BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg333551
Length=5889
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G01040.2 | Symbols: DCL1 | dicer-like 1 | chr1:23416-31120 F... 6115 0.0
> AT1G01040.2 | Symbols: DCL1 | dicer-like 1 | chr1:23416-31120
FORWARD LENGTH=5877
Length=5877
Score = 6115 bits (3311), Expect = 0.0
Identities = 3632/3784 (96%), Gaps = 34/3784 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GAGCCTAGGGAAGACATAATAAAGCCTTCTTATTGGCTAGATGCTTGCGAGGACATCTCT 63
|||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GAGCCTAGAGAAGCCACAATAAAGCCTTCTTATTGGCTAGATGCTTGCGAGGACATCTCT 178
Query 64 TGTGATCTTATTGATGATCTCGTGTCTGATTTTGATCCTTCCTCTGTTGCTGTCAATGAA 123
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGTGATCTTATCGATGATCTCGTGTCTGAATTTGATCCTTCCTCTGTTGCTGTCAATGAA 238
Query 124 TCCACTGATGACAACGGCGTCATCAATGATTTTTTCGGTGGGATTGATCACATTTTAGAT 183
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TCCACTGATGAAAACGGCGTCATCAATGATTTTTTCGGTGGGATTGATCACATTTTAGAT 298
Query 184 AGTATCAAGAACGGTGGAGGCTTACCAAACAATGGCGTTTCTGAT----A----C----C 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 299 AGTATCAAGAACGGTGGAGGCTTACCAAACAATGGCGTTTCTGATACCAATTCTCAAATC 358
Query 232 AACGAGGTTAGTGTAACTCCTCAGGTTATTGCTAAGGAGGTTACAGTCTCGGTGAAGGAG 291
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||
Sbjct 359 AACGAGGTTACTGTAACTCCTCAGGTTATTGCTAAGGA-G--ACA------GTGAAGGAG 409
Query 292 AATGGGTTGCAAAAGAATGGCGGTAAGAGAGACGAATTGTCGAAAGAGGAAGGAGAGAAG 351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 410 AATGGGTTGCAAAAGAATGGCGGTAAGAGAGACGAATTCTCGAAAGAGGAAGGAGACAAG 469
Query 352 GATAGGAAGAGAGCTAGGGTTTGTAGTTATCAGAGTGAAAGGAGTAACCTTTCAGGTAGA 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 GATAGGAAGAGAGCTAGGGTTTGTAGTTATCAGAGTGAAAGGAGTAACCTTTCAGGTAGA 529
Query 412 GGACA-GGT--TAATTCTAGGGAGAGAGATAGGTTTATGAATAGGAAACGCCCTCGTAAT 468
|| || | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 530 GGGCATGTTAATAATTCTAGGGAGGGAGATAGGTTTATGAATAGGAAACGTACTCGTAAT 589
Query 469 TGGGACGAGGCGGGTAACAAT---AAGAAAAGGGAATGTTACAATTACAGAAGAGATGGT 525
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 590 TGGGACGAGGCGGGTAACAATAAGAAGAAAAGGGAATGTAACAATTACAGAAGAGATGGT 649
Query 526 AGAGATAGAGAAGGTAGGGGTTACTGGGAGAGGGATAAAGTTGGTTCCAATGAGTTGGTC 585
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 AGAGATAGAGAAGTTAGGGGTTATTGGGAGAGGGATAAAGTTGGTTCCAATGAGTTGGTT 709
Query 586 TATCGGTCAGGGACTTGGGAAGCTGATCACGAAAGAGATGTTAAGAAAGAGAGTGGTCGA 645
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 710 TATAGGTCAGGGACTTGGGAAGCTGATCATGAAAGAGATGTTAAGAAAGTGAGTGGTGGA 769
Query 646 AATCGCGAATGTGATGTGAAGGTTGAGGAGAATAAGAGTAAGCCTGAAGAACGTAAAGAG 705
|| |||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 AACCGCGAATGCGATGTCAAGGCAGAGGAGAACAAGAGTAAGCCTGAAGAACGTAAAGAG 829
Query 706 AAGGTTGTGGAAGAGCAAGCAAGGCGATACCAGTTGGATGTGCTTGAACAAGCTAAAGCG 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 830 AAGGTTGTGGAAGAGCAAGCAAGGCGATACCAGTTGGATGTTCTTGAACAAGCTAAAGCG 889
Query 766 AAAAACACGATTGCTTTCCTTGAGACCGGTGCTGGAAAGACACTTATCGCTATTCTTCTT 825
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 890 AAAAACACGATTGCTTTCCTTGAGACCGGTGCTGGAAAGACACTTATCGCGATTCTTCTT 949
Query 826 ATTAAAAGTGTTCATAAGGATTTGATGAGCCAGAACAGAAAAATGCTCTCGGTGTTCTTG 885
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 ATTAAAAGTGTTCATAAGGATCTGATGAGCCAGAACAGAAAAATGCTCTCGGTGTTCTTG 1009
Query 886 GTTCCTAAAGTGCCTTTGGTTTATCAGCAAGCAGAAGTGATCCGTAATCAAACTTGTTTT 945
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 GTTCCCAAAGTGCCTTTGGTTTATCAGCAAGCAGAAGTGATCCGTAATCAAACTTGTTTT 1069
Query 946 CAAGTTGGGCATTACTGTGGTGAGATGGGACAGGACTTTTGGGATGCTCGAAGATGGCAA 1005
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1070 CAAGTTGGACATTATTGTGGTGAGATGGGACAGGACTTTTGGGATTCTCGAAGGTGGCAA 1129
Query 1006 CGAGAGTTTGAGTCTAAGCAGGTTTTAGTAATGACAGCACAAATTCTGTTGAATATACTG 1065
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 CGAGAGTTTGAGTCTAAGCAGGTTCTAGTTATGACAGCACAAATTCTGTTGAATATACTG 1189
Query 1066 AGACACAGTATCATTAGAATGGAAACAATTGATCTTCTTATTCTCGATGAATGTCACCAC 1125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1190 AGACACAGTATCATTAGAATGGAAACAATTGATCTTCTTATTCTCGACGAGTGTCACCAC 1249
Query 1126 GCTGTCAAGAAACATCCATACTCTTTAGTGATGTCAGAGTTTTACCATACAACTCCTAAA 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 GCTGTCAAGAAACATCCATACTCTTTAGTGATGTCAGAGTTTTACCATACAACTCCTAAA 1309
Query 1186 GATAAAAGACCTGCCATCTTTGGAATGACTGCTTCGCCCGTTAATCTAAAGGGTGTTTCA 1245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1310 GATAAAAGACCTGCCATCTTTGGAATGACTGCTTCGCCTGTTAATTTAAAGGGTGTTTCA 1369
Query 1246 AGCCAAGTAGATTGTGCGATAAAAATACGCAACCTTGAGACCAAGTTGGATTCTACGGTT 1305
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 AGCCAAGTAGATTGTGCGATAAAGATACGTAACCTCGAGACCAAGTTGGATTCTACGGTT 1429
Query 1306 TGTACAATAAAAGATCGAAAAGAATTAGAGAAGCATGTGCCTATGCCTTCAGAGATAGTC 1365
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 TGTACTATAAAAGATCGAAAAGAATTAGAGAAACATGTGCCTATGCCTTCAGAGATAGTC 1489
Query 1366 GTCGAGTATGACAAAGCTGCTACTATGTGGTCTCTTCATGAGACAATAAAGCAAATGATT 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 GTCGAGTATGACAAAGCTGCTACTATGTGGTCTCTTCATGAGACAATAAAGCAAATGATT 1549
Query 1426 GTAGCTGTTGAAGAAGCGGCACAAGCAAGTTCAAGGAAAAGCAAGTGGCAATTTATGGGG 1485
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 GCAGCTGTTGAAGAAGCGGCACAAGCAAGTTCAAGGAAAAGCAAGTGGCAATTTATGGGG 1609
Query 1486 GCTAGGGATGCTGGAGCAAAGGATGAACTGAGACAGGTTTATGGCGTCTCTGAAAGAACG 1545
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 GCTAGGGATGCTGGAGCAAAGGATGAATTGAGACAGGTTTATGGCGTCTCTGAAAGAACG 1669
Query 1546 GAGAGCGATGGAGCCGCCAATTTGATTCATAAACTTAGAGCTATTAATTATACTCTTGCT 1605
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1670 GAGAGCGATGGTGCTGCCAATTTGATTCATAAACTTAGAGCTATCAATTATACTCTTGCT 1729
Query 1606 GAATTGGGTCAATGGTGTGCTTACAAGGTGGGGCAATCGTTTTTGACTGCTTTGCAAAGT 1665
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||
Sbjct 1730 GAATTGGGTCAATGGTGTGCTTACAAGGTGGGACAATCATTCTTGTCTGCTTTGCAAAGT 1789
Query 1666 GATGAGAGGGTGAATTTCCAAGTCGACGTGAAGTTTCAAGAATCATACCTCAGTGAGGTG 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 GATGAGAGGGTGAATTTCCAAGTCGACGTGAAGTTTCAAGAATCATACCTCAGTGAGGTG 1849
Query 1726 GTGTCACTATTGCAATGTGAACTTCTGGAAGGCGCTGCTGCTGAAAAGGTCGCAGCGGAA 1785
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1850 GTGTCACTCTTGCAATGTGAGCTTCTGGAAGGCGCTGCTGCTGAAAAAGTCGCGGCGGAA 1909
Query 1786 TTTAGCAAACCAGAAAATGGTAATGCAAATGACGAGATGGAGGAGGGAGAGCTCCCTGAT 1845
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 GTTGGCAAACCAGAAAATGGTAATGCACATGACGAGATGGAGGAGGGAGAGCTCCCTGAT 1969
Query 1846 GATCATGTGGTCTCGGGAGGGGAACACGTTGATGAAGTAATAGGTGCCGCAGTGGCTGAT 1905
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1970 GATCCTGTGGTCTCGGGAGGGGAGCACGTTGATGAAGTAATAGGCGCCGCAGTGGCTGAT 2029
Query 1906 GGGAAAGTTACTCCAAAAGTTCAATCATTGATCAAACTACTCCTCAAGTATCAGCACACA 1965
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2030 GGGAAAGTTACTCCAAAAGTACAATCATTGATCAAACTACTCCTCAAATATCAGCACACA 2089
Query 1966 TCTGATTTTCGAGCTATTGTTTTTGTTGAGAGGGTGGTTGCTGCTTTGGTTCTTCCTAAG 2025
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 GCTGATTTTCGAGCTATTGTTTTCGTTGAGAGGGTGGTTGCTGCTTTGGTTCTTCCTAAG 2149
Query 2026 GTTTTTGCAGAGCTGCCTTCGCTTGGTTTTATACGGTGTGCCAGCATGATTGGACACAAT 2085
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 GTTTTTGCGGAGCTGCCTTCGCTTAGTTTTATACGGTGTGCCAGCATGATTGGACACAAT 2209
Query 2086 AACAGCCAGGAAATGAAATCTTCTCAAATGCAAGATACAATTTCCAAATTCCGAGATGGG 2145
||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 AACAGCCAGGAGATGAAATCATCTCAAATGCAGGATACAATTTCCAAATTCCGAGATGGG 2269
Query 2146 CATGTGACACTGCTT-GTTGCCACAAGCGTTGCTGAGGAAGGACTTGATATTAGGCAATG 2204
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 CATGTGACACTG-TTAGTTGCCACAAGCGTTGCTGAGGAAGGACTTGATATTAGGCAATG 2328
Query 2205 TAACGTTGTTATGCGCTTCGACCTTGCAAAGACGGTGCTGGCATATATTCAGTCTCGTGG 2264
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2329 TAACGTTGTTATGCGTTTCGACCTTGCAAAGACGGTGCTGGCATACATTCAGTCTCGTGG 2388
Query 2265 TCGGGCAAGAAAGCCTGGATCAGACTACATACTCATGGTTGAGAGGGGAAATGTATCTCA 2324
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2389 CCGGGCAAGAAAGCCTGGATCAGACTACATACTCATGGTTGAGAGAGGAAATGTATCTCA 2448
Query 2325 CGCAGCGTTCCTTAGGAATGCTCGGAACAGTGAGGAGACGCTTCGAAAAGAAGCAATTGA 2384
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2449 CGCAGCGTTCCTAAGGAATGCTAGGAACAGTGAGGAGACACTTCGAAAAGAAGCAATAGA 2508
Query 2385 AAGGACTGATCTTAGTCATCTCAAAGATACATCGAGATTAATCTCCATTGATGCTGTGCC 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2509 AAGGACTGATCTTAGTCATCTCAAAGATACATCGAGATTAATCTCAATTGATGCTGTGCC 2568
Query 2445 GGGTACAATTTATAAGGTGGAGGCAACTGGTGCCATGGTTAGCTTGAATTCGGCGGTTGG 2504
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2569 TGGTACAGTTTATAAGGTGGAGGCAACTGGTGCCATGGTTAGCTTGAATTCCGCGGTTGG 2628
Query 2505 TCTTGTACATTTCTACTGCTCTCAGCTTCCCGGTGACAGGTATGCAATCCTTCGTCCTGA 2564
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TCTTGTACATTTCTACTGCTCTCAGCTTCCTGGTGACAGGTATGCAATCCTTCGTCCTGA 2688
Query 2565 GTTTAGCATGGAGAAGCATGAAAAGCCTGGGGGCCACACAGAGTATTCATGTAGGCTTCA 2624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2689 GTTTAGCATGGAGAAGCATGAAAAGCCTGGGGGCCACACGGAATATTCATGTAGGCTTCA 2748
Query 2625 GCTTCCTTGCAATGCACCTTTTGAAATACTCGAGGGTCCTGTTTGCAGTTCAATGCGTCT 2684
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 GCTTCCTTGCAATGCACCGTTTGAAATACTTGAGGGTCCTGTTTGCAGTTCAATGCGTCT 2808
Query 2685 TGCACAACAGGCTGTATGTCTAGCTGCTTGCAAGAAACTGCATGAGATGGGTGCATTTAC 2744
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 TGCACAACAGGCTGTATGTTTAGCTGCTTGCAAGAAACTGCATGAGATGGGTGCATTTAC 2868
Query 2745 CGATATGCTATTACCGGACAAGGGAAGTGGTCAAGACGCTGAGAAGGTTGACCAAGATGA 2804
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2869 CGATATGCTATTACCGGACAAAGGAAGTGGTCAAGACGCTGAGAAGGCTGACCAAGATGA 2928
Query 2805 TGAAGGTGAGCCTGTTCCTGGAACTGCTAGACATAGAGAGTTCTATCCTGAAGGTGTGGC 2864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 TGAAGGTGAGCCTGTTCCTGGAACTGCTAGACATAGAGAGTTCTATCCTGAAGGTGTGGC 2988
Query 2865 GGATGTACTGAAGGGAGAAT-GGATTCTATCTGGAAAGGAAATATGTGAGAGCTCAAAGC 2923
||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2989 GGATGTACTTAAGGGAGAATGGGTTTC-ATCTGGAAAGGAAGTTTGTGAGAGCTCAAAGC 3047
Query 2924 TATTCCATTTATACATGTATAGTGTCAGATGTGTAGATTTAGGCTCTTCAAAAGATCCAT 2983
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3048 TATTCCATTTATACATGTATAATGTCAGATGTGTAGATTTTGGCTCTTCAAAAGATCCAT 3107
Query 2984 TCCTAACCGAAGTTTCAGAGTTCGCGATTCTTTTTGGCAATGAGCTGGATGCAGA-G--G 3040
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3108 TCCTAAGCGAAGTTTCAGAGTTCGCGATTCTTTTTGGCAATGAGCTGGATGCAGAGGTTG 3167
Query 3041 TATTATCGATGTCTATGGATCTTTATGTTGCTCGGGCCATGATCACTAAAGCATCTCTTG 3100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3168 TATTATCGATGTCTATGGATCTTTATGTTGCTCGGGCCATGATCACTAAAGCATCTCTTG 3227
Query 3101 CTTTCAAGGGATCACTTGATATTACAGAAAACCAGCTATCATCTCTAAAAAAGTTTCATG 3160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 CTTTCAAGGGATCACTTGATATTACAGAAAACCAGCTATCATCTCTAAAAAAGTTTCATG 3287
Query 3161 TGAGATTAATGAGTATCGTGTTGGATGTTGATGTTGAACCCTCCACGACACCATGGGATC 3220
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3288 TGAGGTTAATGAGTATCGTGTTGGATGTTGATGTTGAACCCTCCACGACACCATGGGATC 3347
Query 3221 CTGCAAAGGCCTACTTGTTTGTCCCTGTTTCTGACAATACGTCAATTGAACCCATAAAAG 3280
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 3348 CTGCAAAGGCCTACCTGTTTGTCCCTGTTACTGACAATACGTCTATGGAACCCATAAAAG 3407
Query 3281 GGATCAACTGGGAATTGGTTGAAAAGATTACGAAAACCACTGCGTGGGACAACCCTCTTC 3340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3408 GGATCAACTGGGAATTGGTTGAAAAGATTACGAAAACCACAGCGTGGGACAACCCTCTTC 3467
Query 3341 AGAGAGCTCGTCCCGATGTATATCTCGGGACTAATGAGAGAACTCTTGGTGGGGACAGAA 3400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 AGAGAGCTCGTCCCGATGTATATCTCGGGACTAATGAGAGAACTCTTGGTGGGGACAGAA 3527
Query 3401 GGGAATATGGGTTTGGTAAACTTCGTCACAACATTGTCTTTGGGCAGAAATCTCACCCAA 3460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3528 GGGAATATGGGTTTGGTAAACTTCGTCACAACATTGTATTTGGGCAGAAATCTCACCCAA 3587
Query 3461 CTTATGGTATTAGAGGAGCTGTTGCATCTTTCGATGTTGTGAGAGCTTCTGGATTGTTAC 3520
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3588 CTTATGGTATTAGAGGAGCTGTTGCATCCTTCGATGTTGTGAGAGCTTCTGGATTGTTAC 3647
Query 3521 CTGTAAGAGATGCGTTTGAGAAGGAAGTAGAAGAGGATCTATCAAAAGGAAAATTGATGA 3580
|||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3648 CTGTGAGAGATGCTTTTGAGAAGGAAGTAGAAGAGGATTTATCAAAAGGAAAATTGATGA 3707
Query 3581 TGGCTGATGGGTGCATGGTTGCAGAAGATCTTGTTGGGAAAATAGTGACAGCCGCACATT 3640
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3708 TGGCTGATGGGTGCATGGTTGCAGAAGATCTTATTGGGAAAATAGTGACAGCCGCACATT 3767
Query 3641 CCGGGAAGCGGTTTTACGTAGATTCAATTTGTTATGATATGAGTGCAGAAACATCATTCC 3700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3768 CCGGGAAGCGGTTTTACGTAGATTCAATTTGTTATGACATGAGTGCAGAAACATCTTTCC 3827
Query 3701 CAAGGAAAGAGGGATATCTTGGTCCCCTAGAGTACAACACGTATGCTGACTATTACAAGC 3760
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3828 CTAGGAAAGAGGGATATCTTGGTCCCCTAGAGTACAACACGTACGCTGACTATTACAAGC 3887
Query 3761 AAAA 3764
||||
Sbjct 3888 AAAA 3891
Score = 3099 bits (1678), Expect = 0.0
Identities = 1859/1948 (95%), Gaps = 6/1948 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3945 GTATGGAGTTGATTTGAACTGTAAGCAACAACCTTTGATCAAAGGACGGGGTGTTTCGTA 4004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3892 GTATGGAGTTGATTTGAACTGTAAGCAACAACCTTTGATTAAAGGACGTGGTGTTTCGTA 3951
Query 4005 TTGCAAGAACCTTCTTTCTCCTCGGTTTGAACAGTCAGGTGAATCTGAGACAATCCTTGA 4064
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3952 TTGCAAGAACCTTCTTTCTCCTCGGTTTGAACAGTCAGGTGAATCTGAGACAGTCCTTGA 4011
Query 4065 TAAAACATATTACGTGTTTCTTCCACCTGAACTATGCGTTGTCCATCCACTTTCGGGTTC 4124
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 4012 TAAGACATATTACGTGTTTCTTCCACCTGAACTATGCGTTGTGCATCCGCTTTCGGGTTC 4071
Query 4125 ACTTGTCCGAGGTGCTCAGAGGTTACCCTCTATAATGAGAAGAGTTGAGAGCACGTTGCT 4184
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 4072 ACTTATCCGAGGTGCTCAGAGGTTACCCTCTATAATGAGAAGAGTTGAGAGCATGTTACT 4131
Query 4185 CGCTGTTCAACTCAAAAATTTGATTAGTTATCCTATTCCCACATCTAAGATTCTGGAAGC 4244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 4132 CGCTGTTCAACTCAAAAATTTGATTAGTTATCCTATTCCCACATCAAAGATTCTTGAAGC 4191
Query 4245 CTTGACTGCCGCCTCGTGCCAGGAAACGTTCTGCTACGAGAGAGCTGAGCTTTTAGGAGA 4304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4192 CTTGACTGCCGCCTCGTGCCAGGAAACGTTCTGCTACGAGAGAGCTGAGCTTTTAGGAGA 4251
Query 4305 TGCTTATCTAAAATGGGTTGTTAGTCGTTATCTGTTTCTGAAGTATCCGCAAAAGCACGA 4364
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 4252 TGCGTATCTAAAATGGGTTGTTAGTCGTTTTCTGTTTCTCAAGTATCCTCAAAAGCACGA 4311
Query 4365 GGGTCAGCTTACAAGGATGAGACAACAAATGGTTAGTAACATGGTTCTTTATCAGTTTGC 4424
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4312 GGGTCAGCTTACAAGGATGAGGCAACAAATGGTTAGTAATATGGTTCTTTATCAGTTTGC 4371
Query 4425 TCTGGTTAAAGGGCTTCAGTCATATATCCAGGCGGATCGTTTCGCCCCGTCTAGGTGGTC 4484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4372 TCTGGTTAAAGGGCTTCAGTCATATATCCAGGCGGATCGATTCGCCCCGTCTAGGTGGTC 4431
Query 4485 TGCTCCTGGAGTGCCTCCGGTTTTCGACGAGGACACAAAAGATGGAGGATCTTCGTTTTT 4544
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4432 TGCTCCTGGTGTGCCTCCGGTTTTCGACGAGGACACAAAAGATGGAGGATCTTCGTTTTT 4491
Query 4545 CGATGAAGAGCAAAAACCTGTTTCCGAGGAAAACAGCGATGTGTTTGAAGATGGGGAGAT 4604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4492 CGATGAAGAGCAAAAACCTGTTTCCGAGGAAAACAGCGATGTGTTTGAAGATGGGGAGAT 4551
Query 4605 GGAAGATGGTGAACTAGAGGGTGATTTGAGTTCTTACCGAGTTTTATCTAGCAAAACGTT 4664
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4552 GGAGGATGGTGAACTAGAGGGTGATTTGAGTTCGTACCGAGTTTTATCTAGCAAAACGTT 4611
Query 4665 AGCTGATGTTGTTGAAGCTTTGATTGGTGTTTATTACGTCGAAGGGGGTAAGATTGCAGC 4724
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4612 AGCTGATGTTGTTGAGGCTTTGATTGGTGTTTATTACGTCGAAGGGGGTAAGATTGCAGC 4671
Query 4725 AAATCATTTGATGAAATGGATTGGGATTCATGTGGAGGATGATCCTGATGAAGTCGAAGG 4784
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4672 TAATCATTTGATGAAATGGATTGGGATTCACGTGGAGGATGATCCTGATGAAGTCGATGG 4731
Query 4785 AACGGTGAAAAATGTAAATGTTCCAGAGAGTGTGCTCAAGAGTATTGACTTTGTTGGTCT 4844
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 4732 AACATTGAAAAATGTTAATGTTCCAGAGAGTGTGCTCAAGAGCATCGACTTTGTTGGTCT 4791
Query 4845 TGAGAGAGCTCTTAAATTTGAGTTTAAAGAGAAAGGTCTTCTTGTTGAAGCTATAACACA 4904
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4792 TGAGAGAGCTCTTAAATATGAGTTTAAAGAGAAAGGTCTTCTTGTTGAAGCTATAACACA 4851
Query 4905 TGCTTCAAGACCATCTTCAGGTGTTTCGTGTTACCAAAGATTGGAATTTGTTGGTGATGC 4964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4852 TGCTTCAAGACCATCTTCAGGTGTTTCGTGTTACCAGAGATTGGAATTTGTTGGTGACGC 4911
Query 4965 GGTCTTGGATCATCTTATCACAAGACACCTGTTTTTCACATACACAAGCCTTCCTCCTGG 5024
||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4912 GGTCTTGGATCATCTCATCACAAGACATCTATTTTTCACATACACAAGCCTTCCTCCTGG 4971
Query 5025 TCGGTTAACTGATCTTCGAGCTGCAGCGGTTAACAACGAGAATTTTGCTCGTGTTGCGGT 5084
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4972 TCGGTTAACAGATCTTCGAGCTGCAGCGGTTAACAACGAGAATTTTGCTCGCGTTGCGGT 5031
Query 5085 TAAACATAAACTCCACTTATACCTTCGTCACGGTTCTAGTGCCCTCGAAAAACAGATTCG 5144
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 5032 TAAACATAAACTCCACTTGTACCTTCGTCACGGTTCAAGCGCCCTCGAAAAACAGATTCG 5091
Query 5145 GGAATTTGTGAAGGAAGTTCAAACCGAGTCGTCAAAACCGGGGTTTAACTCTTTTGGTTT 5204
||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5092 GGAATTTGTGAAGGAGGTTCAAACCGAGTCATCGAAACCGGGGTTTAACTCTTTTGGTTT 5151
Query 5205 GGGAGACTGTAAAGCACCAAAAGTTCTTGGAGATATTGTTGAATCTATTGCAGGTGCTAT 5264
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5152 GGGAGACTGCAAAGCACCAAAAGTTCTTGGAGACATTGTTGAATCTATTGCAGGTGCTAT 5211
Query 5265 TTTTCTTGATAGTGGAAAAGATACAACTGCTGCTTGGAAGGTTTTTCAACCTTTGCTTCA 5324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5212 TTTTCTTGATAGTGGAAAAGATACAACTGCTGCTTGGAAGGTTTTTCAACCTTTGCTTCA 5271
Query 5325 GCCCATGGTGACACCAGAGACACTTCCAATGCATCCGGTTCGAGAGCTACAAGAGCGTTG 5384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 5272 GCCCATGGTGACACCAGAGACACTTCCAATGCATCCGGTGCGAGAGCTACAAGAGCGGTG 5331
Query 5385 CCAGCAACAAGCAGAAGGATTAGAATACAAAGCGAGTAGAAGTGGTAACACAGCGACTGT 5444
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 5332 CCAGCAACAAGCAGAAGGGTTAGAATACAAAGCGAGTAGGAGTGGTAACACAGCGACTGT 5391
Query 5445 GGAAGTTTTCATCGATGGTGTTCAAGTTGGAGTGGCACAAAACCCACAGAAGAAAATGGC 5504
||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5392 GGAAGTTTTCATCGACGGTGTTCAAGTTGGAGTAGCGCAAAACCCGCAGAAGAAAATGGC 5451
Query 5505 TCAAAAGCTAGCGGCTAGGAACGCGCTCGCAGCTTTGAAAGAGAAAGAAATAGCAGAATC 5564
|||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5452 TCAAAAGCTAGCTGCGAGGAACGCACTTGCAGCTTTGAAAGAGAAAGAAATAGCAGAATC 5511
Query 5565 AAAGGAGAAGCGCGTGAACG--GG-AATGCTGTAGAGAATCAAGACGATGAGAATGGGAA 5621
||||||||||| | ||| || ||||| | |||| |||||| ||| || | || |||
Sbjct 5512 AAAGGAGAAGCATATCAACAACGGTAATGCGGGAGAGGATCAAGGCGA-GA-A-TGAGAA 5568
Query 5622 CGCGAACAAGAAGAATGGAAATCAGACGTTCACGAGACAAACGTTGAATGATATTTGCTT 5681
| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5569 TGGGAACAAGAAGAATGGGCATCAGCCGTTTACGAGACAAACGTTGAATGATATTTGTTT 5628
Query 5682 GAGGAAGAATTGGCCAATGCCTTCTTACAGATGTGTGAAAGAAGGAGGACCGGCTCACGC 5741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5629 GAGGAAGAATTGGCCAATGCCTTCTTACAGATGTGTGAAAGAAGGAGGACCGGCTCATGC 5688
Query 5742 AAAGAGGTTTACGTTTGGGGTTAGAGTTAATACGAGCGATAGAGGATGGACCGATGAGTG 5801
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5689 AAAGAGATTTACGTTTGGGGTAAGAGTTAATACGAGCGATAGAGGATGGACCGATGAGTG 5748
Query 5802 TATTGGCGAGCCAATGCCGAGTGTTAAGAAAGCCAAGGATTCAGCTGCAGTTCTTCTACT 5861
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5749 TATTGGCGAGCCAATGCCGAGTGTTAAGAAAGCTAAGGATTCAGCTGCGGTTCTTCTACT 5808
Query 5862 TCAGCTTTTAAATAAAACCTATTCTTGA 5889
| |||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 5809 TGAGCTTTTAAATAAAACTTTTTCTTGA 5836
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 293831511601
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5