BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg336913
Length=3177
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G47900.1 | Symbols: | Plant protein of unknown function (DU... 4881 0.0
> AT1G47900.1 | Symbols: | Plant protein of unknown function (DUF869)
| chr1:17647144-17651425 REVERSE LENGTH=3391
Length=3391
Score = 4881 bits (2643), Expect = 0.0
Identities = 3009/3185 (94%), Gaps = 28/3185 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGACCGACGAAGCTGGCCGTGGAAGAAGAAGGCGTCTGATAAATCAATCTTAGTGATT 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 31 ATGGACCGACGAAGCTGGCCGTGGAAGAAAAAGGCGTCTGATAAATCAATCTTAGTGATT 90
Query 61 GATTCTGCAGCTGATGCTTCTCATTCTCAGATTGAGAAGGAAGCTATTAAGAAGCCAAAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 91 GATTCTGCAGCTGATGCTTCTCATTCTCAGATTGATAAGGAAGCTATTAAGAAGCCAAAG 150
Query 121 TATGTGCAAATATCTGTGGAGCAGTATACACATTTCACTGGTTTGGAAGAACAAATAAAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 151 TATGTGCAAATATCTGTGGAGCAGTATACACATTTCACTGGTTTGGAGGAACAAATAAAG 210
Query 181 ACG-TATGATGTTCAGATT-AAGTCTTACGATGTTCAAGTTAAGACTTATGAGAATCAAG 238
| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 211 A-GTTATGATGTTCAGATTAAAG-GTTACGATGTTCAAGTTAAAACTTATGAGAATCAAG 268
Query 239 TTGAGAGTTATGAGGAGCGAGTTAAGGATTTTGAAGAACAGATTGATGCTTATGATGAGA 298
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 TTGAGAGTTATGAGGAGCAAGTTAAGGATTTTGAAGAACAGATTGATGCTTATGATGAGA 328
Query 299 AGGTTCATGAGTATGAAGAACAGGTGCAGAAACTTAATGAAGATATTGAGGATTTGAATG 358
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 329 AGGTTCATGAGTATGAAGAACAAGTGCAGAAACTTAATGAAGATGTTGAGGATTTGAATG 388
Query 359 AAAAACTTTCTGTTGCTAATGAGGAAATAGTTACCAAGGAGGCCTTAGTGAAGCAGCATT 418
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 389 AAAAACTTTCTGTTGCTAATGAGGAAATTGTTACTAAAGAGGCTTTAGTGAAGCAGCACT 448
Query 419 CCAAGGTTGCTGAAGATGCTGTTTCAGGTTGGGAAAAAGCTGACACGGAAGCTTTGACAT 478
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 449 CTAAGGTTGCTGAAGATGCTGTTTCAGGTTGGGAAAAAGCTGACGCGGAAGCTTTGGCAT 508
Query 479 TGAAAAACACCCTGGAGTCTGTTACTCTGTCGAAACTCACAGCTGAGGATCGTGCAGCAC 538
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 509 TGAAAAACACGTTGGAGTCTGTTACTCTTTCGAAACTCACAGCTGAGGATCGTGCAGCGC 568
Query 539 ATTTAGATGGTGCATTGAAAGAATGTATGAGGCAGATAAGGAACTTGAAGAAAGACCATG 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 ATTTAGATGGTGCATTGAAAGAATGTATGAGGCAGATAAGGAACTTGAAGAAAGACCATG 628
Query 599 AAGTGAAACTGCATGATGTTGCTTTAAGCAAGACCAAGCAAATTGAAAAAATGACAATGG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 629 AAGTGAAACTGCATGATGTTGCTTTAAGCAAGACCAAGCAAATTGAAAAAATGACCATGG 688
Query 659 AGTTTGAAAAGAGGATGTGTGACTATGAACAAGAGCTGCTAAGGTCTGCAGCAGATAGTG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||
Sbjct 689 AGTTTGAAAAGAGGATGTGTGACTATGAACAAGAGTTACTTAGGTCTGCAGCGGATAGTG 748
Query 719 ATGCTTTATCTAGAACTTTACAGGAGCGGTCCAACATGCTAGTAAAAATCAGTGAGGAGA 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 749 ATGCTTTATCTAGAACTTTACAGGAGCGGTCCAACATGCTGGTAAAAGTCAGTGAGGAGA 808
Query 779 AGTCACGAGCTGATGCTGAGATCGAGACCCTGAAGAGCAATCTAGAAATGTGCGAAAGAG 838
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 809 AGTCAAGAGCTGATGCCGAGATCGAGACCCTGAAGAGCAATCTGGAAATGTGTGAAAGAG 868
Query 839 AAATAAAGTCTCTCAAGTACGAAGTCCATGTAGTTTCTAAAGAGCTGGAGATACGCAACG 898
||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 869 AAATAAAGTCTCTTAAGTATGAAGTCCATGTTGTTTCTAAAGAGCTAGAGATACGAAACG 928
Query 899 AAGAAAAGAACATGTGTATTAGATCTGCAGAATCTGCCAACAAGCAACACTTGGAAGGGG 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |
Sbjct 929 AAGAAAAGAACATGTGTATTAGATCTGCAGAATCTGCTAATAAGCAACACTTGGAAGGAG 988
Query 959 TAAAGAAAATAGCTAAGTTGGAAGCAGAATGCCAGAGACTGAGAAGTCTTGTGAGAAAGA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 989 TAAAGAAAATAGCTAAGTTGGAAGCAGAATGCCAGAGACTGAGAAGTCTTGTGAGAAAGA 1048
Query 1019 AGTTGCCAGGCCCAGCTGCACTTGCGCAAATGAAGCTTGAGGTTGAGAACTTAGGCAGGG 1078
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049 AGTTGCCAGGCCCAGCTGCACTTGCTCAAATGAAGCTTGAGGTTGAGAACTTAGGCAGGG 1108
Query 1079 ATAGTGGTGATGCCCGACAAAAGAGATCTCCTGTCAAGGTCTCTAGTCCATGCAAGTCGC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1109 ATAGTGGTGATGCCCGACAAAAGAGATCTCCTGTCAAGGTCTCTAGTCCGTGCAAGTCGC 1168
Query 1139 CCGGGGGATACTCATCAACTGGGTCTGAATTCTCTCTCGATAATTCACAGAAATTCCAAA 1198
| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1169 CAGGAGGATACTCGTCAACTGGGTCTGAGTTCTCTCTCGATAATGCACAGAAATTCCAAA 1228
Query 1199 AGGAAAATGAATTTCTAACGGAGCGTTTACTTGCAATGGAAGAAGAGACAAAGATGCTGA 1258
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1229 AGGAAAATGAATTTCTAACAGAGCGTTTACTTGCAATGGAAGAAGAGACAAAAATGCTGA 1288
Query 1259 AAGAAGCCTTAGCAAAGCGGAATAGTGAGTTGTTGGAGTCACGGAATCTTTGTGCTCAGA 1318
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 AAGAAGCCTTGGCAAAGCGGAATAGTGAGTTGTTGGAGTCACGGAATCTTTGTGCTCAGA 1348
Query 1319 GCACTAGTAAGCTTCAAAGCTTAGAAGCTCAACTGCATCAAAATAATTCTCAGAAGTCCT 1378
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 GCACAAGTAAGCTTCAAAGCTTAGAAGCTCAACTGCAGCAAAATAATTCTCAGAAGTCCT 1408
Query 1379 CACTTGAAGTGTGTCCAAATCTAAATACGAGCAATCCATCAAGCTCTATCTCTGTTTCTG 1438
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1409 CACTTGAAGTGTGTCCAAATCTGAATACGAGCAATCCATCAAGCTCAATCTCTGTTTCTG 1468
Query 1439 AAGATGGGAATGACGACTCTGGTAGTTGCAGTGAATCTTTGTCAACAAATCCATCACAAC 1498
||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1469 AAGATGGGAATGACGACTCTGGTAGCTGCAGCGGATCTCTGTCAACAAACCCATCACAAC 1528
Query 1499 AGAACAAGAAGGAGAAGGAGGTGGCAGCCTTGGAGAGGGTTGAAAGTGTTAATAGTCATG 1558
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1529 AGATCAAGAAGGAGAAGGACATGGCAGCCTTGGAGAGGGTTGAGAGTGTTAATAGTCATG 1588
Query 1559 CAGAGCTTATGGATGATTTTCTTGAAATGGAGAAGTTAGCTTGTTTGCCAAATCAATCTA 1618
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1589 TTGAGCTTATGGATGATTTTCTAGAAATGGAGAAGTTAGCTTGTTTACCAAATCTATCTA 1648
Query 1619 GCAGTAATGGTAGTATGGATTCCAAAGATGGTCCAGGTGATCAAAAGTCAGAATTGGTGA 1678
|||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1649 GCAGTAATGGTAGTATAGATTCTAAAGATGGTTCAGGTGATCAAAAGTCAGAAATGGTGA 1708
Query 1679 TTCTTGAGGCTCATACCGAACTTGAGGAGTCCGATAGAGGTAGTCC-GACAGTGATGGAA 1737
||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||
Sbjct 1709 TTCTTGATGCTCATACCGACCTTGAGGATTCCGATAGAGGTAGTCCAG-CAGTGATGAAA 1767
Query 1738 TTTAGATCTAGAGTATCAAAGGTTCTTGAATCTGTATCTACTGATGCTGACCTACAAAAG 1797
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1768 TTTAGATCTAGATTATCAAAGGTTCTTGAATCTGTATCTCCTGATGCTGACATACAAAAG 1827
Query 1798 ATAGTGGGGGATATAAAATGCATTTTACAAGATGTGAATGCTTGTATGGACCAGGAAAAG 1857
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 ATAGTGGGGGATATAAAATGCATTTTGCAAGATGTGAATGCTTGTATGGACCAGGAAAAG 1887
Query 1858 CCTTCTGAGGTGCAGGTTCATGCTGAAGAAGTGTCAGATTTATG-CGCAGAACAAAATTT 1916
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 1888 CCTTCTGAGGTGCATGTTCATCCTGAAGAAGTGTCAGATTTATGTC-CAGAACAAAATCT 1946
Query 1917 GGTTGAAGATTGTCATTTGGCTGAACAAAAGCTGCAGAGCATTCACCAAGATTTGAAAAA 1976
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 GGTTGAAGATTGTCATTTGGCAGAACAAAAGCTGCAGAGCATTCACCAAGATTTGAAAAA 2006
Query 1977 TGCTGTTTCGCGGATTTTTGACTTTGTTTTGTTGCTAAGAAATGAGGTAAGGGCAGGTCA 2036
|||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2007 TGCTGTATCTCGGATTCATGATTTTGTTTTGTTGCTAAGAAATGAGGTAAAGGCAGGTCA 2066
Query 2037 GGACACAC-CTATTGAGGGAAATGATTTTGTTGAACTGATCGAGGGCTTCTCCGTCACGT 2095
|||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2067 GGACAC-CTCTATTGAGGGAAATGATTTTGTTGAGCTGATTGAGGGCTTCTCCGTCACGT 2125
Query 2096 TCAACCAAGTTTTAAGCGGTGATAAAAAATTGGACGATTTTGTTTCGCAA-CTTGCTAAT 2154
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2126 TCAACCATGTTTTAAGCGGTGATAAAAGTTTGGACGATTTTGTTTCG-AATCTTGCTAAT 2184
Query 2155 GTCTTCAACGAGGCTATGGAGCTAAAGGTGAA-TTTCAGGGGTCTTGCTTCCTCTGAGGT 2213
|||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2185 GTCTTCAACGAGGCGATGGAGCGAAAGGT-AAGTTTTAGGGGTCTAGCTTCCTCTGAGGT 2243
Query 2214 TGAAACGCTGAGTCCAGATTGCATAGACAAGGTTGCATTACCCGAGAGCAAGGTTGTAGA 2273
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244 TGAAACTCTGAGTCCAGATTGCATAGACAAGGTTGCATTACCCGAGAGCAAGGTTGTAGA 2303
Query 2274 TAAAGATTCATCTCAAGAAATATATGAAAATGGATGTGTCCACAACGAGCCAGGGGTACC 2333
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2304 TAAAGATTCATCTCAGGAAATATATCAAAATGGATGTGTCCACAACGAGCCAGGGGTTCC 2363
Query 2334 ATGTGATGAAAACAGAGTTTT-GGGTTATGAATCAGACTCCAGATTACAGGAAATAGAGG 2392
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2364 ATGTGATGAAAACAGAGTTTCAGGGT-ATGAATCAGATTCCAAATTACAGGAAATAGAAG 2422
Query 2393 AACTGAAATCAGAAAAAGAAAAGATGGCACTGGATGTTGAGGGGCTGAAGTTTCAGTTGC 2452
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | |||||| |
Sbjct 2423 AACTGAGATCAGAAAAAGAAAAGATGGCTGTGGATATCGAGGGGCTGAAATGTCAGTTAC 2482
Query 2453 AAGAATCTGAGCAGCTGTTAGCTGACATTAGATCACAGTTTGATTCTGCTCAGAGGTCAA 2512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2483 AAGAATCTGAGCAGCTGTTAGCTGACATTAGATCACAGTTTGATTCAGCTCAGAGGTCAA 2542
Query 2513 ACAGATTGGCGGATACTCAACTCAGATGTATGACTGAGTCATATAGATCACTTGAATCAC 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 ACAGATTGGCGGATACTCAACTCAGATGTATGACTGAGTCATATAGATCACTTGAATCAC 2602
Query 2573 GTGCAGCTGATTTAGAGATTGATGTGAATCAGCTTAAGGAAAAAATAGAGACGTTGGAGA 2632
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 2603 GTGCAGCTGATTTAGAGATCGATGTGAACCAGCTTAAGGAAAAGATACAGAAGTTGGAGA 2662
Query 2633 ACGAGCTCGAGGATGAAAAACACAACCACCAAGAAGCCACTGTGAGGTGCCATGAACTTG 2692
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2663 ACGAGCTTGAGGATGAAAAATGCAACCACCAAGAAGCCATTCTGAGGTGCCATGAACTTG 2722
Query 2693 AAGAACATATTCAAAGACACAGAAACACTTCTTTGGTTGCTGAGGATGATGAAGAGGCTG 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2723 AAGAACATATTCAAAGACACAGAAACACTTCTTTGGTTGCTGAGGATGATGAAGAAGCTG 2782
Query 2753 ATATCAAGAGCAAACAGGAGAGAGAGTTATCGGCAGCAGCAGAGAAGTTAGCTGAGTGTC 2812
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2783 ATATCAAGAGCAAACAGGAGAGAGAGCTATCGGCAGCAGCAGAGAAGTTAGCCGAGTGTC 2842
Query 2813 AAGAAACCATATTTGTGCTGGGGAAGCAGCTGAAGTCATTTCGGCCACAACCTGAACAAT 2872
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2843 AAGAAACCATATTTGTGTTGGGGAAGCAGCTGAAGTCATTTCGGCCACAACCTGAGCAAA 2902
Query 2873 TGAGGTCACCACAAAGACAAAATGAGTCCTATTCTGAAGAAGAGGAACTAGGCACCACCA 2932
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 TGAGGTCACCACAAACTCGAAATGAGTCCTATTCTGAAGAAGAGGAACTAGGCACCACCA 2962
Query 2933 CTACCTCAGTCCCGAAGAACTATGCCGTAGCAGACGAAGGAGATTCAACTGAGACTTGGG 2992
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||
Sbjct 2963 CTACCTCAGTCCCAAAGAACTATGCCGTAGTAGACGAAGGAGATTC----G-G--TT--- 3012
Query 2993 TTAACGAGGTCCCTGGATTTATGGAGTCTCCAAAATGCCCTTCTGACTCAGAGACTAGCG 3052
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 3013 --AACGAGGTTCCTAGATTTATGGAGTCTCCAAAATGCCCCTCTGATTCAGAGACTAGCG 3070
Query 3053 ATACGATGACATCGCCATCACGAGTGGGTTCAAGGCTCTCAAGGTCAGGTTCATCTACCA 3112
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3071 ATACGACGACATCGCCATCACGAGTGGGTTCCAGGCTCTCAAGGTCAGGTTCATCTACTA 3130
Query 3113 ACGCGACCCCGGAGAAAGCCTCGAGAGGAATCAGTAGGTTCTTCTCCTCCAAATCAGGAT 3172
|||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3131 ACGCGACCCCAGAGAAAGCCTCTAGAGGAATAAGCAGGTTCTTCTCCTCCAAATCAGGTT 3190
Query 3173 ATTAA 3177
|||||
Sbjct 3191 ATTAA 3195
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158025870450
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5