BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg332760
Length=3276
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G65440.3 | Symbols: | unknown protein; INVOLVED IN: biologi... 3358 0.0
> AT5G65440.3 | Symbols: | unknown protein; INVOLVED IN: biological_process
unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED
DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana
protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G24610.1). | chr5:26151421-26157066
FORWARD LENGTH=3832
Length=3832
Score = 3358 bits (1818), Expect = 0.0
Identities = 1938/1997 (97%), Gaps = 4/1997 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1282 CAGAGTGAAAAACTGCGATGGTTGCCAATATATCATGAACCAGAGCATGAACTAATTGGG 1341
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 CAGAGTGAAAAACTGCGATGGTTACCAATATATCATGAACCAGAGCATGAACTAATTGGG 1727
Query 1342 AGAATCCAACTTA-GTTTTAGTTACTCAAGTAGTTTAGATGAAAAAACAAAGTGTGGGTT 1400
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1728 AGAATCCAACTTACG-TTTAGTTACTCAAGTAGTTTAGATGAAAAAACTAAGTGTGGGTT 1786
Query 1401 GGTGGCAGAAACTTCAGCGTATGATCTTGTCCTAGAGGTGGCTATGAAAGCAGAACGATT 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 GGTGGCAGAAACTTCAGCGTATGATCTTGTCCTAGAGGTGGCTATGAAAGCAGAACGATT 1846
Query 1461 TCAGCGAAGAAATTTATTGTTTAAGGGCCCGTGGCATTGGATGATAACTCGATTTGCATC 1520
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 TCAGCGTAGAAATTTATTATTTAAGGGCCCGTGGCATTGGATGATAACTCGATTTGCATC 1906
Query 1521 CTATTACGGGGTTTCAGATGCATACACTAGATTAAGATATCTTTCTTATGTCATGGATGT 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 CTATTACGGGGTTTCAGATGCATACACTAGATTAAGATATCTTTCTTATGTCATGGATGT 1966
Query 1581 CACATCGCCTACCAAGGACTGTCTTGATCTGATACATGATTTTCTATTCCCTATTTTAAT 1640
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1967 CGCATCGCCTACCAAGGACTGTCTTGATCTGATACATGATTTTCTATTCCCTATTATAAT 2026
Query 1641 GACCAGCAACCACAAGGCTGTATTGAGTCATCAAGAGAATCGATTACTTGGGGAAATTGA 1700
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2027 GACAAGCAACCACAGGGCTGTATTGAGTCATCAAGAGAATCGGTTACTTGGGGAAATTGA 2086
Query 1701 CGAACAAATTCAGCAGATTCTTGCTTCAGCATTTGAGAATTATAAATCACTTGATGAACT 1760
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2087 CGAACAAATTCAGCAGATTCTCGCTTCAGCATTTGAGAATTATAAATCACTTGCTGAACT 2146
Query 1761 GTCTTTCTCCGGGATGAAAGATGTTTTTGAGTCTGCTACGGGGACTCCAGCACCTGCTAT 1820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GTCTTTCTCCGGGATGAAAGATGTTTTTGAGTCTGCTACGGGGACTCCAGCACCTGCTAT 2206
Query 1821 CGAATCAGCTGTCAAGCTCTATGGTCTTCTCAACGATGTATTAACCCCCGAGGCACAGTT 1880
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 AGAATCAGCTGTCAAGCTTTATGGTCTTCTCAACGATGTATTAACCCCCGAGGCACAGTT 2266
Query 1881 GAAACTCTGCAGATACTTTCAGGCGGCTTCAAAGAAGAGGTCAAGAAGACATTTATTGGA 1940
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 GAAACTCTGCAGATACTTTCAGGCTGCTTCAAAGAAGAGGTCAAGAAGACATTTATTGGA 2326
Query 1941 AACAAACGATTTACTTAACAACCGTAGTGAAGGTGTACCAATTGATCCCATGGCGCTTCC 2000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
Sbjct 2327 CACAAACGATTTACTTAACAACCGTAGTGAAGGTGTACCAGTTGATCCCATGGTGCTTGC 2386
Query 2001 AGCTTCTTATCAAAAGATGAAGTCTCTAATCTTAAGTCTTAAAAATGAAATATCCACTGA 2060
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 AGCTTCGTATCAAAAGATGAAGTCTCTAATCTTAAGCCTTAAAAATGAAATATCCACTGA 2446
Query 2061 CATAGCGATCCATAACTGCAATGTGCTCCCAAGCTTTATAGACCTTCCAAATCATTCAGC 2120
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 CATAGCGATTCATGACTGCAATGTGCTCCCAAGCTTTATAGACCTTCCAAATCATTCAGC 2506
Query 2121 GGCAATATATAGTGTTGATCTCTGCAATAGGCTCCGGGAATTTCTTCTCGTATGGCCTCC 2180
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2507 GGCAATATATAGTGTTGATGTCTGCAATAGGCTCCGGGAATTTCTTCTCGTTTGGCCTCC 2566
Query 2181 TCCTGGACCATCACCTGCGGTTGTTGATCTAGTTATTACAACTGCTGACTTTCAGAGAGA 2240
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TCCTGGACCATCACCTGCGGTTGTTGATTTAGTTATTACAACTGCTGACTTTCAGAGAGA 2626
Query 2241 TATCTCTAGCTGGAACATAAATCCTATTAAAGGTGGCGTTAATGCCAAGGAGCTTTTCTA 2300
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 TCTCTCTAGCTGGCACATAAATCCTATTAAAGGTGGCGTTAATGCCAAGGAGCTTTTCTA 2686
Query 2301 TTCATATATCACAACCTGGATTGAAGAGAAAAGACGAGTTTTATATGAACTCTGTAAGCT 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2687 TTCATATATCACAACCTGGATTGAAGAGAAAAGGCGAGTTTTATATGAACTCTGCAAGCT 2746
Query 2361 AGAGACGTCAAAAGCATGTGGCGAGATACCGGGATTGACTTCTCCTTTTGTCGATGAGAT 2420
|||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 AGAGACGTCAAAAGCATGCGTCGAGATTCCGGGATTGACTTCTCCTTTTGTCGATGAGAT 2806
Query 2421 GTATGAGAGACTCAATGGGACACTTGATGAATACGATATCATCATTAGGCGTTGGCCAGA 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2807 GTATGAGAGACTCAATGGGACACTTGATGAATACGATATCATCATTAGGCGGTGGCCAGA 2866
Query 2481 ATACGCAATATCCTTGGAGAAAGTTGTAGCAGACGCAGAGAAGGCAATAGTTGAAGCCAT 2540
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 ATACGCAATATCCTTGGAGAAAGTTGTAGCAGACTCAGAGAAGGCAATAGTTGAAGCCAT 2926
Query 2541 GGAGAAACAATTTACTGAGATTTTATCTCCGTTAAAGGAAAGTAAAATATTTGGCCTGAA 2600
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 GGAGAAACAATTTACTGAGATTTTATCTCCGTTGAAGGAAAGTAAAATATTTGGCCTGAA 2986
Query 2601 AATTGTCAAGAAATTCACCAAAGGCACACCTAATCCTTATTCTGTTCCAAACGAGCTTGG 2660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2987 AATTGTCAAGAAATTCACCAAAGGCACACCTAATCCTTATTCTGTTCCAAAAGAGCTTGG 3046
Query 2661 AGTTCTTCTCAACTCAATGAAAAGAGTGCTTGACATTTTACGCCCGAGTATAGAGAACCG 2720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3047 AGTTCTTCTCAACTCAATGAAAAGAGTGCTTGACATTTTACGCCCGAGCATAGAGAACCG 3106
Query 2721 ATTCAAATCTTGGAATTCATATATCCCTGATGGAGAAAACAGAGTCTTGGGAGAGCGGTT 2780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 CTTCAAATCTTGGAATTCATATATCCCTGATGGAGAAAACAGAGTCTTGGGAGAGCGGTT 3166
Query 2781 AAGTGAGGTGACAGTATTGTTAAGATCCAAATTCAGAAGTTATATGCAAGCGCTTGTGGA 2840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 AAGTGAGGTGACAGTATTGTTAAGATCCAAATTCAGAAGTTATATGCAAGCGCTTGTGGA 3226
Query 2841 GAAACTTGCAGAGAATACGAGGATACAAAGTCACATGAAGCTAAAGAGCATCATCCACGA 2900
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3227 GAAACTTGCAGAAAATACGAGGATACAAAGTCACATGAAGCTAAAGACCATCATCCACGA 3286
Query 2901 CTTAAGGGAAACCACAGCAGAACCGGATGTTAGAAACAGAATGACAG-CATTGAAGGATT 2959
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 3287 CTTAAGGGAAACCACAGCGGAACCGGATGTTAGAAACAGAATGAC-GTCATTGAAGGATT 3345
Query 2960 TGCTAGACAAAACCATCGATCATCTACACGGTGTTTTCTTACCCGATGTGTTTGTATCAA 3019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 3346 TGCTAGACAAAACCATCGATCATCTACACGGTGTTTTCTTACCAGATGTGTTTGTAGCAA 3405
Query 3020 TCTGCAGAGGAATTTGGGACCGAATGGGACAGGATGTGCTTCGTCTTTTGGAGGATAGGA 3079
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3406 TCTGCAGAGGAATCTGGGACCGAATGGGACAGGATGTGCTTCGTCTTTTGGAAGACAGGA 3465
Query 3080 AAGATAATGTGACTTGGCACAAAGGCCCGAGAATCGCAGTTTCTGTTTTAGATGAGATCT 3139
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 3466 AAGATAATGTGACTTGGCATAAAGGCCCAAGAATCGCAGTTTCTGTTTTGGATGAAATCT 3525
Query 3140 TTGCGACACAAATGCAAAGCTTGCTTGGAAACGCTTTGAAGCCAGAGCACTTGGAGCCAC 3199
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3526 TTGCGACACAAATGCAAAGCTTGCTTGGAAACGGTTTGAAGCCCGAGCACTTGGAGCCAC 3585
Query 3200 CGAGATCGATGATGGAACTCAGGTCTATGCTATGCAAAGATTCTACGGATTACAGAGAAG 3259
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3586 CAAGATCGATGATGGAACTCAGGTCTATGCTATGCAAAGATTCTACGGATTACAGAGAAG 3645
Query 3260 GAGGCTACAACTACTAG 3276
| || ||||||||||||
Sbjct 3646 GGGGATACAACTACTAG 3662
Score = 2036 bits (1102), Expect = 0.0
Identities = 1228/1288 (95%), Gaps = 11/1288 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTCAAGGAAGCTGGCTTGAGAAGCTTAGGAGAGGATGTTGGTTCGAGGTGGACAATT 60
||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 285 ATGTTCAGGGAAGCTGGCTTAAGAAACATAGGAGAGGATGTTGATTCGAGGTGGACGATT 344
Query 61 GGTAATCGCAAATTGGATGCTAAGAAAACTG-T-----TGCCAATTCTGGTCATGGTTTT 114
|||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 GGTAATCGGAAATTGGATGCTAAG---TCTGTTCCCAATGCCAATTCTGGTCATGGTTTT 401
Query 115 GGATTCAAGAGTGCTCCTCCATTGTCGTCAGCAACTAAACACGCGAGAGGTAATAACAGT 174
||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || |||||||||||||| |
Sbjct 402 GGATTCAGGAGTGCTCCTCCATTGTCTTCATCAATTAAACCCGTGAGAGGTAATAACAAT 461
Query 175 GGTGGTTCAAGTTCAGACATGGACATTGCTTCTGATTCAGATGAAGAGATATTCGAGAGG 234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 GGTGGTTCAAGTTCAGACATGGACATTGCTTCTGATTCAGATGAAGAGATATTCGAGAGG 521
Query 235 CAACACTCTCCTCAAGATTATAGAATTCATGTTGGTTTGCCTCACGTGGCAGCTCAAAAT 294
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 522 CAACACTCTCCTCAAGATTATAGAATTCATCTTGGTTTGCCTCACGTCGCAGCTCAAAAT 581
Query 295 GGACTTGGACGTAATGGTGCTAAGGTCTTTGGTGCTGCTGATGATTTATCAGACTCAGCT 354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 582 GGACTTGGACGTAATGGTGCTAAGGTCTTTGGTGCTGCTGATGATTTATCTGACTCAGCT 641
Query 355 ACAAGCACTGAAGTTTCATATGAAGCAGAAGCTTGTGGTGTGCGGAATAATATATCTTCG 414
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 642 ACTAGCACTGAAGTTTCATATGAAGCAGAAGCTTGTGGTGTGCGGAACAATATATCTTCA 701
Query 415 CATAATGAATGTGAAAGAAGAAATGTTGAGGCTGGAACTTCAGGAAGGACCCAGAACGGG 474
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 702 CATAATGAATTTGAAAGACGAAATGTTGAGGCTGGAACTTCAGGAAGGACTCTGAACGGG 761
Query 475 ACTAGCACTTCAACAAGTTCATTGCCTCGCTTT-CCCACCTTTCATGCGAGTGAGCAAGG 533
|| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 ACAAGCACTTCAACAAGTTCATTGCCTCG-TTTCCCCACCTTTCATGCGAGTGAGCAAGG 820
Query 534 TCCATGGTCTGCAATGATTGCCTACGAAGCCTGTGTGCGGTTATGTCTTCATTCATGGTC 593
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 TCCATGGTCTGCGATGATTGCCTATGAAGCCTGTGTACGGTTATGTCTTCATTCATGGTC 880
Query 594 AACGGATAGTGTCAGCGAGGCTTCTTACTTCCTGAACAATGAATGCACCATAATGAGGAA 653
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 881 AACGGATAGTGTCAGCGAGGCTTCTTACTTCCTCAACAATGAATGCACCATAATGCGGAA 940
Query 654 TGCATTTAGTTTGCAGAGGTTTTTCCTTCATTCTGAAGAAGAGTTACTGGGAAAGGGACC 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 TGCATTTAGTTTGCAGAGGTTTTTCCTTCATTCTGAAGAAGAGTTACTGGGAAAGGGACC 1000
Query 714 TTCTGAGTTGGTTACCGAGACATCTGCTCCAAAATCTAAGAAGAATATTGGAAAAATTAG 773
||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1001 TTCTGAGTTGGTTACTGAGACGTCTGTTCCAAAATCGAAGAAGACTATTGGAAAAATTAA 1060
Query 774 ACTCCAAGTTCGTAGAATTAAAATGGGATTAGATCCACCACCTGGTTGTAACATTGCAAC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1061 ACTCCAAGTTCGTAGAATTAAAATGGGATTAGATCCACCACCTGGCTGTAACATTGCAAC 1120
Query 834 ACTGACGGTCTCCAAGGAAAAGCTCGAAGTTGTTCGTCAGCATATTGTGGAACTGAATTC 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 ACTGACGGTCTCCAAGGAAAAGCTCGAAGTTGTTCGTCACCATATTGTGGAACTGAATTC 1180
Query 894 GACTTTATCTTCTGGATGGAAAGCAGCGAGGAAAGTTCATGTCACTCCCCAAGTTCCTCT 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 GACTTTATCTTCTGGATGGAAAGCAGCGAGGAAAGTTCATGTCACTCCCCAAGTTCCTCT 1240
Query 954 AAATGGTTCACTTTCGCGTCAAAGTTTGGCTTACATGCAGGCTGCTGCTCGCTACCTTAA 1013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 AAATGGTTCACTTTCGCGTCAAAGTTTGGCTTACATGCAGGCTGCTGCTCGCTACCTTAA 1300
Query 1014 GCAGGTCTCAAAGGCCGTTAAAAACGAAATTGTTACGTCTCACACTGAACCGCAAACTTA 1073
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1301 GCAGGTCTCAAAAGCCGTTAAAAAGGAAATTGTTACATCTCACACTGGACCACAAACTTA 1360
Query 1074 TGAAGCAGTACAAGAAACATATTCATGTTCATTGAGGTTAAAGAGCTCTGCTGAAGATGA 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1361 TGAAGCAGTACAAGAAACATATTCATGTTCATTGAGGTTAAAGAGCTCTCCTGAAGATGA 1420
Query 1134 TCAAATTAAGACGCAACCTGGATCTGGCGAAACGTTTATTTTCTTACCAGATAGTCTTGG 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 TCAAATTAAGACGCAACCTGGATCTGGCGAAACGTTTATTTTCTTACCAGATAGTCTTGG 1480
Query 1194 TGATGATTTGATTATTGAAGTTCGAGATTCAAAGGGGCAACTTCTTGGTCGTGTCGTAGC 1253
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1481 TGATGATTTGATTATTGAAGTTCGAGATTCGAAGGCGCAACTTCTTGGCCGTGTCGTAGC 1540
Query 1254 TCAGCTAGCAGCTATAGCTGATGATCCG 1281
||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1541 TCAGCTAGCAGCTATGGCTGATGATCCG 1568
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162992397807
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5