BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg355947
Length=3336
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G40405.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2924 0.0
AT5G40410.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2211 0.0
> AT5G40405.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:16169315-16171153 FORWARD LENGTH=1839
Length=1839
Score = 2924 bits (1583), Expect = 0.0
Identities = 1739/1815 (96%), Gaps = 8/1815 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 ATGAGTAGAATTGTTAAACATCCAGCTATCTCTCTTTTGGATTCCGGCACTACATTTAAG 84
||||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1 ATGAGTAGAATCGGGAAACATCCGGCTATCGCTCTGTTGGATTCCGGCATTACGTTTAAA 60
Query 85 GAAATTCGGCAAATCCATGCCAAGCTCTACGTCGACGGGACACTCAACGATGACCATCTC 144
||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GAAGTCCGGCAAATCCATGCCAAACTCTATGTCGACGGGACACTCAAGGATGACCATCTC 120
Query 145 GTGGGTCAGTTTGTAAAGGCAGTGGCTTTGAGTGATCACACA-TACTTAGATTATGCGAA 203
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||
Sbjct 121 GTGGGTCACTTTGTAAAGGCAGTGGCTTTGAGTGACCACA-AGTACTTAGATTATGCGAA 179
Query 204 TCAGATTCTTGATAGGTCTGATAAGCCTACATTGTTTGCTCTCAATTCTATGATCAGAGC 263
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 180 TCAGATTCTTGATAGGTCTGAAAAGCCTACATTGTTTGCTCTCAATTCTATGATTAGAGC 239
Query 264 ACATTGCAAGAGCTCTGTTCCAGAAAAAAGCTTTGATTTTTATAGTAGGATACTCTCTTC 323
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 240 ACATTGCAAGAGCCCTGTTCCAGAAAAAAGCTTTGATTTTTATAGGAGGATACTCTCTTC 299
Query 324 GGGAAATGGTCTTAAACCGGATAATTACACTGTCAACTTCTTGGTTCAGGCGTGTACGGG 383
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGGAAATGATCTTAAACCGGATAATTACACTGTCAACTTCTTGGTTCAGGCGTGTACGGG 359
Query 384 GTT-AGGAATGCGTGAGACGGGGCTTCAAGTTCATGGTATGACTATCAGACGTGGTTTTG 442
||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GTTAAGG-ATGCGTGAGACAGGGCTTCAAGTTCATGGTATGACTATCAGACGTGGTTTTG 418
Query 443 ACAACGACCCGCATGTCCAGACTGGGTTGATTTCTTTGTATGCGGAGCTTGGCTGTCTGG 502
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ACAATGACCCGCATGTCCAGACTGGGTTGATTTCTTTGTATGCGGAGCTTGGCTGTCTGG 478
Query 503 ATTCTTGTCATAAGGTTTTTAATTCGGTTTCGTACCCGGATTTTGTGTGTCGGACAGCGA 562
||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ATTCTTGTCATAAGGTTTTTAATTCTATTCCGTGCCCGGATTTTGTGTGTCGGACAGCGA 538
Query 563 TGGTTACAGCCTGTGCAAGATGCGGGGATGTCGCTTTTGCGCGGAAGTTGTTTGAGGGAA 622
|||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 539 TGGTCACTGCCTGTGCGAGATGTGGGGATGTCGTTTTTGCGCGGAAGTTGTTTGAGGGGA 598
Query 623 TGCCGGAAAAG-GACCCGATTGCCTGGAACGCGATGATCTCTGGCTATGCTCAGGTTGGT 681
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TGCCGG-AAAGAGACCCGATTGCCTGGAACGCGATGATCTCTGGCTATGCTCAGGTTGGT 657
Query 682 GAGTCAAGGGAAGCTCTAAACTTGTTTCATTTGATGCAGTTGGAAGGTGTGAAAGTCAAT 741
|||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GAGTCAAGAGAAGCTCTAAACGTGTTTCACTTGATGCAGTTGGAAGGTGTGAAAGTCAAT 717
Query 742 GGGGTTTCTATGATTTCTGTTTTATCGGCTTGCACTCAATTGGGTGCTTTAGACCAAGGG 801
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GGGGTTGCTATGATTTCTGTTTTATCGGCTTGCACTCAATTGGGTGCTTTAGACCAAGGG 777
Query 802 AGATGGGCGCATTCTTACATTGAGAGAAACAAAATTAAAATCACTGTGAGGCTTGGTACT 861
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 778 AGATGGGCTCATTCTTACATAGAGAGAAACAAAATCAAAATCACTGTGAGGCTTGCTACT 837
Query 862 ACGTTGGTCGACTTGTATGCAAAATGCGGAGACATGGACAAGGCTATGGAAGTTTTCTGG 921
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ACGTTGGTCGACTTGTATGCAAAATGTGGTGACATGGAAAAGGCTATGGAAGTTTTCTGG 897
Query 922 GGTATGGAAGAGAAGAATGTGTATACATGGAGTAGCGCCCTGAATGGGTTAGCCATGAAT 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GGTATGGAAGAGAAGAATGTGTATACATGGAGTAGCGCCCTGAATGGGTTAGCCATGAAT 957
Query 982 GGTTTCGGGGAGAAATGTCTCGAGCTTTTCTCTCTTATGAAACAAGATGGTGTTACTCCA 1041
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GGGTTCGGGGAGAAATGTCTCGAGCTTTTCTCTCTTATGAAACAAGATGGTGTTACTCCA 1017
Query 1042 AACGCTGTCACATTCGTCTCTGTTCTCAGAGGTTGTAGTGTGGTTGGTTTTGTAGATGAA 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AACGCTGTCACATTCGTCTCTGTTCTCAGAGGTTGTAGTGTGGTTGGTTTTGTAGATGAA 1077
Query 1102 GGGCAAAAACATTTTGATTCGATGAGGAATGAGTTCGGGATAGACCCTCAGCTCGATCAC 1161
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1078 GGGCAAAGACATTTTGATTCGATGAGGAATGAGTTCGGGATAGAACCTCAGCTCGAGCAC 1137
Query 1162 TATGGCTGCTTAGTTGATTTGTATGCTCGTGCAGGCCGCTTAGAAGACGCAGTAAGTATC 1221
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TATGGCTGCTTGGTTGATTTGTATGCTCGTGCAGGCCGCTTAGAAGACGCAGTAAGTATC 1197
Query 1222 ATCCAGCAAATGCCCATGAAGACTCATGCTGCTGTTTGGAGTTCTTTGCTCCACGCATCT 1281
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1198 ATCCAGCAAATGCCCATGAAGCCTCATGCTGCTGTTTGGAGTTCTCTGCTCCACGCATCC 1257
Query 1282 AGAATGTACAAGAACCTTGAACTTGGCGTTCTTGCATCTaaaaaaaTGCTCGAGCTAGAG 1341
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AGAATGTACAAGAACCTTGAGCTTGGCGTGCTTGCATCTAAAAAAATGCTCGAGCTAGAG 1317
Query 1342 ACCGCAAATCACGGAGCTTATGTCCTCTTATCAAACATATATGCAGATTCAGACGATTGG 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1318 ACCGCAAATCACGGAGCTTATGTCCTCTTATCAAACATATATGCAGATTCAAACGATTGG 1377
Query 1402 GACAATGTTAGTCACGTTAGACAGTCAATGAAATCTAAAGGAGTCAGAAAGCAACCAGGG 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GACAATGTTAGTCACGTTAGACAGTCAATGAAATCTAAAGGAGTCAGAAAGCAACCAGGG 1437
Query 1462 TGCAGTGTAATGGAGGTAAATGGAGAAGTCCATGAATTCTTTGTCGGAGACAAATCTCAC 1521
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1438 TGCAGTGTAATGGAGGTCAATGGAGAAGTCCATGAATTCTTTGTAGGAGACAAATCTCAC 1497
Query 1522 CCAAAATATA-ACGAAATCGACGCGGTTTGGAAGGATATCTCGAGAAGGCTGAGACTCGC 1580
||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CCAAAGTATACAC-AAATCGACGCGGTTTGGAAGGATATCTCGAGAAGGCTGAGACTCGC 1556
Query 1581 TGGATATAAGGCGGACACAACCCCGGTTATGTTCGACATAGATGAAGAAGAGAAAGAGGA 1640
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGGTTATAAGGCGGACACAACCCCGGTTATGTTCGATATAGATGAAGAAGAGAAAGAGGA 1616
Query 1641 TGCATTATGTCTGCATAGCGAAAAGGCCGCCATTGCATTTGGTATAATGAGTTTGAAAGC 1700
|||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGCATTGTGTTTGCATAGCGAAAAGGCAGCGATTGCATTTGGTATAATGAGTTTGAAAGA 1676
Query 1701 AGATGTCCCGATTCGGATCGTGAAGAACCTTCGGGTTTGTGGAGATTGTCATCAGGTTTC 1760
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 AGATGTTCCGATTCGGATCGTGAAGAACCTTCGGGTTTGTGGAGATTGTCATCAGGTTTC 1736
Query 1761 CATGATGATCTCCAAGATTTTTAACAGAGAGATCATTGTGAGAGACAGAAACAGGTTCCA 1820
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TATGATGATCTCCAAGATTTTTAACAGAGAGATCATTGTCAGAGACAGAAACAGGTTCCA 1796
Query 1821 CCATTTCAAAGATGG 1835
|||||||||||||||
Sbjct 1797 CCATTTCAAAGATGG 1811
> AT5G40410.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:16171374-16173226 FORWARD LENGTH=1853
Length=1853
Score = 2211 bits (1197), Expect = 0.0
Identities = 1408/1510 (93%), Gaps = 14/1510 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1834 GGGAGAGGATATTTGGGGAAATGTTTTGAGGTTTTATCTAGGATGATGAGATCTGAGGTG 1893
|||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 336 GGGAGAGGTTATTTGGGGAAATGTTTTGAGGTGTTGTCTAGGATGATGATATCTGAGGTG 395
Query 1894 GGTTTTAGACCTAATGAAGTTACGTTTTTGTCGATGATTTCGGCTTGTGTTCATGGAGGA 1953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||
Sbjct 396 GGTTTTAGACCTAATGAAGTTACGTTTTTGTCGATGATCTCGGCTTGTGTTTACGGGGGA 455
Query 1954 AATAAGGAAGAGGGA-GTTTGCATTCATGGGTTGGTGATGAAATCTGGTGTGCTTGAGGA 2012
| ||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 456 AGTAAGGAAGAAGGACG-TTGTATTCATGGGTTGGTGATGAAATTTGGTGTACTTGAGGA 514
Query 2013 AGTTAAAGTTGTGAATGCTCTTATGAATTTGTATGGAAAGACTGGAGATTTGATTTCGTC 2072
||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 515 AGTTAAAGTTGTGAATGCTTTTATCAATTGGTATGGAAAGACTGGAGATTTGACTTCATC 574
Query 2073 CTGCAAATTGTTTGAGGATTTGAGTGTAAAGAATTTGGTTTCGTGGAATACGATGATTGT 2132
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 575 CTGCAAATTGTTTGAGGATTTGAGTATAAAGAATTTGGTTTCTTGGAATACGATGATTGT 634
Query 2133 GATTCACTTGCAAAACGGTTTGGCCGAAGAAGGTCTGGCTTACTTCAACATGAGCAGATG 2192
|||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 635 GATTCACTTGCAGAACGGTTTAGCTGAAAAAGGTCTGGCTTACTTTAACATGAGCAGAAG 694
Query 2193 GGTTGGGCTTAAGCCTGATCAAGCCACTTTTCTGGCTGTTCTCCGT-GTCTGTGAAGACA 2251
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 695 GGTTGGGCACGAGCCTGATCAAGCCACTTTTCTGGCTGTTCTCCGTAG-CTGTGAAGACA 753
Query 2252 TCGGG-GTAGTGAGATTGTCACAAGGAATTCATGGGCTAATCATGTTTTGTGGGTTCAAT 2310
| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 754 T-GGGTGTAGTGAGATTGGCGCAAGGAATTCATGGGCTAATCATGTTTGGTGGGTTCAGT 812
Query 2311 GCAAACACA-TGTATAACGACTGCGTTATTAGACTTGTATGCAAAACTTGGGAGGTTGGA 2369
| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 813 GGAAACA-AGTGTATAACGACAGCGTTATTAGACTTGTATTCGAAACTTGGGAGGTTGGA 871
Query 2370 GGATTCGTCTACGGTATTTCTTGAGATTACTTCTCCTGATAGCATGGCGTGGACAGCAAT 2429
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 872 GGATTCGTCTACGGTTTTTCATGAGATTACTTCTCCAGATAGTATGGCGTGGACTGCAAT 931
Query 2430 GCTTGCTGCTTATGCCACTCACGGGTATGGAAGAGATGCAATAAAGCATTTTGAGCTCAT 2489
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 932 GCTTGCTGCTTATGCCACTCATGGGTTTGGAAGAGATGCAATCAAGCATTTTGAGCTCAT 991
Query 2490 GGTTCACTATGGT-TTAAGTCCTGATCATGTAACCTTCACTCACTTGTTAAATGCTTGTA 2548
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 GGTTCACTATGGTATT-AGTCCTGATCATGTAACCTTCACTCACTTGTTAAATGCTTGTA 1050
Query 2549 GTCACTCAGGTCTGGTCGAAGAAGGGAGGTATTATTTCGAAACAATGTCGAAAAGATACA 2608
|||| || ||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 GTCATTCTGGTCTTGTAGAAGAAGGGAAGCATTATTTCGAAACAATGTCGAAAAGATACA 1110
Query 2609 GAATTGAGCCC-AGGTTAGATCACTACTCATGTATGGTTGATCTCA-TGGGTCGATCCGG 2666
| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1111 GGATTGA-CCCGAGGTTAGATCACTATTCATGTATGGTTGATCT-ACTGGGTCGATCCGG 1168
Query 2667 GCTTCTCCAAGATGCTTATGGATTGATCAAAGAGATGCCAATGGAGCCGAGTTCTGGTGT 2726
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1169 GCTTCTCCAAGATGCTTATGGATTGATCAAAGAAATGCCAATGGAGCCTAGTTCTGGTGT 1228
Query 2727 TTGGGGAGCTTTGCTTGGTGCTTGTAGGGTTTACAAAGATACCCAACTCGGAACAAAAGC 2786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1229 TTGGGGAGCTTTGCTTGGTGCTTGTAGGGTTTACAAAGATACACAACTCGGAACAAAAGC 1288
Query 2787 GGCAAAGAGATTGTTTGAACTAGAGCCTCGTGATGGTAGAAACTACATAATGCTATCAAA 2846
||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1289 CGCAGAGAGATTGTTCGAATTAGAGCCTCGTGATGGTAGAAACTATGTAATGCTCTCAAA 1348
Query 2847 CATCTATTCAGCTTCTGGTCTATGGAAAGATGCTTCAAGAATAAGGAATCTGATGAAACA 2906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 CATCTATTCAGCTTCTGGTCTATGGAAAGATGCTTCAAGAATAAGGAATCTGATGAAACA 1408
Query 2907 GAAAGGTCTTGTAAGAGCTTCAGGGTATAGTTACATTGAACATGGTAATAAGATTCATAA 2966
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1409 GAAAGGTCTTGTAAGAGCTTCAGGGTGTAGCTACATTGAACATGGTAACAAAATTCATAA 1468
Query 2967 GTTTGTTGTTGGAGATTGGTCTCATCCTGAATCagagaagatacagaagaagctaaaaga 3026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1469 GTTTGTTGTTGGAGATTGGTCTCATCCTGAATCAGAGAAGATACAAAAGAAGCTGAAAGA 1528
Query 3027 gattagaaagaagatgaagaGTGAGTTGGGATTTAAATCAAGAACAGAGTTTGTATTACA 3086
|||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1529 GATTAGGAAGAAGATGAAGAGTGAAATGGGATATAAATCAAAAACAGAGTTTGTATTACA 1588
Query 3087 TGATGTTGATGAAGATGTGAAAGAAGAAATGATTAATCAACATAGTGAGAAGATTGCAAT 3146
|||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1589 TGATGTTGGTGAAGATGTTAAAGAGGAAATGATCAATCAACATAGTGAGAAGATTGCGAT 1648
Query 3147 GGCGTTTGGGCTTTTGGTGATTAGTCCAATGGAGCCAATTATCATAAGGAAGAATCTTAG 3206
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 GGCGTTTGGGCTTTTGGTGGTTAGTCCAATGGAGCCAATTATCATAAGGAAGAATCTTAG 1708
Query 3207 AATTTGTGGAGATTGTCATGAAACAGCAAAAGCAATTTCATTGATTGAAAAAAGAAGAAT 3266
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||
Sbjct 1709 AATTTGTGGGGATTGTCATGAAACAGCAAAAGCAATATCTTTGATCGAGAAAAGGAGAAT 1768
Query 3267 CATTATTAGAGATTCTAAGAGGTTTCATCATTTCTTAGAAGGATCATGCTCTTGTAGAGA 3326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1769 CATTATTAGAGATTCTAAGAGGTTTCATCATTTCTTAGACGGATCATGCTCTTGTAGCGA 1828
Query 3327 TTATTGGTAG 3336
||||||||||
Sbjct 1829 TTATTGGTAG 1838
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166002414387
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5