BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg336125
Length=2445
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G30290.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3714 0.0
> AT1G30290.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:10670320-10672740 REVERSE LENGTH=2421
Length=2421
Score = 3714 bits (2011), Expect = 0.0
Identities = 2251/2363 (95%), Gaps = 31/2363 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGAATTTAAGGGTTAATCGGATTCTTCGTAGAGCCTTAATCCGATTTTCACCTTGC 60
||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGAGTTTAAGGGTTAATCGGCTTCTTCGTAAACCCTTAATCCGATTTTCACCTTGC 60
Query 61 -TCAATCTCTAACGGTGAAGCTGATGATGCATCTTTCTCGACATCTTCGTCGAAAAATCC 119
| || |||||| || || || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 AT-AAGCTCTAA---TG--GC-GA--A-GCATCTTTCTCGACATCTTCGTCGAAACATCC 110
Query 120 TCATGGTCCAGAGATCCAAGGAGATTCTTCTAGTCAAGAAGATGGCCACTTTGGAGAGTT 179
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 111 TCATGGTCCAGAGATAGAAGGAGATTCTTCTAGTCAAGAAGATGACCACTTTGGAGAGTT 170
Query 180 CAGCCAATTGGGTTTCCGAAAGTCACCAGCTTTGAGTGCTACGAGCGTTGGTGATGCTGA 239
|| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 171 TAGGCAATTGGGTTTCGGAAAGTCTTCAGCTTTGAATGCTACGAGTGTTGGTGATCCTGA 230
Query 240 ATTCGGAGAAATTCGAAACCCTAGGTTCAATGAGATTGATGAATTGGGAGAAGATGACGA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 231 ATTCGGAGAAATTCGAAACCCTAGGTTCAATGAGATTGATGAATTAGGAGAAGATGACGA 290
Query 300 TGATGAAGAAGGAAGTGTAACAAGTGGCGACGAA--TG-TGATG---ATGA--G-TTTGC 350
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||| | |||||
Sbjct 291 TGATGAAGAAGGAAATGTAACAAGTGGCGACGAACTTGATGATGATAATGATGGTTTTGC 350
Query 351 TGTTCTGAAATCGGTTGGGAAGATCCCACAATCGAGAGAAGACGTTGGTAGATTCGATGT 410
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 351 TGTTCTGAAATC---------GATCCCACAATCGAGAGAAGAGGCTGGTAGATTCGATGT 401
Query 411 CGAAGAAGATGAATCCAGGCATCCTTTGGTGAGAGAGATTGGGAGGTTGATTGGCCTCAG 470
||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||
Sbjct 402 CGAAGAAGATGAATCTAGACATCCTTTGGTGAGAGAGGTAGGTAGATTGATTGGCCTCAG 461
Query 471 GTCATCTTGGAACCCGAAGCATGAAGGCCAGATGAGGAATCTTTTAAGGAGTCTTAAACC 530
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 462 GTCATCTTGGAACCCGAAGCATGAAGGTCAGATGAGGAATCTTTTAAGGAGCCTTAAACC 521
Query 531 ATCACAAGTCTGTGCTGTTTTACGCTCACAAGACGATGAACGGGTTGCTCTTAAGTTCTT 590
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 ATCACAAGTATGCGCTGTTTTACGCTCACAAGACGATGAACGGGTTGCTCTTAAGTTCTT 581
Query 591 CTACTGGGCCGATCGTCAATGGCGGTATCGCCATGACCCTATGGTGTATTACTCCATGCT 650
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 582 CTACTGGGCTGATCGTCAATGGCGGTATCGCCATGACCCCATGGTGTATTACTCGATGCT 641
Query 651 TGAGGTTCTTAGTAAGACTAAACTGTGTCAAGGTGCTAGGAGAGTTCTCGTTCTGATGAA 710
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 TGAGGTTCTTAGTAAGACTAAACTGTGTCAAGGTTCTAGGAGAGTTCTCGTTCTGATGAA 701
Query 711 GCGTAGAGGTATCTATCGAACCCCTGAAGCGTTTTTGCGTGTAATGGTATCATATAGTAG 770
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 GCGTAGAGGTATATATCGAACCCCTGAAGCGTTTTCACGTGTAATGGTATCATATAGTAG 761
Query 771 GGCAGGTCAGCTGAGAGATGCATTGAAAGTGTTGACTCTTATGCAGAGAGCTGGAGTTGA 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 GGCAGGTCAGCTGAGAGATGCATTGAAAGTGTTGACTCTTATGCAGAGAGCTGGAGTTGA 821
Query 831 ACCTAACTTGTTGATTTGCAATACGACTATTGATGTTTTCGTGAGAGCGAATAGGTTGGA 890
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 822 ACCTAACTTGTTGATTTGCAATACGACTATTGATGTTTTCGTTAGAGCGAATAGGTTGGA 881
Query 891 GAAAGCTTTACGGTTTCTCGAACGTATGCAGGTTGTTGGTATAGTACCAAATGTAGTGAC 950
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 882 GAAAGCTTTACGGTTTCTAGAACGTATGCAGGTTGTTGGTATAGTGCCAAATGTAGTGAC 941
Query 951 TTATAATTGTATGATTAGAGGTTATTGTGACTTACATCGAGTTGAGGAGGCAATTGAACT 1010
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 TTATAATTGTATGATCAGAGGTTATTGTGACTTGCATCGAGTTGAGGAGGCAATTGAACT 1001
Query 1011 ACTAGAGGATATTCCTAGTAAAGGATGTTTGCCGGATAAAGTTAGTTACTATACCATAAT 1070
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 ACTAGAGGATATGCATAGTAAAGGATGTTTGCCGGATAAAGTTAGTTACTATACCATAAT 1061
Query 1071 GGGCTATCTTTGTAAAGAAAAACGGATTGTGGAAGTGAGAGACTTGATGAAGAAAATGGC 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 GGGCTATCTTTGTAAAGAAAAACGGATTGTGGAAGTGAGAGACTTGATGAAGAAAATGGC 1121
Query 1131 GAAAGAGCATGGTTTGGTGCCGGATCAAGTCACCTACAATACTCTAATTCATATGCTCAC 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 GAAAGAGCATGGTTTGGTGCCGGATCAAGTCACCTACAATACTCTAATTCATATGCTCAC 1181
Query 1191 AAAACATGAACATGCGGATGAGGCTCTTTGGTTTCTAAAAGATGCTGAAGAAAAAGGTTT 1250
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1182 TAAACATGATCATGCGGATGAGGCTCTTTGGTTTCTAAAAGATGCTCAAGAAAAAGGTTT 1241
Query 1251 TCGGATTGATAAGGTGGGTTATAGTGCCATAGTTCATGCATTGTGCAAAGAGGGAAAAAT 1310
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1242 TCGGATTGATAAGCTGGGTTATAGTGCCATAGTTCATGCATTATGCAAAGAGGGAAGAAT 1301
Query 1311 GTCCGAGGCAAAAGATCTCATTAACGAAATGCTGTCAAAGGGGCACTGCCCTCCTGATGT 1370
||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 GTCTGAGGCGAAAGATCTCATTAACGAAATGTTGTCAAAGGGGCACTGCCCTCCTGATGT 1361
Query 1371 AGTAACTTATACTGCAGTTGTCAATGGCTTCTGTCGTTTGGGTGAGGTGGACAAAGCTAA 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1362 AGTAACTTATACTGCAGTTGTCAATGGCTTCTGTCGTTTGGGTGAAGTGGACAAAGCCAA 1421
Query 1431 AAAGCTGCTTCAGATTATGCACACTCATGGATATAAACCAAATACTGTGTCATACACAGC 1490
|||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 AAAGCTACTTCAGGTTATGCACACACATGGACATAAACCAAATACTGTGTCATACACAGC 1481
Query 1491 TCTGTTAAATGGGTTGTGCCGAACAGGGAAATCGTTAGAGGCAAGAGAAATGATGAACAT 1550
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 TCTGTTAAATGGGATGTGCCGAACTGGGAAATCGTTAGAGGCAAGAGAAATGATGAACAT 1541
Query 1551 GAGCGAAGAGCAATGGTGGAGTCCAAATTCTATCACTTATAGCGTACTTATGCATGGGTT 1610
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1542 GAGCGAAGAGCACTGGTGGAGTCCAAATTCTATTACTTATAGCGTAATTATGCATGGGTT 1601
Query 1611 GCGTAAGG-AAGGGAAATTGTCTGAGGCCTGTGATGTGGTGAGAGAGATGGTACTAAAAG 1669
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 GCG-AAGGGAAGGGAAATTGTCTGAGGCCTGTGATGTGGTGAGAGAGATGGTACTAAAAG 1660
Query 1670 GTTTTTTCCCAGGCCCAGTTGAAATTAATTTATTGCTCCAGAGTCTTTGCCGGGATGGGA 1729
| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 GGTTTTTCCCAGGCCCAGTTGAAATTAACTTGTTGCTCCAGAGTCTTTGCCGGGATGGGA 1720
Query 1730 GAACACACGAGGCCAGAAAATTCATGGAGGAGTGTCTGAACAAGGGTTGTGCTATTAATG 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 GAACACACGAGGCCAGAAAATTCATGGAGGAGTGTCTGAACAAGGGTTGTGCTATTAATG 1780
Query 1790 TTGTGAATTTTACTACAGTGATTCATGGTTTTTGTCAGAACGATGAGCTAGATGCTGCTC 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 TTGTGAATTTTACTACAGTGATTCATGGTTTTTGTCAGAACGATGAGCTAGATGCTGCTC 1840
Query 1850 TATCCTTGCTTGATGACATGTACCTGATCAACAAACACGCGGATGTCTTCACCTATACTA 1909
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 TATCCGTGCTTGATGACATGTACCTGATCAACAAACACGCGGATGTCTTCACCTATACTA 1900
Query 1910 CTTTAGTTGATGCATTGGGCAAAAAAGGTAGAATAGCAGAAGCAACAGAACTTATGAAGA 1969
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901 CTTTAGTTGATACATTGGGGAAAAAAGGTAGAATAGCAGAAGCAACAGAACTTATGAAGA 1960
Query 1970 AGATGCTTCATAAAGGAATTGATCCTACCCCTGTTACATACAGAACTGTCATCCATCGAT 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 AGATGCTTCATAAAGGAATTGATCCTACCCCTGTTACATACAGAACTGTCATCCATCGAT 2020
Query 2030 ACTGCCAAATGGGAAAGGTTGATGATCTCGTGGCTATACTAGAGAAGATGATATTGAGGC 2089
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2021 ACTGCCAAATGGGAAAGGTTGATGATCTCGTGGCTATACTGGAGAAGATGATATCGAGGC 2080
Query 2090 AGAAATGCAAGACAATTTATAATCAAGTCATTGAAAAGCTTTGTGATCTGGGAAAGCTCG 2149
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2081 AGAAATGCAGGACAATTTATAATCAAGTCATTGAGAAGCTCTGTGTTCTGGGAAAGCTCG 2140
Query 2150 AGGAGGCAGATAAACTTTTGGGAAAAGTTCTGAGGACAGCTTCAAGATCTGATGCTAAGA 2209
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 AGGAGGCAGATACACTTTTGGGAAAAGTTCTGAGGACAGCTTCAAGATCTGATGCTAAGA 2200
Query 2210 CATGTTATGCGCTTATGGAAGGCTATCTTAAGAAAGGTGTACCTCTGTCAGCATATAAAG 2269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 CATGTTATGCGCTTATGGAAGGCTATCTTAAGAAAGGTGTACCTCTGTCAGCATATAAAG 2260
Query 2270 TGGCTTGTCGGATGTTTAACCGCAATCTGATACCTGATGTTAAGATGTGTGAAAAGCTTA 2329
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2261 TAGCTTGTCGGATGTTTAACCGCAATCTGATACCTGATGTTAAGATGTGTGAGAAGCTTA 2320
Query 2330 GCAAGAGACTGGTTCTGGAAGGT 2352
||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2321 GCAAGAGACTGGTTCTGAAAGGT 2343
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121435118355
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5