BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg333071
Length=1086
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein... 1941 0.0
> ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein
| chrC:119847-122009 REVERSE LENGTH=1083
Length=1083
Score = 1941 bits (1051), Expect = 0.0
Identities = 1075/1086 (99%), Gaps = 3/1086 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60
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Sbjct 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60
Query 61 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120
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Sbjct 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120
Query 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180
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Sbjct 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180
Query 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 240
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Sbjct 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240
Query 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300
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Sbjct 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300
Query 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360
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Sbjct 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360
Query 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420
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Sbjct 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420
Query 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480
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Sbjct 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480
Query 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540
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Sbjct 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540
Query 541 TCAATATCTCTAGGATTATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 600
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Sbjct 541 TCAATATCTCTAC--T-ATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 597
Query 601 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 660
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Sbjct 598 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 657
Query 661 ATTTCTTCTCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 720
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Sbjct 658 ATTTCTTCCCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 717
Query 721 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATCAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 780
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Sbjct 718 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATAAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 777
Query 781 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 840
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Sbjct 778 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 837
Query 841 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 900
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Sbjct 838 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 897
Query 901 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATC 960
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Sbjct 898 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTTTTGTTCGTTTCTATC 957
Query 961 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1020
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Sbjct 958 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1017
Query 1021 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1080
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Sbjct 1018 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACCACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1077
Query 1081 CTCTAA 1086
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Sbjct 1078 CTCTAA 1083
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53212577700
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5