BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg351167
Length=2481
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G20710.1 | Symbols: BGAL7 | beta-galactosidase 7 | chr5:7010... 3984 0.0
> AT5G20710.1 | Symbols: BGAL7 | beta-galactosidase 7 | chr5:7010522-7014249
FORWARD LENGTH=2750
Length=2750
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2375/2483 (96%), Gaps = 4/2483 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAAATGAAACACTTCACTCGTCTCTTATCATTGTTCTTCATCCTCATTACTTCATTC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 ATGAAAATGAAACACTTCACTCGTCTCTTATCATTGTTCTTCATCCTCATTACTTCATTA 74
Query 61 TCTTTGGCTAACTCAACCATCGTCTCTCATGATGAACGAGCCATCACCATTAATGGAAAA 120
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 75 TCTTTGGCTAAATCAACCATTGTCTCTCATGATGAACGAGCCATCACAATTAATGGAAAA 134
Query 121 CGTCGAATCCTACTTTCAGGCTCCATTCATTACCCACGAAGCACTGCTGATATGTGGCCT 180
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 CGCCGGATCCTACTTTCAGGCTCCATTCATTACCCACGAAGCACTGCTGATATGTGGCCT 194
Query 181 GATCTGATCAACAAAGCCAAAGATGGTGGCTTAGACGCAATCGAGACGTACGTTTTTTGG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 GATCTGATCAACAAAGCCAAAGATGGTGGCTTAGATGCAATCGAGACGTACGTTTTTTGG 254
Query 241 AACGCACATGAACCAAAACGTAGGGAATACGATTTCTCGGGGAATCTCGACGTTGTTCGC 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 255 AACGCACATGAACCAAAACGTAGGGAATACGATTTCTCGGGGAATCTCGATGTTGTTCGT 314
Query 301 TTCATCAAGACCATTCAAGACGCTGGTCTCTACTCCGTTCTTCGCATTGGACCTTATGTT 360
|| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 315 TTTATCAAAACCATTCAAGACGCAGGTCTCTACTCCGTTCTTCGCATCGGACCTTATGTT 374
Query 361 TGCGCAGAATGGAATTATGGAGGCTTTCCGGTGTGGCTGCACAATATGCCAAACATGAAA 420
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 375 TGCGCAGAATGGAATTATGGAGGCTTTCCCGTGTGGCTGCACAATATGCCCAACATGAAA 434
Query 421 TTTAGAACAGTCAACCCTAGTTTCATGAATGAAATGCAAAATTTCACTACAAAGATCGTA 480
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 435 TTCAGAACAGTTAACCCTAGTTTCATGAATGAAATGCAAAATTTCACTACAAAGATAGT- 493
Query 481 G-AGATGATGAAGGAAGAGAAGCTCTTTGCGTCACAAGGCGGTCCAATTATCCTAGCTCA 539
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 GAAGATGATGAAGGAAGAGAAGCTCTTTGCTTCACAAGGCGGTCCAATTATCCTAGCTCA 553
Query 540 GATCGAGAACGAGTACGGGAATGTGATCTCATCGTATGGAGCAGCGGGTAAGGCCTACAT 599
||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 554 GATCGAGAATGAATACGGGAATGTGATCTCGTCGTATGGAGCAGAGGGTAAGGCCTACAT 613
Query 600 TGATTGGTGTGCCAACATGGCTAACTCTCTAGACATCGGTGTTCCATGGCTTATGTGCCA 659
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 TGATTGGTGTGCCAACATGGCCAACTCTCTAGACATTGGTGTTCCATGGCTTATGTGCCA 673
Query 660 ACAACCAAACGCTCCTCAGCCTATGCTCGAGACGTGCAATGGATTCTACTGTGACCAGTA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 ACAACCAAACGCTCCTCAGCCTATGCTCGAGACGTGCAATGGATTCTACTGTGACCAGTA 733
Query 720 CGAACCGACCAACCCGAGCACCCCAAAGATGTGGACAGAGAATTGGACCGGCTGGTTCAA 779
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 CGAACCAACCAACCCGAGCACCCCAAAGATGTGGACAGAGAATTGGACCGGCTGGTTCAA 793
Query 780 GAATTGGGGAGGCAAACACCCTTATAGAACCGCTGAGGATCTTGCTTTTTCAGTTGCTAG 839
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 GAATTGGGGAGGCAAACATCCTTACAGAACCGCTGAGGATCTTGCTTTTTCAGTTGCTAG 853
Query 840 ATTCTTCCAAACCGGAGGAACTTTCCAGAACTATTACATGTACCATGGTGGTACTAACTT 899
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 ATTCTTCCAAACCGGAGGAACTTTCCAAAACTATTACATGTACCATGGTGGTACTAACTT 913
Query 900 TGGTAGAGTCGCTGGAGGTCCATACATCACCACTTCATATGATTACCATGCTCCTATTGA 959
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 914 TGGAAGAGTCGCTGGAGGTCCATACATCACCACTTCATATGATTACCATGCTCCTCTTGA 973
Query 960 TGAATTCGGTAACTTGAACCAGCCTAAATGGGGTCACTTGAAACAGTTACACAGAGTGTT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||
Sbjct 974 TGAATTCGGTAACTTGAACCAGCCTAAATGGGGTCACTTGAAACAGCTCCACACAGTCTT 1033
Query 1020 AAAATCCATGGAGAAATCGCTGACTTACGGCAACATATCAAGAATCGATCTTGGCAACTC 1079
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 AAAATCCATGGAGAAATCGCTGACTTACGGAAACATATCAAGAATCGATCTTGGCAACTC 1093
Query 1080 CATCAAGGCGACGATTTACACAACAAAAGAGGGATCGAGCTGCTTCATCGGTAATGTGAA 1139
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 AATCAAGGCGACGATTTACACAACAAAGGAGGGATCAAGCTGCTTCATCGGTAATGTGAA 1153
Query 1140 CGCAACTGCAAATGCTTTAGTCAACTTCAAAGGAAAAGACTACCACGTACCGGCTTGGTC 1199
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 CGCAACTGCGGATGCTTTAGTCAACTTCAAAGGAAAAGACTACCACGTACCGGCTTGGTC 1213
Query 1200 CGTGAGTGTTCTTCCCGAATGCGATAAAGAGGCTTACAACACTGCAAAAGTGAACACTCA 1259
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 TGTAAGTGTTCTTCCGGACTGCGATAAAGAGGCTTACAACACTGCAAAAGTGAACACTCA 1273
Query 1260 AACATCAATTATGACCGAGGACTCTAGTAAGCCAGAGAAGCTGGAATGGACCTGGAGACC 1319
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 AACATCAATCATGACCGAGGACTCTAGTAAGCCAGAGAGGCTGGAATGGACCTGGAGACC 1333
Query 1320 GGAGTCCGCTCAGAAGATGATTCTTAAAAGCAGTGGAGATCTCATTGCCAAGGGTCTTGT 1379
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 GGAGTCCGCTCAGAAGATGATTCTTAAAGGCAGTGGAGATCTCATTGCCAAGGGTCTTGT 1393
Query 1380 AGACCAAAAAGACGTCACAAATGATGCTAGTGACTATCTTTGGTACATGACTAGGGTTCA 1439
|||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1394 AGACCAAAAAGATGTTACAAACGATGCTAGTGACTATCTTTGGTACATGACTAGGCTTCA 1453
Query 1440 TCTCGACAAGAAAGATCCACTTTGGAGCAGAAACATGACACTACGGGTTCACAGCAATGC 1499
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1454 TCTCGACAAGAAAGATCCACTTTGGAGCCGAAACATGACGTTACGGGTTCACAGCAATGC 1513
Query 1500 CCATGTTCTACACGCTTACGTCAATGGAAAATACGTTGGTAACCAATTTGTAAAGGACGG 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1514 CCATGTTCTACACGCTTACGTCAATGGAAAATACGTCGGTAACCAATTCGTAAAGGACGG 1573
Query 1560 GAAATTCGATTACAGATTTGAGAAGAAGGTCAATCATCTCGTTCATGGGACTAACCACAT 1619
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1574 GAAATTTGATTACAGATTTGAGAGGAAGGTCAATCATCTCGTTCATGGGACTAATCACAT 1633
Query 1620 TTCACTTCTCAGTGTTTCCGTTGGACTACAGAATTACGGAGCTTTCTTTGAGAGCGGTCC 1679
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1634 TTCACTTCTCAGCGTTTCCGTTGGACTACAGAATTATGGACCTTTCTTTGAGAGCGGACC 1693
Query 1680 CACTGGAATCAATGGTCCTGTGTCCTTAGTCGGATACAAAGGAGAGGAAACAATCGAGAA 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 AACTGGAATCAATGGTCCTGTGTCCTTAGTCGGATACAAAGGAGAGGAAACAATCGAGAA 1753
Query 1740 GGATCTATCGGAGCATCAATGGGACTACAAGATTGGTTTGAATGGATACAAAAACAAACT 1799
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1754 GGATCTCTCGCAGCATCAATGGGACTACAAGATTGGTTTGAATGGATACAACGACAAACT 1813
Query 1800 TTTCAGCACAAAATCCGTTGGTCAC-ATCAAATGGGCAAACGAAATGTTTCCTACTAGTC 1858
|||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||| | | |||||| |||
Sbjct 1814 TTTCAGCATAAAATCTGTTGGTCACCAA-AAATGGGCAAACGAAAAGCTACCTACTGGTC 1872
Query 1859 GGATGTTGACATGGTACAAGGCAAAGTTCAAGGCTCCTCTTGGTAAAGAGCCAGTGATTG 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1873 GGATGTTGACATGGTACAAGGCAAAGTTCAAGGCTCCTCTTGGTAAGGAGCCAGTGATTG 1932
Query 1919 TGGACTTTAATGGTCTCGGGAAAGGTGAGGCTTGGATCAACGGTCAGAGCATTGGACGTT 1978
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1933 TGGACTTAAATGGTCTCGGGAAAGGTGAGGCTTGGATCAACGGTCAGAGCATTGGTCGTT 1992
Query 1979 ACTGGCCCAGCTTTAACTCTAGTGATGACGGTTGCAAAGACGAATGTGACTACCGCGGGG 2038
||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1993 ACTGGCCGAGCTTTAACTCTAGCGATGATGGTTGCAAAGACGAATGTGACTACCGTGGGG 2052
Query 2039 AGTATGGTAGCGACAAATGCGCTTTTATGTGTGGCGAACCAACTCAAAGATGGTACCATG 2098
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053 CGTATGGTAGCGACAAATGCGCTTTTATGTGCGGCAAACCAACTCAAAGATGGTACCATG 2112
Query 2099 TTCCAAGATCGTTCTTGAAAGCGAGCGGACACAACACTATCACACTATTCGAAGAAATGG 2158
||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 TTCCACGATCGTTCTTGAATGCGAGCGGACATAACACTATCACACTATTCGAAGAAATGG 2172
Query 2159 GCGGTAACCCGTCAATGGTGAACTTCAAGACAGTTGTGGTCGGAACTGTTTGTGCCAGGG 2218
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2173 GCGGTAACCCGTCAATGGTGAACTTCAAGACAGTAGTGGTTGGAACAGTTTGTGCCAGGG 2232
Query 2219 CTCATGAACACAACAAAGTGGAGTTGTCCTGCCATAACCATCCGATCTCAGCCGTTAAAT 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2233 CTCATGAACACAACAAAGTGGAGTTGTCCTGCCATAACCGGCCGATTTCAGCCGTTAAAT 2292
Query 2279 TCGCAAGCTTTGGAAATCCGGTGGGGCATTGTGGGACATTCGCGGTTGGTACGTGCCAAG 2338
| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293 TTGCAAGCTTTGGAAATCCGTTGGGGCATTGTGGGTCATTCGCGGTTGGTACGTGCCAAG 2352
Query 2339 GAGACAAGGATGCTGTGAAGACCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGGAAACTTAACTGCACTA 2398
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2353 GAGACAAGGATGCTGCGAAGACCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGCAAACTCAACTGCACTG 2412
Query 2399 TCAATGTGTCGTCCGACACGTTTGGCTCTACTTTGGACTGTGGAGATTCACCTAAAAAAT 2458
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413 TCAATGTGTCTTCCGACACGTTTGGTTCTACTTTGGACTGTGGAGATTCACCTAAAAAAT 2472
Query 2459 TGGCCGTGGAATTGGAGTGCTAG 2481
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 TGGCCGTGGAATTGGAGTGCTAG 2495
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123109678122
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5