BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg356659
Length=3291
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G44240.1 | Symbols: ALA2 | aminophospholipid ATPase 2 | chr5... 4226 0.0
> AT5G44240.1 | Symbols: ALA2 | aminophospholipid ATPase 2 | chr5:17817028-17823708
FORWARD LENGTH=3688
Length=3688
Score = 4226 bits (2288), Expect = 0.0
Identities = 2414/2476 (97%), Gaps = 3/2476 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 CGTTTTGTATACATTAACGATGATGAAGCTTCGAAAGAGCTTTGTTGTGATAACCGTATA 66
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 CGTTTTGTGTACATTAACGATGATGAAGCTTCAAAAGAGCTTTGTTGTGATAACCGTATA 320
Query 67 TCTAACAGAAAGTATACGTTGTGGAATTTTCTTCCAAAGAACTTGTGGGAGCAATTCAGC 126
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 TCTAACAGAAAGTATACGTTATGGAATTTTCTTCCGAAGAACTTGTGGGAGCAATTCAGC 380
Query 127 CGGTTCATGAACCAGTATTTTTTGTTGATTGCTTGCCTTCAGCTCTGGTCACTTATCACC 186
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 381 CGGTTTATGAACCAGTACTTTTTGTTGATTGCTTGCCTTCAGCTATGGTCACTTATCACC 440
Query 187 CCGGTAAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGTTAATATTCATATTTGCGGTCTCGGCTTCG 246
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 441 CCTGTGAATCCTGCAAGTACATGGGGTCCGTTAATATTCATATTTGCAGTCTCTGCTTCC 500
Query 247 AAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGGTATCTATCAGATAAGAAAGCAAATGAGAAAGAA 306
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 AAAGAAGCTTGGGATGATTACCACAGATATCTATCAGATAAGAAAGCAAATGAGAAAGAA 560
Query 307 GTTTGGATCGTGAAACAGGGGATCAAGAAGCATATTCAAGCACAGGACATACAAGTTGGT 366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 GTTTGGATCGTGAAACAGGGGATCAAGAAGCATATTCAAGCACAGGACATACAAGTTGGG 620
Query 367 AATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTAGTTTTGCTTGGTACC 426
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 621 AATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTTGTTTTGCTTGGTACC 680
Query 427 TCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGACTGCTGCTTTAGATGGTGAAACTGATCTC 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 TCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGACTGCTGCTTTAGATGGTGAAACTGATCTC 740
Query 487 AAAACAAGAGTCATACCTTCAGCATGTGTGGGAATTGATTTAGAATTGTTACACAAAATG 546
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AAAACAAGAGTGATACCCTCAGCATGTGTGGGAATTGATTTAGAATTGTTACACAAAATG 800
Query 547 AAAGGTGTGATTGAATGTCCTATTCCAGATAAGGATATTCGAAGATTTGACGCAAACATG 606
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 801 AAAGGTGTGATTGAATGTCCTGTTCCAGATAAGGATATTCGAAGATTTGATGCAAACATG 860
Query 607 CGCTTATTTCCGCCATTTATTGACAATGACGTCTGTTCTTTAACCATAAAAAACACTCTT 666
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 CGCTTATTTCCGCCATTTATTGACAATGATGTCTGTTCTTTAACCATAAAAAACACTCTT 920
Query 667 CTTCAGTCCTGTTACTTGAGAAATACAGAGTGGGCTTGTGGAGTATCTGTCTATACAGGC 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 CTTCAGTCCTGTTACTTGAGAAATACAGAGTGGGCTTGTGGAGTATCTGTCTATACAGGC 980
Query 727 AACCAAACTAAGCTTGGTATGAGTAGGGGTATAGCTGAGCCGAAGCTTACTGCTATGGAT 786
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 AACCAAACTAAGCTTGGTATGAGTAGGGGTATTGCTGAGCCGAAGCTTACTGCTATGGAT 1040
Query 787 GCAATGATTGATAAACTGACTGGAGCAATATTCGTTTTCCAAATTGTCGTTGTTGTGGTC 846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1041 GCAATGATTGATAAACTGACTGGAGCAATATTCGTTTTCCAAATTGTCGTTGTTCTGGTC 1100
Query 847 CTCGGTGTAGCTGGAAATGTTTGGAAAGATACAGAAGCAAGGAAGCAATGGTATGTGCAG 906
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 CTCGGTATAGCTGGAAATGTTTGGAAAGATACAGAAGCAAGGAAGCAATGGTATGTGCAG 1160
Query 907 TATCCAGAGGAAGCCCCGTGGTATGAGCTGCTTGTAATCCCTTTGCGGTTTGAACTCCTA 966
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 TACCCAGAGGAAGCCCCGTGGTATGAGCTGCTTGTAATCCCTTTGCGGTTTGAACTCCTA 1220
Query 967 TGTTCCATCATGATACCCATCTCCATTAAGGTGTCTCTAGATCTGGTTAAGGGTCTTTAT 1026
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1221 TGTTCCATCATGATACCCATCTCCATTAAGGTGTCTCTAGATCTCGTTAAGGGTCTTTAT 1280
Query 1027 GCAAAATTTATAGAATGGGATGTGGAGATGATAGATCAAGAGACTGGTACAGCATCTTAT 1086
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 GCAAAATTTATAGAATGGGATGTAGAGATGATAGATCAAGAGACTGGTACAGCATCTTAT 1340
Query 1087 GCAGCAAACACAGCAATAAGCGAGGACCTTGGGCAAGTAGAGTACATTTTGACCGACAAA 1146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GCAGCAAACACAGCAATAAGCGAGGACCTTGGGCAAGTAGAGTACATTTTGACCGACAAA 1400
Query 1147 ACTGGGACCCTGACAGACAACAAGATGATATTTAGAAGATGCTGTATTGGTGGCATATTT 1206
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1401 ACTGGAACCCTGACAGATAACAAGATGATATTTAGAAGATGCTGTATTGGAGGCATATTT 1460
Query 1207 TATGGGAATGAGAATGGAGATGCTTTAAAAGATGCACAACTTCTTAATGCCATTACCAGT 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1461 TATGGGAATGAGAATGGAGATGCTTTAAAAGATGCACAACTTCTTAATGCCATCACCAGT 1520
Query 1267 GGCTCTACAGATGTTATCCGATTTCTTACAGTTATGGCCATCTGCAACACAGTTATACCT 1326
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1521 GGCTCTACAGATGTTATCCGATTTCTTACAGTGATGGCCATCTGCAACACAGTTCTACCT 1580
Query 1327 GTGCAGAGCAAAGCTGGAGATATTGTTTACAAGGCGCAATCTCAGGATGAAGACGCTCTT 1386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1581 GTGCAGAGCAAAGCTGGAGATATTGTTTACAAGGCGCAATCTCAGGATGAGGACGCTCTT 1640
Query 1387 GTAATTGCTGCTGCAAAGTTGCATATGGTCTTTGTTGGCAAAAATGCCAATCTTCTAGAA 1446
||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 GTAATCGCTGCTTCAAAGTTGCATATGGTCTTTGTCGGCAAAAATGCCAATCTTCTAGAA 1700
Query 1447 ATCAGATTTAATGGTTC-GATAATTCGCTATGAGGTACTGGAGATTCTTGAATTCACTTC 1505
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 ATCAGATTTAATGGTTCAG-TAATTCGCTATGAGGTACTGGAGATTCTTGAATTCACTTC 1759
Query 1506 AGATCGAAAAAGAATGTCAGTGGTAGTGAAAGATTGTCAGAATGGGAAAATTATACTTCT 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 AGATCGAAAAAGAATGTCAGTGGTAGTGAAAGATTGTCAGAATGGGAAAATTATACTTCT 1819
Query 1566 GTCAAAAGGTGCAGATGAAGCAATCCTTCCGTATGCATGTGCTGGTCAACAAACCCGAAC 1625
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 GTCCAAAGGTGCAGATGAAGCAATCCTTCCCTATGCACGTGCTGGTCAACAAACCCGAAC 1879
Query 1626 TATTGGTGACGCCGTAGAACACTATTCCCAGCTGGGGCTCCGAACATTGTGTTTGGCTTG 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 TATTGGTGACGCCGTAGAACACTATTCCCAGCTGGGGCTCCGAACATTGTGTTTGGCTTG 1939
Query 1686 GCGTGAACTGGAAGAGAATGAGTATCTAGAGTGGTCAGTGAAGTTTAAGGAGGCTAGTAG 1745
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1940 GCGTGAACTTGAAGAGAATGAGTATCTAGAGTGGTCAGTGAAGTTTAAAGAGGCTAGTAG 1999
Query 1746 TCTTCTGGTTGATAGGGAGTGGAGAATTGCTGAGGTCTGTCAAAGATTAGAACATGATCT 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2000 TCTTCTGGTTGATAGGGAGTGGAGAATTGCTGAGGTCTGTCAAAGGTTAGAACATGATCT 2059
Query 1806 TTATATTCTAGGGGTCACTGCAATAGAGGACCGGTTGCAGGATGGTGTACCAGAGACAAT 1865
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2060 TTATATTCTAGGGGTCACTGCAATAGAAGACCGCTTGCAGGATGGTGTACCAGAGACGAT 2119
Query 1866 CGAGACACTTAGAAAAGCAGGGATAAACTTTTGGATGCTGACCGGAGATAAGCAGAATAC 1925
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2120 TGAGACACTTCGAAAAGCAGGGATAAACTTTTGGATGCTGACTGGAGATAAGCAGAATAC 2179
Query 1926 AGCTATACAGATTGCTCTTTCCTGTAATTTTATCTCCCCAGAGCCTAAAGGTCAACTTCT 1985
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2180 AGCTATACAGATTGCTCTTTCATGTAATTTTATCTCCCCAGAGCCTAAAGGCCAACTTCT 2239
Query 1986 GATGATTGATGGAAAAACTAAAGAAGATGTTTCTCGAAGTTTGGAGAGGGTTTTGCTGAC 2045
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2240 GATGATTGATGGAAAAACTGAAGAAGATGTTTCTAGAAGTTTGGAGAGGGTTTTGCTTAC 2299
Query 2046 AATGCGGATTACAGCTTCAGAACCTAAGGACGTGGCATTTGTTATTGATGGCTGGGCTCT 2105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 AATGCGGATTACAGCTTCAGAACCTAAGGACGTGGCATTTGTTATTGATGGCTGGGCTCT 2359
Query 2106 AGAAATTGCTCTGAAACACCATCACAAGGATTTTGTTGAATTAGCTATACTTTCTAGGAC 2165
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 AGAAATTGCTCTGAAACACCATCGCAAGGATTTTGTTGAATTAGCTATACTTTCTAGGAC 2419
Query 2166 AGCCATATGTTGTCGCGTCACACCTTCACAGAAAGCCCAGTTAGTTGAAATCTTAAAATC 2225
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2420 AGCCATATGTTGTCGCGTCACACCTTCACAAAAAGCCCAGTTAGTTGAAATCTTAAAATC 2479
Query 2226 CTGCGATTATCGAACCCTTGCAATTGGTGACGGTGGGAATGATGTAAGAATGATACAGCA 2285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2480 CTGCGATTATCGAACCCTTGCAATTGGTGACGGTGGGAATGATGTAAGAATGATACAGCA 2539
Query 2286 AGCTGATATCGGGGTCGGCATTAGCGGAAGAGAAGGGCTGCAGGCAGCAAGAGCTGCAGA 2345
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540 AGCTGATATTGGGGTCGGCATCAGCGGAAGAGAAGGGCTGCAGGCAGCAAGAGCTGCAGA 2599
Query 2346 TTATAGCATTGGAAGATTCAGGTTTCTGAAAAGACTGATTCTTGTTCATGGGAGGTATTC 2405
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2600 CTATAGCATTGGAAGATTCAGGTTTCTAAAAAGACTGATTCTTGTTCATGGGAGGTATTC 2659
Query 2406 ATATAACCGGACAGCATTTTTGTCCCAGTATTCCTTCTACAAATCGTTGTTGATATGCTT 2465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2660 ATATAACCGGACAGCATTTTTGTCCCAGTATTCCTTCTACAAATCGTTGTTGATATGCTT 2719
Query 2466 CATCCAGATTTTTCTT 2481
|||||||||||| |||
Sbjct 2720 CATCCAGATTTT-CTT 2734
Score = 1360 bits (736), Expect = 0.0
Identities = 788/814 (97%), Gaps = 0/814 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2478 TCTTTTCAATTCGGTTAGCCTGATGGCTTATAACGTTTTCTACACCAGTATTCCTGTTCT 2537
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2765 TCTTTTCAATTCAGTTAGCCTGATGGCTTATAACGTTTTCTACACCAGTGTTCCTGTTCT 2824
Query 2538 TGTTAGCGTAATTGATAAAGATCTTAGTGAAGCATCAGTGATGCAACACCCTCAAATTTT 2597
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2825 TGTTAGTGTAATTGATAAAGATCTTAGTGAAGCATCAGTGATGCAACACCCTCAAATTTT 2884
Query 2598 GTTCTACTGCCAAGCTGGAAGGCTTCTAAACCCAAGCACATTTGCGGGGTGGTTTGGCCG 2657
||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2885 GTTCTACTGCCAAGCGGGAAGGCTTCTGAATCCAAGCACATTTGCGGGTTGGTTTGGCCG 2944
Query 2658 ATCCCTTTTTCACGCAATTGTTGTATTTGTAATAACCATACACGCATATGCTTACGAGAA 2717
||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2945 ATCCCTTTTCCACGCCATTATTGTATTTGTAATAACCATACACGCCTATGCTTACGAGAA 3004
Query 2718 AAGTGAAATGGAGGAGCTTGGAATGGTAGCTCTTTCTGGATGTATATGGCTTCAAGCTTT 2777
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3005 AAGTGAAATGGAGGAGCTTGGAATGGTAGCTCTGTCTGGATGTATATGGCTTCAAGCTTT 3064
Query 2778 TGTTGTGGCTCAAGAAACCAATTCCTTTACGGTGTTGCAACACCTTTCCATTTGGGGAAA 2837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3065 TGTTGTGGCTCAAGAAACCAATTCCTTTACGGTGTTGCAACACCTTTCCATTTGGGGAAA 3124
Query 2838 CCTGGTCGCTTTCTATGCAATCAACTTTCTCTTCAGCGCAATACCGTCATCCGGAATGTA 2897
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3125 TCTAGTCGGTTTCTATGCAATCAACTTTCTCTTCAGCGCAATACCGTCATCGGGAATGTA 3184
Query 2898 CACCATCATGTTCCGCCTCTGTTCTCAACCTTCTTACTGGATAACAATGTTTCTCATAGT 2957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3185 CACCATCATGTTCCGCCTCTGTTCTCAACCTTCTTACTGGATAACAATGTTTCTCATAGT 3244
Query 2958 TGGGGCAGGCATGGGTCCTATATTCGCATTGAAGTACTTCCGCTACACATACAGACCCAG 3017
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3245 TGGAGCAGGCATGGGTCCTATTTTCGCATTGAAGTACTTCCGCTACACATACAGACCCAG 3304
Query 3018 CAAAATCAATATACTCCAACAAGCTGAAAGAATGGGTGGTCCAATACTGACTCTAGGAAA 3077
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3305 CAAAATCAATATACTCCAGCAAGCTGAACGAATGGGTGGTCCAATACTGACACTAGGAAA 3364
Query 3078 CATCGAAACGCAACCAAGGACCATTGAGAAGGACTTGTCTCCATTATCCATCACTCAGCC 3137
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3365 CATCGAAACGCAACCAAGGACCATTGAAAAGGACTTGTCTCCAATATCCATCACTCAGCC 3424
Query 3138 CAAAAACAGAAGCCCGGTCTATGAGCCATTGCTATCAGATTCTCCAAACGCAACACGACG 3197
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3425 CAAGAACAGAAGCCCGGTCTATGAGCCATTGCTATCAGATTCTCCAAACGCAACACGACG 3484
Query 3198 CTCATTTGGCCCTGGAACTCCATTCGAGTTTTTCCAATCACAGTCAAGATTATCATCATC 3257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3485 CTCATTTGGCCCTGGAACTCCATTCGAGTTTTTCCAATCACAGTCAAGATTATCATCATC 3544
Query 3258 GTCTGGTTACACCAGAAACTGCAAAGACAACTAA 3291
|||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3545 CTCTGGTTATACCAGAAACTGCAAAGACAACTAA 3578
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 163744901952
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5