BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg348635
Length=3351
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G55480.2 | Symbols: PAT2 | protein affected traffickin... 5454 0.0
> AT3G55480.2 | Symbols: PAT2 | protein affected trafficking
2 | chr3:20566248-20571248 REVERSE LENGTH=3549
Length=3549
Score = 5454 bits (2953), Expect = 0.0
Identities = 3221/3353 (96%), Gaps = 7/3353 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTCAATAAGTTTGGTTCGACGTCGGAGACTCTAAGCAAAGCTTCAGCTGTGG-TGCA 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 78 ATGTTCAATAAGTTTGGTTCGACGTCGGAGACTCTTAGCAAAGCTTCAGCTG-GGTTGCT 136
Query 60 CCGGATCGGCACTGACGCTCATCTTTATGATGATCCGGAAGACGTCAACATTGCTCCACT 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 TCGGATCGGCACTGACGCTCATCTTTATGATGATCCGGAAGACGTCAACATTGCTCCACT 196
Query 120 TCTCGATAGCAAGTTCGAATCTGAGAAATGTGAAGCTCTTAAGCGTCTCCTTGCTCTTAT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 TCTCGATAGCAAGTTCGAATCTGAGAAATGTGAAGCTCTTAAGCGTCTCCTTGCTCTTAT 256
Query 180 CGCTCAGGGCTCTGATGTCTCCAATTTCTTCCCTCAGGTGGTGAAAAATGTGGCGTCACA 239
|||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 257 CGCTCAAGGCTTTGATGTCTCCAATTTCTTTCCTCAGGTGGTGAAGAATGTGGCGTCACA 316
Query 240 GTCATCGGAAGTGAAGAAGCTTGTTTACTTGTATTTGCTACAATATGCAGAAAAGCGTCC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 317 GTCATCGGAAGTGAAGAAGCTTGTTTACTTGTATTTGCTACAATATGCAGAAAAGCGTCC 376
Query 300 AAATGAAGCGTTGCTATCGATCAACTATTTTCAGAAGGACTTGGGGGATCCAAATCCATT 359
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 377 AAATGAAGCATTGCTATCGATCAACTATTTTCAAAAGGACTTGGGGGATCCAAATCCATT 436
Query 360 GGTTAGGGCTTGGGCACTTCGTACAATGGCGGGGATTCGCTTACATGTTATTGCACCTAT 419
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 437 GGTTAGGGCTTGGGCTCTTCGTACAATGGCTGGGATTCGCTTACATGTTATTGCACCTCT 496
Query 420 TGCACTCGCAGCTGTGGGTAAATGTGCTAGGGATCCAGCGGTTTATGTCCGGAAATATGC 479
|||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| || |||
Sbjct 497 TGCACTTGCAGCTGTGAGTAAATGTGCTAGAGATCCAGCTGTTTATGTTCGGAGATGTGC 556
Query 480 TGCAAATGCTCTTCCGAAGTTGCATGATTTGCGGCTGGAAGAACATGCTTCTGCGATTGA 539
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 TGCAAACGCTCTTCCGAAGTTGCATGATTTGCGGCTGGAAGAACATGCTTCTGCGATTGA 616
Query 540 AGAGCTAGTTGGGATACTGTTGAATGACCATTCTCCAGGAGTAGTTGGAGCTGCGGCAGC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 AGAGCTAGTTGGGATACTGTTGAATGACCATTCTCCAGGAGTAGTTGGAGCTGCGGCAGC 676
Query 600 GGCATTCACCTCCATCTGTCCAAATAACTTCAAACTGATTGGAAAGAACTATAAGAAGTT 659
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 677 GGCATTCACCTCTATCTGTCCAAATAACTTCAAACTGATTGGGAAGAACTATAAGAAGTT 736
Query 660 GTGCCAGATTCTTCCTGACGTAGAAGAGTGGGGTCAGATATTACTCATAGGAACTCTTTT 719
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 GTGCCAGATTCTCCCTGACGTTGAAGAGTGGGGTCAGATATTACTCATAGGAACTCTTTT 796
Query 720 GCGCTATGTGGTTGCTAGGCATGGACTTGTACGGGAATCTTTGATGTTGTCCCTACATGG 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 797 GCGCTATGTGGTTGCTAGGCATGGACTTGTACGGGAATCTTTGATGTTGTCCATACATGG 856
Query 780 TATGGATAGTAATGGCTTCTGTGAGAAGGATGGCCTAGTCAGAGATCTTACATTGGATAA 839
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 857 TACGAATAGTAATGGCTTCTGTGAGAAGGATGGCCTAGGCAGAGATCTTACATTGGAT-- 914
Query 840 AGAAGAAGATGGTGATAAAAGTGATTCATTTGATGTTAATCTGGTCAGCCTTGTATCTAA 899
| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 915 A-AAGAAGATGGTGGTAAAAGTGATTCATTTGATGTTAATCTGGTCAGTCTTGTATCTAA 973
Query 900 ATGTTACATTGAAGGTCCAGATGAGTATCTATCAAGATCTAGTTACACCGATACAGTGTC 959
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 974 ATGTTACATTCAAGGTCCAGATGAGTATCTATCAAGATCCAGTTGCACCGATACAGTGTC 1033
Query 960 ATCTGCTTTCGATAGCAAAGAGACCACATCTATTGCACATAATGAAGATGTTAAGATCCT 1019
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 ATCTGCTTTCGATACCAAAGAGACCACATCTATTGCACATAATGAAGATGTTAAGATCCT 1093
Query 1020 GCTTCAGTGTACATCCCCATTGCTATGGAGTAATAACAGTGCGGTTGTACTAGCAGCAGC 1079
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 GCTTCAGTGTACATCTCCATTGTTATGGAGTAATAACAGTGCGGTTGTACTAGCAGCAGC 1153
Query 1080 TGGCGTTCAATGGATAATGGCGCCTCTGGAAGATGTTAAGAAAATTGTTAAACCGCTCTT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TGGCGTTCAATGGATAATGGCGCCTCTGGAAGATGTTAAGAAAATTGTTAAACCGCTCTT 1213
Query 1140 GTTTTTGCTTAGGTCATCCAGCGCCTCCAAATATGTGGTCCTCTGCAACATCCTAGTTTT 1199
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1214 GTTTTTGCTTAGGTCATCTAGCGCCTCCAAATATGTGGTCCTCTGCAATATCCTAGTTTT 1273
Query 1200 TGCCAAAGCAGTCCCTTCTCTCTTTGCTCCACACTTCGAAACTTTCTTTATTTGTTCCTC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1274 TGCCAAAGCAGTCCCTTCTCTCTTTGCTCCACACTTCGAAAATTTCTTTATTTGTTCCTC 1333
Query 1260 AGATGCATATCAAGTTAAAGCATACAAGCTGGAAATGCTTTCTCTCATTGCTACCACTTC 1319
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 AGATGCATATCAAGTGAAAGCATACAAGCTGGAAATGCTTTCTCTCATTGCTACCACTTC 1393
Query 1320 ATCTATCTCTTCAATTTTGAGAGAGTTTGAGGATTATGTTAAAGATCCAGACAGGAGATT 1379
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 ATCTATCGCTTCAATTTTGAGAGAGTTTGAGGATTATATTAAAGATCCAGACAGGAGATT 1453
Query 1380 TGCGGCTGATACAGTTGCAGCAATTGGTTTGTGTGCAAAAAGACTGCCAACAATTCCAAC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1454 TGCGGCTGATACAGTTGCAGCAATTGGTTTGTGCGCAAAAAGACTGATGACAATTCCAAC 1513
Query 1440 TACATGTCTTGATGGATTATTAGCACTAGTTCGACAGGAATCTTTTGCTGGCGATTTTGA 1499
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 TACATGTCTTGATGGATTGTTAGCACTAGTTCGACAGGAATCTTTTGCTGGCGATTTTGA 1573
Query 1500 GTCAGTGGATGGAGAAGCTGGAGTGTTGGTGCAAACCGTAATGTCGATTCAGACTATCAT 1559
||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1574 GTCCGCGGATGGAGAAGCTGGAGTATTGGTGCAAGCCGTGATGTCAATTCAGACTATGAT 1633
Query 1560 AGAGCGAGATCCCCTTCGTCATGAGAAAGTTTTAATTCAGCTGTTTCGTAGTCTGGATTC 1619
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634 AGAGCGAGACCCCCTTCGTCATGAGAAAGTGTTAATTCAGCTGTTTCGTAGTCTGGATTC 1693
Query 1620 AATCAAGGTAGCTGCTGCTCGTGCAACTATTATTTGGATGGTGGGGGTCTACTGCTCTTT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 AATCAAGGTAGCTGCTGCTCGTGCAACTATTATTTGGATGGTGGGGGTCTACTGCTCTTT 1753
Query 1680 GGGTCATATCATTCCTAGGATGCTTACCACAATAACCAAGTACCTTGCATGGAGCTTTAA 1739
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GGGTCATATCATTCCTAGGATGCTGACCACAATAACCAAGTACCTTGCATGGAGCTTTAA 1813
Query 1740 ATCAGAGGCATCAGAGGCAAAACTTCAGATTCTTAATGCTACTGCTAAGGTTCTAAAAAG 1799
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1814 ATCAGAGGCATCAGAGACAAAACTACAGATTCTTAATACTATTGCTAAGGTTCTAATAAG 1873
Query 1800 TGCAGAGGCTGACGACTTTCAGATGTTGAAAAGGGTTGTGATTTATGTGTTTGAATTGGG 1859
||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1874 TGCAGAGGCTGGTGACTTTCATATGTTGAAAAGGATTGTGGTCTATGTGTTTGAATTGGG 1933
Query 1860 CGAATGTGACTTAAGCTATGATGTTCGTGATCGAACCCGTTTCCTCAAGAAACTGCTGTC 1919
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1934 CGAATATGACTTAAGCTATGATATTCGTGATCGAACTCGTTTCCTGAAGAAACTGCTGTC 1993
Query 1920 ATCCAAATTAGCTTGTCATGAGCCGGCAGAAGACAGTGTTGCATCACAAGAAAATATCGC 1979
|| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1994 ATGCAAATTAGCTAGTCATGAGCCGGCAGAAGACAGTGTTGCATCACAAGAAAATATTGC 2053
Query 1980 TACGCATGTTGTGGAACATGTCTTTGGAAGAAAACTGAAACCTTTTTCACCTTTAGCCCT 2039
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||
Sbjct 2054 TGCGCATGTTGTGGAACATGTCTTTGGAAGAAAACTGAAATCTGTTTCACCTATAACCCT 2113
Query 2040 GCACAATCGTTTTTATCTTCCTGGATCTCTATCACAGATAGTTCTTCATGCAGCCCCTGG 2099
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 GCACAATCGTTTTTATCTTCCTGGATCTCTGTCACAGATAGTTCTTCATGCAGCCCCTGG 2173
Query 2100 ATACGAACCTCTTCCAAAGCCCTGCAGTTTTGTGTTTGAAGAACAAGACCAGCTGTCAGA 2159
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2174 ATATGAACCTCTTCCAAAGCCCTGCAGTTTTGTGTATGAAGAACAGGACCAGCTGTCAGA 2233
Query 2160 TTTAGACAGACAAAGAGAGGCCGCAGCTGATTTAGATGGTTCTCAGGAATCATCTGAAAC 2219
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2234 TTTAGATAAACAAAGAGAGGCCGCAGCTGATTTAGATGGTTCTGAGGAATCCTCTGAAAC 2293
Query 2220 AGTGGATGACG-ATGGCTCCTCTGATTATGACTCTGAATCTTCTATTGGTTCAGATTGCA 2278
|| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
Sbjct 2294 AGGGGATGA-GAATGGCTCCTCTGATTATGACTCTGAATCTTCTAATGGTTCGGATTTTA 2352
Query 2279 GCAGTGACGGTGATGAAAGAACGGTGTCTAATGGTGCCAATGATCCAGCTGCTCCTTTAA 2338
||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2353 GCAGTGAAGGTGATGAAAGAACAGTGTCTAATGACGCCAATGACCCAGCTGCTCCTTTAA 2412
Query 2339 TTCAAATTTCAGAGACTTCTGTTTCCGCTGACCAAGAAGAACTAAGGTCCAAAAAGGCCC 2398
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2413 TTCAAATTTCAGAGACTTCTGTTTCCGCTGACCAGGAAGAACTAAGGTCCAGAAGGGCCC 2472
Query 2399 TGGATTTGTGGTTAGATGATCAGCCAAGTACATCAAACCAAACTCCATCTGCATTAAATA 2458
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 TGGATTTGTGGTTAGATGATCAGCCTAGTACATCAAACCAAACTCCATCTGCATTAAATA 2532
Query 2459 GTAATCAGAGCTCTTATGCGAAGATATCCATTGGTGATATAGGAAGCCGAGTGAAGCCTA 2518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2533 GTAATCAGAGCTCTTATGCGAAGATATCCATTGGTGATGTAGGAAGCCGAGTTAAGCCTA 2592
Query 2519 AAAGCTATAGTCTCTTAGACCCTAGAAATGGCAGTGGCTTGAAGGTAGACTATGCCTTTT 2578
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 AAAGCTATAGTCTCGTAGACCCTGGAAATGGCAGTGGCTTGAAGGTAGACTATGCCTTTT 2652
Query 2579 TATCTGAAGTCTCTACTGTATCTCCATTACATGTTTGCGTAGAAGTTCTGTTTGAGAACA 2638
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2653 TATCTGAAGTCTCTAATGTATCTCCATTACATGTTTGCGTAGAAGTTCTGTTTGAGAACA 2712
Query 2639 GTTCTGCTGAACCTATCCTGGAGGTGAATTTGGAAGATGAAGAATCGATGAAGGTAGCAG 2698
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2713 GTTCTGCTGAACCTATCCTGGAGGTGAATTTGGAAGATGAAGAATCAATGAAGGTAGCAG 2772
Query 2699 ACTCTTCTGAACAGACTTTGGTTGGTAAAGCAAATGCATCTTACAACAATGTGCCAACTC 2758
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 2773 ACTCTTCTGAACAGACATTGGTTGGTAAAGCAAATGCATCTTACAACAATATACCAACCC 2832
Query 2759 TAATTCCAATGGAGGAAATCAGCTGCCTTGAACCACATCAGAGCGCAAAGAGGCTTATCC 2818
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2833 TAATTCCAATGGAGGAAATTAGCTGCCTTGAACCACATCAGAGCACAAAGAGGCTTATCC 2892
Query 2819 AGGTTCGGTTTCATCACCACCTGCTTCCCATGAGGTTAACCTTACATTACAATGGAAAGG 2878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2893 AGGTTCGGTTTCATCACCACCTGCTTCCCATGAGGTTAACCTTACATTACAATGAAAAGA 2952
Query 2879 AGGTTCCTGTCAAGTTACGACCTGATCTTGGATACCTTGTGAAACCATTTTCAATGAGCA 2938
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2953 AAGTTCCTGTCAAGTTACGACCTGATCTTGGATACCTTGTGAAACCATTTTCAATGAGCA 3012
Query 2939 TCGAGGAATTCTTAGCCACAGAATCTCGATTACCTGGAATGTTTGAGTATAGTCGAAGGT 2998
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3013 TCGAGGAATTCTTAGCTACAGAATCTCGATTACCTGGAATGTTTGAGTATAGTCGAAGGT 3072
Query 2999 GTACTTTTGACGATCATGTTAAAGATTCAAGAATGGAGAATGGGAAAGACAAATTTCTCA 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3073 GTACTTTTGACGATCATGTTAAAGATTCAAGAACGGAGAATGGGAAAGACAAATTTCTTA 3132
Query 3059 GCATCTGCGAGTGTATAACACTAAAGGTGCTTAGCAACTCAAATCTACACCTTGTGTCTG 3118
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3133 GCATCTGCGAGAGTATAACACTAAAGGTGCTTAGCAACTCAAATCTACACCTTGTATCTG 3192
Query 3119 TGGATTTACCAGTTGCAAACTCACTCGAAGATGCAACTGGTCTGCGATTAAGATTCAGCA 3178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3193 TGGATTTACCAGTTGCAAACTCACTCGAAGATGCAACTGGTCTGCGATTAAGATTCAGCA 3252
Query 3179 GCAAAATCTTGAGCAGTGAGATCCCTCTTTTGATTACCATCACAGTCGAAGGCAAATGCA 3238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3253 GCAAAATCTTGAGCAGTGAGATCCCTCTTTTGATTACCATCACAGTCGAAGGCAAATGCA 3312
Query 3239 CCGAAGTTCTGAATATAACAGTCAAGATCAATTGCGAAGAAACGGTTTTTGGTTTAAACC 3298
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3313 CCGAAGTTCTGAATTTAACAGTCAAGATCAATTGCGAAGAAACGGTTTTTGGTTTAAACC 3372
Query 3299 TGTTGAACAGGATAGCTAATTTCATGGTTGAGCCGTCTTCGTCAGCCAGTTGA 3351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 3373 TGTTGAACAGGATAGCTAATTTCATGGTTGAGCCGTCTTCTTCAGCCACTTGA 3425
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166754918532
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5