BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg334271
Length=1902
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G09890.1 | Symbols: | Rhamnogalacturonate lyase family prot... 3097 0.0
> AT1G09890.1 | Symbols: | Rhamnogalacturonate lyase family protein
| chr1:3214237-3217538 REVERSE LENGTH=1899
Length=1899
Score = 3097 bits (1677), Expect = 0.0
Identities = 1826/1900 (96%), Gaps = 2/1900 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TCGTCTGTTAAGTTGCAGTTGCATGATAAGGGCAATCATGTGGTGCTGGATAATGGCATT 63
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 TCGTATGTTAAGTTGCAGTTGCATGATAAGGGCAATCATGTGGTGATGGATAATGGCATT 60
Query 64 GCACGGGTTACGTTATCTAAGCCTGATGGAATTGTTACCGGAATCGAGTATAATGGCATC 123
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCACGGGTTACATTATCTAAGCCTGATGGAATTGTTACCGGAATCGAGTATAATGGCATC 120
Query 124 GATAACTTGCTCGAGGTTCTTAATGAAGAAGTCAACAGAGGGTATTGGGACCTCGTTTGG 183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 GATAACTTGCTCGAGGTTCTTAATGAAGAAGTCAACAGAGGGTATTGGGATCTCGTTTGG 180
Query 184 GGAGGATCAGGAACTGCTGGTGGATTTGATGTAATCAAAGGAACAAACTTTGAGGTAATA 243
|||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 181 GGAGGATCAGGAACAGCTGGCGGCTTTGATGTAATCAAAGGATCAAACTTTGAGGTCATA 240
Query 244 ATGAAGAATGAAGAACAGATTGAGCTTTCTTTCACAAGAAAATGGGATCCATCACAAGAA 303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGAAGAATGAAGAACAGATTGAGCTTTCTTTCACAAGAAAATGGGATCCATCACAAGAA 300
Query 304 GGCAAAGCAGTCCCTCTGAATATTGACAAAAGATTTGTTATGCTTCGTGGATCGTCGGGA 363
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 GGCAAAGCAGTCCCTCTCAATATTGACAAAAGATTTGTTATGCTTAGTGGATCGTCGGGA 360
Query 364 TTCTACACTTACGCCATCTACGAGCACTTAAAGGAATGGCCTGCTTTCTCACTTGCCGAA 423
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 TTCTACACTTACGCTATCTACGAGCATTTAAAAGAATGGCCTGCTTTCTCACTTGCTGAA 420
Query 424 ACCCGAATTGCCTTCAAACTCAGAAAAGAGAAGTTTCATTACATGGCAGTAACGGATGAT 483
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACCCGAATTGCCTTCAAGCTCAGAAAAGAGAAGTTTCATTACATGGCAGTAACGGATGAT 480
Query 484 AGGCAGAGATTCATGCCATTGCCTGATGACCGGTTACCGGACAGAGGCCAAGCTCTGGCT 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGGCAGAGATTCATGCCATTGCCTGATGACCGGTTACCGGACAGAGGCCAAGCTCTGGCT 540
Query 544 TACCCTGAAGCTGTTCTACTTGTTAATCCTGTAGAGCCTCAGTTCAAAGGAGAGGTTGAC 603
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TACCCTGAAGCTGTTCTACTTGTTAATCCTTTAGAGTCTCAGTTCAAAGGAGAGGTTGAC 600
Query 604 GATAAGTACCAATATTCGTGTGAGAACAAAGACATTACTGTCCATGGATGGATATGCACA 663
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 GATAAGTACCAATATTCGTGTGAAAACAAAGACATTACTGTCCACGGATGGATATGCACA 660
Query 664 GAGCAGCCATCAGTTGGTTTCTGGCTCATAACTCCTAGCCATGAGTATCGAACCGGTGGA 723
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAGCAGCCATCGGTTGGTTTCTGGCTCATAACTCCTAGCCATGAGTATCGAACCGGTGGA 720
Query 724 CCCCAAAAACAGAACTTGACATCTCACGTTGGACCGACAGCTCTTGCTGTATTTATGAGT 783
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 721 CCTCAAAAACAGAACTTGACATCTCATGTTGGACCCACAGCTCTTGCTGTATTTATTAGT 780
Query 784 GCACACTACACAGGGGAAGATCTAGTGCCCAAGTTTAGTGAAGGAGAGGCATGGAAGAAA 843
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCACACTACACAGGGGAAGATCTAGTGCCAAAGTTTAGTGAAGGAGAGGCATGGAAGAAG 840
Query 844 GTGTTTGGACCGGTTTTCGTCTATTTAAACTCGTCTACTGATGATGATAATGACCCTCTT 903
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTGTTTGGACCTGTTTTCGTCTATTTAAACTCGTCTACTGATGATGATAATGACCCTCTT 900
Query 904 TGGCTCTGGCAAGATGCTAAATCTCAGATGAATGTGGAAGCAGAGAGCTGGCCTTACAGT 963
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGGCTGTGGCAAGATGCTAAATCTCAGATGAATGTGGAAGCAGAGAGCTGGCCTTACAGT 960
Query 964 TTTCCAGCTTCGGATGATTATGTGAAAGCAGAGCAACGTGGTAATGTTGTTGGTAGACTC 1023
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 961 TTTCCAGCTTCGGATGATTATGTGAAAACAGAACAACGTGGTAATGTTGTTGGCAGACTC 1020
Query 1024 CTCGTTCAAGACAGGTATGTAGATAAAGATTTCATTGCAGCCAATAGAGGTTATGTTGGT 1083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CTCGTTCAAGACAGGTATGTAGATAAAGATTTCATTGCAGCCAATAGAGGTTATGTTGGT 1080
Query 1084 TTGGCTGTGCCTGGAGCTGCTGGCTCATGGCAAAGAGAATGCAAGGAGTATCAATTTTGG 1143
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGGCTGTGCCTGGAGCTGCTGGTTCATGGCAAAGAGAATGCAAGGAGTATCAATTTTGG 1140
Query 1144 ACAAGAACAGATGAAGAAGGATTCTTTTACATAAGTGGAATACGGCCAGGCCAATACAAT 1203
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||
Sbjct 1141 ACAAGAACAGATGAAGAAGGATTTTTTTACATTAGTGGTATAAGGCCAGGCCAGTATAAT 1200
Query 1204 CTCTATGCATGGATTCCTGGTTTTATTGGCGACTATAAGTATGATGATATAATCATCA-T 1262
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | |||| || |
Sbjct 1201 CTCTATGCATGGATTCCTGGTTTTATTGGTGATTATAAGTACGATGATGTTATCA-CAAT 1259
Query 1263 CACCTCAGGTTGTTATATATATGTGGAAGATCTTGTATATCAACCTCCAAGAAATGGAGC 1322
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CACCTCAGGATGTTATATATATGTGGAAGATCTTGTTTATCAACCTCCAAGAAATGGAGC 1319
Query 1323 AACGTTATGGGAGATAGGCTTTCCAGATCGATCTGCCGCGGAGTTTTATGTTCCCAATCC 1382
||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1320 AACATTATGGGAAATTGGTTTTCCAGATCGATCTGCTGCAGAGTTTTATGTTCCCGATCC 1379
Query 1383 GAATCCAAAATATATCAACAAACTTTATCAAAATCACCCTGACAGATTCCGACAATATGG 1442
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1380 TAATCCAAAATATATCAACAACCTTTATCAAAATCACCCTGACAGATTCCGGCAATATGG 1439
Query 1443 CTTATGGGAAAGATATGCAGAACTTTATCCAGATAAAGACTTGGTATACGTAGTTGGCTC 1502
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 TTTATGGGAAAGATATGCAGAACTTTATCCGGATAAAGACTTGGTATATGTAGTTGGCTC 1499
Query 1503 TAGCGACTATAGAAAAGACTGGTTTTACGCTCAAGTCACTAGAAAAAAGGATAGCAAAAC 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1500 TAGCGACTATAGAAAAGACTGGTTTTACGCTCAAGTCACTAGAAAAAAGGATAACAAAAC 1559
Query 1563 ATATCAAGGAACAACATGGCAAATCAAATTCGAACTCAAAAACATTGATAAGAATCACTC 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATATCAAGGAACAACATGGCAAATCAAATTCGAACTCAAAAACATTGATAAGAATCACTC 1619
Query 1623 CTATACTTTACGTGTAGCCATCGCATCCGCTACTTTTTCCGAACTCCAAATACGTGTGAA 1682
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CTATACTTTACGAGTAGCCATAGCATCCGCTACTTTTTCTGAACTCCAAATACGTGTGAA 1679
Query 1683 CGATGCGAATGCAAGCCCGTTGTTCACGAGCGGATTGATCGGGAGAGATAACTCGATAGC 1742
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1680 CAATGCGAATGCAAGCCCGATGTTCACGAGCGGATTGATCGGGAGAGACAACTCGATAGC 1739
Query 1743 GAGACATGGAATACATGGATTGTACTGGTTGTTCAATGTGGAAGTGGCTGGATCTAAGCT 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1740 GAGACATGGAATACATGGATTGTACTGGTTGTTCAATGTGGAAGTGGCTGGTTCTAAGCT 1799
Query 1803 TGTAGAAGGCGAGAATACATTGTTTCTCACACAGCCAAGGTTAACAAGTCCTTTCCAAGG 1862
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1800 TCTAGAAGGCGAGAATACATTGTTTCTCACACAGCCAAGGTCCACAAGTCCTTTCCAAGG 1859
Query 1863 GATCATGTATGATTACATCCGATTCGAAGCTCCCAGCTAA 1902
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GATCATGTATGATTACATCAGATTCGAAGCTCCCAGCTAA 1899
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94176222420
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5