BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg333077
Length=1950
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 2226 0.0
ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 2226 0.0
> ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:145291-152175 REVERSE LENGTH=6885
Length=6885
Score = 2226 bits (1205), Expect = 0.0
Identities = 1216/1221 (99%), Gaps = 1/1221 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 574 CACTTTTTCACTCTTTCCTATACTAGGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACT 633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5473 CACTTTTTCACTCTTTCCTATACTAGGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACT 5532
Query 634 AATGGATTCGAGTCTATAACCATGGGTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAAT 693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5533 AATGGATTCGAGTCTATAACCATGGGTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAAT 5592
Query 694 GAGGCCCTATCAATTAGTATTACACAGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGA 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5593 GAGGCCCTATCAATTAGTATTACACAGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGA 5652
Query 754 TCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGGATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCAT 813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5653 TCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGGATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCAT 5712
Query 814 GGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAAGGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGC 873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5713 GGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAAGGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGC 5772
Query 874 CCCATAGATCCTATATCTATCTATATGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTAT 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5773 CCCATAGATCCTATATCTATCTATATGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTAT 5832
Query 934 TTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTGGAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTAT 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5833 TTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTGGAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTAT 5892
Query 994 CTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGGTCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGAT 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5893 CTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGGTCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGAT 5952
Query 1054 GaaaaaaaTAGGATCACTTCTTATGGATTCATTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGC 1113
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5953 GAAAAAAATAGGATCACTTCTTATGGATTCGTTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGC 6012
Query 1114 CTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGGTGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGTAGTCAG 1173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 6013 CTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGGTGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGCAGTCAG 6072
Query 1174 TTTGATAATGATCGAGTGACATTACTTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATG 1233
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6073 TTTGATAATGATCGAGTGACATTGCTTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATG 6132
Query 1234 ATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCGTTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCG 1293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6133 ATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCGTTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCG 6192
Query 1294 GAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAGGAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTA 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6193 GAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAGGAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTA 6252
Query 1354 TTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTAGAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGT 1413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6253 TTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTAGAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGT 6312
Query 1414 ATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGATTTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGG 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6313 ATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGATTTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGG 6372
Query 1474 ATCATTTATGATGAAAAGTATGAGCTTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGA 1533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6373 ATCATTTATGATGAAAAGTATGAGCTTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGA 6432
Query 1534 ACCATGCAGTACCAGAGACGAGATAGGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGC 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6433 ACCATGCAGTACCAGAGACGAGATAGGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGC 6492
Query 1594 CAATTCATTTGGGACCCCGCAGATCCACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTC 1653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6493 CAATTCATTTGGGACCCCGCAGATCCACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTC 6552
Query 1654 TCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCTTTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACT 1713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6553 TCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCTTTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACT 6612
Query 1714 TCCCAAACGGATCCTCCTACATCTATATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAA 1773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6613 TCCCAAACGGATCCTCCTACATCTATATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAA 6672
Query 1774 AAGCACTTCGAATT-TTCATT 1793
|||||||||||||| || |||
Sbjct 6673 AAGCACTTCGAATTGTTGATT 6693
Score = 1053 bits (570), Expect = 0.0
Identities = 572/573 (99%), Gaps = 0/573 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTGAACAACCGGGAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTAT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4702 ATGATTGAACAACCGGGAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTAT 4761
Query 61 CTAATGAATTATGAGTTCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4762 CTAATGAATTATGAGTTCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCAT 4821
Query 121 TATCAGACAATCACTTATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4822 TATCAGACAATCACTTATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCT 4881
Query 181 CATGGAAAACCCTTTTCGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4882 CATGGAAAACCCTTTTCGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATA 4941
Query 241 GGTTCTATAGGAACTGGACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4942 GGTTCTATAGGAACTGGACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTT 5001
Query 301 CCTTTCATTACAGTATTTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGtttttttATT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5002 CCTTTCATTACAGTATTTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGTTTTTTTATT 5061
Query 361 GATGATATCGATATTGATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5062 GATGATATCGATATTGATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAA 5121
Query 421 CTTGATACGGAGCTGGAGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTCG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5122 CTTGATACGGAGCTGGAGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTTG 5181
Query 481 GAAATAGACCGATTTTATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5182 GAAATAGACCGATTTTATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGC 5241
Query 541 ATAATATGGATTCCAAACATTCATGATCTTGAT 573
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5242 ATAATATGGATTCCAAACATTCATGATCTTGAT 5274
Score = 291 bits (157), Expect = 2e-77
Identities = 161/163 (99%), Gaps = 0/163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1788 TTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTCGATCCGAGAGTTATCAGTATTTATC 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6723 TTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTCGATCCGAGAGTTATCAGTATTTATC 6782
Query 1848 AAATCTGTTCCTATCTAATGGAACGCTATTGGATCGAATGACAAAGACATTGTTGaaaaa 1907
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6783 AAATCTGTTCATATCTAACGGAACGCTATTGGATCGAATGACAAAGACATTGTTGAAAAA 6842
Query 1908 aaGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGATTCATGTAA 1950
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6843 AAGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGATTCATGTAA 6885
> ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:86474-93358 FORWARD LENGTH=6885
Length=6885
Score = 2226 bits (1205), Expect = 0.0
Identities = 1216/1221 (99%), Gaps = 1/1221 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 574 CACTTTTTCACTCTTTCCTATACTAGGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACT 633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5473 CACTTTTTCACTCTTTCCTATACTAGGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACT 5532
Query 634 AATGGATTCGAGTCTATAACCATGGGTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAAT 693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5533 AATGGATTCGAGTCTATAACCATGGGTTCCAGTGCACGAGATCTTGTAGCACTTACCAAT 5592
Query 694 GAGGCCCTATCAATTAGTATTACACAGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGA 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5593 GAGGCCCTATCAATTAGTATTACACAGAAGAAATCAATTATAGACACTAATACAATTAGA 5652
Query 754 TCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGGATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCAT 813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5653 TCTGCTCTTCATAGACAAACTTGGGATTTGCGATCCCAGGTAAGATCGGTTCAGGATCAT 5712
Query 814 GGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAAGGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGC 873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5713 GGGATCCTTTTCTATCAGATAGGAAGGGCTGTTGCACAAAATGTACTTATAAGTAATTGC 5772
Query 874 CCCATAGATCCTATATCTATCTATATGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTAT 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5773 CCCATAGATCCTATATCTATCTATATGAAGAAGAAATCATGTAACGAAGGGGATTCTTAT 5832
Query 934 TTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTGGAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTAT 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5833 TTGTACAAATGGTACTTCGAGCTTGGAACGAGCATGAAGAAATTCACGATACTTCTTTAT 5892
Query 994 CTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGGTCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGAT 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5893 CTTTTGAGTTGTTCTGCCGGATCGGTCGCTCAAGACCTTTGGTCTCTACCCGTACCCGAT 5952
Query 1054 GaaaaaaaTAGGATCACTTCTTATGGATTCATTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGC 1113
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5953 GAAAAAAATAGGATCACTTCTTATGGATTCGTTGAGAATGATTCGGATCTAGTTCATGGC 6012
Query 1114 CTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGGTGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGTAGTCAG 1173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 6013 CTATTAGAAGTGCAAGGCGCTTTGGTGGGATCCTCACGGACAGAAAAAGATTGCAGTCAG 6072
Query 1174 TTTGATAATGATCGAGTGACATTACTTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATG 1233
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6073 TTTGATAATGATCGAGTGACATTGCTTTTTCGCTCCGAACCAAGGGATCCCTTATATATG 6132
Query 1234 ATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCGTTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCG 1293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6133 ATGCAAGATGGATCTTGTTCTATCGTTGATCAGAGATTTCTCTATGAAAAATACGAATCG 6192
Query 1294 GAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAGGAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTA 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6193 GAGTTTGAAGAAGGGGAAGGAGAAGGAGTCCTCGACCCGCAACAGATAGAGGAGGATTTA 6252
Query 1354 TTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTAGAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGT 1413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6253 TTCAATCACATAGTTTGGGCTCCTAGAATATGGCGCCCTCGGGGCTTTCTATTTGATTGT 6312
Query 1414 ATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGATTTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGG 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6313 ATCGAAAGGCCTAATGAATTGGGATTTCCCTATTCGGCCGGGTCATTTCGGGGCAAGCGG 6372
Query 1474 ATCATTTATGATGAAAAGTATGAGCTTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGA 1533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6373 ATCATTTATGATGAAAAGTATGAGCTTCAAGAGAATGATTCGGAGTTCTTGCAGAGCGGA 6432
Query 1534 ACCATGCAGTACCAGAGACGAGATAGGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGC 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6433 ACCATGCAGTACCAGAGACGAGATAGGTCTTCCAAAGAACAAGGCTTTTTTAGAATAAGC 6492
Query 1594 CAATTCATTTGGGACCCCGCAGATCCACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTC 1653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6493 CAATTCATTTGGGACCCCGCAGATCCACTCTTTTTCCTATTCAAAGATCAACCCTTTGTC 6552
Query 1654 TCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCTTTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACT 1713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6553 TCTGTGTTTTCACATCGAGAATTCTTTGCAGATGAAGAGATGTCAAAGGGGCTTCTTACT 6612
Query 1714 TCCCAAACGGATCCTCCTACATCTATATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAA 1773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6613 TCCCAAACGGATCCTCCTACATCTATATATAAACGCTGGTTTATCAAGAATACGCAAGAA 6672
Query 1774 AAGCACTTCGAATT-TTCATT 1793
|||||||||||||| || |||
Sbjct 6673 AAGCACTTCGAATTGTTGATT 6693
Score = 1053 bits (570), Expect = 0.0
Identities = 572/573 (99%), Gaps = 0/573 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTGAACAACCGGGAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTAT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4702 ATGATTGAACAACCGGGAACAATTTACTTACGATACTTAGTTGACATTCATAAAAAGTAT 4761
Query 61 CTAATGAATTATGAGTTCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4762 CTAATGAATTATGAGTTCAATACATCCTGTTTAGCAGAAAGACGGATATTCCTTGCTCAT 4821
Query 121 TATCAGACAATCACTTATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4822 TATCAGACAATCACTTATTCACAAACTTCGTGTGGGGCTAATAGTTTTCATTTCCCGTCT 4881
Query 181 CATGGAAAACCCTTTTCGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4882 CATGGAAAACCCTTTTCGCTCCGCTTAGCCCTATCCCCCTCTAGGAGTATTTTAGTGATA 4941
Query 241 GGTTCTATAGGAACTGGACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4942 GGTTCTATAGGAACTGGACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATGTT 5001
Query 301 CCTTTCATTACAGTATTTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGtttttttATT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5002 CCTTTCATTACAGTATTTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCGAAAGGTTTTTTTATT 5061
Query 361 GATGATATCGATATTGATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5062 GATGATATCGATATTGATGATAGTGACGATATTGATGCTAGTAACGATATTGATCGTGAA 5121
Query 421 CTTGATACGGAGCTGGAGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTCG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5122 CTTGATACGGAGCTGGAGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTTG 5181
Query 481 GAAATAGACCGATTTTATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5182 GAAATAGACCGATTTTATATCACCCTTCAATTCGAATTAGCAAAAGCAATGTCTCCTTGC 5241
Query 541 ATAATATGGATTCCAAACATTCATGATCTTGAT 573
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5242 ATAATATGGATTCCAAACATTCATGATCTTGAT 5274
Score = 291 bits (157), Expect = 2e-77
Identities = 161/163 (99%), Gaps = 0/163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1788 TTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTCGATCCGAGAGTTATCAGTATTTATC 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6723 TTCATTATCTAATGGATTTTTCCGTTCTAATACTCGATCCGAGAGTTATCAGTATTTATC 6782
Query 1848 AAATCTGTTCCTATCTAATGGAACGCTATTGGATCGAATGACAAAGACATTGTTGaaaaa 1907
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6783 AAATCTGTTCATATCTAACGGAACGCTATTGGATCGAATGACAAAGACATTGTTGAAAAA 6842
Query 1908 aaGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGATTCATGTAA 1950
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6843 AAGATGGCTTTTCTCGGATGAAATGAAAATAGGATTCATGTAA 6885
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96585848580
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5