BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg339887
Length=3483
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77260.1 | Symbols: | S-adenosyl-L-methionine-dependent met... 3219 0.0
AT1G77250.1 | Symbols: | RING/FYVE/PHD-type zinc finger family... 2226 0.0
> AT1G77260.1 | Symbols: | S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
superfamily protein | chr1:29023772-29026957
REVERSE LENGTH=2415
Length=2415
Score = 3219 bits (1743), Expect = 0.0
Identities = 1872/1936 (97%), Gaps = 2/1936 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAACTCTCCGACGTTGGATTAGACGTTGTGAAAACTCCGAGATTGGTTAAACTGATT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 259 ATGAAACTCTCCGACGTTGGATTAGACGTTGTCAAAACTCCGAGATTGGTTAAATTGATT 318
Query 61 GCGTTTGCGTTTCTCTCAATCTCAACAATTTTTCTCTTCAATCACTTCTCAGATTCCTTC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 319 GCGTTTGCGTTTCTCTCAATCTCAACAATTTTTCTCTTCAATCACTTCTCAGATTCCTTC 378
Query 121 TCTTATCCATCTCTTCGTTTTCCCATCTCCTCTTCTTCAAACGTCACCGAAGCTATTCAA 180
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 379 TCTTATCCATCTCTTCCTTTTCCCATCTCCTCTTCTTCAAACGTCACCGAAGCTATTCAA 438
Query 181 ACCGACATTACATCCGTCGCGGCGGTAGCACCATCTCCTCTACCGCGTCCGCGTCTCAAG 240
||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 439 ACCAACATAACATCCGTCGCGGCGGTGGCACCATCTCCTCCACCGCGTCCTCGTCTCAAA 498
Query 241 ATATCGCCTCCTCCGCTGCCACCGACAGTGGTGAGAACGGGAATCATCGACGAGAATGGT 300
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||
Sbjct 499 ATATCACCTCCTCCGCTTCCACCGACAGTGGTGAGAACAGGTATCATCAACGAGAATGGT 558
Query 301 GCCATGTCTGATTCGTTCGAAATAGGCGGATTCGATCCGGATTCCGTCGACGAGCTTAAA 360
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 559 GCCATGTCTGATTCCTTCGAAATCGGCGGATTCGATCCAGATTCCATCGACGAGCTTAAA 618
Query 361 TCAGCCACCGGAAATTCGTCGGTTGAGGAAAAAGAATCGCCGGAAAG-CGGTTTTCAAAT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||
Sbjct 619 TCAGCCACCGGAAATTCGTCGGTTGAGGAAAAAGAATCGCCGG-AAGTCGGTTTTCAGAT 677
Query 420 TGAGAAACTCAAATTGTGTGACAAGACGAAGATAGATTACATTCCTTGCTTAGACAACGA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 TGAGAAACTCAAATTGTGTGACAAGACGAAGATAGATTACATTCCTTGCTTAGACAACGA 737
Query 480 AGAAGAGATCAAGAGATTGAACAATACCGATCGAGGAGAAAACTACGAGAGACATTGTCC 539
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 738 AGAAGAGATAAAGAGATTGAACAATACAGATCGAGGAGAAAATTACGAGAGACATTGTCC 797
Query 540 TAAACAGAGCTTAGATTGCTTGATTCCACCTCCAGATGGTTATAAGAAACCAATCCCATG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 798 TAAACAGAGCTTAGATTGCTTGATTCCACCTCCAGATGGTTATAAGAAACCAATCCAATG 857
Query 600 GCCACAAAGCAGAGACAAGATATGGTTCAATAATGTGCCTCATACACGTTTAGTGGAAGA 659
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 858 GCCACAGAGCAGAGACAAGATATGGTTCAATAATGTGCCTCATACACGTTTAGTGGAAGA 917
Query 660 TAAAGGAGGTCAAAATTGGATTAGAAGAGAGAAAGATAAGTTTGTTTTCCCTGGAGGTGG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 918 TAAAGGAGGTCAAAATTGGATTAGAAGAGAGAAAGATAAGTTTGTTTTCCCTGGAGGTGG 977
Query 720 AACTCAATTCATCCATGGAGCTGATCAGTATTTAGACCAGATCTCCAAGATGATTCCTGA 779
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 978 AACTCAATTCATCCATGGAGCTGATCAGTACTTAGACCAGATCTCCCAGATGATTCCTGA 1037
Query 780 TATTACGTTTGGAACACGCACTCGTGTTGCTTTGGACATTGGCTGTGGTGTGGCGAGCTT 839
|||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 TATTACATTTGGATCACGCACCCGTGTTGCTTTGGACATTGGCTGTGGTGTGGCGAGCTT 1097
Query 840 TGGTGCCTTTTTGATGCAGCGTAACACTACAACCTTGTCTGTAGCACCGAAAGATGTTCA 899
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1098 TGGTGCGTTTTTGATGCAGCGTAACACGACAACCTTGTCTGTAGCACCAAAAGATGTTCA 1157
Query 900 TGAGAATCAGATACAGTTTGCATTGGAGCGTGGTGTCCCTGCGATGGTTGCTGTCTTTGC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1158 TGAGAATCAGATACAGTTTGCATTGGAGCGTGGTGTTCCTGCGATGGTGGCTGTCTTTGC 1217
Query 960 CACACGGAGGTTGTTGTATCCAAGCCAGTCTTTTGAGATGATTCATTGTTCCAGATGCAG 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 CACACGGAGGTTGTTGTATCCAAGCCAGTCTTTTGAGATGATTCATTGTTCCAGATGCAG 1277
Query 1020 AATTAATTGGACACGCGATGATGGGATACTTCTTCTTGAAGTTAATAGAATGCTTAGAGC 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 AATTAATTGGACACGCGATGATGGGATACTTCTTCTTGAAGTTAATAGAATGCTTAGAGC 1337
Query 1080 AGGAGGCTACTTTGTTTGGGCTGCACAACCCGTTTACAAACATGAGGATAACTTGCAAGA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 AGGAGGCTACTTTGTTTGGGCTGCACAACCCGTTTACAAACATGAGGATAACTTGCAAGA 1397
Query 1140 GCAGTGGAAAGAAATGTTACACCTTACGAATCGAATCTGTTGGGAGCTTATCAAGAAAGA 1199
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 GCAGTGGAAAGAAATGTTAGACCTTACGAATCGAATCTGTTGGGAGCTTATCAAGAAAGA 1457
Query 1200 GGGATATATTGCTTTGTGGAGGAAGCCTCTAAACAACAGCTGCTATGTCAGTCGTGAAGC 1259
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1458 GGGATATATTGCTGTGTGGAGGAAGCCTCTAAACAACAGCTGCTATGTCAGTCGCGAAGC 1517
Query 1260 TGGAACAAAGCCTCATTTGTGCAGACCTGATGATGATCCTGATGATGTTTGGTATGTAGA 1319
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 TGGAACAAAACCTCCTTTGTGCAGACCTGATGATGATCCTGATGATGTTTGGTATGTAGA 1577
Query 1320 TATGAAACCGTGCATCACCCGATTACCTGATAATGGCTATGGGGCTAATGTCTCCACATG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 TATGAAACCGTGCATCACCCGATTACCTGATAATGGCTATGGGGCTAATGTCTCCACATG 1637
Query 1380 GCCTGCACGTCTTCATGATCCGCCAGAGAGGCTACAGAGCATTCAAATGGATGCCTACAT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1638 GCCTGCACGTCTTCATGATCCGCCAGAGAGGCTACAAAGCATTCAAATGGATGCGTACAT 1697
Query 1440 TTCCCGAAAGGAAATTATGAAGGCAGAGTCAAGATTTTGGTTAGAAGTAGTAGAGAGTTA 1499
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 ATCCCGAAAGGAAATTATGAAGGCAGAGTCTAGATTTTGGTTAGAAGTAGTAGAGAGTTA 1757
Query 1500 CGTGCGGGTTTTCCGCTGGAAGGAGTTCAAGCTTAGGAATGTTCTGGACATGAAAGCTGG 1559
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1758 TGTGCGGGTTTTCCGCTGGAAGGAGTTCAAACTGAGGAATGTTCTGGACATGAGAGCTGG 1817
Query 1560 TTTTGGAGGGTTTGCAGCAGCATTAAATGATCTCGGGCTTGATTGTTGGGTTATGAACAT 1619
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1818 TTTTGGAGGGTTTGCAGCAGCATTAAACGATCTGGGGCTTGACTGTTGGGTTATGAACAT 1877
Query 1620 TGTTCCCGTTAGCGGATTCAACACCTTGCCAGTTATATATGACCGTGGACTTGTAGGGGC 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1878 TGTTCCCGTTAGCGGATTCAACACCTTGCCAGTTATTTATGACCGTGGACTACAAGGGGC 1937
Query 1680 TATGCATGACTGGTGTGAGCCATTTGACACATACCCAAGAACCTATGATCTGATACATGC 1739
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 TATGCACGACTGGTGTGAGCCATTTGACACCTACCCAAGAACCTATGATCTGATACATGC 1997
Query 1740 TGCATTTCTCTTCTCTGTTGAGAAGAAGAGGTGCAACATAACAAACATTATGCTGGAAAT 1799
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1998 TGCATTTCTCTTCTCTGTTGAGAAAAAGAGGTGCAACATAACAAACATTATGCTGGAGAT 2057
Query 1800 GGACCGGATGTTGAGACCGGGAGGACGGGTTTACATAAGGGATTCACTGTCTTTGATGGA 1859
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 GGACCGGATGTTGAGACCAGGAGGACATGTTTACATAAGGGATTCACTGTCTTTGATGGA 2117
Query 1860 CCAACTTCAACAAGTGGCTAAAGCCATCGGTTGGACTGCTGGTGTTCATGATACCGGGGA 1919
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CCAACTTCAGCAAGTGGCTAAAGCCATCGGTTGGACTGCTGGTGTTCATGATACCGGGGA 2177
Query 1920 AGGACCCCACGCAAGC 1935
||||||||||||||||
Sbjct 2178 AGGACCCCACGCAAGC 2193
> AT1G77250.1 | Symbols: | RING/FYVE/PHD-type zinc finger family
protein | chr1:29020265-29023474 REVERSE LENGTH=1949
Length=1949
Score = 2226 bits (1205), Expect = 0.0
Identities = 1467/1586 (92%), Gaps = 48/1586 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1932 AAGCATGTTCATGGAGGAGGCTACAAACAATGATGAAGGTACAGAGAATAATCAGCGAAA 1991
||| ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 199 AAG-ATGTTCATGGAGGAGGCGACAAGTAATGGTAAAGGTACAGAGCATAATCAGCCAAA 257
Query 1992 TCGTTTGGTGGAAAGTGAAGCATTGAATCATTGGAGTTCTGGAGGTGGTGCTATGGCTAA 2051
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||
Sbjct 258 TGGTTTGGTGGAAAGTGAAGCATTGAATAATTGGAGTGCAGGATGTGGTGCTATGGCTAA 317
Query 2052 TTCTGCCAATCCTAGTTCCAGAGATAGTAAGAAGATACAAACATATAAGCGGAGAAAACT 2111
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 318 TTCTGCAAATGCTAGTTCCAGAGATAGTAAGAAGATACAAACATATAAGCGGAGAAAACT 377
Query 2112 TGGGAGATCTTATTCTG-------A---T------A-G--A-A-TTTCCACGGAAGGTGT 2150
||||||||||||||||| | | | | | | |||||| |||||||||
Sbjct 378 TGGGAGATCTTATTCTGCTAATAAATGTTCGGAAAATGATAGATTTTCCATGGAAGGTGT 437
Query 2151 TAGTCACTCAGGAAGCCGGGAGTCTGTCTCTTGTGAACTATATAATCAAAAGTTCAGCAT 2210
||||||||||| |||||||||||||| || | | | | || ||| ||| |||||
Sbjct 438 TAGTCACTCAGAAAGCCGGGAGTCTG--TC---T---C--T-T-ATGAAAGGTTTAGCAT 485
Query 2211 AGGAACCCATCTTACTGGTGAACTCCCGAAGCTTTCCAATCCAAATAAATCATCAAGTGA 2270
| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 486 AAGAACCCATCTTACTGGTGAACTCCCGAAGCCTCCCAGTCCAAATAAACCATCAAGTGA 545
Query 2271 AT---CCAAGCATGAGACCGTGACAGCCGGTTGCCAGCATGTTCTGTCTCATGTTTTAGC 2327
|| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 546 ATCCACCAATCATGAGACGGTGACAGCCGGTTGCCAGCATGTTCTGTCCCATGTTTTAGC 605
Query 2328 TTCAAAGGAGTTTGCATCCCTAAATAAGTTACTTTCCGAAAATCTTCAAGGGGCCAAGAT 2387
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 606 TTCAAAGGAGTTTGCATCCCTAAATAGGTTACTTTCCGAAAATCTTCAAGGGGTCAAGAT 665
Query 2388 TGAAGACCTTACTTGCAGAACTCTGATAGACACCAGGATGAAAGAGGGTGTTTATGAAGG 2447
||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 TGATGATTTTACGAGCAGAACTCTGATAGACACCAGGATGAAAGAGGGTGTTTATGAAGG 725
Query 2448 TTCACCTCTGCTCTTTTCAACGGATCTCCAAGAGGTCTGGCAAAAAATACAGGATGTTGG 2507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 726 TTCACCTCTGCTCTTTTCAACGGATCTCCAAGAGGTCTGGCAAAAAATGCAGGATGTTGG 785
Query 2508 TAATGATATGGCTGTTCTTGCTAATAGTCTCTTAGAGCTTTCAAGGACCTCCTATAAGGA 2567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 786 TAATGATATGGCTGTTCTTGCTAATAGTCTCTTAGAGCTTTCAAGAACCTCCTATAAGGA 845
Query 2568 ACAGTTGAAGCAGTTCTACACTGGGGAATCGAAGCCTCATCCTAATGCAGAGAACATCAC 2627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 846 ACAGTTGAAGCAGTTCTACACTGGGGAATCGAAGCCTTGTCCTAATGCAGAGAACATCAG 905
Query 2628 AAATGACAGTGTTTATGACGTTTGCAAGCTATGTGGAGAGAAGGCAGAGGCAAGAGACTG 2687
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 AAATGACAGTGTTTCTGACATTTGCAAGCTATGTGGAGAGAAGGCAGAGGCAAGAGACTG 965
Query 2688 TTTAGCATGTGATCATTGTGAAGATATGTACCATGTCTCGTGTGCACATCCTGGTGGGAA 2747
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 966 TTTAGCATGTGATCATTGTGAAGATATGTACCATGTCTCGTGTGCACAACCTGGTGGGAA 1025
Query 2748 AGGGATGCCAACACACAGTTGGTATTGTCTAGACTGCACATCTAAGGGAATCGGATCACC 2807
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 AGGGATGCCAACACACAGTTGGTATTGTCTAGACTGTACATCTAAGGGAATCGGATCACC 1085
Query 2808 TCACGAGAATTGTGTAGTGTGTGAAAGAATGAAAACCCAAGGGATGATGGAGACAGAAAA 2867
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1086 TCATGAGAATTGTGTAGTGTGTGAAAAAATGAAAACCCAAGGGATGATGAAGACAGATAA 1145
Query 2868 CAGATCTGTTGGTACGAGT-CAAGAATGCAAAGAAGAGTCGAACGAATCTGAAGAGAATT 2926
||||||||||| ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 CAGATCTGTTGATACGAGTACA-GAATGCAAAGAGGATTCGAACGAATCTGAAGAGAATT 1204
Query 2927 CAAGCTGTAACATGAATCA-------C-C-ACGTAGAGATGAATAGAGATTCTGAACTCT 2977
||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1205 CAAGCTGTAACATGAATCATGAGGTGCACCACGTAGAGATGAGTAGAGATTCTGAACTCT 1264
Query 2978 GTAGGACCTGTGGAACAAAGGTGGATAGTGGCGGAAAGTATATAACATGTGATCACCCTT 3037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 GTAGGACCTGTGGAACAAAGGTGGATAGTGGCGGAAAGTATATAACATGTGATCACCCTT 1324
Query 3038 TTTGCCCACACAAGTATTACCACATCAGGTGCTTGACTTCAAGGCAAATTAAATTACACG 3097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1325 TTTGCCCACACAAGTATTACCACATCAGGTGCTTGACTTCAAGGCAAATAAAACTACACG 1384
Query 3098 GTGTTCGTTGGTATTGCTCATCGTGCTTATGCAGAAACTGCCTAACTGACAAGGATGATG 3157
|||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 GTGTCCGTTGGTATTGCTCGTCATGCTTATGCAGAAATTGCCTAACTGACAAGGATGATG 1444
Query 3158 ATAAAATCGTCTTGTGTGATGGGTGTGATGATGCGTATCACATCTATTGCATGAGACCTC 3217
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1445 ATAAAATCGTCTTGTGTGATGGGTGTGATGATGCATATCACATCTATTGCATGCGACCTC 1504
Query 3218 CATGTGAATCGGTTCCAAATGGAGAATGGTTTTGCACAGCATGTAAAGCTGCAATTCTTA 3277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 CATGTGAATCGGTTCCAAATGGAGAATGGTTTTGCACAGCATGTAAAGCTGCAATTCTTA 1564
Query 3278 AAGTCCGCAAAGCGCGAAAGGTTTTTGAGAAGAAGATGGAGACGCTGCAGAAACAGAAAG 3337
|||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1565 AAGTCCAAAAAGCACGAAAGGCTTTTGAGAAGAAGATGGAGACGGTGCAGAAACAGAAAG 1624
Query 3338 GAATAAAACCCAGGAATCTCGAATGCAAACCGCGAAGGAAAGACAATGGAGAATTGGATA 3397
|||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 GAATAAAACCCAAGAATCTCCAAGGCAAACCGCAAAGTAAAGACAATGGAGAATTGGATC 1684
Query 3398 AAAGCGTAGGAGGAATGGACATGCTTCTAAACGCAGCTGACACACTGAAAGATGAAGAAC 3457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 AAAGCGTAGGAGGAATGGACATGCTTCTAAACGCAGCTGACACACTGAAAGATGAAGAAC 1744
Query 3458 AGATGACATTCCAGTCCATCAAATGA 3483
||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1745 AGATGACATTCCAATCCATCAAATGA 1770
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173376955008
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5