BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg355122
Length=2214
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G16370.1 | Symbols: ATOPT3, OPT3 | oligopeptide transporter ... 3674 0.0
> AT4G16370.1 | Symbols: ATOPT3, OPT3 | oligopeptide transporter
| chr4:9247302-9250091 REVERSE LENGTH=2446
Length=2446
Score = 3674 bits (1989), Expect = 0.0
Identities = 2140/2215 (97%), Gaps = 2/2215 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGACGCCGAGAAGGCTAGTGATAAAAAC-AATGTCCATCTATCATCGGACCACGAGCG 59
|||||||| |||||||||| |||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 21 ATGGACGCGGAGAAGGCTACTGAT-AAGACTAATGTCCATCTCTCCTCGGACCATGAGCG 79
Query 60 TTGTCCGGTGGAGGAAGTGGCTCTGGTGGTGCCTGAGACGGACGACCCAAGCCTACCGGT 119
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 80 TTGTCCGGTGGAGGAAGTGGCTCTTGTTGTGCCTGAGACGGATGATCCAAGCCTACCGGT 139
Query 120 GATGACATTCAGAGCTTGGTTCTTGGGTCTGACCTCTTGTGTTCTGCTCATCTTTCTCAA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 140 GATGACATTCAGAGCTTGGTTCTTGGGTCTGACCTCTTGTGTTCTGCTCATCTTTCTCAA 199
Query 180 CACGTTCTTCACCTACCGCACGCAGCCACTCACCATCTCAGCCATCCTCATGCAGATCGC 239
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 CACGTTCTTCACATACCGTACGCAGCCACTCACCATCTCAGCCATCCTCATGCAGATCGC 259
Query 240 TGTTTTGCCCATCGGCAAGTTCATGGCTCGTACTCTTCCCACCACTTCTCACAACCTTCT 299
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TGTTTTGCCCATCGGCAAGTTCATGGCTCGGACTCTTCCCACCACTTCTCACAACCTTCT 319
Query 300 TGGGTGGAATTTTAGCCTCAATCCTGGTCCTTTTAATATCAAGGAGCATGTCATTATCAC 359
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 TGGGTGGAGTTTTAGCCTCAATCCTGGTCCTTTTAACATCAAGGAGCATGTCATTATCAC 379
Query 360 CATCTTTGCTAATTGTGGCGTTTCTTACGGTGGTGGTGATGCTTACTCTATTGGGGCTAT 419
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CATCTTTGCTAATTGTGGCGTTGCTTACGGTGGTGGTGATGCTTACTCTATTGGGGCTAT 439
Query 420 CACTGTTATGAAAGCTTACTATAAACAGAGCCTTAGCTTCATCTGTGGTCTTTTCATCGT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 440 CACTGTTATGAAAGCTTACTATAAACAGAGCCTTAGCTTCATCTGTGGTCTCTTCATCGT 499
Query 480 CTTGACCACTCAGATTTTGGGTTATGGTTGGGCTGGAATTTTGAGGAGGTACCTTGTTGA 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 500 CTTGACCACTCAGATTTTGGGTTATGGTTGGGCTGGGATTCTGAGGAGGTACCTTGTTGA 559
Query 540 TCCTGTTGACATGTGGTGGCCTTCCAATCTTGCTCAAGTTTCTCTCTTCAGAGCGTTGCA 599
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 TCCTGTTGACATGTGGTGGCCTTCAAATCTCGCTCAAGTTTCTCTCTTCAGAGCGTTGCA 619
Query 600 TGAGAAGGAAAACAAGTCTAAAGGCTTGACGAGGATGCAGTTCTTTCTAGTGGCTCTTGG 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 620 CGAGAAGGAAAACAAGTCTAAAGGCTTGACGAGGATGAAGTTCTTTCTAGTAGCTCTTGG 679
Query 660 TGCTAGCTTTCTTTACTATGCACTTCCAGGCTATCTATTCCCAATCTTGACCTTCTTCTC 719
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 680 TGCTAGCTTTATTTACTATGCACTTCCAGGCTATCTATTCCCAATCTTGACTTTCTTCTC 739
Query 720 ATGGGTTTGCTGGGCTTGGCCAAACAGCATCACGGCTCAGCAGGTTGGTTCAGGCTACCA 779
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 740 ATGGGTTTGTTGGGCTTGGCCAAACAGCATCACGGCTCAGCAGGTTGGTTCAGGGTACCA 799
Query 780 TGGCCTTGGGGTTGGAGCCTTCACTCTTGACTGGGCTGGTATCTCTGCTTACCATGGTAG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 800 TGGCCTTGGGGTTGGAGCCTTCACTCTTGACTGGGCTGGCATCTCTGCTTACCATGGTAG 859
Query 840 TCCCTTGGTGGCTCCTTGGTCCTCTATCCTCAACGTTGGTGTTGGTTTCATCATGTTTAT 899
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 TCCATTGGTGGCTCCATGGTCCTCTATCCTCAACGTTGGTGTTGGTTTCATCATGTTTAT 919
Query 900 ATACATCATCGTCCCTGTTTGTTATTGGAAGTTCAACACTTTCGATGCCAGAAAGTTCCC 959
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 ATACATCATCGTCCCTGTTTGTTACTGGAAGTTCAACACTTTCGATGCCAGAAAGTTCCC 979
Query 960 CATTTTCTCCAATCAGCTCTTCACTACCAGCGGCCAGAAGTATGACACAACCAAGATCTT 1019
|||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 CATTTTCTCCAACCAGCTATTCACTACTAGTGGCCAGAAGTATGACACAACCAAGATCTT 1039
Query 1020 GACACCGCAATTTGATCTGGATATTGGTGCCTATAGCAGCTACGGGAAGCTTTACCTCAG 1079
||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1040 GACACCGCAGTTTGATCTGGATATTGGTGCTTATAACAACTACGGGAAACTTTACCTCAG 1099
Query 1080 CCCTCTTTTCGCACTCTCTATCGGATCCGGGTTTGCGAGATTCACTGCAACACTAACTCA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 CCCTCTTTTCGCACTCTCTATCGGATCCGGGTTTGCGAGATTCACTGCAACACTAACTCA 1159
Query 1140 TGTGGCATTGTTCAACGGCAGGGACATATGGAGGCAGACTTGGTCTGCAGTGAACACCAC 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 TGTGGCATTGTTCAACGGCAGGGACATATGGAAGCAGACTTGGTCTGCAGTGAACACCAC 1219
Query 1200 GAAGCTGGACATCCATGGGAAATTGATGCAAAGCTACAAGAAAGTGCCTGAGTGGTGGTT 1259
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 GAAGCTGGACATCCATGGAAAATTGATGCAAAGCTACAAAAAAGTGCCTGAGTGGTGGTT 1279
Query 1260 TTATGTGTTGCTGGCAGGAAGTGTAGCCATGTCTCTCCTCATGTCTTTCGTGTGGAAGGA 1319
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1280 TTATATATTGCTGGCAGGAAGTGTAGCCATGTCTCTCCTAATGTCTTTTGTGTGGAAGGA 1339
Query 1320 GTCAGTGCAGCTTCCATGGTGGGGAATGCTCTTTGCTTTTGCATTGGCCTTTATTGTCAC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1340 GTCAGTGCAGCTTCCATGGTGGGGAATGCTCTTTGCTTTTGCATTGGCCTTCATTGTCAC 1399
Query 1380 ACTCCCTATCGGTGTCATTCAAGCAACTACAAATCAGCAACCGGGGTATGATATAATAGG 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1400 ACTCCCTATCGGTGTCATTCAAGCAACTACAAATCAGCAACCAGGATATGATATAATAGG 1459
Query 1440 GCAGTTCATTATCGGTTATATCCTGCCTGGAAAACCCATTGCAAACCTGATTTTCAAGAT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 GCAGTTCATTATCGGTTATATCCTGCCTGGAAAACCCATTGCAAACCTGATTTTCAAGAT 1519
Query 1500 TTACGGGCGGATCAGCACAGTCCACGCCCTCTCATTCTTGGCGGACCTTAAGCTTGGCCA 1559
||||||| | |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1520 TTACGGGAGAATCAGCACAGTCCATGCTCTCTCATTTTTGGCAGACCTTAAGCTTGGCCA 1579
Query 1560 TTACATGAAAATCCCACCGCGCTGCATGTACACGGCTCAGCTGGTGGGCACTGTGGTAGC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 TTACATGAAAATCCCACCGCGCTGCATGTACACGGCTCAGCTGGTGGGCACTGTGGTAGC 1639
Query 1620 TGGTGTGGTGAATCTGGGAGTGGCCTGGTGGATGCTGGAGAGCATTCAAGACATATGCGA 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 TGGTGTGGTGAATCTGGGAGTGGCCTGGTGGATGTTGGAGAGCATTCAAGACATATGCGA 1699
Query 1680 CATTGAAGGAGACCACCCTAATAGCCCATGGACTTGCCCCAAGTACAGAGTGACGTTCGA 1739
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1700 CATCGAAGGAGACCACCCTAATAGCCCCTGGACTTGCCCCAAGTATAGAGTGACGTTCGA 1759
Query 1740 TGCTTCAGTCATTTGGGGTTTGATAGGACCAAGACGGCTGTTTGGACCAGGAGGCATGTA 1799
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 TGCTTCAGTTATTTGGGGGTTGATAGGACCAAGACGGCTCTTTGGACCAGGAGGCATGTA 1819
Query 1800 CCGTAACCTTGTCTGGCTCTTCCTCATCGGAGCTGTCCTGCCTGTTCCCGTGTGGGCGCT 1859
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 CCGTAACCTTGTCTGGCTCTTCCTCATTGGAGCTGTCCTGCCTGTTCCCGTGTGGGCGCT 1879
Query 1860 GAGCAAGATCTTCCCAAACAAGAAGTGGATCCCTCTCATCAACATTCCAGTTATCTCCTA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 GAGCAAGATCTTCCCAAACAAGAAGTGGATCCCTCTCATCAACATTCCAGTTATCTCCTA 1939
Query 1920 CGGCTTTGCAGGGATGCCTCCAGCTACTCCAACCAACATTGCCAGCTGGCTGGTCACAGG 1979
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1940 CGGCTTTGCAGGGATGCCTCCAGCCACTCCAACCAACATTGCCAGCTGGTTGGTCACAGG 1999
Query 1980 AACCATCTTCAACTACTTTGTGTTCAATTACCACAAGAGATGGTGGCAGAAGTACAATTA 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 AACCATCTTCAACTACTTTGTGTTCAATTACCACAAGAGATGGTGGCAGAAGTACAATTA 2059
Query 2040 TGTACTCTCTGCAGCGCTCGATGCAGGGACTGCGTTCATGGGGGTGCTCTTGTTCTTCGC 2099
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060 CGTACTCTCTGCAGCGCTCGATGCAGGGACCGCGTTCATGGGGGTGCTCTTGTTCTTCGC 2119
Query 2100 CCTTCAGAATGCTGGACACGACCTAAAATGGTGGGGCACTGAAGTAGACCACTGCCCTCT 2159
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 CCTGCAGAATGCTGGACACGACCTCAAATGGTGGGGCACTGAAGTAGACCACTGCCCTCT 2179
Query 2160 TGCTTCCTGTCCCACGGCCCCTGGAATCAAAGCCAAAGGCTGTCCCGTTTTCTAA 2214
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 TGCCTCCTGTCCCACGGCTCCTGGAATCAAAGCCAAAGGCTGTCCCGTTTTCTAA 2234
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109838792460
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5