BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg331395
Length=3243
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G49930.1 | Symbols: emb1441 | zinc knuckle (CCHC-type) famil... 5424 0.0
> AT5G49930.1 | Symbols: emb1441 | zinc knuckle (CCHC-type) family
protein | chr5:20308033-20312808 REVERSE LENGTH=3542
Length=3542
Score = 5424 bits (2937), Expect = 0.0
Identities = 3142/3244 (97%), Gaps = 2/3244 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGAAGGTCCGTATGAACACGGCGGACGTCGCCGCAGAGGTCAAGTGCTTAAAGCGA 60
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||
Sbjct 73 ATGGTGAAGGTACGAATGAACACGGCGGACGTCGCCGCCGAAGTCAAGTGCTTGAAGCGA 132
Query 61 TTAATCGGTATGAGATGCTCCAACGTCTATGATATATCTCCCAAGACGTATATGTTCAAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 133 TTAATCGGTATGAGATGCTCCAACGTCTATGATATATCTCCCAAGACGTATATGTTCAAG 192
Query 121 CTCTTGAATAGTAGCGGTATCACAGAATCTGGTGAAAGTGAGAAAGTTTTGCTTTTAATG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 193 CTCTTGAATAGTAGCGGTATCACAGAATCTGGTGAAAGTGAGAAAGTTTTGCTTTTAATG 252
Query 181 GAAAGTGGTGTTCGTTTGCATACCACTGCTTATGTCAGGGATAAGAGTAATACTCCATCT 240
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 253 GAAAGTGGTGTTCGTTTACATACCACAGCTTATGTCAGGGATAAGAGTAATACTCCATCT 312
Query 241 GGGTTTACTTTGAAGTTGAGGAAACATATCAGGACTAGGAGGCTTGAGGATGTTCGACAG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 GGGTTTACTTTGAAGTTGAGGAAACATATCAGGACTAGGAGGCTTGAGGATGTTCGACAG 372
Query 301 CTTGGTTATGATAGGATCATTGTCTTCCAGTTTGGGCTAGGTGCTAATGCTCACTATGTT 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 CTTGGTTATGATAGGATTATTGTCTTCCAGTTTGGGCTAGGTGCTAATGCTCACTATGTT 432
Query 361 ATATTGGAGTTGTATGCTCAAGGAAACATAATTCTTACTGATTCTGAGTATATGATCATG 420
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 ATATTGGAGCTGTATGCTCAAGGAAACATAATTCTTACTGATTCTGAGTATATGATCATG 492
Query 421 ACACTCCTCCGGTCTCATAGAGATGACAATAAGGGTTTTGCTATCATGTCTCGTCACCGT 480
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 493 ACACTCCTCCGCTCTCATAGAGATGACAATAAGGGTTTTGCTATTATGTCTCGTCACCGT 552
Query 481 TACCCCATAGAGATATGTAGAGTTTTTGAGAGAACCACTGTTTCAAAGCTTCAGGAATCA 540
||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 TACCCGATAGAGATATGTCGAGTCTTTGAGAGAACAACTGTTTCAAAGCTTCAGGAATCA 612
Query 541 CTTACTGCTTTC-TCGCTTAAGGATCATGAAGCAAAACAGATTGAACGGAAGGAGCAGAA 599
|||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 613 CTTACTGCTTTCGT-GCTTAAGGATCATGACGCAAAACAGATTGAACCGAAGGAGCAGAA 671
Query 600 TGGTGGCAAAAAGGGTGGGAAGTCAAATGATTCTACGGGTGCCAAACAATATACCTTGAA 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 672 TGGTGGCAAAAAGGGTGGGAAGTCAAATGATTCTACGGGTGCCAAACAATATACATTGAA 731
Query 660 GAATATTCTTGGTGACGCTTTAGGCTATGGGCCACAGCTCTCAGAGCACATTATTCTGGA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 GAATATTCTTGGTGACGCTTTAGGCTATGGGCCACAGCTCTCAGAGCACATTATTCTGGA 791
Query 720 TGCTGGTCTAATTCCAACTACCAAACTTTCAGAAGATAAGAAGTTAGATGATAATGAAAT 779
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 792 TGCTGGTCTAGTTCCAACTACCAAACTTTCAGAAGACAAGAAATTAGATGATAATGAGAT 851
Query 780 TCAGTTATTGGTTCAAGCGGTGATCGTTTTTGAAGATTGGCTTGAAGATATTATAAATGG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 TCAGTTATTGGTTCAAGCGGTGATCGTTTTTGAAGATTGGCTTGAAGATATTATAAATGG 911
Query 840 TCAAAAAGTTCCTGAAGGTTATATTCTAATGCAAAAACAAATTTTGGCAAATGACACGCC 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 912 TCAAAAAGTTCCTGAAGGTTATATTCTAATGCAAAAACAAATTTTGGCAAATGACACGAC 971
Query 900 TTCTGAATCAGGAGGTGTTAAAAAGATGTATGATGAGTTCTGTTCAATCTTATTAAATCA 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 972 TTCTGAATCAGGAGGTGTTAAAAAGATGTATGATGAGTTCTGTTCAATCTTACTAAATCA 1031
Query 960 ATTCAAATCACGAGTGTATGAAAAGTTTGAAACTTTCGATGCGGCTTTAGATGAGTTCTA 1019
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 ATTCAAATCAAGAGTGTATGAAAAGTTTGAAACTTTCGATGCGGCTTTAGATGAGTTCTA 1091
Query 1020 CAGCAAAATTGAGAGCCAAAGGTCTGAACAACAACAAAAGGCAAAAGAAGATTCTGCCAG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 CAGCAAAATTGAGAGCCAAAGGTCTGAACAACAACAAAAGGCAAAAGAAGATTCTGCCAG 1151
Query 1080 TCAGAAACTCAATAAGATTCGCCAGGATCAGGAGAACCGTGTTCAAATTCTGAAGAAAGA 1139
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 TCTGAAACTCAATAAGATTCGCCAAGATCAGGAGAACCGTGTTCAAATTCTGAAGAAAGA 1211
Query 1140 AGTCAACCATTGTGTTAATATGGCTGAATTAATCGAGTACAACTTAGAAGATGTAGATGC 1199
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 AGTCAACCATTGTGTTAATATGGCGGAATTAATCGAGTACAACTTAGAAGATGTAGATGC 1271
Query 1200 TGCCATATTAGCTGTTCGTGTAGCACTTGCAAAGGGTATGGGCTGGGATGATCTAGCTCG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 TGCCATATTAGCTGTTCGTGTAGCACTTGCAAAGGGTATGGGCTGGGATGATCTAGCTCG 1331
Query 1260 CATGGTCAAGGAAGaaaaaaaaTTAGGAAATCCTGTTGCTGGACTCATTGATAAACTTTA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||
Sbjct 1332 CATGGTCAAGGAAGAAAAAAAATTAGGAAATCCTGTTGCTGGAGTCATTGACAGACTTTA 1391
Query 1320 TCTGGAGAAGAATTGCATGACCTTGTTGTTGTGCAACAATCTCGATGAAATGGATGATGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 TCTGGAGAAGAATTGCATGACCTTGTTGTTGTGCAACAATCTCGATGAAATGGATGATGA 1451
Query 1380 TGAGAAGACGCTCCCAGTGGAAAAGGTGGAGGTGGATTTATCACTTTCTGCGCATGGTAA 1439
|||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 TGAGAAGACGGTTCCAGTGGAAAAGGTGGAGGTTGACTTATCACTTTCTGCGCATGGTAA 1511
Query 1440 TGCTAGGCGCTGGTATGAAATGAAGAAGAAGCAAGAAACCAAACAGGAAAAGACTGTTTC 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1512 TGCTAGGCGCTGGTATGAAATGAAGAAGAAGCAAGAAACCAAACAGGAGAAGACTGTTTC 1571
Query 1500 TGCTCATGAAAAGGCTTTTAGAGCAGCTGAGAAAAAGACACGCCACCAGCTTTCTCAGGA 1559
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1572 TGCCCATGAAAAGGCTTTTAGAGCAGCTGAGAAAAAGACCCGCCACCAACTTTCTCAGGA 1631
Query 1560 AAAAGTGGTTGCAACTATTTCACACATGAGAAAAGTCCACTGGTTTGAGAAATTTAATTG 1619
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 AAAAGTGGTTGCAACGATTTCACACATGAGAAAAGTCCACTGGTTTGAGAAATTTAATTG 1691
Query 1620 GTTCATTAGCAGTGAGAACTACTTGGTCATCAGTGGTCGTGATGCTCAGCAAAATGAGAT 1679
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 GTTCATTAGCAGTGAAAACTACTTGGTCATCAGTGGTCGTGATGCTCAGCAAAATGAGAT 1751
Query 1680 GATAGTTAAACGTTACATGTCAAAAGGAGATCTGTATGTACACGCAGAGCTTCATGGAGC 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 GATAGTTAAACGTTACATGTCAAAAGGAGATCTGTATGTACACGCAGAGCTTCATGGAGC 1811
Query 1740 GTCTAGTACTGTGATAAAGAATCATAAACCTGAACAAAATGTACCGCCTCTCACTTTAAA 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 ATCTAGTACTGTGATAAAGAATCATAAACCTGAACAAAATGTACCGCCTCTCACTTTAAA 1871
Query 1800 CCAAGCTGGATGTTTTACGGTTTGTCATAGTCAGGCCTGGGATTCCAAGATTGTTACTAG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 CCAAGCTGGATGTTTTACGGTTTGTCATAGTCAGGCCTGGGATTCCAAGATTGTTACTAG 1931
Query 1860 TGCATGGTGGGTTTATCCTCATCAAGTCACTAAAACAGCTCCGACTGGAGAATACCTTAC 1919
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1932 TGCATGGTGGGTTTATCCTCATCAGGTCACTAAAACAGCTCCTACTGGGGAATACCTTAC 1991
Query 1920 AGTTGGAAGTTTTATGATACGTGGTAAGAAAAACTTCCTTCCGCCACACCCACTCATCAT 1979
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1992 AGTTGGAAGTTTCATGATACGAGGTAAGAAAAACTTTCTTCCACCACACCCACTCATCAT 2051
Query 1980 GGGTTTTGGATTGTTGTTTCGTTTGGACGAGAGCTCCTTGGGAGCTCATTTGAATGAGAG 2039
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 GGGTTTTGGATTATTGTTTCGTTTGGACGAGAGCTCCTTGGGAGCTCATTTGAATGAGAG 2111
Query 2040 AAGGGTAAGAGGGGAAGAGGAAGGAATGAATGATGTAGTCATGGAAACGCATGCTCCTGA 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2112 AAGGGTAAGAGGGGAAGAGGAAGGAATGAATGATGTAGTCATGGAAACACATGCTCCTGA 2171
Query 2100 TGAGCATTCAGATGCTGAGTCAGAGAACGAAGCAGTGAATGAAGCGGTTTCTGCCTCAGG 2159
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2172 TGAGCATTCAGATACTGAGTCAGAGAACGAAGCAGTGAATGAAGTGGTTTCTGCCTCAGG 2231
Query 2160 AGAAGTTGATTTGGAGGATTCAAGTACCATATTGAGCCAAGATACTTCTTCTTTTGACAT 2219
||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2232 AGAAGTTGATTTGCAGGAATCAAGTACGGCATTGAGCCAAGATACTTCTTCTTTAGACAT 2291
Query 2220 GAATTCATCTGGTATTGCTGAAGAAAATGTTGCATCAGCCACCTCACAGCTTGAATATCT 2279
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2292 GAGTTCATCTGGTATTACTGAAGAAAATGTTGCATCAGCCACCTCACAGCTTGAAGATCT 2351
Query 2280 TCTTGATAGAACCCTAGGTCTTGGTGCTGCAACGGTGGCAGGCAAGAAAGGTACAATAGA 2339
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2352 TCTTGATAGAACCCTTGGTCTTGGTGCTGCAACGGTGGCAGGCAAGAAAGATACAATAGA 2411
Query 2340 GACATCAAAAGATGAAATGGAAGAGAAGCTGACACAGGAAGAGAAAAAAGCAGTAGTGAG 2399
||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2412 GACATCAAAAGATGATATGGAAGAGAAGATGAAACAGGAAGAGAAGAATGCAGTAGTGAG 2471
Query 2400 AGATAAGCCTTATATGTCAAAAGCTGAAAGAAGAAAGCTTAAGATGGGCCAAAGTGGTAA 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2472 AGATAAGCCTTATATGTCAAAAGCTGAAAGAAGAAAGCTTAAGATGGGCCAAAGCGGCAA 2531
Query 2460 CACAGCTGTTGATGGTAAGACTGGGCAAGAAAAGCAGCAACGAAAGGAAAAAGATGTTTC 2519
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2532 CACAGCTGCTGATGGTAACACTGGGCAAGAAAAGCAGCAACGAAAGGAAAAAGACGTTTC 2591
Query 2520 TTCTTTAAGCCAAGCTAACAAGAGTATACCTGATAACAAGCCAGCTGGGGAAAAAGTTAG 2579
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 TTCTTTAAGCCAAGCTACCAAGAGCATACCTGATAACAAGCCAGCTGGGGAAAAAGTTAG 2651
Query 2580 CCGTGGGCAAAGGGGTAAACTTAAGAAAATGAAGGAGAAGTATGCTGATCAAGATGAAGA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 CCGTGGGCAAAGGGGTAAACTTAAGAAAATGAAGGAGAAGTATGCTGATCAAGATGAAGA 2711
Query 2640 CGAAAGAAAAATACGGATGGCATTGTTGGCGTCGTCTGGAAAGCCACAGAAGACTGATGT 2699
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 CGAAAGAAAAATACGGATGGCATTGTTGGCATCGTCTGGAAAGCCACAGAAGACTGATGT 2771
Query 2700 TGAATCACAGAATGCAAAAACCGCAGTCACCGTAGAGAAGAAACCTTCTGAAGAGACAGA 2759
|||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 TGAATCACAGAATGCAAAAACCGCGGTCACTGAAGTGAAGAAACCTTCTGAAGAGACAGA 2831
Query 2760 AGATGCTGTGAAAATATGTTACAGGTGTAAGAAGGTTGGACATCTTGCTAGGGATTGTCA 2819
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 CGATGCTGTGAAAATATGTTACAGGTGTAAGAAGGTTGGACATCTTGCTAGGGATTGTCA 2891
Query 2820 TGGGAAAGAAACTTCAGAGATGGACAAAGTGGTGATGGAAGAAGACGATATTCACGAGGT 2879
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2892 TGGGAAAGAAACTTCAGACATGGACAAAGTGGTGATGGAAGAAGACGATATTCATGAAGT 2951
Query 2880 TGGGGACGAAGAGAAAGAAAAACTGATTGATGTCGATTACCTAACTGGTAACCCGTTACC 2939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2952 TGGGGACGAAGAGAAAGAAAAACTGATTGATGTCGATTACCTTACTGGTAACCCGTTACC 3011
Query 2940 AACCGACATCCTTTTATATGCGGTCCCTGTGTGCGGCCCCTACAACGCTCTGCAGTCATA 2999
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3012 AACCGACATCCTTTTATATGCGGTCCCCGTGTGCGGCCCCTACAATGCTCTCCAGTCATA 3071
Query 3000 TAAATACAGAGTCAAAGCGATTCCAGGCAGCATGAAGAAAGGAAAAGCTGCAAAAACTGC 3059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3072 TAAATACAGAGTCAAAGCGATTCCAGGCAGCATGAAGAAAGGAAAAGCTGCAAAAACTGC 3131
Query 3060 AATGAATCTGTTCACACATATGACGGAGGCGACAGTAAGGGAGAAAGAGCTAATGAAGGC 3119
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct 3132 AATGAATCTGTTCACACATATGTCGGAGGCGTCAGTAAGGGAGAAAGAGTTGATGAAAGC 3191
Query 3120 ATGTACAGATCCGGAGCTGATGGCTGCTCTTGTCGGGAATGTGAAGATCACAGCAGCAGG 3179
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3192 TTGTACGGATCCGGAGCTGATGGCTGCTCTTGTCGGGAATGTGAAGATCACAGCAGCAGG 3251
Query 3180 TTTGACACAGTTGAAGCAGAAACaaaaaaagggcaaaaaaaGCGGGAAACAACAACATAG 3239
|||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3252 TTTGACGCAGTTGAAGCAGAAACAGAAGAAGGGCAAGAAAAGCGGGAAACAACAACATAG 3311
Query 3240 CTAG 3243
||||
Sbjct 3312 CTAG 3315
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161336888688
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5