BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg339800
Length=2403
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G76280.3 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3675 0.0
> AT1G76280.3 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:28617902-28622601 REVERSE LENGTH=2472
Length=2472
Score = 3675 bits (1990), Expect = 0.0
Identities = 2283/2421 (94%), Gaps = 33/2421 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTACAGAGCTCTGTGGCTTTCTCCATTGCGATTTATTGTGAGCTCGTCGTCGTCAAAG 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGTACAGAGCTCTATGGCTTTCTCCATTGCGATTTATTGTGAGCTCGTCGTCGTCAAAG 80
Query 61 TTAACGCCTTACGTATCTCGGGGACGAGGACTAAGTGGAATTGATAATGGGTCTGGTTGT 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 81 TTAACGCCTTACGTATCTCGAGGACGAGGACTAAGTGGAATTGATAATGGGGCTGGTTGT 140
Query 121 TCTTGTTCTCGTAGTGTCACGACATTGATTGGTAATGAATTCATTCGATGCCAAGATGAG 180
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 TCTTGTTCTCGTAGTGTCACGACAATGATTGGTAATGAATTCATTCGATGCCAAGATGAG 200
Query 181 TCAAAGATCTTACAGGTGCAGATTGTTGATGCGCTTCGTTCCGGAGAGAGGCCTGGAGCT 240
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 201 TCAAAGATCTTACAGTTGCAGATTGTTGATGCCCTTCGTTCAGGAGAGAGGCAAGGAGCG 260
Query 241 TCAGC-TCTGCTTTTTCAGTTTATACAGGGGAATTATTCACTTAGTGCTCATGATTTTCA 299
||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 261 TCAGCAT-TGCTTTTTAAGTTAATACAGGGGAATTATTCACTTAGTGCTGATGATTTTCA 319
Query 300 TGATATTCT-TCATTATTGTGCCCGATCACCCGATCCTGTGTTTGTCATGGAGACTTACA 358
||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| || | ||||||||
Sbjct 320 TGATATTCTAT-ATTATTGTGCTCGATCACCGGATCC------TG---T---GACTTACA 366
Query 359 GTGTAATGTGTAAGAAGGAAATTAGTCTGGACAGCAGATCTTTGTTGTTCATTGTACAAT 418
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 367 GTGTAATGTGCAAGAAGGAAATTAGTCTGGACAGCAGATCTTTGTTGTTCATAGTAAAAT 426
Query 419 CCCTTTGTAATGGGGGACACTTGGATAAGGCATCAGAGTTTATTCACGCTGTCGGAGAAG 478
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 427 CCCTTTGTAATGGGGGACACTTAGATAAGGCATCAGAGTTTATTCACGCTGTCAGAGAAG 486
Query 479 ATGATAGTATCTCTCCTATTCTGCCCGTTTATAACTATTTTCTTGGCGCCTGTGCAAAAA 538
||||| |||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 487 ATGATCGTATATCTCCTCTTCTGCCTATCTATAACTTTTTTCTTGGAGCCTGTGCACGAA 546
Query 539 CGAGAAGTGTATATCATGCTAGTAAATGTTTGGAATTGATGGATCAACGGAGAGTGGGGA 598
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 CGAGAAGCGTATATCACGCTAGTAAATGTTTGGAATTGATGGATCAACGGAGAGTGGGGA 606
Query 599 AGAATAAAATAACTTATGCAGCAC-T-T----C-T-CA-------AGCGCAATCTATCAG 643
||||| ||||||||||| ||||| | | | | || ||||||||||||||
Sbjct 607 AGAATGGAATAACTTATGTAGCACTTCTCAAGCTTGCAGTTTTTCAGCGCAATCTATCAA 666
Query 644 CTGTCAATGATATCTGGAAACACTATGTCGACCACTATAGCCTGGATATACTTTCTCTCA 703
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CTGTCAATGATATCTGGAAACACTATGTCAACCACTATAACCTGGATATACTTTCTCTCA 726
Query 704 GAAAATTCATATGGTCCTTTACGAGGCTAGGGGATTTGAAATCAGCATATGAATTATTGC 763
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GAAGATTCATATGGTCCTTTACAAGGCTAGGGGATTTGAAATCAGCATATGAATTATTGC 786
Query 764 AACACATGGTGGATCTAGCTTCAAGAGGAGAGCTCTTTCTTAAATCCAACAGAGGAAAAT 823
||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 787 AACACATGGTGTATCTAGCTTTAAGAGGAGAGTTCTTTGTTAAATCCAACAGAGGAAAAT 846
Query 824 TGCATTCCACGAGACTGGATATTCCTGTACCAGCAAAAGGTGAAACAGGATCAGAGAAAG 883
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 847 TGCATTCCACGAGACTGTATATTCCTGTACCATCAAAAGATGAAACAGGATCAGAGAAAT 906
Query 884 TTGCTTTTGGAGTAAATGATCACAATGTGGAGTACAATTCGTCTTCCAAAGTGGCTTTGC 943
||||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 907 TTGCTTTTGGAGTAACTGATCGCATTGTGGACTGCAATTCGTCTTCAAAAGTGGCTTTGC 966
Query 944 CGAAAGGTCACAACAAAATCCCTGCAACTAGGGTCCTCAGGTGGTCGTTCAATGATGTGA 1003
||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 CGAAAGGTCACAATAAAATCCTTGCTATTAGGGTCCTCAGGTGGTCGTTCAATGATGTGA 1026
Query 1004 TTCATGCATGTGGACAATCTAAAAACTCTGAGCTAGCGGAGCAGCTAATGCTTCAGATGC 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TTCATGCATGTGGACAATCTAAAAACTCTGAGCTAGCGGAGCAGCTAATGCTTCAGATGC 1086
Query 1064 AAAATATTGGGTTGCTACCATCAAGCCACACATATGATGGTTTCATTAGAGCTGTTGCAT 1123
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 AAAATCTTGGGTTGCTACCATCAAGTCACACATATGATGGTTTCATTAGAGCTGTTGCAT 1146
Query 1124 TTCCAGGAGGATACGAATATGGCATGACACTGTTGAAAGTCATGCAGCAGCAGAATCTGA 1183
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TTCCAGAAGGATATGAATATGGCATGACACTGTTGAAAGTAATGCAGCAGCAGAATCTGA 1206
Query 1184 AACCATATGATTCAACTCTAGCTACGG-TGTCAGCCTATTGCAGTAAAGCCTTTCAAGTT 1242
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1207 AACCATATGATTCAACTCTAGCTACGGTTG-CAGCCTATTGCAGTAAAGCCCTTCAAGTT 1265
Query 1243 GATTTAGCTGAACATCTGCTGGATCAAATATGTGAATGCTCGTACGCATATCCTTTTAAT 1302
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||
Sbjct 1266 GATTTAGCTGAACATCTGCTGGATCAAATATCTGAATGCTCATACTCATATCCTTTCAAT 1325
Query 1303 AACCTTCTTGCTGCATATGACTCCTTGGATCAACCAGAGCGTGCTGTCCGAGTTTTGGCT 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 AACCTTCTTGCTGCATATGACTCCTTGGATCAACCAGAGCGTGCTGTCCGAGTTTTGGCT 1385
Query 1363 AGAATGAAACAGCTAAAACTGCGTCCAGATATGAGGACCTATGAACTGCTCTTTTCCTTA 1422
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 AGAATGAAAGAGCTAAAACTGCGTCCAGATATGAGGACCTATGAACTGCTCTTTTCCTTA 1445
Query 1423 TTTGGTAATGTAAATGCACCATATGAAGAGGGCAACATGTTGTCCCAAGTAGACTGTTGT 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 TTTGGTAATGTAAATGCACCATATGAAGAGGGCAACATGTTGTCCCAAGTAGACTGTTGT 1505
Query 1483 AAAAGGATTAATGCTATAGAAATGGACATGGTGAGAAATGGTTTTCAGCACAGTCCTATC 1542
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 AAAAGGATTAACGCTATAGAAATGGACATGATGAGAAATGGTTTTCAGCACAGTCCTATC 1565
Query 1543 TCAAGGCGGAATGTGCTTAGAGCCCTCGGAGCTGAAGGTATGGTGAATGAGATGATCCGA 1602
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 TCAAGGCTGAATGTGCTTAGAGCTCTCGGAGCTGAAGGTATGGTGAATGAGATGATCCGA 1625
Query 1603 CACTTGCAAAAGGCTGAAAACCTCAATGTTCACAGCAATATGTATCTAGGAACGCCTACA 1662
||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 CACCTGCAAAAGGCTGAGAACCTCAGTGCTCACAGCAATATGTATCTAGGAACGCCTACA 1685
Query 1663 TACAACATAGTTCTTCATTCACTTCTCGAGGCAAACGAAACTGACATGGTGATCAATATA 1722
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 TACAACATAGTGCTTCATTCACTTCTCGAGGCAAACGAAACTGACATGGTGATCAATATA 1745
Query 1723 TTCAAACGTATGAAATCATGTGGCTGCCCTGCAGACGTTGCTACCTACAATATAATGATT 1782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 TTCAAACGTATGAAATCATGTGGCTGCCCTGCAGACGTTGCTACCTACAATATAATGATT 1805
Query 1783 GATTGTTGCAGCATTATTCACTCGTATAAATCAGCTTGTGCCCTAGTTTCCATGATGATC 1842
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 GATTGTTGCAGCCTTATTCACTCGTATAAATCAGCTTGTGCCCTAGTTTCCATGATGATC 1865
Query 1843 CGTGACGGATTTTCTCCAAAAGCTGTTACGTTTACTGCTCTGATGAAGATTTTGTTGAAT 1902
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 CGTGACGGGTTTTCTCCAAAAGCTGTTACATTTACTGCTCTGATGAAGATTTTGTTGAAT 1925
Query 1903 GATGGGAATTTCGAGGAGGCACTCAATCTCTTGGACCAAGCTGCATTGGAAGAGATACAT 1962
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1926 GATGCGAATTTCGAGGAGGCACTCAATCTCTTGGACCAAGCGGCATTAGAAGAGATACAT 1985
Query 1963 CTTGATGTCTTATCATACAACACCATTTTGCGTAAAGCATTCGAGAAGGGAATGATTGAT 2022
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1986 CTTGATGTCTTATCATACAACACCATTTTGCGTAAAGCGTTTGAGAAGGGAATGATTGAT 2045
Query 2023 GTGATTGAGTACATAGTGGAGCAAATGCACCGGGAGAAAGTGAATCCAGATCCAACGACA 2082
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 GTGATTGAGTACATAGTGGAGCAAATGCACCGAGAGAAAGTGAATCCAGATCCAACGACA 2105
Query 2083 TGTCATTATGTTTTCACTTGTTATGTGGAAAAAGGGTACCATGCAACAGCTATAGAAGCT 2142
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 TGTCATTATGTTTTCAGTTGTTATGTGGAGAAAGGGTATCATGCAACAGCTATAGAAGCT 2165
Query 2143 TTGAATGTTCTGAGCTTAAGGATGCTCAACGAAGAAGACAAAGAGAGTCTTCAGGAGAAG 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2166 TTGAATGTTCTGAGCTTAAGGATGCTCAACGAAGAAGACAAGGAGAGTCTTCAGGACAAG 2225
Query 2203 AAAATAGAGCTTGAGGAAAATTTCGTCATGAGCGAAGACCCTGAAGCCGAAACAAAGATA 2262
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2226 AAAATAGAGCTAGAGGAAAATTTCGTCATGAGCGAAGACCCTGAAGCTGAAACAAAGATA 2285
Query 2263 ATCGAACTGTTCAGGAACTCTGAGGAGCATCTTGCTGCAGCACTTCTAAATCTAAGATGG 2322
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2286 ATCGAACTGTTCAGAAAATCTGAGGAGCATCTTGCTGCAGCACTTCTGAATCTAAGATGG 2345
Query 2323 TGTGCGATGCTCGGGGCCCGAATTTTATGGTCGGAAGACCAAAGCCCCTGGGCCAGAGGA 2382
||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2346 TGTGCAATGCTCGGGGGCCGGATAATATGGTCGGAAGACCAAAGCCCCTGGGCCAGAGCA 2405
Query 2383 CTCTCTAACAAGTATGGTTAA 2403
||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2406 CTCTCCAACAAGTACGGTTAA 2426
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119326695465
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5