BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg346398
Length=2034
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G45880.1 | Symbols: BMY4, BAM7 | beta-amylase 7 | chr2:18878... 3369 0.0
> AT2G45880.1 | Symbols: BMY4, BAM7 | beta-amylase 7 | chr2:18878518-18882578
REVERSE LENGTH=2855
Length=2855
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 1964/2032 (97%), Gaps = 7/2032 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAACGGATATGCAGAAACTGCTTGGAACTAGtgaagaggatgatgatgaagaaatg 60
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 624 ATGGCGACGGATATGCATAAACTGCTTGGAACTAGTGAAGAGGATGATGACGAAGAAATG 683
Query 61 gatatggatgtgaaggaagaagatgatggagaCCGACGAAATAGAGACACACGCGCTGCT 120
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||
Sbjct 684 GACATGGATGTGAAGGAAGAAGATGATGGAGACCGACGAAATAGAGACAAACACGCAGCT 743
Query 121 TCAGGC---AGTAGTAATGATGAGTTTATGTTTCAGCAGTCAATGCAAGATCAAGTGGGC 177
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 744 TCAGGCAGTAGTAGTAATGACGAGTTTATGTTTCAGCAGTCAATGCAAGATCAAGTGGGC 803
Query 178 ACTCCTGGGGGAGGAGGAAGTCGCAGAAGTAGACCGCTTGAAGAGAAGGAGCGAACTAAG 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 ACTCCTGGGGGAGGAGGAAGTCGCAGAAGTAGACCGCTTGAAGAGAAGGAGCGAACTAAG 863
Query 238 TTAAGAGAGCGCCATCGAAGGGCTATTACTGCAAGGATACTAGGCGGGTTACGAAGGCAT 297
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 TTGAGAGAGCGCCATCGAAGGGCTATAACTGCAAGGATACTAGGCGGGTTACGAAGGCAT 923
Query 298 GGGAATTATAATCTCAGAGTTAGAGCTGATATTAACGATGTTATCGCGGCTTTGGCAAGG 357
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GGGAATTATAACCTGAGAGTTAGAGCTGATATTAACGATGTTATCGCGGCTTTGGCAAGG 983
Query 358 GAAGCTGGATGGGTTGTTCTTCCTGATGGAACTACTTTTCCAGCCAAATCTCAGGGGACA 417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 984 GAAGCTGGATGGGTTGTTCTTCCTGATGGAACTACTTTTCCATCCAAATCTCAGGGGACA 1043
Query 418 AAGCCTACTGGTGGTTCTTCTGCGGTTGCTGCAGGTTCATCAGCTTCTCACATTGCGTCA 477
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1044 AAGCCTACTGGTGGTTCTTCTGCGGTTGCGGCAGGTTCATCAGCTTCTCACATTGCATCA 1103
Query 478 CAGCAAACCTCTA-CTCCTGCTCTTAGAGTGGTATCATCTGGGCGTAGAAGCCCAGTGGA 536
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1104 CAGCAAACCTC-ACCTCCTGCTCTTAGAGTGGTATCATCTGGGCTTAGAAGCCCAGTGGA 1162
Query 537 ACTCAGCGCTTGCCGTATGAAAGGTGTTTTCACACCCGCTTCATCGCCATACGATAAATT 596
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||| |
Sbjct 1163 ACTCAGCTCTTGCCGTATGAAAGGTGTTTTCACACCCGCTCCATCACCGTATGATATGCT 1222
Query 597 CCCAACT-CAATCTCCAGAACTGGTTGGTAGTGTCAATAAGGCTGAGGGGCTTGTTGGTT 655
||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 CCCAA-TCCAATCTCCAGAACTGGTTGGCAGTGTAAATAAGGCTGAGGGGCTTGTTGGTT 1281
Query 656 GTTCAGTTGATGTTATCAACTCTAAACAGATTCTCGATATTCCTCCAAATCTGACAGAGC 715
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1282 GTTCAGTCGATGTTATCAACTCTAAACAAATTCTCGAGATTCCTCCAAATCTGACGGAGC 1341
Query 716 AAGATTTCTCTGGCACTCCTTATGTTCCGGTTTATGTGATGTTACCACTTGGGGTTATCA 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 AAGATTTCTCTGGCACTCCTTATGTTCCGGTTTATGTGATGTTACCACTTGGGGTTATCA 1401
Query 776 ATATGAAGTGTGAATTGGCTGATCGAGATGGACTGGTAAAGCACTTAAGAATATTGAAAT 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1402 ATATGAAGTGTGAATTGGCTGATCGAGATGGACTGCTAAAGCACTTACGAATATTGAAAT 1461
Query 836 CAATCCATGTCGATGGGGTTAAAGTGGATTGTTGGTGGGGAATAGTTGAGGGTCATTCCC 895
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 CAATCCATGTTGATGGGGTTAAAGTGGATTGTTGGTGGGGAATAGTTGAGGGTCATTCCC 1521
Query 896 CCCAGGAGTATAATTGGACTGGTTATAGGCAGCTTTTTCAGATGGTCCGCGATCTTAATC 955
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CCCAGGAGTATAATTGGACTGGTTACAGGCAGCTTTTTCAGATGGTCCGCGATCTTAATC 1581
Query 956 TTAAGATACAGGTTCTAATGTCCTTTCATGAATGTGGAGGCAATGTTGGTGATGATGTTT 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 TTAAGATACAGGTTCTAATGTCCTTTCATGAATGTGGAGGCAATGTTGGTGATGATGTTT 1641
Query 1016 GCATCCCACTTCCTCACTGGGTGGCAGAAATAGGGCGAACCAATCCTGACATATATTTCA 1075
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1642 GCATCCCACTTCCTCATTGGGTGGCAGAAATAGGACGAACCAATCCGGACATATATTTCA 1701
Query 1076 CTGATAGAGAGGGAAGACGAAACCCTGAATGCCTTTCTTGGGGTATTGACAAGGAACGTA 1135
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 CTGATAGAGAGGGAAGACGAAACCCAGAATGCCTTTCTTGGGGTATTGACAAGGAACGTA 1761
Query 1136 TTTTAAGAGGCAGGACTGCACTTGAGGTGTACTTTGATTACATGAGAAGTTTTCGGATAG 1195
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 TTTTAAGAGGCAGAACTGCACTTGAGGTGTACTTTGATTACATGAGAAGTTTTCGGATAG 1821
Query 1196 AACTTGCAGAGTTTCTAGAGGATGGTGTAATATCTATGGTTGAAATTGGACTAGGCCCCT 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1822 AACTTGCAGAGTTTCTAGAGGATGGTGTAATATCTATGGTTGAAATTGGACTAGGCCCCT 1881
Query 1256 GTGGAGAGTTACGGTATCCTTCTTGTCCCATAAAACACGGGTGGCGATACCCAGGTGTTG 1315
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1882 GTGGAGAGTTACGGTACCCTTCTTGTCCCATAAAACACGGGTGGCGATATCCAGGTGTTG 1941
Query 1316 GAGAGTTTCAGTGTTATGACAAGTATCTCTCGAAGAGCCTGAGAAAGGCAGCAGAATCAA 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 GAGAGTTTCAGTGTTATGACAAGTATCTCTCGAAGAGCCTGAGAAAGGCAGCAGAATCAA 2001
Query 1376 GGGGGCACCTGTTTTGGGCTCGAGGCCCAGATAACACCGGCTCCTACAATTCCCAGCCGC 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2002 GGGGGCACCTGTTTTGGGCTCGAGGCCCAGATAACACCGGCTCCTACAATTCTCAGCCGC 2061
Query 1436 AGGGAACCGGTTTCTTCTGTGATAGAGGTGACTACGATGGCCTCTATGGAAGATTCTTTC 1495
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 AGGGAACCGGTTTCTTCTGTGATGGAGGTGACTACGATGGCCTCTATGGAAGATTCTTTC 2121
Query 1496 TCACATGGTATTCACAGGTTTTGATAGATCATGCTGACCAAATCCTCTCTCTCGCTAAAC 1555
||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2122 TCAAATGGTACTCACAGGTTTTGATAGACCATGCTGACCAAATCCTCTGTCTCGCTAAAC 2181
Query 1556 TAGTCTTCGACAGTAGCTGCATTGCAGCAAAGCTCCCAGACGTCCACTGGTGGTACAGAA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 TAGTCTTCGACAGTAGCTGCATTGCAGCAAAGCTCCCAGACGTCCACTGGTGGTACAGAA 2241
Query 1616 CAGCAAGCCATGCCGCTGAGCTAACCGCTGGATTCTACAACCCGAGCAACCGAGATGGTT 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 CAGCAAGCCATGCCGCTGAGCTAACCGCTGGATTCTACAACCCGAGCAACCGAGATGGTT 2301
Query 1676 ATGCTGCAATTGCATCTACACTCAAGAAGCATGGTGCCACTCTAAGTTTTGTATCCGGAG 1735
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2302 ATTCTGCAATTGCATCTACACTTAAGAAGCATGGTGCCACTCTGAGTTTTGTATCCGGAG 2361
Query 1736 AAGTGCAAGTTCTAAACCGTTCGGATGATTTCTCAGGAGCATTAGGAGAACCTGAGGCAG 1795
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 AAGTGCAAGTTCTAAACCGTCCAGATGATTTCTCAGGAGCATTAGGAGAACCTGAGGCAG 2421
Query 1796 TAGCTTGGCAGGTGTTAAACGCTGCGTGGGACAGCGATACACCGGTTGCTCGAGAGAACT 1855
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2422 TAGCTTGGCAGGTATTAAACGCTGCTTGGGACAGCGGTACACCGGTTGCTCGAGAGAACT 2481
Query 1856 CGCTTCCTTGCCATGATAGAGTTGGGTATAACAAAATGTTAGAAAGCGTTAAGTTTCGGA 1915
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 CGCTTGCTTGCCATGATAGAGTTGGTTATAACAAAATGTTAGAAAGCGTTAAGTTTCGGA 2541
Query 1916 ACGATCCAGATAGAAGGCATTTGTCATCATTTGCCTATAGTAGACTCGTCCCAGCTCTCA 1975
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2542 ACGATCCAGATAGAAAACATTTGTCATCATTTGCCTATAGTAGACTCGTCCCAGCTCTCA 2601
Query 1976 TGGAAGGACATAACATTGTCGAATTTGAGCGGTTTGTGAAGAAATTGCATGG 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2602 TGGAAGGACATAACATTGTCGAATTTGAGCGGTTTGTCAAGAAGTTGCATGG 2653
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100802694360
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5