 661
Query 595 ATCATTTGTCGTCAAGTTTCACCCTTTATACCTCACAACTACAAAGAGAGCAGCTTTCCT 654
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 662 ATTGTTTGTCGTCAAGTTTCACCCTTTATACCTCACAACTACAAAGAAAGCAGCTTTCCA 721
Query 655 GTGTCTGTTTTCACTTTCACACTTCATAATCTCGGAAACACTACTGCGAATGTGACATTG 714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 722 GTGTCTGTTTTCACTTTCACACTTCATAATCTCGGAAACACTACCGCGGATGTGACATTG 781
Query 715 CTCTTCACTTGGGCGAATTCTGTTGGAGGAGACTCAGAGTTCTCAGGTGGCCACTACAAC 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 CTCTTCACTTGGGCGAATTCTGTTGGAGGAGACTCTGAGTTCTCAGGTGGCCACTACAAC 841
Query 775 TCCAAAATAATGATGAATGATGGAGTCCAGGGTGTGCTCTTACATCATAAAACCGCAAAT 834
||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 842 TCCAAGATAACGATGAATGATGGAGTTCAGGGTGTGCTCTTACATCATAAAACAGCAAAC 901
Query 835 GGGTTACCATCATTGTCATATGCGATTTCAGCTCAGGCGACCGATGGTGTTAGTGTCTCA 894
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GGATTACCATCATTGTCATATGCAATTTCAGCTCAGGCCACCGATGGTGTTAGTGTCTCA 961
Query 895 GCCTGCCCATTTTTCATAATATCTGGAAAGCAGAACGGAATCACAGCAAAAGATATGTGG 954
|| ||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 GCTTGCCCATTTTTCATAGTGTCTGGAAAGCAGGATGGAATCACAGCAAAAGATATGTGG 1021
Query 955 CAAGCTGTCAAAGAGAATGGTTCTTTTGATCACTTCAAAG-CTTCTGAGGCGTCAATGCA 1013
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CAGGCTGTCAAAGAGAATGGTTCTTTCGATCACTT-AAAGGCTTCTGAGGCGTCAATGCA 1080
Query 1014 GTCAGAGAACGGGTCATCGATTGGGGCAGCAGTAGCAGCTTCTTTAACAGTCCTACCAGG 1073
|||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1081 GTCAGATCACGGTTCATCCATTGGGGCAGCAGTAGCAGCCTCTGTAACAGTCCTACCGGG 1140
Query 1074 AGAGTCACGCATTGTCACATTTTCTCTGGCTTGGGACTGTCCTGAAGTGCAGTTTCCTAG 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGAGTCACGCATTGTCACATTTTCTCTGGCTTGGGACTGCCCTGAAGTGCAGTTTCCTAG 1200
Query 1134 TGGTAAAATATATTCTAGGCGTTACACAAAGTTTTATGGCAATCATGGTGATGCTGCAGC 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1201 TGGTAAAATATATTCTAGGCGTTACACAAAGTTTTATGGCAATAATGGTGATGCTGCAGC 1260
Query 1194 ACAAATTGCATATGATGCTATTCTTGGACATAGTCAGTGGGAGTCCTGGATAGAAGATTG 1253
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ACAAATTGCACATGATGCTATTCTTGGACATAGTCAATGGGAGTCCTGGATAGAAGATTG 1320
Query 1254 GCAAAGACCAATACTTGAAGACAAAAGACTTCCTGCATGGTACCCTGTCACTCTCTTCAA 1313
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GCAAAGACCAATACTTGAAGACAAAAGACTGCCTGCATGGTACCCTGTCACTCTCTTCAA 1380
Query 1314 CGAGCTTTATTACCTTAATTCAGGAGGAACTCTTTGGACAGATGGATCATCACCAGTACA 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1381 CGAGCTTTATTACCTTAATTCAGGAGGAACTCTTTGGACAGATGGATCATCCCCAGTACA 1440
Query 1374 TAGCTTGGCAGGAGTCAGAGAAAAGAAGTTCTCACTTGATAAATCCCAACTCGGTCTGAA 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1441 TAGCTTGGCAGGAGTCAGAGAAAAGAAGTTCTCACTTGATAAATCCCAACTCGGTCTAAA 1500
Query 1434 TAATGATATCGAGGTACCACATCAGAATGATACAGCTATCTCTGTCCTTGGAAAGATGGC 1493
|| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1501 GAACGATATCGATGTACCGCATCAGAATGATACAGCTGTCTCTGTCCTTGAAAAGATGGC 1560
Query 1494 TTCTACACTTGAGCAACTTCATGCATCAACAGCATCAAACTCTGCATTTGGTACAAAGTT 1553
|||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1561 TTCTACGCTTGAGGAACTTCATGCATCAACAACGTCAAACTCTGCATTTGGCACAAAATT 1620
Query 1554 ACTTGAAGAAGGAGAAGAGAACATTGGACACTTCCTTTACTTAGAAGGCATTGAATATCG 1613
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1621 ACTTGAAGAAGGAGAAGAGAACATTGGGCACTTCCTTTACTTAGAAGGGATTGAATATCG 1680
Query 1614 TATGTGGAACACTTATGATGTTCATTTCTATGCATCTTTTGCACTGGTGATGCTGTTTCC 1673
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TATGTGGAACACTTACGATGTTCATTTCTATGCATCTTTTGCACTGGTGATGCTGTTTCC 1740
Query 1674 AAAACTGGAACTTAGTATCCAGAGAGACTTTGCTGCTGCGGTGATGCTACACGATCCCAC 1733
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1741 AAAACTGGAACTTAGTATCCAAAGAGACTTTGCTGCTGCAGTGATGCTACACGATCCTAC 1800
Query 1734 TAAAGTGAAGACGCTTAGCGAGGGACAATGGGTTCAAAGGAAGGTTCTTGGTGCAGTTCC 1793
||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TAAAGTGAAAACTCTTAGTGAGGGACAATGGGTTCAGAGGAAGGTTCTTGGTGCAGTTCC 1860
Query 1794 TCATGACTTAGGCATCAATGACCCTTGGTTTGAAGTCAATGGATATACACTTCACAATAC 1853
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1861 TCATGACTTAGGCATTAATGACCCTTGGTTTGAAGTTAATGGATATACTCTTCACAATAC 1920
Query 1854 AGATCGTTGGAAAGATTTGAACCCCAAATTCGTCCTCCAAGTGTACCGGGATGTAGTTGC 1913
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GGATCGTTGGAAAGATTTGAACCCCAAATTTGTCCTCCAGGTGTACCGGGATGTAGTTGC 1980
Query 1914 CACAGGCGACAAAAAGTTTGCATCAGCGGTCTGGCCCTCAGTGTATGTTGCAATGGCATA 1973
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CACAGGCGATAAGAAGTTTGCATCAGCGGTCTGGCCCTCAGTGTATGTTGCAATGGCATA 2040
Query 1974 TATGGCTCAGTTTGACAAAGATGGCGATGGAATGATTGAGAACGAAGGATTTCCAGATCA 2033
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 TATGGCTCAGTTTGACAAAGATGGCGACGGAATGATTGAGAACGAAGGATTTCCAGATCA 2100
Query 2034 GACTTACGATACATGGTCCGCGTCTGGTGTAAGCGCATACTGTGGTGGACTTTGGGTGGC 2093
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GACTTACGATACATGGTCGGCGTCTGGTGTAAGCGCTTACTGTGGTGGACTTTGGGTGGC 2160
Query 2094 TGCACTGCAAGCTGCATCCGCATTGGCACGCGTAGTTGGTGACAAGAACTCACAGGACTA 2153
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2161 TGCACTGCAAGCTGCATCTGCATTGGCACGCGTAGTGGGTGACAAGAACTCTCAGGATTA 2220
Query 2154 TTTCTGGTCAAAGTTTCAGAAAGCAAAAGTTGTATATGAGAAGAAGTTGTGGAATGGATC 2213
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2221 TTTCTGGTCTAAGTTTCAGAAAGCAAAAGTTGTATATGAGAAGAAGTTATGGAATGGATC 2280
Query 2214 TTATTTTAACTATGACAACAGTGGAAGTCAGTATAGCTCGTCTATCCAAGCTGATCAACT 2273
||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TTACTTTAACTATGATAATAGTGGAAGTCAGTATAGCTCAACTATCCAAGCTGATCAACT 2340
Query 2274 AGCTGGTCAATGGTACGCGAGAGCATCAGGCCTTTTGCCTATTGTAGATGAAGACAAGGC 2333
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2341 AGCTGGTCAATGGTACGCGAGAGCATCAGGGCTTTTGCCTATAGTAGATGAAGACAAAGC 2400
Query 2334 AAGAACTGCTTTGGAGAAAGTTTATAACTTTAATGTGATGAAGATTAAAGATGGGAAACG 2393
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 AAGAACTGCTTTGGAGAAAGTTTATAACTATAATGTGATGAAGATTAAAGATGGGAAACG 2460
Query 2394 TGGGGCTGTAAATGGGATGCATCCCAATGGAAAAGTTGATACAGCATCGATGCAATCACG 2453
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2461 TGGAGCTGTAAATGGGATGCATCCCAATGGGAAAGTTGATACAGCGTCAATGCAATCACG 2520
Query 2454 AGAGATATGGTCCGGTGTTACATATGCGTTGTCTGCAACAATGATTCAAGAAGGTCTAGT 2513
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2521 AGAGATATGGTCCGGTGTTACATATGCACTGTCTGCAACAATGATCCAAGAAGGTCTAGT 2580
Query 2514 CGAAATGGCGTTTCAGACTGCAAGTGGTGTCTATGAAGCTGCCTGGTCTGAAGCCGGACT 2573
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2581 TGAAATGGCGTTTCAGACTGCAAGTGGTATCTATGAAGCTGCCTGGTCTGAAACCGGACT 2640
Query 2574 CGGGTACTCCTTTCAGACGCCTGAAGCTTGGAACACAAATGATGAGTATAGATCACTGAC 2633
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2641 CGGGTATTCCTTTCAGACGCCTGAATCTTGGAACACGGTTGATGAGTATAGATCATTGAC 2700
Query 2634 TTACATGCGTCCCCTTGCAATATGGGCTATGCAATGGGCACTGACAAAAACCAGTCAAAA 2693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 TTACATGCGTCCCCTTGCAATATGGGCTATGCAATGGGCACTGACAAAAACCAGTCAAAA 2760
Query 2694 ACAGCAACAACTTGGTCTTGAACCAGA--A-CAAGAACCAGAACTAGAGACTAACTCTTT 2750
|||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2761 ACAGGAACAACTTGGTCTTGAACCAGAGCAACAAGAACCAGAACTAGAGCCTAGTTCTTC 2820
Query 2751 AATGAAACATGATATCGGGTTTTCTCGGGTTTCTAGGCTTCTGAATCT-ACCTAATGAAG 2809
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2821 AATGAAACATGATATTGGGTTTTCTCGGGTTTCTAGGCTTCTGAG-CTTACCTAATGAAG 2879
Query 2810 CATCAGCTAAAAGCACACTGCAGACTTTGTTCGACTATACTTGCAGGAGACTGATGTCAT 2869
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2880 CATCAGCCAAAAGCACACTCCAGACTTTGTTCGACTATACTTGCAGGAGAATGATGTCAT 2939
Query 2870 AG 2871
||
Sbjct 2940 AG 2941
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142674785892
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5