BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg332465
Length=3501
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G62310.1 | Symbols: IRE | AGC (cAMP-dependent, cGMP-dependen... 5718 0.0
> AT5G62310.1 | Symbols: IRE | AGC (cAMP-dependent, cGMP-dependent
and protein kinase C) kinase family protein | chr5:25023355-25028414
FORWARD LENGTH=3557
Length=3557
Score = 5718 bits (3096), Expect = 0.0
Identities = 3374/3510 (96%), Gaps = 12/3510 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTACGTCGGAACCGTCGCCTGAGAATGATCGGGATCCGCAAAAGACCACCGCCTCT 60
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 51 ATGTCTACGACGGAACCGTCGCCTGAGAATGATCGGGATCCACAACCGACCACCATATCT 110
Query 61 ACGCCGACTTCCACCAACGCGAAACATCTGAAGAAGATCCCTGCGATTCCTTTCCGCCAT 120
|| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 111 ACTCCGACTTCCACCAATGCGAAGCTTCTGAAGAAGATCCCTGCGATTCCTTTCCGCCAT 170
Query 121 TC------GG-A-GA-AAGATGAACAAGCGAAGACGTTGGACGAGGTTACGCCGGAATTA 171
|| || | || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 171 TCGGATAAGGAAGGAGAAGATGAACAAGCGAAGAC---GGACGAGGTTACTACGGAATTA 227
Query 172 GCTGCGGAAGGTTCGACGAGTCACGATTCGCCGGAAATTCTTGCTCCTTCTTCCTTAGGT 231
|||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 GCTGGGGAAGGTCCGATGAGTCACGATTCGCCGGAAATTCTTGCTCCTTCTTCCTTAGGT 287
Query 232 TTGAATCATATCAGAACGAAATCGTCTCCTGCGCCGTCTCCTTTGAGATTTTCATCGGCT 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 288 TTGAATCATATCAGAACGAAATCGTCTCCTGCGCCGTCTCCTTTGAGATTTTCATCTGCC 347
Query 292 ACACCGTTGATTTCTCCGGGTCAAGATGACAAAGACGTCGCCAAGGAGAAACCTAGGCTT 351
|| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 348 ACGCCTTTGATATCTCCGGGTCAAGATGATAAAGACGTCGCCAAGGAGAAACCGAGGGTT 407
Query 352 GGGGTTGTTGATGCTCGTGCTGATGCTCGCGCCAGATGGCCGATTCCTCCACATCAACCC 411
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 GGTGTTGTTGATGCTCGTGCTGATGCTCGTGCCAGATGGCCGATTCCTCCACATCAACCC 467
Query 412 GATCAAGGGAAAAAAGTTCAGTGGAGCCAATCAAAATCTCAACGAGTGCCTGCAAATTCC 471
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 GATCAAGGGAAAAAAGTTCAGTGGAGTCAATCAAAATCTCAACGAGTGCCTGCAAATTCA 527
Query 472 AATCCAGGGTTAGAGAGTACTCATGTAGGTCTTGCTAAGGAAACACAATCTCCACGTTTT 531
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 AATCCAGGGGTAGAGAGTACTCATGTAGGTCTTGCCAAGGAAACACAATCTCCACGTTTT 587
Query 532 CAGGCGATATTGCGTGTCACAAGTGGAAGGAAGAAGAAAGCTCATGACATCAAGAGCTTT 591
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 588 CAGGCGATATTGCGTGTCACAAGTGGAAGGAAGAAGAAAGCTCATGACATTAAGAGCTTC 647
Query 592 TCTCATGAACTTAATTCTAAAGGTGTGCGGCCTTTTCCCGTGTGGAGATCTCGCGCAGTT 651
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 TCTCATGAACTTAATTCTAAAGGTGTGCGACCTTTTCCCGTGTGGAGATCTCGCGCAGTT 707
Query 652 GGTCACATGGAGGAGATAATGGCGGCAATCAGAACGAAGTTTGATAAACAAAAGGAAGAT 711
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 708 GGTCACATGGAGGAGATTATGGCGGCGATCAGAACGAAGTTTGATAAGCAAAAGGAAGAT 767
Query 712 GTTGATGCTGATTTAGGCGTTTTTGCTGGCTATTTAGTGACAACTCTAGAGAGCACACCA 771
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 GTTGATGCTGATTTAGGAGTTTTTGCTGGCTATTTAGTGACAACTCTAGAGAGCACACCA 827
Query 772 GAATCTAACAAAGAATTAAGAATGGGTCTAGAGGATCTGTTAGTTGAGGCTCGACAATGT 831
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 828 GAATCTAACAAAGAATTAAGAGTGGGTCTAGAGGATTTGTTAGTTGAGGCTCGGCAATGT 887
Query 832 GCAACCATGCCAGCTAGCGAGTTCTGGTTAAAATGTGAAGGTATTGTTCAGAAGCTTGAT 891
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 GCAACCATGCCAGCTAGTGAGTTTTGGTTGAAATGTGAAGGTATTGTTCAGAAGCTTGAT 947
Query 892 GATAAACGTCAGGAGCTACCGATGGGAGGGCTGAAACAGGCTCATAATCGTCTTCTTTTC 951
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 GATAAACGTCAGGAGCTACCCATGGGAGGACTGAAACAGGCTCATAATCGTCTTCTTTTC 1007
Query 952 ATCCTTACTCGTTGCAATAGGCTTGTGCAGTTTCGTAAAGAGAGTGGTTATGTTGAAGAA 1011
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 ATTCTTACTCGTTGCAATAGGCTTGTGCAATTTCGTAAAGAGAGTGGTTATGTTGAAGAA 1067
Query 1012 CACATTCTGGGAATGCACCAGCTAAGTGATCTCGGTGTTTATCCAGAACAGATGGTGGAA 1071
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1068 CACATTCTGGGAATGCACCAGCTAAGTGATCTTGGAGTTTATCCTGAACAGATGGTGGAA 1127
Query 1072 ATCTCGCGACAACAGGACCTTCTTCGAGAGAAGGAAATCCAAAAGATAAATGAAAAGCAA 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 ATCTCGCGACAACAGGACCTTCTTCGAGAGAAGGAAATCCAAAAGATAAATGAAAAGCAA 1187
Query 1132 AATCTAGCTGGTAAACAAGATGATCAGAACTCGAACAGCGGAGCTGATGGAGCGGAAGTA 1191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1188 AATCTAGCTGGTAAACAAGATGATCAGAACTCGAACAGCGGAGCTGATGGAGTGGAAGTA 1247
Query 1192 AATACTGCTAGAAGTACTGATTCAGCTTCGAGCAATTTTCGGATGTCATCTTGGAAGAAG 1251
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 AATACTGCTAGAAGTACTGATTCAACTTCGAGCAATTTTCGGATGTCATCTTGGAAGAAG 1307
Query 1252 CTTCCATCTGCTGCCGAGAAAAACCGTAGTGTTAATAACACTCCCAAGGCTAAGGGGGAG 1311
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 CTTCCATCTGCTGCCGAGAAAAACCGTAGTCTTAATAACACTCCCAAGGCTAAGGGGGAG 1367
Query 1312 AGCAAACTCCAACCAAAAGTTTATGGTGATGAAAACGCTGAAAACTTGCATAGCCCGTCA 1371
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 AGCAAAATCCAACCAAAAGTTTATGGTGATGAAAACGCTGAAAACTTGCATAGCCCGTCA 1427
Query 1372 GGCCAACCTGCATCTGCCGACAAAAGTGCTTTGTGGGGTTTCTGGGCGGACCATCAATGT 1431
||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GGCCAGCCTGCATCTGCAGACAGAAGTGCTTTGTGGGGTTTCTGGGCGGACCATCAATGT 1487
Query 1432 GTGACATACGATAACTCCATGATTTGCCGTATCTGTGAAGTTGAAATACCAGTTGTACAT 1491
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 GTGACATACGATAATTCTATGATTTGTCGTATCTGTGAAGTTGAAATACCAGTTGTACAT 1547
Query 1492 GTAGAAGAGCACTCCCGAATATGCACAATCGCTGATAGATGTGATTTGAAGGGAATTAAT 1551
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1548 GTAGAAGAGCACTCTCGAATATGCACAATCGCTGATAGATGTGACTTGAAGGGAATAAAT 1607
Query 1552 GTAAACTTAAGACTTGAAAGAGTAGCTGAAAGTCTTGAGAAAATTCTGGAGTCATGGACG 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 GTAAACTTAAGACTTGAAAGAGTAGCTGAAAGTCTTGAGAAAATTCTGGAGTCATGGACG 1667
Query 1612 CCAAAGAGCAGCGTAACTCCAAGAGCAGTTGCTGATAGTGCAAGATTATCAAATTCCAGT 1671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 CCAAAGAGCAGCGTAACTCCAAGAGCAGTTGCTGATAGCGCAAGATTATCAAATTCCAGT 1727
Query 1672 AGACAAGAAGATCTGGATGAAATCTCTCAGAGATGTTCAGATGACATGCTTGATTGCGTT 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 AGACAAGAAGATCTGGATGAAATCTCTCAGAGATGTTCAGATGACATGCTTGATTGCGTT 1787
Query 1732 CCTCGTTCAGAGAAAACATTTTCTTTGGATGAACTGAATATCTTGAATGAAATGTCTATG 1791
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 CCTCGTTCACAGAATACATTTTCTTTGGATGAACTGAATATCTTGAATGAAATGTCTATG 1847
Query 1792 GCCAATGGAACAAAGGACTCGTCAGCCGGAAGCTTGACACCACCATCACCAGCAACTCCA 1851
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1848 ACCAATGGAACAAAGGACTCGTCAGCAGGAAGCTTGACACCGCCATCACCAGCAACACCA 1907
Query 1852 AGGAATAGCCAAGTAGATTTACTTCTAAGTGGTCGAAAAACAATATCAGAGCTTGAGAAT 1911
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 AGGAATAGCCAAGTAGATTTGCTACTAAGTGGTCGAAAAACAATATCAGAGCTTGAGAAT 1967
Query 1912 TATCAGCAGATAAACAAGTTGCTTGAGATTGCTCGTTCTGTGGCAAATGTGAATGTATGT 1971
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TATCAGCAGATAAACAAGTTGCTTGATATTGCTCGTTCGGTGGCAAATGTGAATGTATGT 2027
Query 1972 GGATACAGTTCGTTGGACTTCATGATTGAGCAGTTGGATGAGCTCAAATACGTCATTCAG 2031
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2028 GGATACAGTTCACTGGACTTCATGATTGAGCAGTTGGATGAGCTCAAGTACGTCATTCAG 2087
Query 2032 GATAGGAAAGCTGATGCCCTTGTGGTAGAAACGTTTGGAAGACGTATAGAGAAGCTACTG 2091
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2088 GATAGGAAGGCTGATGCCCTTGTGGTAGAAACGTTTGGAAGACGAATCGAGAAGCTACTG 2147
Query 2092 CAGGAGAAGTACATTGAACTTTGTGGACTGATAGATGATGAAAAAGTAGACTCATCCAAC 2151
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 CAGGAGAAGTACATTGAACTCTGTGGACTGATAGATGATGAAAAAGTAGACTCATCCAAT 2207
Query 2152 GCCATGGTGGATGAAGAAAGCTCAGCAGATGATGATACAGTACGAAGCTTACGGGCAAGC 2211
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 GCCATGCCGGATGAAGAAAGCTCAGCAGATGAGGATACAGTACGAAGCTTACGGGCAAGC 2267
Query 2212 CCACTTAATCCACGCGCTAAAGATCGAACATCAATAGAAGATTTTGAAATTATAAAACCA 2271
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 CCACTTAATCCACGTGCTAAAGATCGAACATCAATAGAAGATTTTGAAATTATAAAACCA 2327
Query 2272 ATTAGCCGTGGTGCATTTGGAAGAGTATTTCTTGCAAAAAAGAGAGCTACCGGTGATTTG 2331
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 ATTAGCCGTGGTGCATTTGGAAGAGTTTTTCTTGCAAAAAAGAGAGCTACCGGTGATTTG 2387
Query 2332 TTCGCCATAAAGGTTTTAAAGAAGGCTGATATGATCCGTAAGAATGCTGTTGAAAGTATT 2391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 TTCGCCATAAAGGTTTTAAAGAAGGCTGATATGATCCGTAAGAATGCTGTTGAAAGTATT 2447
Query 2392 TTAGCTGAGCGTAACATCCTTATATCAGTTCGTAACCCATTCGTGGTTCGGTTTTTCTAT 2451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2448 TTAGCTGAGCGTAACATCCTTATATCAGTTCGTAACCCATTCGTGGTTCGTTTTTTCTAT 2507
Query 2452 TCTTTCACATGTCGGGAAAATCTTTATTTGGTCATGGAGTACTTGAATGGTGGAGATCTC 2511
||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 TCTTTCACATGCCGGGAAAATCTCTATCTGGTCATGGAGTACTTGAATGGTGGAGATCTC 2567
Query 2512 TTCTCCTTGTTGAGAAACCTTGGTTGCTTGGACGAAGACATGGCCCGTATTTATATTGCT 2571
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2568 TTTTCCTTGTTGAGAAATCTTGGTTGCTTGGACGAAGACATGGCCCGCATTTATATTGCT 2627
Query 2572 GAAGTTGTGCTTGCTCTGGAGTATCTGCATTCTGTAAATATCATTCACAGAGACTTAAAG 2631
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 GAAGTGGTGCTTGCTCTGGAGTATCTGCATTCTGTAAATATCATTCACAGAGACTTAAAG 2687
Query 2632 CCAGACAATTTGTTGATCAATCAGGATGGTCACATCAAGTTGACAGATTTCGGGCTTTCC 2691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2688 CCAGACAATTTGTTGATCAATCAGGATGGTCACATCAAGTTGACAGATTTCGGGCTTTCC 2747
Query 2692 AAGGTTGGTCTTATCAACAGCACAGATGACTTATCAGGTGAATCATCATTGGGAAATAGT 2751
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2748 AAGGTTGGTCTTATCAATAGCACAGATGACTTATCAGGTGAATCATCATTGGGAAACAGT 2807
Query 2752 GGATTTTTCGCAGAAGATGGAACAAACGCTCAACATTCACAAGGCAGAGATAGTCGTAAA 2811
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2808 GGATTTTTCGCAGAAGATGGATCAAAAGCTCAACATTCACAAGGCAAAGATAGTCGTAAG 2867
Query 2812 AAACATGCAGTTGTTGGAACTCCTGATTATCTTGCACCTGAAATACTTCTTGGAATGGGT 2871
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 AAACATGCAGTTGTTGGAACCCCTGATTATCTAGCACCTGAAATACTTCTTGGAATGGGT 2927
Query 2872 CATGGTAAAACCGCTGATTGGTGGTCAGTCGGTGTTATTCTCTTTGAGCTTCTCGTGGGT 2931
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2928 CATGGTAAAACCGCTGATTGGTGGTCAGTAGGTGTTATTCTCTTTGAGGTTCTCGTTGGT 2987
Query 2932 ATACCTCCTTTCAATGCAGAAACCCCACAGCAAATTTTTGAAAATATAATCAACAGAGAT 2991
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2988 ATTCCTCCTTTCAATGCAGAAACCCCACAGCAAATTTTTGAAAATATAATCAACAGAGAT 3047
Query 2992 ATACCATGGCCTAATGTGCCAGAGGAGATATCTTATGAAGCACATGATCTGATCAACAAG 3051
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3048 ATACCATGGCCAAATGTGCCAGAGGAGATATCTTATGAAGCACATGATCTGATCAACAAG 3107
Query 3052 CTTTTGACTGAAAATCCTGTCCAGAGACTAGGGGCAACAGGTGCTGGAGAGGTGAAACAA 3111
|| | ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 3108 CTGCTAACTGAAAATCCTGTCCAAAGACTAGGGGCTACGGGAGCTGGAGAGGTGAAACAA 3167
Query 3112 CATCATTTTTTCAAAGATATTAACTGGGACACGCTTGCACGGCAAAAGGCTATGTTTGTA 3171
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3168 CATCATTTTTTCAAAGATATTAACTGGGACACACTTGCTCGGCAAAAGGCTATGTTTGTA 3227
Query 3172 CCATCAGCTGAACCACAAGACACTAGTTACTTCATGAGCCGATATATATGGAACCCGGAA 3231
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 CCATCAGCTGAACCACAAGACACTAGTTATTTCATGAGCCGATATATATGGAACCCGGAA 3287
Query 3232 GACGAAAATGTTCATGGAGGCAGCGATTTTGATGACCTTACAGACACATGCAGCAGCAGC 3291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3288 GACGAAAATGTTCATGGAGGCAGCGATTTTGATGACCTTACAGACACATGCAGTAGCAGC 3347
Query 3292 TCCTTCAATACACAGGACGAAGATGGTGATGAGTGTAGTAGCTTAGCAGAATTTGGAAAT 3351
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3348 TCCTTTAATACACAGGAAGAAGATGGTGATGAGTGTGGTAGCTTAGCAGAATTTGGAAAT 3407
Query 3352 GGACCAAATCTTGCTGTGAAGTATTCCTTCAGCAATTTTTCGTTCAAGAACCTCTCACAA 3411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3408 GGACCAAATCTTGCTGTGAAGTATTCCTTCAGCAATTTTTCGTTCAAGAACCTCTCACAA 3467
Query 3412 CTGGCTTCGATCAACTACGATCTTGTCCTAAAGAACGCGAAGGAATCAGTAGAAGCTTCG 3471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 CTGGCTTCGATCAACTACGATCTTGTCCTAAAGAACGCAAAGGAATCAGTAGAAGCTTCG 3527
Query 3472 AACCAATCAGCCCCTCGACCCGAAACATGA 3501
||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3528 AACCAGTCAGCCCCTCGACCCGAAACATGA 3557
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 174279959982
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5