BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg347976
Length=1974
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G48810.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3035 0.0
> AT3G48810.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:18097048-18099721 FORWARD LENGTH=2514
Length=2514
Score = 3035 bits (1643), Expect = 0.0
Identities = 1815/1900 (96%), Gaps = 3/1900 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTACCTGAAAGAAGGATGTTCGTTGCTATTGAAAGTTCAAAAACCCTTAATCCCATTT 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTACTTGAAAGAAGGATGTTCGTTGCTATTGAAAGTTCAAAAACCCTTAATCCCATTT 60
Query 61 GTCCTCAACACAAATCTCAATGTG-A--ATCTCCTCACAGAAGCTCCAAACCACGCAGAG 117
|||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| || |||
Sbjct 61 GTCCTCAATACAAATCTCAATGTGAATCATCTCCTCACAGAATCTCCAAACCATGCGGAG 120
Query 118 ATCAAAGAATCAGCTGTGTTAAAGAGACTGAGACATGAGTCATGTGTTCCCTTAGCTTTG 177
|||||||||| || |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 ATCAAAGAATTAGATGTGGTAAAGAGGCTGAGACAAGAGTCATGTGTTCCATTAGCTTTG 180
Query 178 CATTTCTTCAAATCCATTGCCAATTCAAATCTTTTCAAGCACACGCCTTTAACATTCGAG 237
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CATTTCTTCAAATCCATTGCAAATTCTAATCTTTTCAAGCACACGCCTTTAACATTCGAG 240
Query 238 GTGATGATCAGAAAGCTTGCAATGGATGGTCAGGTTGATAGTGTTCAGTATCTTTTGCAG 297
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTAATGATTAGAAAGCTTGCAATGGATGGTCAGGTTGATAGTGTTCAGTATCTTTTGCAG 300
Query 298 CAAATGAAACTACAAGGTTTTCATTGTTCTGAAGATTTGTTTATCAGTGTTATTAGTGTA 357
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAAATGAAACTTCAAGGTTTTCATTGTTCTGAAGATTTGTTTATCAGTGTTATTAGTGTA 360
Query 358 TATAGACAAGTGGGTTTAGCTGAAAGAGCTGTGGAGATGTTTTATAGGATTAAGGAATTT 417
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 TATAGGCAAGTGGGTTTAGCTGAAAGAGCTGTGGAGATGTTTTATAGGATTAAGGAGTTT 420
Query 418 GGGTGTGACCCTTCGGTGAAGATATATAATCATGTTTTGGATACTTTACTTGGTGAGAAT 477
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGGTGTGATCCTTCTGTGAAGATATATAATCATGTTTTGGATACTTTACTTGGTGAGAAT 480
Query 478 AGGATTCAGATGATTTATACGGTTTATAGAGATATGAAGAGAGATGGTTTTGAGCCTAAT 537
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 AGGATTCAGATGATTTATATGGTTTATAGAGATATGAAGAGAGATGGGTTTGAGCCTAAT 540
Query 538 GTGTTTACCTATAATGTTCTTCTTAAGGCGTTGTGTAAGAATAATAAGGTAGATGGTGCG 597
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTGTTTACGTATAATGTTCTTCTTAAGGCGTTGTGTAAGAATAATAAGGTAGATGGTGCG 600
Query 598 AAGAAGTTGTTGGTTGAGATGTCGAATAAAGGGTGTTGTCCTGATGCTGTGAGTTATACC 657
|||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGAAGCTGCTCGTTGAGATGTCGAATAAAGGGTGTTGTCCTGATGCTGTGAGTTATACT 660
Query 658 ACGGTGATCTCGTCGATGTGTGAGGTTGGTATGGTGAAGGAAGGTAGGGAACTTGCGGAA 717
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 661 ACGGTGATCTCGTCGATGTGTGAGGTTGGTTTGGTTAAGGAAGGTAGAGAACTCGCGGAA 720
Query 718 AGATTTGAACCTGTTGTGAGTGTGTATAATGCTTTGATTAATGGGTTATGCAAAGAGCGT 777
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 721 AGATTTGAACCTGTTGTGAGTGTTTATAATGCTTTGATTAATGGGTTATGCAAAGAGCAT 780
Query 778 GATTACAAAgggggggTTGAATTGATGAGTGAAATGGTGGAGAAGGGGATATCTCCTAAT 837
||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GATTACAAAGGGGCGTTTGAACTGATGAGAGAAATGGTGGAGAAGGGGATATCTCCTAAT 840
Query 838 GTTATCTCGTACTCTACACTTATCAATGAGCTTTGTAATTCTGGTCAGATTGAGCTTGCT 897
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTTATCTCGTACTCTACACTTATCAATGTGCTTTGTAATTCTGGTCAGATTGAGCTTGCT 900
Query 898 TTCTCGCTTCTGGCTCAGATGTTGAAACGAGGGTGTCATCCAAATGTCCATACATTGAGT 957
|||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 901 TTCTCGTTTCTGACGCAGATGTTGAAACGAGGGTGTCATCCAAATATTTATACATTGAGT 960
Query 958 TCTCTTGTGAAGGGTTGTTTTGTAAGAGGTACGACCTTCGATGCTCTAGACTTGTGGAAC 1017
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCTCTTGTGAAGGGTTGTTTTCTAAGAGGTACGACCTTCGATGCTCTAGACTTGTGGAAC 1020
Query 1018 CAGATGATTAGAGGATTTGGGTTACAGCCGAACGTTGTAGCATATAATACATTGGTACAA 1077
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1021 CAGATGATCAGAGGATTTGGGTTACAGCCGAACGTTGTAGCGTATAATACTTTGGTACAA 1080
Query 1078 GGATTTTGTTCCCATGGGAAAATAGACAAGGCTGTGTCTGTCTTTTTACACATGGAAGAA 1137
|| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1081 GGGTTTTGTTCCCATGGGAATATAGTCAAGGCTGTGTCTGTCTTTTCACACATGGAAGAA 1140
Query 1138 ATCGGATGTTCTCCAAACATCAGAACCTATGGCTCACTTATCAACGGCTTTACCAAAAGA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1141 ATCGGATGTTCTCCAAACATCAGAACCTATGGCTCACTTATCAACGGTTTTGCCAAAAGA 1200
Query 1198 GGTAGCCTCGAGGGCGCAGTTTATATATGGAATAAGATGCTAACTAGTGGATGCTGCCCA 1257
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1201 GGTAGCCTGGATGGCGCAGTTTATATATGGAACAAGATGCTGACTAGTGGATGTTGCCCA 1260
Query 1258 AATGTTGTGGTGTATACTAGCATGGTGGAAGCTCTTTGTAGGCACTCCCAGTTTAAAGAA 1317
|||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1261 AATGTTGTAGTCTATACGAACATGGTGGAAGCTCTTTGTAGGCACTCCAAGTTTAAAGAA 1320
Query 1318 GCTGAATCTCTTATAGAAATTATGTCCAAAGAAAACTGTGCTCCTTCTGTGCCAACGTTT 1377
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GCTGAATCTCTTATAGAGATTATGTCCAAAGAAAACTGTGCTCCTTCTGTGCCAACGTTT 1380
Query 1378 AACGCATTTATCAAAGGTTTATGCAATGCAGGGAGGCTTGACTGGGCTGAGAAAGTGTTC 1437
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AACGCATTTATCAAAGGTTTATGCGATGCAGGGAGGCTTGACTGGGCTGAGAAAGTGTTC 1440
Query 1438 AGACAAATGGAGCAGCAATACAGGTGTCCTCCCAACATTGTAACATACAACGAGTTACTG 1497
|||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AGACAAATGGAGCAGCAACACAGATGCCCTCCCAACATTGTAACATACAACGAGTTACTG 1500
Query 1498 GATGGGCTCGCAAAGGCAAACCGAATAGAAGAAGCTTATGGTCTAACCCGAGAGATCTTC 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GATGGGCTCGCAAAGGCAAACCGAATAGAAGAAGCTTATGGTCTAACCCGAGAGATCTTC 1560
Query 1558 ATGAGAGGTGTGGAGTGGAGCACATCAACTTACAACACGCTTTTACATGGATCATGCAAT 1617
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATGAGAGGTGTGGAGTGGAGCTCATCGACTTACAACACGCTTTTACATGGATCATGCAAT 1620
Query 1618 GCAGGTCTCCAGGGGATAGCTCTGCAGCTAGTAGGAAAAATGATGGTCGATGGTAAATCT 1677
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCAGGTCTCCCGGGGATAGCTCTGCAGCTAGTAGGAAAAATGATGGTCGATGGTAAATCT 1680
Query 1678 CCGGATGAGATAACAATGAATATGATAATATTAGCATATTGCAAACAAGGAAAAGCTGAG 1737
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1681 CCGGATGAGATAACTATGAATATGATAATATTAGCATATTGCAAACAAGGCAAAGCTGAG 1740
Query 1738 AGGGCAGTCCAGATGTTGGATCTAGTTTCATGTGGAAGAAGAAAGTGGCGGCCTGATGTT 1797
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGGGCAGCCCAGATGTTGGATCTAGTTTCATGTGGAAGAAGAAAGTGGCGGCCTGATGTA 1800
Query 1798 ATCTCTTACACAAACGTGATTTGGGGTCTATGTAGATCTAATTGTAGGGAGGATGGAGTG 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATCTCTTACACAAACGTGATTTGGGGTCTATGCAGATCTAATTGTAGGGAGGATGGAGTG 1860
Query 1858 ATTCTTTTTGAGAGAATGATAAGTGAAAGGATCATCCCAA 1897
|||||| ||||||| |||||||||| | ||||| ||||||
Sbjct 1861 ATTCTTCTTGAGAGGATGATAAGTGCAGGGATCGTCCCAA 1900
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97790661660
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5