BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg332974
Length=1953
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G13460.1 | Symbols: SDG22, SUVH9, SET22 | SU(VAR)3-9 homolog... 2832 0.0
> AT4G13460.1 | Symbols: SDG22, SUVH9, SET22 | SU(VAR)3-9 homolog
9 | chr4:7824034-7826960 REVERSE LENGTH=2534
Length=2534
Score = 2832 bits (1533), Expect = 0.0
Identities = 1827/1967 (93%), Gaps = 28/1967 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTCTTCTCATATTCCTCTTGATCCGTCTCTAAATCCGTCACCTTCACTGATCCCA 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 ATGGGTTCTTCTCACATTCCTCTTGATCCGTCTCTAAATCCGTCACCTTCACTGATCCCA 303
Query 61 AAGCTTGAACCAGTCACTGAATCAACCCAAAACTTGTCCTTTCAACTTCCAAACACAAAC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 AAGCTTGAACCAGTCACTGAATCAACCCAAAACTTGGCCTTTCAACTTCCAAACACAAAC 363
Query 121 CCACAAGCCCTAATTTCATCACCCATCTCCAATTTCAACGAAGCCACAAACTTTTCCTCA 180
||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 364 CCACAAGCCCTAATTTCATCAGCCGTCTCCGATTTCAACGAAGCCACAGACTTTTCCTCA 423
Query 181 GATTACAACACCGTCGCCGAGACATTCCGGTCCGCTTTCGCTCAACGTCTTAAACGTCAC 240
||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 424 GATTACAACACCGTCGCCGAGTCAGCCCGGTCTGCTTTCGCTCAACGGCTTCAACGTCAC 483
Query 241 GATGATGTTACGGTTCTTGATTCCTTAACCGGAGCAATTGTACCGGTTGAGGAGAATCCA 300
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GATGATGTTGCGGTTCTTGATTCCTTAACCGGAGCAATCGTACCGGTTGAGGAGAATCCG 543
Query 301 GACCCGGAACCGATTCCGGTTTCTTACTCAACCAATGACGCTTCACCGTCGGTTGTTGTT 360
|| |||||||||| | | |||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |
Sbjct 544 GAACCGGAACCGAAT-C-----CTTACTCAACCAGTGACTCTTCACCGTC-G--GTTGCT 594
Query 361 ACTCGACGGCCTAAG-CCACAGCAACGTTCGTCGGAGCTAGTGAGGATCACTGATGTTGG 419
|||| ||| ||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 ACTCAACGACCT-AGACCGCAGCCACGTTCGTCGGAGCTAGTGAGGATCACTGATGTTGG 653
Query 420 ACCTGAAGGTGAGAGACAGTTTCGTGAACATGTGAGGAAGACGAGAATGGTTTATGATTC 479
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 654 ACCTGAAAGTGAGAGACAGTTTCGTGAACATGTGAGGAAGACGAGAATGATTTATGATTC 713
Query 480 ACTTAGGATGTTCTTGATGATGGAAGAAGTTAAACTTAATGGGTTTGGTGGAAGAAAAGG 539
||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 714 TCTTAGGATGTTTTTGATGATGGAAGAAGCTAAACGTAATGGGGTTGGTGGAAGAAGAGC 773
Query 540 TAGACCTGA---T--A----GTAAAGCTGCTTCAATGATGAAAGATTGTATGTTATGGTT 590
|||| |||| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |
Sbjct 774 TAGAGCTGATGGTAAAGCTGGTAAAGCTGGTTCAATGATGAGAGATTGTATGTTGTGGAT 833
Query 591 GAATCGTGATAAACGAATCGTCGGTTCGATTCCCGGTGTTCAAGTTGGGGATATCTTCTT 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 GAATCGTGATAAACGAATCGTCGGTTCGATTCCCGGTGTTCAAGTTGGGGATATCTTCTT 893
Query 651 CTTTAGGCTTGAGTTATGTGTTATGGGTTTACATGGGCAAACACAAGCTGGGATTGATTA 710
||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| || | ||| ||||||| ||||
Sbjct 894 CTTTAGGTTTGAGTTATGTGTCATGGGCTTACATGGACACCCTCAATCTGGGATCGATTT 953
Query 711 TCTTACAGGGAGTCTTAGTTCTAATGGAGAGCCAATTGCTACTAGTGTGATTGTTTCAGG 770
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 954 TCTTACAGGGAGTCTTAGTTCTAATGGGGAGCCAATAGCTACTAGTGTGATTGTTTCTGG 1013
Query 771 TGGTTATGAGGATGATGATGATCAAGGAGATGTGATTATGTATACAGGTCATGGTGGGCA 830
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1014 TGGGTATGAGGATGATGATGATCAAGGAGATGTGATTATGTATACAGGTCAGGGTGGACA 1073
Query 831 AGATAAGCTTGGAAGGCAAGCTGAACATCAGAAGTTGGAAGGTGGGAATCTTGCGATGGA 890
||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1074 AGATAGGCTTGGAAGGCAAGCTGAACATCAGAGGCTGGAAGGTGGAAACCTTGCGATGGA 1133
Query 891 ACGGAGTATGTATTACGGGATTGAAGTTAGGGTGATTAGAGGGTTGAAGTATGAGAACT- 949
||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1134 ACGGAGTATGTATTATGGGATTGAAGTGAGAGTTATTAGAGGGTTGAAGTATGAGAA-TG 1192
Query 950 CGGTTTCTAGTAAAGTTTATGTTTATGATGGGTTGTTTAGGATTGTTGATTCTTGGTTTG 1009
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 AGGTTTCTAGTAGAGTTTATGTTTATGATGGGTTGTTTAGGATTGTTGATTCTTGGTTTG 1252
Query 1010 ATGTTGGGAAATCTGGTTTCGGTGTGTTTAAATATAGGCTGGAGAGGATTGAAGGGCAGG 1069
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1253 ATGTTGGGAAGTCTGGTTTCGGTGTGTTTAAATATCGGTTGGAGAGGATTGAAGGACAGG 1312
Query 1070 CTGAGATGGGTAGTTCGATTTTGAAGCTTGCTAGGACTCTTAAGACTAATCCATTGTCTG 1129
||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 CTGAGATGGGTAGTTCGGTGTTGAAGTTTGCTAGGACTCTTAAGACTAATCCATTGTCTG 1372
Query 1130 TGAGACCGAGAGGTTATATCAGTTTTGATATCTCGAATAGGAAGGAGAATGTTCCTGTCT 1189
|||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TGAGACCGAGAGGTTACATCAATTTCGATATCTCGAATGGGAAGGAGAATGTTCCTGTCT 1432
Query 1190 ATTTGTTTAATGATATTGACAACGATCAAGAACCTTTGTATTATGAGTACCTTGAGAC-A 1248
|||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |
Sbjct 1433 ATTTGTTTAACGACATTGACAGCGATCAAGAACCTTTGTATTATGAGTATCTTGCG-CAA 1491
Query 1249 ACTTCGTTTCCTCCTGGTTTATTTGTTCAACGGAGTGATAGTGCAAGTGGATGTGACTGT 1308
||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ACTTCGTTTCCTCCTGGCTTATTTGTTCAGCAAAGTGGTAATGCAAGTGGATGTGACTGT 1551
Query 1309 ATCAAAGGTTGTGGCAGTGGCTGCCTTTGTGAAGCCAAGAATTCAGGTGAGTTTGCTTAT 1368
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1552 GTCAATGGTTGTGGCAGTGGCTGCCTTTGTGAAGCCAAGAATTCAGGTGAGATTGCTTAT 1611
Query 1369 GATTATCATGGGAAGTTAATAAGACAGAAACCGTTGATACATGAATGTGGACCGGCGTGT 1428
|||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1612 GATTATAATGGGACGCTAATAAGACAGAAACCGTTGATACATGAATGTGGATCAGCGTGT 1671
Query 1429 CGGTGCCCTCCAAGCTGTCGAAACCGTGTGACTCAAAAGGGTTTGAGGAATAGACTAGAA 1488
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1672 CAGTGCCCTCCAAGCTGTCGAAACCGTGTGACTCAAAAGGGTTTGAGGAATAGGCTAGAA 1731
Query 1489 GTGTTTAGGTCACTGGAAACGGGTTGGGGAGTTCGGTCTTTGGATATATTACATGCTGGT 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1732 GTGTTTAGGTCACTGGAAACGGGTTGGGGAGTTCGGTCTTTGGATGTATTACATGCTGGT 1791
Query 1549 GCTTTTATTTGTGAATATGCTGGGGTTGCTTTGACAAGAGAACAAGCCAACATTCTGACC 1608
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 GCTTTTATTTGTGAGTATGCTGGGGTTGCTTTGACAAGGGAACAAGCCAACATTCTGACC 1851
Query 1609 ATGAACGGTGATACATTGGTATATCCTGCTCGGTTT-TCCTCTGCGAGATGGGAAGGTTG 1667
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 1852 ATGAACGGTGATACATTGGTATATCCTGCTC-GTTTCTCTTCTGCGAGATGGGAAGATTG 1910
Query 1668 GGGAGATTTGTCTCAGGTCCTGGCTGATTTCGAGCGTCCTTCTTATCCTGAGATTCCTCC 1727
||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1911 GGGAGATCTGTCTCAGGTCCTTGCTGATTTCGAGCGGCCTTCTTATCCTGATATTCCTCC 1970
Query 1728 TGTTGATTTCGCAATGGATGTGTCCAAGATGAGGAATGTTGCTTGTTACATAAGCCACAG 1787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 GGTTGATTTCGCAATGGATGTGTCCAAGATGAGGAATGTTGCTTGTTACATAAGCCACAG 2030
Query 1788 TACTGATCCGAATGTCATTGTCCAGTTAGTACTCCATGATCACAACAGTCTGATGTTCCC 1847
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2031 TACTGATCCGAATGTCATTGTCCAGTTTGTACTCCATGATCACAACAGTCTCATGTTCCC 2090
Query 1848 TAGAGTCATGCTTTTTGCTGCTGAAAACATACCTCCCATGACTGAGCTCAGCCTTGATTA 1907
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 TAGAGTCATGCTTTTCGCTGCTGAAAACATCCCTCCCATGACTGAGCTCAGCCTTGATTA 2150
Query 1908 CGGAGTAGCTGATGATTGGA-CAGCCAAGCTTGCCATTTGTAATTAA 1953
|||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 CGGAGTAGTTGATGATTGGAAC-GCCAAGCTTGCCATTTGTAATTAA 2196
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96736450215
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5