BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg342166
Length=2898
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20250.1 | Symbols: APUM5, PUM5 | pumilio 5 | chr3:7058902-7... 4776 0.0
> AT3G20250.1 | Symbols: APUM5, PUM5 | pumilio 5 | chr3:7058902-7063240
REVERSE LENGTH=3213
Length=3213
Score = 4776 bits (2586), Expect = 0.0
Identities = 2800/2902 (96%), Gaps = 20/2902 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGACGACTCAGAGCGCTATGAGAATGGTTGAGGGTGATCATATAAAAAATTGGCAG 60
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 132 ATGACGACTACGCAGAGCGCTATGAGAATGGTTGAGGGTGATCATATAAAAAATTGGCAG 191
Query 61 GCTTCTAGGGATAGTGGGATCTTTGGTTCACTTGATATGGCAGTTGAAGATTTAGGATT- 119
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 192 GCTTCTAGTGATAGTGGGATCTTTGGTTCACTTGATATGGCTGTTGAAGATTTAGGATTC 251
Query 120 CTTAATGAAAAGAAATAGGTTGGATAGTGGCGATCATACCGGGAAAATCCCTAGTAGGAG 179
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 252 CTT-ATGAAAAGAAATAGGTTGGATAGTGGTGATCAAACCGGTAAATTCCCTAGTAGAAG 310
Query 180 CGGAAGTGCGCCGCCTAGCATGGAAGGTTCCGTTGCAGCTCTTAGGAATCTCTTGAAACA 239
|| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 CGAAAGCGCGCCGCCTAGCATGGAAGGTTCCTTTGCAGCTCTTAGGAATCTCTTGAAACA 370
Query 240 ACAAGAAGGTAGTAGCTCTGAAGTTTTAAGTAGGGCTATTGAGAATTATGACTCGGAAGA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ACAAGAAGGTAGTAGCTCTGAAGTTTTAAGTAGGGCTATTGAGAATTATGACTCGGAAGA 430
Query 300 AGAGATACGTAGCGATCCTGCATATGTAGCTTACTATTTGTCGAACATCAACTTGAATCC 359
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 AGAGATACGTAGTGATCCTGCTTATGTAGCTTACTATTTGTCGAACATCAACTTGAATCC 490
Query 360 GAGACTCCCTCCTCCGTTAATCTCACGGGAGAATCAGCACTTGTTGCGTCATTTCGGTGG 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 491 GAGACTCCCTCCTCCGTTAATCTCACGGGAGAATCAGCACTTGTTGCGTCA--T---T-- 543
Query 420 GGTTGGTGATAATAATCAGAGTCCAACAACTTCTTGGGATAATATGGGGATAAGGTCCTC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 544 --TTGGTGATAATAATCAGAGTCCAACAACTTCTTGGGATAATATGGGGATAAGATCATC 601
Query 480 CTTGCATTCTTCTAGAACTGCTCTTTCGACTCATAGAGAGGAGCCCGAGGATGAGGCATC 539
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TTTGCATTCTTCTAGAACTGCTCTTTCAACTCATAGAGAGGAGCCCGAGGATGAGGCATC 661
Query 540 ATCTGGG-GAACAACAAGCTTATGCTTCTTTGGCTGGTCGTCGTAAGAGCATAGCTGATA 598
||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 ATC-GGGTGAACAACAATCTTATGCTTCTTTGGCTGGTCGTCGTAAGAGCATAGCTGATA 720
Query 599 TGATTCAGGAAGATTTCCCTCTTACACTTTCTTCTGTGTTCAAGCGGCCTCATTCGGCAG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGATTCAGGAAGATTTCCCTCTTACACTTTCTTCTGTGTTCAAGCGGCCTCATTCGGCAG 780
Query 659 GAAATCGTCCAATAGCACAAGACATCCATGCCATTTCCTCTGATACATCTTCAGAAAACA 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 781 GAAATCGTCCAATAGCACAAGACATCCATGCCATTTCCTCTGATACATCTTCAGAACACG 840
Query 719 CGAGAAGATTACCGGAGTCTGATATAAATTCGGTTAATCTGCTGAGGGAGACAGATTCTC 778
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CAAGAAGATTACCGGAGTCCGATATAAATTCGGTTAATCTGCTGAGGGAGACAGATTCTC 900
Query 779 TCTCCATCGATGCTATTGCTAGTGAAGATCCCTTTACCACTGATTTGGGCTCACAAAGTT 838
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 901 TCTCCAGCGATGCTATTGCTAGTGAAGATCCCTTTACCACTGATTTGGCCTCACAAAGTT 960
Query 839 CTACTAATGTACAGA-ATGAGAGATTAAACGCGAGGCGAGCGAGCCATGAGGACAACAAT 897
|||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTACTAATGCACAGACA-GAGAGATTGAACGCGAGGCAAGCGAGCCATGAGGACAACAAT 1019
Query 898 CTATCTGTTTTTGGTGCTTCTCCTCCGTCCTCTGTTGCTTCAAGAATGAGGAGGAACCAA 957
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTATCTGTTTTTGGTGCTTCTCCTCCATCCTCTGTTGCTTCAAGAATGAGGAGGAACCAA 1079
Query 958 GAAGACCAACAATCTCAGGGAAGGAGAATGCCTCTGCAATACACACCTTCATCGTATCAG 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GAAGACCAACAATCTCAGGGAAGGAGAATGCCTCCACAATACACACCTTCATCGTATCAG 1139
Query 1018 GTTCAGGCTAGTTCGCCACAACAAATGACCTATCCGAGGATGGGCGGTACACAGGACATG 1077
||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1140 GTTCAAGCTAGTTCGCCACAGCAAATGAGCTATCCGAGGATAGGTGGTACACAGGACATG 1199
Query 1078 ATGCAGAGCTTACCAAAGATTGCAACTGGCGAGGTACATTCGACTTTCCAATCTCCTCAC 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ATGCAGAGCTTACCAAAGATTGCAACTGGCGAGGTACATTCGACTTTCCAATCTCCTCAC 1259
Query 1138 GGTTTGGCACCGCCTCCCATGTATACATCTACAGCAGGATATATGACATCTCTGAGCCCA 1197
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1260 GGTTTGGCACCGCCTCCTATGTATACATCAACAGCAGCATATATGACATCTCTGAGTCCA 1319
Query 1198 TTTTACCATCAAAATTTTCAGTCCTCGGGTATGTACCTCCCGCAATATAATTATGGCAGT 1257
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 TTTTACCATCAAAACTTTCAGTCCTCGGGTATGTTCGTCCCGCAATATAATTATGGTGGT 1379
Query 1258 TACCCTCCTGGCT-CTGGTATTGTCCCTCAATATATGAGTGGATACCCATCGCATGAAGC 1316
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1380 TACCCTCCTG-CTTCTGGTATTGTCCCTCAATATATGAGTGGATACCCATCTCATGAAGC 1438
Query 1317 AACTGTTCCTATGCCATATGATATCTCATCTACTTCTTTGGGCTACAACAACGCTCGGCT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 GACTGTTCCTATGCCATATGATATCTCATCTACTTCTTCGGGCTACAACAACCCTCGGCT 1498
Query 1377 GCTACCTGGAGTATCATCGAGTGGACAAAACATTCCTTCGCTTGTGGATCCTTTTCAGTT 1436
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CCTGCCTGGAGTATCATCGAGTGGACAAAACATTCCTTCTCTTGTGGATCCTTTTCAGTT 1558
Query 1437 GCAATATTTTCAACAGGCTCAAGTGGACGCGTATGCTCCTCCGTTTCAGAGCAGCACTGA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GCAATATTTTCAACAGGCTCAAGTGGACGCGTATGCTCCTCCGTTTCAGAGCAGCACTGA 1618
Query 1497 TTCTTTTGGGCAGAAAGACCAACAAGCTGCTGGCTATATGGCAAATCATGAACCTCTCAA 1556
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTCTTTTGGGCAGAAAGACCAACAAGCTGTTGGCTATATGGCAAATCATGAACCTCTCAA 1678
Query 1557 CAGTCCATTGAGTCCGAGTTACGGGATGCAAAGTCCGCGGCACATGGGGAATTATTTTGC 1616
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1679 CAGTCCATTGAGTCCGGGTTACGGGTTGCAAAGTCCGCGGCACATGGGAAACTATTTTGC 1738
Query 1617 AGTGCCACCTGGTGTAAGAGTCATGCCGCAGTATCCAGGATCACCTCTTGCTAGTCCGGT 1676
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGTGCCGCCTGGTGTAAGAGTAATGCCGCAGTATCCAGGATCACCTCTTGCTAGTCCGGT 1798
Query 1677 GATGCCTTCCTCACCGGTTGGTGGAATGATGAGCCACTTTGGAAGACGAAGTGAAACAAG 1736
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GATGCCATCCTCACCGGTTGGTGGAATGATGAGCCACTTTGGAAGACGAAGTGAAACAAG 1858
Query 1737 GTATCATCAACAAGGGCCAAGTAGAAACACTGGGATCTACCCTGGTGGATGGCAAGGGAA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GTATCATCAACAAGGGCCAAGTAGAAACACTGGGATCTACCCTGGTGGATGGCAAGGGAA 1918
Query 1797 CAGAGGAGGAGCCAGCAGCATCGTTGATGATCTAAAAAGACATTCTTTTCTTGATGAACT 1856
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CAGAGGGGGAGCCAGCAGCATCGTTGATGATCTAAAAAGACATTCTTTTCTTGATGAACT 1978
Query 1857 CAAGTCTCCAAACGCTCGGAAACTCGAGCTGTCTGATATTGCAGGGCGCGTTGTTGAATT 1916
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1979 TAAGTCTCCAAATGCTCGGAAACTCGAGCTTTCTGATATTGCAGGGCGTGTTGTTGAATT 2038
Query 1917 CAGGCACGTCGATCAGCATGGCAGCCGGTTTATTCAACAGAAGTTGGAGCATTGCTCCGA 1976
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2039 CAG-C--GTCGATCAGCATGGCAGCCGGTTTATTCAACAGAAGTTGGAGCACTGCTCCGA 2095
Query 1977 TGAGGAGAAGGCATCTGTTTTCAGTGAGGTTCTTCCACAAGCTTCAAAATTGATGACTGA 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TGAGGAGAAGGCATCTGTTTTCAGTGAGGTTCTTCCACAAGCTTCAAAATTGATGACTGA 2155
Query 2037 CGTTTTTGGAAATTATGTCATCCAAAAATTCATAGAACATGGAACTCCGGCCCAGAGAGA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2156 CGTTTTTGGAAATTATGTCATCCAAAAATTCATAGAACATGGAACTCCGGCACAGAGAGA 2215
Query 2097 AGAACTTGTGAAGCAACTTGCTGGTCAGATGGTTTCACTAAGCTTACAAATGTATGGATG 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AGAACTTGTGAAGCAACTTGCTGGTCAGATGGTTTCACTAAGCTTACAAATGTATGGATG 2275
Query 2157 TCGTGTGATACAAAAGGCCCTTGAAGTGATAGATGTTGACCAAAAGACAGAACTAATTCG 2216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CCGTGTGATACAAAAGGCCCTTGAAGTGATAGATGTTGACCAAAAGACAGAACTAATTCG 2335
Query 2217 TGAGCTCGATGGAAATGTGCTGAAGTGTGTTAGAGATCAAAACGGAAATCATGTTATCCA 2276
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TGAGCTCGATGGGAATGTGCTGAAGTGTGTTAGAGATCAAAACGGAAATCATGTTATCCA 2395
Query 2277 AAAGTGTATCGAGAGTATGCCTGCCGGTAGGATTGGATTCGTAATTGCTGCTTTCCGTGG 2336
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 AAAATGTATCGAGAGTATGCCTGCTGGTAGGATTGGATTCGTAATTGCTGCTTTCCGTGG 2455
Query 2337 TCAAGTCGCCACTCTTTCTACTCACCCTTATGGATGCCGAGTTATCCAGAGAATCTTGGA 2396
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 TCAAGTCGCCACTCTTTCTACTCATCCTTATGGATGCCGAGTTATCCAGAGAATCTTGGA 2515
Query 2397 GCATTGTTCAGATGATGAGGAGACTCATTGTATAATCGATGAAATATTGGAATCTGCGTT 2456
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 GCATTGCTCAGATGATGAGGAGACTCATTGTATAATAGATGAAATATTGGAATCTGCGTT 2575
Query 2457 TGCTCTTGCTCATGATCAGTATGGGAATTATGTCACTCAGCATGTCCTGGAGAGAGGGAA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 TGCTCTTGCTCATGATCAGTATGGGAATTATGTCACTCAGCATGTCCTGGAGAGAGGGAA 2635
Query 2517 GCCCGACGAAAGGAGACAGATCATTGAGAAGTTGACAGGGAATGTTGTTCAGATGAGTCA 2576
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 GCCCGATGAAAGGAGACAGATCATTGAGAAGTTGACAGGGAATGTTGTTCAGATGAGTCA 2695
Query 2577 GCACAAATACGCATCTAACGTTGTGGAGAAGTGTCTGGAACACGCTGATAGTACTGAGAG 2636
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2696 GCACAAATACGCATCTAACGTTGTAGAGAAGTGTTTGGAACACGCTGATAGTACCGAAAG 2755
Query 2637 AGAGTTCCTGATTGAAGAGATAATGGGAAAATCCGAGGAAGACAATCACTTGCTAGCGAT 2696
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 AGAGTTCCTGATTGAAGAGATAATGGGCAAATCCGAGGAAGACAATCACTTGCTAGCGAT 2815
Query 2697 GATGAAGGATCAGTTTGCAAATTACGTGGTCCAGAAAGTCTTGGAGATCAGTAAAGATCA 2756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 GATGAAGGATCAGTTTGCAAATTACGTGGTCCAGAAAGTCTTGGAGATCAGTAAAGATCA 2875
Query 2757 GCAAAGGGAGATTCTGGTGCAGAGGATGAAAATTCATCTCCAGAGTTTGCGGAAATACAC 2816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2876 GCAAAGGGAGATTCTGGTGCAGAGGATGAAAATTCATCTCCAAAGTTTGCGGAAATACAC 2935
Query 2817 ATACGGGAAACACATAGTAGCCCGATTCGAACAACTGTTTGGTGAAGAGAGTGAAGTCTC 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 ATACGGGAAACACATAGTAGCCCGATTCGAACAACTGTTTGGTGAAGAGAGTGAAGTCTC 2995
Query 2877 AGAAGAGGGAACAGAAGGTTAG 2898
||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 AGAAGAGGGAACAGAAGGTTAG 3017
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144029293353
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5