BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg337635
Length=5478
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G55540.2 | Symbols: | Nuclear pore complex protein | chr1:2... 8283 0.0
> AT1G55540.2 | Symbols: | Nuclear pore complex protein | chr1:20734608-20743174
REVERSE LENGTH=5736
Length=5736
Score = 8283 bits (4485), Expect = 0.0
Identities = 5173/5501 (94%), Gaps = 64/5501 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCAAAGTTGAGATTGAAGAAGATATGGAAGGAGATCGCATCTCAACGAACGATTAC 60
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 ATGAGCAGAGTTGAGATTGAAGAAGATACGGAAGGAGATCGCATCTCAACGAACGATTAC 185
Query 61 TACTTCGAGAAG-ATCGGCGTACCTATCAGTATCAAAGAGGATGACGCTCAATACGATAT 119
||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
Sbjct 186 TACTTCGAG-AGAATCGGCGAACCTATCAGTATCAAAGAAGATGATGCTCAATACGATCT 244
Query 120 CGAAAACCCTCCGTCACAGCCTCTCGCTATCTCCGAACGTCACGGCGTCGTCTTCGTCGC 179
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||| |||||
Sbjct 245 CGAAAACCCTCCGTCACAGCCTCTCGCTATCTCAGAACGCCACGCCGTCCTCTTTGTCGC 304
Query 180 CCATTCCTCCGGGTTTTTCGTTGGGAGGACTAAGGATGTAATTTCTGCATCGAAGAACAG 239
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 ACATTCCTCCGGGTTTTTTGTTGGGAGGACTAATGATGTAATTTCTGCATCGAAGAACAG 364
Query 240 TAACGGGAACGGTGATAAGGTTTATATCCAGGATTTGAGCCTCGTTGATGTTCCTGTTGG 299
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 365 TAACGGGAACGGTGATAAGGTTTTTATCCAGGATTTGAGCCTCGTCGATGTTCCTGTTGG 424
Query 300 GGACGTTCGTATATTGTCTCTCTCGGCGGATGATTCGATTCTGGCTGTCACCGTTGCTGC 359
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 425 GGACGTTCGTATATTGTCTCTCTCAGCGGATGATTCGATTCTCGCTGTCACCGTTGCTGC 484
Query 360 CGATATTCATTTCTTCTCTGTGGATTCACTTCTTAAGAAGGATGCAAAACCTTCTTTTTC 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 TGATATTCATTTCTTCTCTGTGGATTCACTTCTTAAGAAGGATGCAAAACCTTCTTTTTC 544
Query 420 TTATTCACCTGATGAGTCAGGCTTTGTTAAGGATTTTCGGTGGATAAGGAAAGATAAGCA 479
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 545 TTATTCACCTGATGAGTCAGGCTTCGTTAAGGATTTTCGGTGGAGAAGGAATGATAAGCA 604
Query 480 TTCTTATCTTGTTCTTTCGAATACTGGGAAGCTCTTTCATGGAATTGACAATGCACCCCC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 605 TTCTTATCTTGTTCTTTCGAATACTGGGAAGCTCTTTCATGGAATTGATAATGCACCCCC 664
Query 540 TAGACATGTTATGGATGCTGTTGACGCCGTTGAATGGAGTTCAAAAGGGAGTTATATCGC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TAGACATGTTATGGATGCTGTTGACGCCGTTGAATGGAGTTCAAAAGGGAGTTATATCGC 724
Query 600 TGTGGCCCAAGATAACAGCCTGCGGATTTTATCGTCAAAATTTAACGAGAAGCGGTGCAT 659
||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 725 TGTAGCTCAAGATAACAGCCTTCGGATTTTTTCGTCAAAATTTAATGAGAAGCGGTGCAT 784
Query 660 AGCACTATCATTTGACGCCTGGATTGGTGATTCTGATGAAGACTG-TTCAGTGAAAGTTG 718
|||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 785 AGCACTATCATTTGACTCTTGGATTGGTGATTCCGATGAAGACTGTTTC-GTGAAAGTTG 843
Query 719 ATTCTATCAGATGGGTACGCAACAACTGTATCCTTCTCGGATTCTTTCAGCTGATTGATG 778
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 844 ATTCTATCAGATGGGTACGCAACAACTGTATTCTTCTTGGATGCTTTCAGCTGATTGAAG 903
Query 779 GCAGGGAAGAAAATTACCTTGTTCAGGTTATTAGGAGTCCAGATGGGAAGATTTCTGATG 838
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 GCAGGGAAGAAAATTACCTTGTTCAGGTTATCAGGAGTCCAGATGGGAAGATTTCTGATG 963
Query 839 GTTCATCCAATCTGGTTGCTTTATCCTTCTCCGATTTGTTTCCATGTTCTATGGATGATA 898
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 GTTCAACCAATCTGGTTGCTTTATCCTTCTCCGATTTGTTTCCATGTTCTATGGATGATC 1023
Query 899 TTGTTCCAGTTGGTGTTGGACCTCATTTGCTCTTTAGCTACATAGACCAATGCAAACTGG 958
|||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 TTGTCCCGGTCGGTGTTGGACCTCATTTACTCTTTAGCTACATAGACCAATGCAAACTGG 1083
Query 959 CGGTCACAGCAAACAGAAAGAGCATAGATGAGCATATTGTTTTGCTGGATTGGTCACCTG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1084 CGGTCACAGCAAACAGAAAGAGCATAGATGAGCATATTGTTTTACTGGATTGGTCATCTG 1143
Query 1019 GTGATAATAAAACTGCAGTTTCCGTTGTTGATATTGACCGAGAGACCTTTTTGCCAAGGA 1078
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1144 GTGATGATAAAAGTGCAGTTTCCGTTGTTGATATTGATCGTGAGACCTTTTTGCCAAGGA 1203
Query 1079 TTGGGCTCCAAGAAAATGGCGATGACAATACGATCATGGGACTCTGTATCGATAGGGTTT 1138
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 TTGGGCTCCAAGAAAACAACGATGACAATACGGTCATGGGACTCTGTATCGATAGGGTTT 1263
Query 1139 CTGTTGCA-GGGACTGTTAATGTCCGTTCCGGAAG-TGATGAACTTAAAGAACTCCTGCC 1196
|| | | | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1264 CTATAG-AGGGGACTGTTAATGTCCGTTCCGG-AGATGATGAACTTAAAGAACTTCAACC 1321
Query 1197 ATATTTTGTTCTTGTGTGCCTCACTTTGGAAGGAAAGCTGGTCATGTTTAATGTCGCTAG 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1322 ATATTTTGTTCTTGTGTGCCTCACTTTGGAAGGGAAGCTGGTCATGTTTAATGTTGCTAG 1381
Query 1257 TGTTGCAGGACCCCCAGCTTCATCTGATGCTGATTTGGCCTCTTCTTCTGATATAGAAGA 1316
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TGTTGCAGGACGGCCAGCTTCATCTGATACTGATTTGGCCTCTTCTTCTGATATAGAAGA 1441
Query 1317 TGCTTATACCCCTTTGATTGAAGATGACCTTTCTAAACAATCTTCTGAAGAGCCTGAAGA 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1442 TGCTTATACCCCTTTGATTGAAGATGACCTTTCTAAACAATCTTCT---GA-----AA-A 1492
Query 1377 ACATCAGCAGTTGAATGTTTCAGTACAAAATGAACAGAAGCACCTCAACGCAGAGAAGTT 1436
|||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1493 ACATCAACAGTTGAATATTGCAGTACAAAATGATCAGAAACACCTCAACACAGAGAAGTT 1552
Query 1437 CTCTACTGAACAAAGTTTCCCAAATGAAAACATTTTTAGTAAGGAATTTGAGTCTGTAAA 1496
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 1553 CTCTACTGAACAAAGGTTGCCAAATGAAAACATTTTTAGCAAGGAATTCGAGTCTGTGAA 1612
Query 1497 AAGTTCAGTGTCTGAAGACAACAAGAAGAAGCAAGAACCATATGCTGAAAAACCGTTACA 1556
||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 AAGCTCAGTGTCTGGGGACAACAACAAGAAGCAAGAACCGTATGCTGAAAAACCGTTACA 1672
Query 1557 AGTAGAAGATGGTCAACAAAGCATGATTCCTAGGCAGTTCGGAACAAGTTTTGGGCAATC 1616
||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1673 AGTTGAAGATGCTCAACAAAGCATGATTCCTAGGTTGTCCGGAACAAGTTTTGGGCAA-C 1731
Query 1617 -ACCTGTGTCCTTAGGATATGACACCAACAAATTTTCAGGTTTCGGTCCTGCCCTCTCTG 1675
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||
Sbjct 1732 TACCCATGTCCTTAGGATATGACACCAACAAATTTGCAGGATTCGGTCCTGCTCTCCCTG 1791
Query 1676 TTTCCGATAAGCTTCAGAAAGATGTATCTGCGCAGTCCAAGTCTATGCATTTGCAGGCCA 1735
||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TTTCCGAAAAGCTTCAAAAAGACATATTTGCGCAGTCCAATTCTATGCATTTGCAGGCCA 1851
Query 1736 ATGTTGAGTCAAAGAGTACACCAGCTTTATTTGGATCTCCTGGCCTGCAGAACTCAATTT 1795
|||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1852 ATGTGGAGTCAAAGAGTACAGCAGCTTTTTTTGGATCTCCTGGCCTGCAGAACGCAATTT 1911
Query 1796 TTCAGTCACCACTAAATACGTCATCTCAGCCATGGTCAAGTGGGAAAGGCGTCTCACCTC 1855
| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1912 TGCAGTCACCGCAAAATACGTCATCTCAGCCATGGTCAAGTGGGAAAAGCGTCTCACCTC 1971
Query 1856 CAGATTTTGTACCTGGTCCCTTTCCTTCTGTGAAAGATACTCAGCATAAGCAATCTGTAC 1915
||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 CAGATTTTGTATCTGGTCCCTTTCCTTCTATGAGAGATACTCAGCATAAGCAATCTGTAC 2031
Query 1916 AGTCTGGAACTGGTTATGTGAATCCTCCTATGAGCACT-AAAGA-AACACCTGTTCAAGT 1973
||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||| || | |||| |||||
Sbjct 2032 AGTCTGGAACTGGTTATGTAAACCCTCCTATGAGCA-TCAAAGATAA-ATCTGTACAAGT 2089
Query 1974 TATTGAGACTGGTAGAGCATCAGCTCTGAGCAATTTAAGTCCTCCGCTAGGCCAAAATTG 2033
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2090 TATTGAGACTGGTAGAGTATCAGCGCTGAGCAATTTAAGTCCTCTGCTAGGCCAAAATCA 2149
Query 2034 GGACACTAATGAAGGGGTGGAGAAAATTGAGCCAATACCTTCTATCCGTGCCTCTCAATT 2093
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 GGACACTAATGAAGGGGTAGAGAAAATTGAGCCAATACCTTCTATCCGTGCCTCTCAATT 2209
Query 2094 GTCACAACAGGTGAAATCTTCCTTCGAAAAATCGGCTAGTCATCAGCAGCACAAAACTCC 2153
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 GTCACAACAGGTGAAATCTTCCTTCGAAAAATCAGCCAGTCATCAGCAGCACAAAACTCC 2269
Query 2154 GCTCAGTGCTGGACCTCTGAGACTTGAGCATAACATGTCAAAGCAACCCAGTAATATAAA 2213
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2270 GCTCAGTACTGGACCTCTGAGACTTGAGCATAACATGTCAAACCAACCCAGTAATATAAA 2329
Query 2214 TGAGATGGCCAGAGAAATGAATACACTTTTACAGTCCATTGAAGGACCGGGTGGTTTCAA 2273
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 TGAGATGGCCCGAGAAATGGATACACTTTTACAGTCCATTGAAGGACCGGGTGGTTTCAA 2389
Query 2274 GGATTCTTGCGAAGTTT-TACTGAAAAGCCATGTTGAAGAACTGGAGCAAGGACTTGAAA 2332
||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 GGATTCTTGCG-CGTTTATACTGAAAAGCAATGTTGAAGAACTGGAGCAAGGACTTGAAA 2448
Query 2333 GTCTTGCTGGCAGGTGCCAAACGTGGAAGAGCACAATTCACGAGCAGCAAGCAGAGATCC 2392
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 GTCTTGCTGGCAAGTGCCAAACGTGGAAGAGCACAATTCACGAGCAGCAAGCAGAGATCC 2508
Query 2393 AACATCTTCTTGACAAAACAATTCAAGTTTTGGCAAAAAAGACATACATGGAAGGTATGT 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 AACATCTTCTTGACAAAACAATTCAAGTTTTGGCAAAAAAGACATACATGGAAGGTATGT 2568
Query 2453 ATAAGCAAACTGCTGATAACCAGTACTGGCAACTTTGGAACCGCCAGAAGTTGAATCCTG 2512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 ATAAGCAAACTGCTGATAACCAGTACTGGCAACTTTGGAACCGCCAGAAGTTGAATCCTG 2628
Query 2513 AGCTTGAGGCCAAGCGGCAGCATATTATGAAACTAAACAAGGATTTGACTCATCAACTGA 2572
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 AGCTTGAGGCCAAGCGGCAGCATATAATGAAACTAAATAAGGATTTGACTCATCAACTGA 2688
Query 2573 TTGAACTAGAGAGATATTTTAATCGGCTTGAACTCGATCGCTACCATGAGGATGGTGGAC 2632
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2689 TTGAACTAGAGAGATATTTTAATCGGCTTGAACTCGATCGCTACAATGAGGATGGTGGAC 2748
Query 2633 ATCCTGTGGCACGAAGAGGCGTGCCAAGTAGGTCTGCTCCTTCAAGACGTGTGCAATCCC 2692
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 ATCCTGTGGCACGAAGAGGCGTGCCAAATAGGTCTGCTCCTTCAAGACGTGTGCAATCCC 2808
Query 2693 TTCACAGCCTTCATAACACAATGAGTTCCCAATTGGCAGCTTCTGAGCAACTCTCTGAGT 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2809 TTCACAGCCTTCATAACACAATGAGTTCCCAATTGGCTGCTGCTGAGCAACTCTCTGAGT 2868
Query 2753 GTCTCTCAAAACAAATGACATATTTGAAAATCGATTCACCTGTAAAAAAGAATGTGAAGC 2812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 GTCTCTCAAAACAAATGACATATTTGAAAATCGATTCACCTGTAAAAAAGAATGTGAAGC 2928
Query 2813 AGGAGTTGTTTGAGACAATTGGGATCCCTTACGATGCTTCTTTCAGCTCACCAGATGCGG 2872
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 AGGAGTTGTTCGAGACAATTGGGATCCCTTACGATGCTTCTTTCAGCTCACCAGATGCGG 2988
Query 2873 TAAAAGCTAAAAATGCATCTTCAGCAAAAAACCTATTACTGTCTTCTATTCCCGCAAGTA 2932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2989 TAAAAGCTAAAAATGCATCTTCAGCAAAAAACCTATTACTCTCTTCTATCCCCGCAAGTA 3048
Query 2933 TAAATGC-ACAGTCAAGACAACGTCAGTCATCTGCTATGAAAAATTCTGACCCTGAAACT 2991
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 TAAAT-CAACAGTCAAGACAACGTCAGTCATCTGCTATGAAAAATTCTGACCCTGAAACT 3107
Query 2992 GCCAGGAGGAGAAGAGAATCACTAGACA-GG--------AATTGGGCTGCTTTTGAGCCT 3042
|| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 3108 GCTAGGAGGAGAAGAGAATCACTAGACAGGGTAATTTTTAATTGGGCTGCTTTTGAGCCT 3167
Query 3043 CCAAAAACAACTGTCAAAAGGATGCTTCTGCAGGAGCAACAGAAGACGGGTATGAACCAA 3102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3168 CCAAAAACAACTGTCAAAAGGATGCTTCTGCAGGAGCAACAGAAGACGGGTATGAACCAA 3227
Query 3103 CAGATTGTCTTAAGTGAGAGACTACGGTCTGTGAATAATACACAAGAGCGATCACTGCTT 3162
|||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3228 CAGACTGTCTTGAGTGAGAGACTACGGTCTGCGAATAATACACAAGATCGATCACTGCTT 3287
Query 3163 CGCCTGAAAAATCATGCATCACCTGTAGTCTCCTCAAATAAGGGCATTATGGAATCATTC 3222
| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3288 CACGTGAAAGATCATGCATCACCTGTAGTCTCCTCGAATAAGGGTATTATGGAATCATTC 3347
Query 3223 CAACAAGACACATCTGAAGCTCAATCAACCCTATTCAAAACGAGGCCACCTATGCCCCAA 3282
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3348 CAACAAGACACATCTGAAGCTCAATCAACCCCATTCAAAACGAGGCCACCTATGCCACAA 3407
Query 3283 TCTAACAGTCCCTTTACCATCTCTCCAATCTCTGCCTCAAAACCAAGTTTCAATTGGTCT 3342
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3408 TCTAACAGTCCCTTTACCATCTCTCCAATCTCTGCGTCAAAACCAAGTTTCAATTGGTCT 3467
Query 3343 GGAAATAAGTCTAGCAGTACAACTTCTTATGCTGAGGAGTCTGCCCCGTCGCAGAATAAG 3402
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
Sbjct 3468 GGAAATAAGTCTAGCAATACAACTTCTTATGCTGAGGAATCTGCCCCATCGCAGATTAAG 3527
Query 3403 GATACAAGGACAGTTTCACAACCAGGAGGATCAAATTTTCTTCTGAAACGACCAGTGGCC 3462
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3528 GATACAAGGACAGTTTCACAACCAGGGGGATCAAGTTTTCTTCCGAAACGACCAGTGGCC 3587
Query 3463 TCGACTGTATTTGAACAGACAGAAAAGAAGGCTGGAGAATTCAAATTTTCTGAAGCTAAG 3522
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3588 TCGACTGTACTTGAACAGACAGAAAAGAAGGCTGGAGAATTCAAATTTTCCGAAGCTAAG 3647
Query 3523 GCCAATGCTTTTGTTGAAACAGCTGCTGGAAGTGTGCAGCATCTTTCTACCACATCATCA 3582
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3648 GCCAATGCGTTTGTTGAAACAGCTGCTGGAAGTGTGCAGCGGCTTTCTACCACATCATCA 3707
Query 3583 GGATCTGATTATGAATTTAGCAAAGGTTTTGGCGCTCAACTTTCACCCATGTCTTCTGGT 3642
|||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3708 GGATCTGATTTTGAATCTAGCAAAGGTTTTGGTGCTCAATTTTCAACCATGTCGTCTGGT 3767
Query 3643 GGACCAGCATCTAGTTTCCCTTCCAAATCGTTGTTTGGTTTCAAAACCAGTAGCAGTATC 3702
| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3768 GCACCAGCATCTAGTTTTTCTTCAAAATCGTTGTTTGGTTTCAATTCCAGTAGCAGTATC 3827
Query 3703 TATGGTGATAAAGTTACTTTTCCTGCTGCAACGGTATCAGTTTCTTCTTCACCTTTGTCT 3762
|||||||||| ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||
Sbjct 3828 CCTGGTGATAAATTTACTTTTCCTGCTGTAAC-G-----G---------CACCTTTGTCT 3872
Query 3763 AGCACGCCACTTGATTCCACTTCCACTTTATCTACACCATCATCACCTCCAATGTCATCC 3822
| || || ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3873 GGTACTCCGCTTGATTCCACTTCCACCTTATTTACAGCATCATCAGCTCCAGTGTCATCC 3932
Query 3823 TCTACACAAGATTCAGTTCCAGCATCTATTCCCATTAGCTCAGCACCAGTCATGCAAACG 3882
||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3933 TCTTCCCAAGATCCAGTTCCAGCATCTATACCCATTAGCTCAGCACCAGTCCCGCAAACG 3992
Query 3883 TTTTCAGTCGCATCTACATCTACAGTTTCTGCTACGGGGTTCAATGTTCCATTTGGTAAA 3942
||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3993 TTTTCAGTCACATCTACATCCACTGTTTCAGCTACGGGGTTCAATGTTCCATTTGGTAAA 4052
Query 3943 CCGTTGACCAGTGCCAATGTAGATCTCAGTCAAGCAGCTCCGTCAACACCTTCTCCATCA 4002
|| |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4053 CCTTTGACCAGTGTCAAAGTAGATCTCAATCAAGCAGCTCCGTCAACACCTTCTCCATCA 4112
Query 4003 CCTGGTCCCACAACTGGTTTCTCTTTTATTTTACCAGCTTTATCTCCATCATCCCCTGAA 4062
|||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4113 CCTGGTCCCACAGCTGGTTTCACTTTTAATTTACCAGCTTTGTCTCCATCATCCCCTGAG 4172
Query 4063 ATGGTCTCATCCTCAACAGGCCAATCTTCATTATTTCCACTATCTTCTCCAGCGTCGCAA 4122
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||
Sbjct 4173 ATGGTCTCATCCTCAACAGGCCAGTCTTCATTATTTCCACCATCTGCTCCAACATCGCAA 4232
Query 4123 GTGTCATCTGATCAGGCCTCTGCAACCAGTTCCCTAACAGATAGTAGTCGTTTGTTCTCA 4182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4233 GTGTCATCTGATCAGGCCTCTGCAACCAGTTCCCTAACAGATAGTAGTCGTTTGTTCTCA 4292
Query 4183 TCAAATTCCTTATCTTCGACTCCTATTACTTCAACCCCTCCTGATGCGTTTCAGTCTCCT 4242
|||| |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4293 TCAACTTCCTTATCTTCGACTCCCCCTA-TT--ACTCCTCCTGATGCGTTTCAGTCACCT 4349
Query 4243 CAAGCTTT-CACCCCATCCTCTGCTGTGCCCATTACAGAGCCAGTCTCGGAACCCAAAAA 4301
|||| ||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 4350 CAAG-TTTCCACCCCGTCATCTGCTGTCCCCATTACAGAGCCAGTCTCAGAACCTAAAAA 4408
Query 4302 ACCAGAGGTTCAAAGTTCATCAATTCTGAGTACGCAAAGTACTGTAGATTCTGTAGCAAA 4361
|||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4409 ACCAGAGGCTCAAAGTTCGTCAATTCTAAGTACGCAAAGTACTGTAGATTCTGTAGCAAA 4468
Query 4362 TGCAACAAAAACACAGAATGAGCCACGGCCGGTGAAAAGTGAAATTTCAAA-CCTGGAGA 4420
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 4469 TGCAACAAAAACACAGAATGAGCCACTGCCGGTGAAAAGTGAAATTTCAAACCCAGG-GA 4527
Query 4421 CTACAGTAACCCCTGTCAGTTCATCTGGGTTCCTGTCTGGATTTTCATCAGGAACAGAGT 4480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4528 CTACAGTAACCCCTGTCAGTTCATCTGGGTTCCTGTCTGGATTTTCATCAGGAACACAGT 4587
Query 4481 CTAGTCTTGCAAGCATGGCGGCTCCTTCATTCAGCTGGCCAGGTAGTTCTCAGCCACAAC 4540
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4588 CTAGTCTTGCAAGCATGGCGGCTCCTTCATTCAGTTGGCCAGGGAGTTCTCAGCCACAAC 4647
Query 4541 AGCAATCGTCTACACCTGTCCCTTTCCCTGCATCCTTACCAACTTCGGCGAGTCCATTTG 4600
||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||
Sbjct 4648 AGCTATCTTCTACACCTGCCCCTTTCCCTGCATCCTCACCAACTTCAGCAAGTCCATTTG 4707
Query 4601 GTGAGAAAAAAGATACTGTAGATACACAGGAAGATGAAATGGACGAAGAAGCTCCAGAGG 4660
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4708 GTGAGAAAAAAGATATTGTAGATACACAGGAAGATGAAATGGACGAAGAAGCTCCAGAGG 4767
Query 4661 CTAGCCAGACAACTGAACTTAGTATGGGAAGTTTTGGAGGTTTCGGGCTTGGGTCAACTC 4720
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4768 CTAGTCAGACAACTGAACTTAGTATGGGAAGTTTTGGAGGTTTCGGGCTTGGGTCAACTC 4827
Query 4721 CAAACCCGGCTGCCCCCAAATCTAATCCATTTGGTGGTCCCTTCGGTAATGCTACAACAA 4780
||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 4828 CAAACCCGGGTGCCCCCAAAACAAATCCATTTGGTGGTCCCTTTGGTAATGCT---ACAA 4884
Query 4781 CAACAACAAGTAATCCATTCAATATGACAGTCCCGAGTGGCGAGCTATTCAAACCTGCAT 4840
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4885 CAACAACAAGTAATCCATTCAATATGACAGTTCCTAGTGGCGAGCTATTCAAACCTGCCT 4944
Query 4841 CGTTCAACTTTCAAAATCCTCAACCATCTCAACCGGCAGGTTTTGGTGCGTTCTCTGTAA 4900
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4945 CGTTCAATTTTCAAAATCCTCAACCATCTCAACCAGCAGGTTTTGGTTCGTTCTCTGTAA 5004
Query 4901 CACCTTCGCAGACACCTGCTCAGAGTGGATTTGGCCAACCGTCACAGATTGGTGGGGGAC 4960
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5005 CACCTTCTCAGACACCTGCTCAGAGTGGATTTGGCCAACCGTCACAGATTGGTGGGGGAC 5064
Query 4961 AGCAAGCTCTAGGGTCGGTTCTTGGCTCCTTTGGGCAGTCGAGACAGATTGGTGCTGGTC 5020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5065 AGCAAGCTCTAGGGTCGGTTCTTGGCTCCTTTGGGCAGTCGAGACAGATTGGTGCTGGGC 5124
Query 5021 TCCCAGGGGCTACGTTTGGTTCTCCTACAGGATTTGGTGGCTCTAACCCAGGAAGTGGTC 5080
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5125 TCCCAGGAGCTACGTTTGGTTCTCCTACAGGATTTGGTGGCTCTAACCCAGGAAGTGGTC 5184
Query 5081 TGCCAAATGCACCAACATCCGGTGGTTTTGCTGCTGCTGGTTCTAGTGCCACTGGTGGCT 5140
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5185 TGCCAAATGCACCAGCATCTGGTGGTTTTGCTGCTGCTGGTTCTAGTGCCACTGGTGGCT 5244
Query 5141 TTGCCGCCATGGCTTCAGCAGGTCGAGGCTTTGCTGGTGCTTCTTCTACTCCCACTGGTG 5200
|||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5245 TTGCGGCCATGGCTTCAGCTGGTAGAGGCTTTGCTGGTGCTTCTTCTACTCCCACTGGTG 5304
Query 5201 GCTTTGCTGCCTTGGCCTCAGGTAGTGGAGGCTTTGCTGGTGCTGCTCCAGGAGGAGGAG 5260
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5305 GCTTCGCTGCGTTAGCCTCAGGTAGTGGAGGCTTTGCTGGTGCTGCTCCAGGAGGAGGAG 5364
Query 5261 GCGGTGGATTTGGTGGACTTGGTTCAGGCACCGGAGGTTTCGGAGGCTTTGCTCCTCAGG 5320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5365 GCGGTGGATTTGGTGGACTTGGTTCAGGCACCGGAGGTTTCGGAGGCTTTGCTCCTCAGG 5424
Query 5321 GTAGT-G-G-AGGTTTCGCCGGAGCAGGAGGAGGTGGTGGTTTTGGTGGTTTCGGCGGCC 5377
||||| | | ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 5425 GTAGTAGTGGAGGTTTCGCGGGAGCAGCAGGAGGTGGCGGTTTTGGTGGTTTCGGCGGAC 5484
Query 5378 AAGCGCAAGGCCAAGCAGGTGGTGGTGGATTCTCAGCCTTTGGCGGCAACTCCGGAGCAA 5437
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 5485 AAGCGCAAGGCCAAGCGGGTGGTGGTGGATTCTCAGCCTTTGGTGGCAACTCGGGAGCAA 5544
Query 5438 CAGGAAAGCCATCGGAACTCTTCACACAGATGAGAAAATGA 5478
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5545 CAGGAAAGCCCTCGGAACTCTTCACACAGATGAGAAAATGA 5585
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 273460006293
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5