BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg344116
Length=4200
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G25170.1 | Symbols: PKL, GYM, CHD3, CHR6, SSL2 | chromatin r... 3644 0.0
> AT2G25170.1 | Symbols: PKL, GYM, CHD3, CHR6, SSL2 | chromatin
remodeling factor CHD3 (PICKLE) | chr2:10713807-10723986 FORWARD
LENGTH=4402
Length=4402
Score = 3644 bits (1973), Expect = 0.0
Identities = 2195/2304 (95%), Gaps = 8/2304 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1901 AGTTTCAGCACATGCTGGATC-TACTTGAAGACTACTGTTCTTATAAGAAATGGAACTAC 1959
|||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||
Sbjct 1880 AGTTTCAGCATATGCTGGA-CTTACTTGAAGACTACTGTACCCATAAGAAATGGCAGTAC 1938
Query 1960 GAGCGAATTGATGGAAAGGTTGGCGGAGCTGAGCGGCAAATACGCATAGATCGGTTCAAT 2019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 GAGCGAATTGATGGAAAGGTTGGCGGAGCTGAGCGGCAAATACGCATAGATCGGTTCAAT 1998
Query 2020 GCCAAAAACTCTAACAAATTTTGTTTTTTGCTCTCCACAAGAGCTGGTGGCTTAGGAATA 2079
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GCCAAAAATTCTAACAAGTTTTGTTTTTTGCTCTCCACAAGAGCTGGTGGCTTAGGAATA 2058
Query 2080 AATCTTGCAACGGCTGATACAGTAATAATTTATGACAGTGACTGGAATCCTCATGCTGAT 2139
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 AATCTTGCAACGGCTGATACAGTAATCATTTATGACAGTGACTGGAATCCTCATGCTGAT 2118
Query 2140 CTTCAGGCAATGGCTAGAGCTCATCGACTTGGCCAAACAAATAAGGTGATGATTTACCGA 2199
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2119 CTTCAAGCAATGGCTAGAGCTCATCGACTTGGCCAAACAAATAAGGTGATGATTTATAGG 2178
Query 2200 CTCATAAACCGAGGCACCATTGAAGAAAGGATGATGCAATTAACTAAAAAGAAAATGGTT 2259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2179 CTCATAAACCGAGGCACCATTGAAGAAAGGATGATGCAATTGACTAAAAAGAAAATGGTT 2238
Query 2260 CTAGAGCATCTTGTCGTCGGGAAACTAAAAACACAAAACATTAATCAGGAAGAGTTAGAT 2319
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 CTAGAGCATCTTGTTGTTGGGAAACTCAAAACACAAAACATTAATCAGGAAGAGTTAGAT 2298
Query 2320 GACATCATCAGGTATGGATCAAAGGAGCTTTTTGCTAGTGAAGATGACGAAGCAGGAAAG 2379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2299 GACATCATCAGGTATGGATCAAAGGAGCTTTTTGCTAGTGAAGATGATGAAGCAGGAAAG 2358
Query 2380 TCTGGAAAAATTCATTATGATGATGCGGCTATAGACAAATTGCTTGATCGTGATCTCGTG 2439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 TCTGGAAAAATTCATTATGATGATGCGGCTATAGACAAATTGCTTGATCGTGATCTCGTG 2418
Query 2440 GAGGCTGAGGAGGTCTCAGTGGATGATGAAGAGGAGAATGGATTCTTAAAGGCTTTCAAG 2499
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419 GAGGCAGAGGAAGTCTCAGTGGATGATGAAGAGGAGAATGGATTCTTAAAGGCTTTCAAG 2478
Query 2500 GTGGCAAATTTTGAGTATATTGATGAAAACGAGGCAGCAGCATTAGAGGCACAGAGAGTC 2559
||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 GTGGCTAATTTTGAATATATAGATGAAAATGAGGCAGCAGCATTAGAGGCACAGAGAGTC 2538
Query 2560 GCTGCTGAAAGCAAATCTTCAGCAGGCAGTTCTGATAGAGCAAGTTATTGGGAAGAGTTG 2619
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 GCTGCTGAAAGCAAATCTTCAGCAGGCAATTCTGATAGAGCAAGTTATTGGGAAGAGTTG 2598
Query 2620 TTAAAAGATAAATTTGAGCTGCACCAGGCTGAGGAGCTTAATGCTCTTGGAAAAAGGAAG 2679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 TTAAAAGATAAATTTGAGCTGCACCAGGCTGAGGAGCTTAATGCTCTTGGAAAAAGGAAG 2658
Query 2680 AGAAGTCGCAAGCAGTTGGTATCCATTAAAGAAGATGATCTTGCTGGTTTGGAAGATGTG 2739
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659 AGAAGTCGCAAGCAGTTGGTATCCATTGAAGAAGATGATCTTGCTGGTTTGGAAGATGTG 2718
Query 2740 AGCTCTGATGGAGATGAAAGTTATGAAGCCGAGTCAACAGATGCTGAAACAGCGGGACAA 2799
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||
Sbjct 2719 AGCTCTGATGGAGATGAAAGTTATGAAGCTGAGTCAACAGATGGTGAAGCAGCAGGACAA 2778
Query 2800 GAAGTTCAGACGGGTCGACGGCCATATAGAAGAAAGGGTCGCGATAACTCGGAGCCAATT 2859
| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||| |||| |
Sbjct 2779 GGAGTTCAGACGGGTCGACGGCCGTACAGAAGAAAGGGTCGCGATAATTTGGAACCAACT 2838
Query 2860 CCTTTGATGGAAGGCGAGGGGAGATCTTTCAGAGTACTGGGTTTCAACCAGAGTCAAAGG 2919
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2839 CCGTTGATGGAAGGTGAGGGGAGATCTTTCAGAGTACTGGGTTTCAACCAGAGTCAAAGG 2898
Query 2920 GCCATTTTTGTACAGACGTTGATGAGGTATGGAGCTGGTAATTTCGATTGGAAGGAGTTT 2979
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2899 GCCATTTTTGTACAGACTTTGATGAGGTATGGAGCTGGCAATTTTGATTGGAAGGAGTTT 2958
Query 2980 GTTCCTCGCTTAAAGCAGAAGACCTATGACGAAATAAATGAATATGGAATACTCTTCTTG 3039
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959 GTTCCTCGCTTAAAGCAGAAGACCTTTGAAGAAATAAATGAATATGGAATACTCTTCTTG 3018
Query 3040 AAGCACATTGCTGAAGATATTGACGAGAACTCTCCAACATTTTCAGATGGTGTGCCAAAG 3099
||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 3019 AAGCACATTGCTGAAGAAATAGACGAGAATTCTCCAACCTTTTCAGATGGTGTGCCCAAG 3078
Query 3100 GAAGGACTTAGAATAGAAGATGTTCTAGTCAGAATTGCTCTTCTGATACTAGTACAGGAG 3159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3079 GAAGGACTTAGAATAGAAGATGTTCTAGTCAGAATTGCTCTTCTGATACTAGTTCAGGAG 3138
Query 3160 AAGACGAAATTTGTAGAAGATCATCCAGCGAAACCTGTTTTCACGTCCCGCATTCTTGAA 3219
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 3139 AAGGTGAAATTTGTAGAAGATCATCCAGGGAAACCTGTTTTCCCCTCTCGCATTCTTGAA 3198
Query 3220 AGATTCCCCGGATTGAGAAGTGGAAAAGTTTGGAAGGAGGAACATGACAAGATAATGATA 3279
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3199 AGATTCCCCGGACTGAGAAGTGGAAAAATTTGGAAGGAGGAACATGACAAGATAATGATA 3258
Query 3280 CGTGCTGTTTTAAAGCATGGGTATGGGCGATGGCAAGCTATTGTTGATGACAAAGAGTTA 3339
||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3259 CGTGCTGTTTTAAAGCATGGGTACGGACGGTGGCAAGCTATTGTTGATGACAAAGAGTTG 3318
Query 3340 GGGATCCAAGAGCTTATCTGCAAGGAATTGAACTTCCCTCACATAAGTTTGTCTGCTGCT 3399
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3319 GGGATCCAAGAGCTTATCTGCAAAGAATTGAATTTCCCTCACATAAGTTTGTCTGCTGCT 3378
Query 3400 GAACAAGCTGGCTTGCAGGGGCAGAATGGTAGTGGGGGCTCCAATTTGGGAGCACAGACT 3459
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3379 GAACAAGCTGGTTTGCAGGGGCAGAATGGTAGTGGGGGCTCTAATCCGGGAGCACAGACT 3438
Query 3460 AACCAGAATTCTGGAAGTGGTATTACTGGGAACAATAATGCTTCTGGTGATGGGG-TCCA 3518
||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 3439 AACCAGAATCCTGGAAGCGTTATTACTGGGAACAATAATGCTTCTGCTGATGGGGCTC-A 3497
Query 3519 AGTAAACTCGATGTTCTACTATCGGGACATGCAGAGACGACTTGTTGAGTTTGTGAAAAA 3578
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3498 AGTAAACTCGATGTTCTATTATCGGGACATGCAGAGACGACTTGTTGAGTTTGTGAAAAA 3557
Query 3579 GCGAGTTCTGCTTTTGGAGAAAGCGTTGAATTATGAATATGCAGAGGATTATTATGGACT 3638
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3558 GCGAGTTCTGCTTTTGGAGAAGGCGATGAATTATGAATACGCAGAGGAATATTATGGACT 3617
Query 3639 TGGTGGCTCGTCATCTATCCCTACTGAAGAACCAGAAGCTGAACCAAAGATCGCTGACAC 3698
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3618 TGGTGGCTCATCATCTATCCCTACTGAAGAACCAGAAGCTGAACCAAAGATCGCTGACAC 3677
Query 3699 AGTGGGAGTGAGCTTTATTGAGGTCGATGATGAAATGCTTGATGGACTTCCTAAGACTGA 3758
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3678 AGTGGGAGTGAGCTTTATTGAGGTTGATGATGAAATGCTTGATGGACTTCCTAAGACTGA 3737
Query 3759 TCCCATCACTTCAGAAGAAATTATGGTGGCTGCTGTTGACAACAACCAAGCGCGGGTCGA 3818
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3738 TCCTATCACTTCAGAAGAAATTATGGGGGCTGCTGTTGACAACAACCAAGCGCGGGTCGA 3797
Query 3819 AATAGCTCAGCATTATAACCAGATGTGCAAAGTTTTTAATGAGAACGCTCGTGAATCACT 3878
||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||| |
Sbjct 3798 AATAGCTCAACATTATAACCAGATGTGCAAACTTCTTGATGAGAACGCTCGGGAATCAGT 3857
Query 3879 CCAAGCATATGTAAACAACCAACCACCAAGTACCAAGGTGAATGAGAGCTTCCGTGCACT 3938
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3858 CCAAGCATATGTAAACAACCAACCACCGAGTACCAAGGTGAATGAGAGCTTCCGTGCACT 3917
Query 3939 CGAATCTATCAATGGTAACATTAGA-ACGATCCTTTCGACTCCA-CTTGACCAATCAAAG 3996
| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||| | || || || ||||| |||
Sbjct 3918 CAAATCTATCAATGGTAACATTA-ACACAATCCTTTCGATTACATCT-GATCAATCCAAG 3975
Query 3997 TCACATGAAAACGACACCAAGCCAAACCTAAACAATGTTGACATGAAGGACACGGCCGAA 4056
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3976 TCACATGAAGACGACACCAAGCCAGACCTAAACAATGTTGAGATGAAGGACACGGCCGAA 4035
Query 4057 GAAACAAAACCGTTAAGAGGTGGCGTCGTCGATCTGAATGTGATGGAGGGAGAGGAGAAC 4116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4036 GAAACAAAACCGTTAAGAGGTGGCGTCGTCGATCTGAATGTGGTGGAGGGAGAGGAGAAC 4095
Query 4117 ATTTCTGAAGCTAGTGGAAGTGTTGATGTGAAAATGGAAGAAGCCAAAGAAGAAGAGAAG 4176
||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4096 ATTGCTGAAGCTAGTGGAAGTGTTGATGTAAAAATGGAAGAAGCCAAAGAAGAAGAGAAG 4155
Query 4177 CCAAAGAACATGGTCGTGGATTGA 4200
||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4156 CCAAAGAACATGGTCGTTGATTGA 4179
Score = 3186 bits (1725), Expect = 0.0
Identities = 1844/1903 (97%), Gaps = 2/1903 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTAGTTTGGTGGAGCGGCTTCGTATACGATCAGATAGGAAACCGGTTTATAATCTA 60
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 25 ATGAGTAGTTTGGTGGAGAGGCTTCGCATACGATCTGATAGGAAACCAGTTTATAACCTA 84
Query 61 GATGATTCTGATGATGACGACTTCGTTCCTAAAAAAGATCGGACCTTGGAGCAAGTCGAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 85 GATGATTCTGATGATGACGACTTCGTTCCTAAAAAAGATCGAACCTTTGAGCAAGTCGAG 144
Query 121 GCTATTGTCAGAACTGATGCGAAAGAAAATGCATGCCAGGCTTGTGGAGAAAGTGCAAAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||
Sbjct 145 GCTATTGTCAGAACTGATGCGAAAGAAAATGCATGTCAGGCTTGTGGGGAAAGTACTAAT 204
Query 181 CTTGTAAGCTGCAATACATGTACGTATGCGTTCCATGCTAAATGCTTAGTTCCGCCTCTT 240
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 205 CTTGTAAGCTGCAATACATGCACTTATGCGTTCCATGCTAAATGCTTAGTTCCACCTCTT 264
Query 241 AAAGACGCGTCAGTGGAAAATTGGAGATGCCCTGAATGCGTTAGTCCTCTTAATGAGATA 300
||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 265 AAAGATGCTTCCGTGGAAAATTGGAGATGCCCTGAATGTGTTAGTCCTCTTAACGAGATA 324
Query 301 GATAAGATATTGGACTGTGAAATGCGTCCTACAAAATCTAGTGAACAAGGTTCCTCCGAT 360
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 325 GATAAGATATTGGATTGTGAAATGCGTCCTACAAAATCTAGTGAACAAGGTTCCTCCGAT 384
Query 361 GCGGCACCAAAGCCAATTTTTGTGAAACAGTATCTCGTGAAGTGGAAGGGATTATCATAC 420
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 GCGGAACCGAAGCCAATTTTTGTGAAACAGTATCTCGTGAAGTGGAAGGGATTATCATAC 444
Query 421 CTTCACTGCTCTTGGGTGCCTGAGAAGGAGTTCCAGAAGGCTTATAAGTCAAATCATCGT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CTTCACTGCTCTTGGGTGCCTGAGAAGGAGTTCCAGAAGGCTTATAAGTCAAATCATCGT 504
Query 481 TTAAAAACCAGGGTGAACAATTTTCACCGTCAAATGGAATC-TGTCAATAACAGCGAAGA 539
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||
Sbjct 505 TTAAAAACCAGAGTGAACAATTTTCACCGTCAAATGGAGTCAT-TCAATAACAGCGAAGA 563
Query 540 TGATTTTGTTGCCATTCGTCCTGAGTGGACCACTGTTGATCGGATTCTTGCCTGCAGAGA 599
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 TGATTTTGTTGCCATACGTCCTGAGTGGACCACTGTTGATCGGATTCTTGCCTGCAGAGA 623
Query 600 GGAAGATGGTGAGCTGGAATATCTTGTGAAATATAAAGAGCTATCTTATGATGAATGTTA 659
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 624 GGAAGATGGGGAGCTGGAATATCTTGTCAAATATAAAGAGCTATCCTATGATGAATGTTA 683
Query 660 TTGGGAGTCAGAATCAGACATCTCAACCTTCCAGAATGAAATTCAAAGGTTCAAGGATGT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 TTGGGAGTCAGAATCAGACATCTCAACCTTCCAGAATGAAATTCAAAGGTTCAAGGATGT 743
Query 720 AAATTCTAGAACTCGCAGGGGTAAAGATGTTGACCATAAAAGAAATCCCAGAGACTTTCA 779
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 744 AAATTCTAGAACTCGCAGAAGTAAAGATGTTGACCATAAAAGAAATCCCAGAGACTTTCA 803
Query 780 ACAGTTTGATCATACTCCTGAATTCCTCAAAGGCTTGTTGCATCCATACCAGCTTGAGGG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 804 ACAGTTTGATCATACTCCTGAATTCCTCAAAGGCTTGTTACATCCATACCAGCTTGAGGG 863
Query 840 ACTTAATTTTTTGCGGTTCTCGTGGTCAAAACAGACGCATGTAATCCTTGCTGATGAAAT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 ACTTAATTTTTTGCGGTTCTCGTGGTCAAAACAGACGCATGTAATCCTTGCTGATGAAAT 923
Query 900 GGGACTAGGCAAAACAATTCAAAGCATTGCCCTTTTAGCTTCACTTTTTGAGGAGAACCT 959
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GGGACTAGGCAAGACAATTCAAAGCATTGCCCTTTTAGCTTCACTTTTTGAGGAGAACCT 983
Query 960 CATTCCGCATTTGGTAATTGCTCCTCTATCGACTCTGCGTAACTGGGAGAGAGAGTTTGC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 984 CATTCCGCATTTGGTAATTGCTCCTCTATCGACTCTGCGTAACTGGGAGAGAGAGTTTGC 1043
Query 1020 CACATGGGCCCCACAGATGAATGTGGTTATGTATTTTGGCACTTCGCAAGCTCGAGCAGT 1079
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1044 CACATGGGCCCCACAGATGAACGTGGTTATGTATTTTGGCACTGCGCAAGCTCGAGCAGT 1103
Query 1080 TATCAGAGAACATGAGTTTTACTTTTCGAAAGATaaaaaaaaaatcaagaaaaagaaatc 1139
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1104 TATCAGAGAACATGAGTTTTACTTATCGAAAGATCAAAAAAAGATCAAGAAAAAGAAATC 1163
Query 1140 tggacaaatcagtagcgaaagcaagcaaaaaagaatcaagTTTGACGTCCTCCTCACATC 1199
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1164 TGGACAAATAAGTAGCGAAAGCAAGCAAAAAAGAATCAAGTTTGATGTCCTCCTCACATC 1223
Query 1200 GTATGAGATGATCAACCTAGATACAGCAGTTCTGAAACCAATTAAGTGGGAGTGCATGAT 1259
|||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 GTATGAGATGATCAACCTAGATTCAGCAGTTCTAAAACCAATTAAGTGGGAGTGCATGAT 1283
Query 1260 TGTTGATGAAGGTCATCGACTGAAAAATAAGGATTCAAAGCTGTTCTCTTCATTGACACA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 TGTTGATGAAGGTCATCGACTGAAAAATAAGGATTCAAAGCTGTTCTCTTCATTGACACA 1343
Query 1320 GTATTTAAGTAATCATCGTATTCTTCTGACAGGAACACCACTTCAGAACAACTTGGATGA 1379
||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 GTATTCAAGTAACCACCGTATTCTTCTGACAGGAACACCACTTCAGAACAACTTGGATGA 1403
Query 1380 ACTTTTCATGCTAATGCATTTTCTTGATGCGGGGAAGTTTGGAAGTTTGGAGGAGTTCCA 1439
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 ACTTTTCATGCTCATGCATTTTCTTGATGCGGGGAAGTTTGGAAGTTTGGAGGAGTTCCA 1463
Query 1440 GGAGGAGTTCAAAGATATTAATCAAGAGGAACAGATCTCAAGATTGCACAAAATGTTGGC 1499
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1464 GGAGGAGTTCAAAGATATTAATCAAGAGGAGCAGATCTCAAGGTTGCACAAAATGTTGGC 1523
Query 1500 TCCACATTTGCTCAGAAGGGTaaaaaaaGACGTAATGAAAGACATGCCCCCCAAAAAGGA 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 TCCACATTTGCTCAGAAGGGTAAAAAAAGACGTAATGAAAGACATGCCCCCCAAAAAGGA 1583
Query 1560 ACTCATTTTGCGTGTTGATCTGAGCAGCCTGCAGAAAGAATATTACAAAGCTATTTTTAC 1619
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 GCTCATTTTGCGTGTTGATCTGAGCAGTCTGCAGAAAGAATATTACAAAGCTATTTTTAC 1643
Query 1620 CCGTAATTATCAAGTATTGACTAAAAAGGGAGGTGCTCAAATTTCCCTTAATAACATTAT 1679
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 CCGTAATTATCAAGTATTGACAAAAAAGGGAGGTGCTCAAATTTCCCTTAATAACATTAT 1703
Query 1680 GATGGAATTACGAAAAGTATGCTGCCATCCTTATATGCTGGAGGGTGTTGAGCCAGCTAT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1704 GATGGAATTACGAAAAGTATGCTGCCATCCTTATATGCTAGAGGGTGTTGAGCCAGTTAT 1763
Query 1740 TCACGACGCTAATGAAGCTTTCAAACAACTTTTGGAATCTTGTGGAAAGCTGCAACTTCT 1799
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 TCACGACGCAAATGAAGCTTTCAAACAACTTTTGGAGTCTTGTGGAAAGCTGCAACTTCT 1823
Query 1800 AGATAAAATGATGGTCAAACTGAAAGAGCAAGGACACAGAGTCCTAATATACACACAGTT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824 AGATAAAATGATGGTCAAACTGAAAGAGCAAGGACACAGAGTCCTAATATACACACAGTT 1883
Query 1860 TCAGCACATGCTGGACTTACTTGAAGACTACTGTTCCTATAAG 1902
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1884 TCAGCATATGCTGGACTTACTTGAAGACTACTGTACCCATAAG 1926
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 209346653139
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5