BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg355153
Length=2970
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G16130.1 | Symbols: ARA1, ISA1, ATISA1 | arabinose kinase | ... 5014 0.0
> AT4G16130.1 | Symbols: ARA1, ISA1, ATISA1 | arabinose kinase
| chr4:9120867-9127938 FORWARD LENGTH=3410
Length=3410
Score = 5014 bits (2715), Expect = 0.0
Identities = 2887/2972 (97%), Gaps = 4/2972 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGGATTGATGAGAACGAAGGCGTCTCTGCTTCAAGCAAGCACCTAGTCTTCGCTTAC 60
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 159 ATGAGGATTGATGAGAACGAAGGTGTCTCTGCTTCAAGCAAGCACCTAGTCTTCGCTTAC 218
Query 61 TACGTCACTGGACATGGCTTCGGTCACGCCACTCGTGTCGTCGAGGTTGTCCGTCACCTG 120
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 219 TACGTCACTGGACATGGTTTCGGTCACGCCACTCGAGTCGTCGAGGTTGTCCGTCACCTG 278
Query 121 ATCGCGGCGGGGCATGATGTTCATGTTGTCACCGGCGCGCCTGATTTCGTCTTCACATCC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 279 ATCGCGGCGGGGCATGATGTTCATGTTGTCACCGGCGCGCCTGATTTTGTCTTCACATCT 338
Query 181 GAAATTCAGTCACCGAGGCTCAAAATTCGAAAGGTTCTTTTGGATTGTGGGGCTGTGCAA 240
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 339 GAAATTCAGTCTCCGAGGCTCAAAATTCGAAAGGTTCTTTTGGATTGTGGGGCTGTACAA 398
Query 241 GCTGATGCATTGACCGTTGATCGGCTTGCCTCGTTAGAAAAGTATGTCGAAACAGCTGTG 300
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 399 GCTGATGCATTGACCGTTGATCGTCTTGCCTCGTTAGAAAAGTATGTGGAAACAGCTGTG 458
Query 301 GTTCCTCGAGCTGAAATATTGGAAACTGAAGTGGAGTGGCTTCATTCTATCAAAGCTGAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 459 GTTCCTCGAGCTGAAATATTGGAAACTGAAGTGGAGTGGCTTCATTCTATCAAAGCTGAT 518
Query 361 TTTGTGGTGTCTGATGTTGTCCCCGTCGCGTGCCGTGCAGCAGCTGATGCTGGGATACGT 420
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 519 TTTGTGGTGTCTGATGTTGTCCCTGTCGCATGCCGTGCTGCGGCTGATGCTGGGATACGT 578
Query 421 TCTGTCTGTGTTACCAATTTCAGCTGGGATTTTATCTATGCTGAGTACGTGATGGCTGCT 480
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 579 TCTGTTTGTGTCACCAATTTCAGCTGGGATTTTATCTATGCTGAGTACGTGATGGCTGCT 638
Query 481 GGATATCACCATCGCTCCATAGTTTGGCAGATAGCTGAAGATTATTCTCATTGCGAGTTC 540
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 GGATATCACCATCGCTCCATCGTTTGGCAGATAGCTGAAGATTATTCTCATTGCGAGTTC 698
Query 541 CTAATCCGCCTCCCAGGATATTGTCCAATGCCTGCTTTTCGTGATGTCATCGATGTACCT 600
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 CTAATTCGCCTCCCAGGATATTGTCCAATGCCTGCTTTTCGTGATGTCATCGATGTACCG 758
Query 601 TTAGTTGTGAGGAGACTTCATAAATCTCGCAAGGAGGTGAGGAAAGAACTCGGCATTGGT 660
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 759 TTAGTTGTGAGGAGACTTCACAAATCTCGCAAGGAGGTGAGGAAAGAACTCGGCATTGCT 818
Query 661 GAAGATGTGAATGTTGTTATACTCAATTTTGGTGGACAGCCTTCAGGGTGGAACTTGAAG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 819 GAAGATGTGAATGTTGTTATACTCAATTTTGGTGGACAGCCCTCAGGGTGGAACTTGAAG 878
Query 721 GAAACATCACTACCGACTGGCTGGCTGTGTCTGGTCTGTGGCGCATCTGAGACCCAGGAG 780
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 879 GAAACATCACTACCGACTGGGTGGCTGTGTCTGGTTTGTGGCGCATCTGAGACCCTGGAG 938
Query 781 CTTCCACCAAATTTTATAAAGCTTGCTAAGGATGCTTATACGCCTGATATTATAGCTGCA 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 939 CTTCCACCAAATTTTATAAAGCTTGCTAAGGATGCTTATACGCCTGATATTATAGCGGCA 998
Query 841 TCTGACTGTATGCTTGGGAAAATTGGTTATGGCACTGTCAGTGAAGCCCTATCGTACAAG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 999 TCTGACTGTATGCTTGGGAAAATTGGTTATGGCACTGTCAGTGAAGCCCTATCCTACAAG 1058
Query 901 GTGCCGTTTGTCTTTGTACGCAGAGATTATTTCAATGAGGAACCTTTTCTGAGAAATATG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 GTGCCGTTTGTCTTTGTACGCAGAGATTATTTCAATGAGGAACCTTTTCTGAGAAATATG 1118
Query 961 CTTGAGTTTTATCAATGTGGTGTTGAGATGATCAGGAGAGACCTATTAATGGGCCAATGG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 CTTGAGTTTTATCAATGTGGTGTTGAGATGATCAGGAGAGACCTATTAATGGGCCAATGG 1178
Query 1021 AAGCCATATCTTGAACGTGCAGTTAGCTTGAAACCTTGCTACGAGGGTGGCATCAATGGT 1080
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1179 ACGCCATATCTTGAACGTGCAGTTAGCTTGAAACCTTGCTATGAGGGTGGCATCAATGGT 1238
Query 1081 GGTGAGATTGCAGCTCACATCTTACAGGAGACAGCCATTGGAAGACACTGCGCATCTGAT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 GGTGAGATTGCAGCTCACATCTTACAGGAGACAGCCATTGGAAGACACTGCGCATCTGAT 1298
Query 1141 AAGTTAAGTGGTGCAAGAAGATTACGTGATGCAATTATCCTAGGGTATCAGCTACAGAGG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1299 AAGTTAAGTGGTGCAAGAAGATTACGTGATGCAATTATCCTGGGGTATCAGCTACAGAGA 1358
Query 1201 GTCCCTGGAAGGGACATTGCTATTCCGGAGTGGTATTCAAGGGCTGAAAATGAAATAGGT 1260
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1359 GTCCCTGGAAGAGACATTGCTATTCCGGAGTGGTATTCAAGGGCTGAAAATGAACTAGGT 1418
Query 1261 CAATCTGCTGGATCATCACCTACAGTTCAAGCGAACGAGAACAACTCATTGGTGGAGTCG 1320
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 CAATCTGCTGGATCATCACCTACTGTTCAAGCGAATGAGAACAACTCATTGGTGGAGTCG 1478
Query 1321 TCCACCGATGATTTTGATATCCTTCAAGGAGATGTTCAAGGTCTTTCAGATACATGGACA 1380
| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1479 TGCATCGATGATTTTGATATCCTTCAAGGTGATGTTCAAGGTCTTTCAGATACGTGTACA 1538
Query 1381 TTTCTTAAGAGTTTAGCCATGCTAGATGCTATACATGATTCTCAAAAGAATGTGGAGAAG 1440
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||
Sbjct 1539 TTTCTTAAGAGTTTAGCTATGCTAGATGCTATTCATGATTCTGAAAAGAGTACGGAGAAG 1598
Query 1441 AAAACCATGCGTGAAAGAAAAGCTGCTGGTGGTCTCTTCAATTGGGAGGAAGAAATCTTT 1500
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 AAGACCGTGCGTGAAAGAAAAGCTGCTGGTGGTCTCTTCAATTGGGAGGAAGAAATCTTT 1658
Query 1501 GTTGCCAGAGCACCTGGAAGGTTAGATGTGATGGGTGGAATTGCTGACTATTCAGGAAGC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 GTTGCCAGAGCACCTGGAAGGTTAGATGTGATGGGTGGAATTGCTGACTATTCAGGAAGC 1718
Query 1561 CTTGTCTTGCAGATGCCAATAAGGGAAGCTTGCCATGTAGCTGTTCAAAGAAACCTTCCT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 CTTGTCTTGCAGATGCCAATAAGGGAAGCTTGCCATGTAGCTGTTCAAAGAAACCTTCCT 1778
Query 1621 GGAAAACATAGACTGTGGAAACATGCGCAAGCCCGACAGCAAGCTAAGGGACAAGTACCA 1680
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 GGAAAACATAGACTGTGGAAACATGCCCAAGCCCGACAGCAAGCTAAGGGACAAGTACCA 1838
Query 1681 ACACCAGTTCTGCAAATTGTCTCATATGGATCAGAGATCAGCAATCGTGCCCCCACTTTT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 ACACCAGTTCTGCAAATTGTCTCATATGGATCAGAGATCAGCAATCGTGCCCCCACTTTT 1898
Query 1741 GACATGGATTTGTCTGATTTTATGGATGGAGATGAACCAATTTCTTATGAAAAAGCAAGG 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 GACATGGATTTGTCTGATTTTATGGATGGAGATGAACCAATTTCTTATGAAAAAGCAAGA 1958
Query 1801 AAGTTCTTTGCTCAGGATCCAGCACAAAAGTGGGCAGCATATGTTGCTGGGACAATCTTG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 AAGTTCTTTGCTCAGGATCCAGCACAAAAGTGGGCAGCATATGTTGCTGGGACAATCTTG 2018
Query 1861 GTATTGATGATAGAACTTGGTGTGCGTTTTGAGGATAGCATCAGCTTGCTGGTTTCTTCT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 GTATTGATGATAGAACTTGGTGTGCGTTTTGAGGATAGCATCAGCTTGCTGGTTTCTTCT 2078
Query 1921 GCTGTACCTGAAGGTAAAGGTGTATCTTCATCTGCTGCTGTAGAGGTGGCAAGCATGTCG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2079 GCTGTACCTGAAGGTAAAGGTGTATCTTCATCTGCTGCTGTGGAGGTGGCGAGCATGTCC 2138
Query 1981 GCAATAGCTGCTGCACATGGACTGAGTATC-AGCCCCAGAGATCTTGCTATACTCTGCCA 2039
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 GCAATAGCTGCTGCACATGGACTGAGTATCGA-CCCCAGAGATCTTGCTATACTCTGCCA 2197
Query 2040 AAAGGTGGAGAATCACATTGTTGGAGCTCCATGTGGTGTTATGGATCAGATGACTTCGTC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2198 AAAGGTGGAGAATCACATTGTTGGAGCTCCATGTGGTGTTATGGATCAGATGACTTCTTC 2257
Query 2100 CTGTGGGGAAGCCAACAAACTGTTGGCCATGATCTGCCAACCTGCAGAAGTAGTTGGGCT 2159
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 CTGTGGGGAAGCCAATAAACTGTTGGCCATGATCTGCCAACCTGCAGAAGTAGTTGGGCT 2317
Query 2160 TGTTGAGATTCCCAACCATGTCAGATTTTGGGGAATTGATTCCGGAATTCGACACAGCGT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2318 TGTTGAGATTCCCAACCATGTCAGATTTTGGGGAATTGATTCCGGAATTCGACACAGCGT 2377
Query 2220 TGGAGGTGCAGACTATAGGTCGGTGAGAGTTGGTGCTTACATGGGGCGAAAGATGATCAA 2279
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2378 TGGAGGTGCAGACTATAGGTCGGTCAGAGTTGGCGCTTACATGGGGAGAAAGATGATCAA 2437
Query 2280 GTCAATGGCGTCTTCTATTCTGTCACAAGCAGCGTTAAGTGCTAATGGAGGCAACCCGGA 2339
|||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2438 GTCAATGGCGTCTTCTATTCTGTCACCATCAGCGTCAAGTGCTAATGGAGGCAACCCGGA 2497
Query 2340 AGAACTAGAGGATGAAGGAATTGACTTACTTGAGGCCGAAGCTTCATTAGATTACTTGTG 2399
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 AGAACTAGAGGATGAAGGGATTGACCTACTTGAGGCCGAAGCTTCATTAGATTACTTGTG 2557
Query 2400 CAATTTGTCGCCTCACAGATATGAAGCCCGTTATGCAGATAAGCTTCCAGATATCATGCT 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2558 CAATTTGTCGCCTCACAGATATGAAGCCCGTTATGCAGATAAGCTTCCAGATATCATGTT 2617
Query 2460 GGGTCAGACATTTATTGAGGAATACT-CGGATCATGATGATCCGGTCACAGTGATTGATC 2518
|||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 GGGTCAGACATTCATTGAGGAATA-TGCGGATCATGACGATCCGGTCACAGTGATTGATC 2676
Query 2519 AAAAGCGTTCTTACAGTGTTAGAGCTCCTGCCAGACACCCGATATACGAAAACTTCCGGG 2578
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2677 AAAAGCGTTCTTACAGTGTAAAAGCTCCTGCCAGACACCCTATTTACGAAAACTTCCGGG 2736
Query 2579 TCAAGACATTTAAAGCCCTATTGACTTCTGCAACATCAGATGAGCAACTTACTGCTCTTG 2638
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 TCAAGACATTTAAAGCTCTATTGACTTCTGCAACATCAGATGAGCAACTTACTGCTCTTG 2796
Query 2639 GGGGGCTTCTTTATCAGTGTCACTATAGCTACAGCGCATGCGGACTAGGATCGGATGGAA 2698
| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 GAGGACTTCTTTATCAGTGTCACTATAGTTACAGCGCATGCGGACTAGGATCGGATGGAA 2856
Query 2699 CCAACCGGCTGGTGCAGTTAGTACAAGGGATGCAGCATAACAAGTCTAATTCCGAGGATG 2758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2857 CCAACCGGCTGGTGCAGTTAGTACAAGGGATGCAGCATAACAAGTCTAATTCTGAGGATG 2916
Query 2759 GAACATTGTATGGAGCCAAAATCACAGGTGGTGGATCAGGTGGAACAGTCTGCGTCATAG 2818
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2917 GAACATTGTATGGAGCCAAAATCACAGGCGGTGGATCAGGTGGAACAGTCTGCGTCGTAG 2976
Query 2819 GCCGCAACTCATTGCGCAGCAGCCAACAAATTCTCGAGATTCAGCAGAGATACAAAGCTG 2878
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 GCCGTAACTCATTGCGCAGCAGCCAACAAATTCTCGAGATTCAGCAGAGATACAAAGCTG 3036
Query 2879 CGACAGGGTATTTGCCACTGATATTCGAAGGATCATCACCTGGAGCTGGCAAGTTTGGTT 2938
||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3037 CGACAGGGTATTTACCGCTGATATTCGAAGGTTCGTCACCTGGAGCTGGCAAGTTTGGTT 3096
Query 2939 ACCTCCGGATCCGACGTCGTATCTCTCTCTGA 2970
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3097 ACCTCCGGATCCGACGTCGTATCTCTCTCTGA 3128
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147641313249
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5