BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg347147
Length=2805
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G27700.1 | Symbols: | zinc finger (CCCH-type) family protei... 3155 0.0
> AT3G27700.1 | Symbols: | zinc finger (CCCH-type) family protein
/ RNA recognition motif (RRM)-containing protein | chr3:10257117-10261974
REVERSE LENGTH=3689
Length=3689
Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0
Identities = 1823/1879 (97%), Gaps = 5/1879 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAACTTTCTGTTTCCTCTCCAAAGCAAAGTGTGTTATCTCCACCTGATTGTATGAGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 ATGGAACTTTCTGTTTCCTCTCCAAAGCAAAGTGTGTTATCTCCACCTGATTGTATGAGT 458
Query 61 GACCCTGAGGAGGAGCATGAGATCAGTGAGGAGGAGGATGATGATCGCAACCATAAGCAC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 459 GACCCTGAGGAGGAGCATGAGATCAGTGAGGAGGAGGATGATGATCGCAACCATAAGCAC 518
Query 121 CGTAGGAAAGAAGAGACGAGGGCTCAGTCTTTGGAACAAGATTCTTCAGATCAGGCTTTC 180
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 CGTAGGAAAGAAGAGACCAGGTCTCAGTCTTTGGAACAAGATTCTTCAGATCAGGCTTTC 578
Query 181 TCACGGCCGTACAGGAAAAACTATAGACATTATGAAAATGGCAATTCGTTTAGTGAAAAT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 579 TCACGGCCGTACAGGAAAAACTATAGACATTATGAAAATGGCAATTCGTTTAGTGAACAT 638
Query 241 GAAAAGCGGTCTTTTGGGACAGGATCAGCGCAACGTGTACAGTTTGATAACCAAAGAATG 300
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 GAAAAGCGGTCTTTTGGGACTGGATCAGGGCAACGTGTACAGTTTGATAACCAAAGAATG 698
Query 301 AGGTCAAACCCAATGTTTTCAAGGGACTCTGGTCCTGGTAGAGGTAGAGGAAATTATGGT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 699 AGGTCAAACCCAATGTTTTCAAGGGACTCTGGTCCTGGTAGAGGTAGAGGAAACTATGGT 758
Query 361 TCTTGGGCTCAGCGTGATTCCAGGTTTAATCCTGTTGATCTCTCTTCTCATATGGTTCAA 420
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 759 TCTTGGGCCCAGCGTGATTCCAGGTTTAATCCTGTTGATCTCTCATCTCATATGGTTCAA 818
Query 421 GTCGGGTCTATGGCCCAGGGCATGTTTGGAGGAAGGGGACTAGCTGGTGTTTCAGCTGCT 480
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 GTCGGGTCTATGGGCCAGGGTATGTTTGGAGGAAGGGGACTAGCTGGTGTTTCAGCTGCT 878
Query 481 CAAAGTGCACCATGGCCTCCTTTTGGAATGATTCCTGGAATTCCAAATGGTGGCTTGGAT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 879 CAAAGTGCACCATGGCCTCCTTTTGGAATGATTCCTGGAGTTCCTAATGGTGGCTTGGAT 938
Query 541 GGTTTCCATCACTTACAAGGATCCCTAAGACCGCCCTTAAATGCTCCACTCAACATGGGT 600
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 939 GGTTTCCATCACTTACAAGGGTCCCTTAGACCGCCCTTAAATGCGCCACTTAACATGGGT 998
Query 601 ATTCCTCGGCAGA-GATGCAGAGACTTTGAGGAACGTGGTTTCTGCCTCAGAGGGGACAT 659
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 ATTCCTCGGCA-ACGATGCAGAGACTTTGAGGAACGTGGTTTCTGCCTCAGAGGGGACAT 1057
Query 660 GTGTCCAATGGAGCATGGAATGAATCGTATTGTTGTTGACGATGTTCAGAGTCTATCACA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 GTGTCCAATGGAGCATGGAATGAATCGTATTGTTGTTGACGATGTTCAGAGTCTATCACA 1117
Query 720 GTTTAACCTTCCCGTTTCAGTCCCTGGTGCACCTCATCTGGCAGCTTCTTCTAAACCAGT 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1118 GTTTAACCTTCCCGTTTCAGTCCCTGGTGCACCTCATCTGGCAGCTTCTTCTAAACAAGT 1177
Query 780 GCCCGCACAGTTTGGGGGTGCCAATTTCATGAATCCTAAAGGAGCTCATGGGAGGACAAA 839
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1178 GCCCGCTCAGTTTGGGGGTGCCAGTTTCATGAATCCTAAAGGAGCTCATGGGAGGACTAA 1237
Query 840 CGAGGGCGGAATGGCTGTTGATGGTTTGGGTTATGGGGATGCATATCCTAGTGCTGGTGG 899
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 CGAGGGGGGAATGGCTGTTGATGGTTTGGGTTATGGGGATGCATATCCTAGTGCTGGTGG 1297
Query 900 AACTGACTTTTACGATCCTGATCAACCTTTGTGGAATAATAGTACTGGTGAAACTTCAGG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 AACTGACTTTTACGATCCTGATCAACCTTTGTGGAATAATAGTACTGGTGAAACTTCAGG 1357
Query 960 TGCAATATCGACACTCAATTCTCATGGGGTTGATGAGAATGTAGCTCCACTGGATGACAG 1019
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1358 TGCAATATCTACACTCAATTCTCATGGGGTTGATGAGAATGTGGCTCCACTGGATGACAG 1417
Query 1020 TAACCAAGACGGCGCTGAAAATGGGTGTGGTATTCGAGACTCTAGAAGCATAAGTCAATC 1079
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1418 TAACCAAGACGCCGCTGAAAATGGGTGTGGTATTAGAGACTCTAGAAGCACAAGTCAATC 1477
Query 1080 AGTTTGGGGAAGAATGCGTGGTTCTAATAGTCAAGCAAATTCCAAAGAGAAAGCTGATGC 1139
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 AGTTTGGGGAAGAATGAAAGGTTCTAATAGTCAAGCAAATTCCAAAGAGAAAGCTGATGC 1537
Query 1140 AGTATTAAATTCATCAGCTGGTCCTGAAGATCAATTGAAGGAGGTCTCAGTTAATTCATC 1199
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 AGTATTAAATTCATCAGCTGTTCCTGAAGATCAATTGAAGGAGGTCTCAGTTAATTCATC 1597
Query 1200 TCGACACGGTAAACAAAACCATGTTGGTGAAAGTGTCGCAAAAGTTGTTGATTCATCGAA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 TCGACACGGTAAACAAAACCATGTTGGTGAAAGTGTCGCAAAAGTTGTTGATTCATCGAA 1657
Query 1260 TATTTCAAATGATATGATGAACAATACAAGGAAACCAACTCAAAAGGCAATGCGGACTCT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658 TATTTCAAATGATATGATGAACAATACAAGGAAACCAACTCAAAAGGCAATGCGGACTCT 1717
Query 1320 ATTTGTGAATAATGTTCCCCACGAGAGCAACAGAAGGGATCTCATTCTTGCTCATTTTCA 1379
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1718 ATTTGTGAATTATGTTCCACACGAGAGCAACAGAAGGGACCTCATTCTTGCCCATTTTCA 1777
Query 1380 GAAATTTGGGAAAGTTATTGACATTCACATCCCAGTAAATAGTGAGCGAGCATTTGTGCA 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1778 GAAATTTGGGAAAGTTATTGACATTCACATCCCAGTAAATAGTGAGAGAGCATTTGTGCA 1837
Query 1440 GTTCTCAAAACGTGAAGAGGCTGAATCTGCCCTCAGGGCACCTGATGCTGTGATGGGTAA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 GTTCTCAAAACGTGAAGAGGCTGAATCTGCCCTCAGGGCACCTGATGCTGTGATGGGTAA 1897
Query 1500 CCGCTTTATCAAACTTTGGTGGGCAAATAGAGATAGTATACCTGATAATGGCCTGTCCAC 1559
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 CCGCTTCATCAAACTTTGGTGGGCAAATAGAGATAGTATACCTGATAATGGCCTGTCCAC 1957
Query 1560 TGGCAATGGTGCTTCTATGAAGGGTCGTGGTATGACTGCTTCTGGACCGCAGAACCAATT 1619
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1958 TGGCAGTGGTGCTTCTATGAAGGGTCGTAGTATGACTGCTTCTGGAGCACAGAACCAATT 2017
Query 1620 TCCTATTGCTGCAGCATCGAAAAGCAACCATGTATCTTCCATTGCTAAGGTCCCTGCATT 1679
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||
Sbjct 2018 TCCTATTGCTGCTGCATCGAAAAGCAACCATGTATCTTCAATTGCTAAGGTCCCTACCTT 2077
Query 1680 CCACACTGGTGGAGCTCCATCCTCTTCTGAACAGCCTAAGCCTGTGGTGG---CCACTAG 1736
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2078 CCAAACTGGTGGAGCTCCATCCTCCTCTGAACAGCCTAAGCCTGTGGTGGTGACCACCAG 2137
Query 1737 TGGTTCCAAGGTTACGCCGCTTCAGCAGAAAAAAGCAGATACTCTTGAGCGGTTGAAGGA 1796
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2138 TGGTCCCAAGGTTACGCCGCTTCAGCAGAAAAAAGCAGACACTCTTGAGCGGTTGAAGGA 2197
Query 1797 GACTCTTCGTAAAAAACAGGAAATGCTGGAGCAGAAGCGTAACGAGTACCGGAAAAAATT 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2198 GACTCTTCGTAAAAAACAGGAAATGCTGGAGCAGAAGCGTAACGAGTACCGCAAAAAATT 2257
Query 1857 GGCGACACTTGAAAAACAA 1875
||| |||||||||||||||
Sbjct 2258 GGCTACACTTGAAAAACAA 2276
Score = 1352 bits (732), Expect = 0.0
Identities = 811/850 (95%), Gaps = 2/850 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1957 GGTACGGTTGTCAAG-GGCGAGGAAGTAGATGAGCCAGACGCTAAGCGTGTTAAAGTAGA 2015
||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2277 GGTACTGTTGTCAAGAGG-GAGGAAGCAGATGAGCCAGATGCTAAGCGTGTTAAACTAGA 2335
Query 2016 CACAGCCTCTGATTCGGGAGCTGCAATTGCATCACCAAAACCAGAGTCATCGACAGATAA 2075
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2336 CACAGCCTCTGATTCGGGAGCTGCAATTGCATCACCAAAAACAGAGTCATCGACAGATAA 2395
Query 2076 GAAAGTGCCTATCCAGAAACCACTTTCCAGCGCCAAACTAAGCACAGAAATGCCATCACC 2135
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2396 GAAAGTGCCTATCCTGAAACCACTTTCCACCGCCAAACTAAGCACAGAAACGCCATCACC 2455
Query 2136 CGATTCAAAAAACTTGAAGCAAAGACCATATACGTTTACCACAAGTTTGAACACTCCTAT 2195
||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2456 CGATTCAAAAAACTTTAAGCAAAGACCATATTCGTTTACCACAAGTTTGAACGCTCCTAT 2515
Query 2196 GGTAAATAGGTATAAGTTGGACAACCGCACCACGACCATCAAAGTGGTTCCCCCTTTGCC 2255
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2516 GGTAAATAGGTATAAGTTGGATAACCGCACCACGACCATCAAAGTGGTTCCTCCTTTGCC 2575
Query 2256 AACTGGCTTAGCTGATATTGCTGTCTTAAAGGAACATTTTTCTTCTTACGGCGAAGTCTC 2315
|||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2576 AACTGGGTTAGCTGATGTTGCTGTCGTAAAGGAACATTTTTCATCTTACGGCGAAGTCTC 2635
Query 2316 AAAAGTGGAACTGCAAGACAATGCGTCGATTGGTAGTGGCAAGGACCATGAAACACAGAA 2375
||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2636 AAAAGTGGAACTGGAAGACAATGCATCGATTGATAGTGGCAAGGATCATGAAACACAGAA 2695
Query 2376 CGAAAACCGTGCAGCTTGTGTCACATTTGTGAAACGCAGCGCAGCAGAGAAAGCGTTTGC 2435
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 CGAAAGCCGTGCAGCTTGTGTCACATTTGTGAAACGCAGCGCAGCAGAGAAAGCGTTTGC 2755
Query 2436 TAATGCAAAGTGTTGGCAAGAACACACGTTGCAGCTCGTGTGGGTAACACGTCAAAGCAA 2495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TAATGCAAAGTGTTGGCAAGAACACACGTTGCAGCTCGTGTGGGTAACACGTCAAAGCAA 2815
Query 2496 CAAAGAGAGCAATAATAACAATAACAATAGTAGTAGTCTCTCTGTTTCTCATGACCACCT 2555
|| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2816 CAGAGAGAGCAACAATAACAATAACAATAGTAATAGTCTCTCTGTTTCTCGTGACAACCT 2875
Query 2556 TAGCAGCAAAAACAAGTGTGCTTCTGTCTCTAATGACCCAAAACCAGCAGTTGAAGTCAA 2615
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 TAGCAGCAAAAACAAGTGCGCTTCTGTCTCTAATGACCCAAAACCAGCAGTTGAAGTCAA 2935
Query 2616 GGCCTCCTCTACAGAAGAACCAGAGACTACAAATGTTTCTGGAGACAACGACAGTACTTT 2675
| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GACCTCCTCTACGGAAGAACCAGAGAATACAAATGTTTCTGGAGACAACGACAGTACTTT 2995
Query 2676 GGATAAAAAAGAGACCAAAGAAAGCGACAATGATAACAATAAAAGTAACCACGAGTCCAT 2735
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 GGATAAACAAGAGACCAAAGAAAGCGACAATGATAACAATAAAAGTAACCACGAGTCCAT 3055
Query 2736 GGAAGGAGCTTCTGATGCGATTGCAACTTCAGGAACTGATGAAGAACAGTCTGAACAAAT 2795
|||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3056 CGAAGGAGCTTCTGAGGTGATTGCAACTGCAGGAACTGATGAAGAACAATCTGAACAAAT 3115
Query 2796 TCATCAGTGA 2805
||||||||||
Sbjct 3116 TCATCAGTGA 3125
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139363767654
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5