BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg358061
Length=3057
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G58450.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3838 0.0
> AT5G58450.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:23626826-23632223 FORWARD LENGTH=3350
Length=3350
Score = 3838 bits (2078), Expect = 0.0
Identities = 2315/2429 (95%), Gaps = 17/2429 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 636 AGCTCTCATGGTGTATATCTCTTTGCTGGAACAAGAATCCAAATACAATGATGCTTTAGA 695
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AGCTCTCATGGTGTATATCTCTTTGCTGGAACAACAATCCAAATACAATGATGCTTTAGA 839
Query 696 AGTCCTTTCTGGAGATTTGGGATCTCTTTTGATGATTGAAGTTGATAAACTACGGATACA 755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 840 AGTCCTTTCTGGAGATTTGGGATCTCTTTTGATGATTGAAGTCGATAAACTACGGATACA 899
Query 756 GGGGAGACTCCTTGCTAGGGCTAATGACTATTCTGCTGCTGTTGATGTCTATaaaaaaaT 815
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGGGAGACTCCTTGCTAGGGCAAATGACTATTCTGCTGCTGTTGATGTCTATAAAAAAAT 959
Query 816 CTTAGAATTGAGTCCAGATGATTGGGAGTGTTTCCTACACTATCTCGGCTGTCTGCTTGA 875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTTAGAATTGAGTCCAGATGATTGGGAGTGTTTCCTACACTATCTCGGCTGTCTGCTTGA 1019
Query 876 AGATGACAGCATCTGGAAATACTTTGACAATATTGATCAAATTCATCCAACAAAGCACAT 935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1020 AGATGACAGCATCTGGAAATACTTTGACAATATTGATCAAATTCATCCGACAAAGCACAT 1079
Query 936 AGAATGCAAGTTTTCTCACCTTACGGAAGAAATGTTTGATTCTCGTATATCAAGTGCTTC 995
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 AGAATGCAAATTTTCTCACCTTACGGAAGAAATGTTTGATTCTCGTATATCAAGTGCCTC 1139
Query 996 AGATTTGGTGCAGAAATTACAGAGGGACAATGAAAATAGTAATTTAAGGGGTCCGTACTT 1055
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGATTTGGTGCAGAAATTACAGAGGGACGCTGAGAATAGTAATTTAAGGGGTCCGTACTT 1199
Query 1056 GGCAGAACTTGAAATTGAGAAGAGAAAGTTCCTATTTGGGAAGAAGAACGAAAACAAGTT 1115
||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1200 GGCAGAACTGGAAATTGAGAAGAGAAAATTCTTATTTGGGAAGAAGAACGAAGACAAGTT 1259
Query 1116 ACTAGAATCGTTACTGCAATATTTTCTTAAATTTGGTCATTTAGCTTGCTATGCCTCGGA 1175
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1260 ACTAGAATCGTTACTGCAGTATTTTCTTAAATTTGGTCATTTAGCTTGCTATGCTTCCGA 1319
Query 1176 CGTTGAAGCATACTTACAAGTATTATCCCCAAATAAAAAGGCAGAATTTGTGGGAATGTT 1235
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
Sbjct 1320 CGTTGAGGCATACCTACAAGTATTATCCCCAAATAAAAAGGCAGGATTTGTGGAAATGCT 1379
Query 1236 AGTGAAAAATTCCGACTCCTTTTCTGAGTCAGCAACCAAAGTGCTTGGTCAAACAACAAC 1295
|||||||||||| || | | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1380 AGTGAAAAATTCTGA-T--TCTTCTGCGTCAGCAACCAAAGTGCTCGGTCAAACAACAAC 1436
Query 1296 AATTCTCAAAGTCCAAGAACTGACAGGAAACATTTTTGAGCTCCCTGTC-GACGAAATTG 1354
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||
Sbjct 1437 AATTCTCAAAGTCCAAGAACTGACGGGAAACATTTTTGGGCTTCCT-ACAGACGAAATTG 1495
Query 1355 AAGCCTCTGCTGTCAAACTGGCAAAGTTATACTGCCAAAATCTTTCTCTTTCTAAGGACT 1414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AAGCCTCTGCTGTCAAACTGGCAAAGTTATACTGCCAAAATCTTTCTCTTTCTAAGGACT 1555
Query 1415 TGGACCCTCAAGAGAGCATGTTTGGGGAAGAACTTTTATCTTTGATTAGCAACATGTTGG 1474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGACCCTCAAGAGAGCATGTTTGGGGAAGAACTTTTATCTTTGATTAGCAACATGTTGG 1615
Query 1475 TCCAGTTATTCTGGAGAACTCGGGATTTTGGCTATCTTGCTGAAGCTATAATGGTTCTTG 1534
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TCCAGTTATTCTGGAGAACTCGAGATTTTGGCTATCTTGCTGAAGCTATAATGGTTCTTG 1675
Query 1535 AGCTGGGCTTGACCATCAGAGGACATGTCTGGCAGTACAAGATCTTGCTGTTGCACATAT 1594
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AGCTGGGCTTGACCATCAGAGGACATGTATGGCAGTACAAGATCTTGCTGTTGCACATAT 1735
Query 1595 ATTCATATGTTGGTGCTCTACCGCTTGCATTTGAACGGTATAAAGCTCTTGATGTGAAGA 1654
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 ATTCATATGTTGGTGCTCTTCCACTTGCATTTGAACGGTATAAAGCTCTTGATGTGAAGA 1795
Query 1655 ACATCTTGACGGAAACTGTTTCACACCATATTCTACGTCAAATGTTGGAATCTCCCATGT 1714
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1796 ACATCTTGACGGAAACAGTTTCACACCATATTCTACGTCAAATGTTGGAATCTCCAATGT 1855
Query 1715 GGGTGGACTTAAGTAACCTCCTAAAAGACTATCTCAAGTTTATGGATGATCATTTGAGAG 1774
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GGGTGGACTTAAGTAATCTCCTAAAAGACTATCTCAAGTTTATGGATGATCATTTGAGAG 1915
Query 1775 AGTCTGCAGACCTTACGTTTCTTGCTTACCGCCATAGAAATTACTCAAAAGTTATCGAAT 1834
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1916 AGTCTGCAGACCTCACATTTCTTGCTTACCGCCATAGAAATTACTCAAAAGTGATCGAAT 1975
Query 1835 TTGTCCTATTCAAACAACGCTTGCAGCACTCAAACCAGTACCAAGCTGCAAGAGTTGAAG 1894
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1976 TTGTCCTATTCAAACAACGATTGCAGCACTCAAACCAGTACCAAGCTGCAAGGGTTGAAG 2035
Query 1895 CGGCTGTCTTGCAATTGAAGCAAAACGCAGACAG-TGTCGAGGAAGAAGAGCGCATTCTT 1953
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CGTCTGTCTTGCAATTGAAGCAGAACGCAGACAGCTTT-GAGGAAGAAGAGCGCATTCTT 2094
Query 1954 GAAAACCTGAAATCTGGAGTTCAACTTGTGGAGCTCTCAAATGACATTGGTTCCAAGACA 2013
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||
Sbjct 2095 GAAAATCTGAAATCTGGAGTTCAACTTGTGGAGCTCTCAAATGAAATTGGATCCAGGACA 2154
Query 2014 CTGAGGTTCAATGAAGATATGCAAACACGTCCATGGTGGACACCTTGTCCTGAGAAAAAC 2073
|| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 CTTAAGTTCAATGAAGATATGCAAACACGTCCGTGGTGGACACCTTGTCCTGAGAAAAAC 2214
Query 2074 TATCTACTAGGTCCGTTTGAAGAAATTTCTTACTG-CC-CC-AAAGAGAATGTGAAAGAC 2130
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 2215 TATCTACTAGGTCCGTTTGAAGAAATTTCTTACTGTCCTCCCAAAGAGAATGTGAAAGAA 2274
Query 2131 GATCGTGAAGAAAATATGAAACGAGCCATCCAGAGAAAATCCCTACTACCTCGGATGATA 2190
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2275 GAACGTGAAGAAAATATGAAACGAGCCATCCAGAGAAAATCCCTTCTACCTCGGATGATA 2334
Query 2191 TATCTCTCTATTCAGTGCACGTCAACGGCATTAAAGGAGAGTGCTGAAACCAATGGGTCT 2250
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2335 TATCTCTCTATTCAGTGCACGCCAACGGCATTAAAGGAAAGTGTTGAAACCAATGGGTCT 2394
Query 2251 GGAGGTGACGTCAAAATCTGTGGAGAACTTAAGTGTTTGCTGGATGAATACACAAAAATG 2310
||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2395 GGAGGTGACATCGACGTCTGTGAAGAACTTAAGTGTTTGCTGGAGGACTACACAAAAATG 2454
Query 2311 TTGGGATGTTCTCTCAA-TGACGCTGTAGAAATGATCACAGGGATCTCACAGGGTGCAAG 2369
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2455 TTGGGATGTTCTCT-AAGTGACGCTGTAGAAATGATCACAGAGATCTCACAGGGTGCAAG 2513
Query 2370 GACTTCCGAGAGCCTTGGTTCAAATTTGGTGGACTGGTTGAATTTTGCGGTGTTTTGGAA 2429
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 GACTTCCGAGAGCCTCGGTTCAAATTTGGTGGACTGGTTAAATTTTGCGGTGTTTTGGAA 2573
Query 2430 TGCGTGGAGCCTAAGTTCCCATGAGCATTGGCATGTGTTGAACTCCCTGTTTGAGAGGCT 2489
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 TGCGTGGAGCCTAAGTTCCCAGGAGCACTGGCATGTGTTGAACTCCCTGTTTGAGAGGCT 2633
Query 2490 TATTCTGGATAGAGTCAGATCAATGGGATCTTCAGACATGAGTTCTTGCTATTCTGATGT 2549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2634 TATTCTGGATAGAGTCAGATCAATGGGATCTTCAGACATGAGTTCTTGCTACTCTGATGT 2693
Query 2550 CCAGGTTTTGGTCCAGATCGTCACTGAACCGTTGGCGTGGCACAGTCTTATAATTCAGGC 2609
|||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2694 CCAGGTCTTGGTTCAGATCATCACCGAACCGTTGGCGTGGCACAGTCTTATCATTCAGGC 2753
Query 2610 CTGTACCCGATCGTCTCTCCCATCTGGGAAAAAGAAGAAGAAAAATCAACATTCAGATCA 2669
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 CTGCACCCGCTCGTCTCTCCCATCTGGGAAAAAGAAGAAGAAAAATCAACATTCAGATCA 2813
Query 2670 ACTATCTTCCTCCCCGATGTCGCAAGCAATCAAAGATTCTATACAGTCACTATGCAGCAC 2729
| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2814 ATTATCTTCGTCCCCCATATCACAAGCAATCAAAGATTCTATACAGTTACTATGCAGCAC 2873
Query 2730 AATACAAGAAGTTTCTAGCTGGCTACTGAATCAACTGAACCATCCAGAAGATGAACAAGT 2789
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2874 AATACAAGATGTTTCTAACTGGCTACTGAATCAACTGAACAATCCAGAAGATGGTCAAGT 2933
Query 2790 GGAGAGATTTCTGTCAACTCTGAAGAGAGATG-AAGATGCAGCAGGAGGACCGGGACAGA 2848
|||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||
Sbjct 2934 GGAGGGATTTCTGACAACTCTGAAGAGAGATGGAA-ATGCAGCAGGA---CCAGGTCAGA 2989
Query 2849 TTCTTGGGGTATTAGAGAGTTTCATCGCATCCAGCGAAGAATCGGAGGTTGGAAATCGCA 2908
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990 TTCTTGGGGTACTAGAGAGTTTCATCGCATCCAGCGAAGAATCGGAGGTTGGAAATCGCA 3049
Query 2909 TCTTTCAAGCACTGAAATCGTGGAACACGGCAGATACCGCACGTAAAACAGTTATGGCGC 2968
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3050 TCTTTCAAGCACTGAAATCATGGAACACGGCAGATACCGCACGTAAAACAGTCATGGCGC 3109
Query 2969 AACAGAGAGTTCTCCGTGAGTTTCTCCAGATTTGTGAATCTAAGAGAAAGCTACTGGAAA 3028
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3110 AACAGAGAGTCCTCCGTGAGTTTCTCCAGATCTGTGAATCTAAGAGAAAGCTACTGGAAA 3169
Query 3029 CGCTCAAGCAACAGATGTCCCATGTTTGA 3057
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3170 CGCTCAAGCAACAGATGTCCCATGTTTGA 3198
Score = 1033 bits (559), Expect = 0.0
Identities = 581/592 (98%), Gaps = 0/592 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTTCCAAATTCGGGTTAGCGGGTGGGATACCGGAGCGCCGTGTTCGACCCATCTGG 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 190 ATGTCTTCCAAATTCGGGTTAGCGGGTGGAATACCGGAGCGACGTGTTCGACCCATCTGG 249
Query 61 GATGCAATCGATTCTCGTCAGTTCAAAAATGCTCTCAAGCTTGTCACTTCGCTTCTCTCT 120
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 250 GATGCAATCGATTCTCGTCAGTTCAAGAATGCTCTAAAGCTTGTCACTTCGCTTCTCGCT 309
Query 121 AAGTACCCTAAATCACCTTATGCTTTAGCGCTTAAAGCTCTGATTCATGAGAGAATGGGG 180
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 AAGTACCCTAAATCTCCTTATGCTTTAGCGCTAAAAGCTCTGATTCATGAGAGAATGGGG 369
Query 181 AAAACAGATGAGGCACTCTCTGTTTGTTTGGATGCTAAAGAGCTTTTGTACAAAGATGAT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 AAAACAGATGAGGCACTCTCTGTTTGTTTGGATGCTAAAGAGCTTTTGTACAAAGATGAT 429
Query 241 TTAGCGTTGATGGATGATCTCACTCTTAGTACATTGCAAATTGTATTGCAGAGACTTGAT 300
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 TTAGCGTTGATGGATGATCTTACTCTTAGTACATTGCAAATTGTATTGCAGAGACTTGAT 489
Query 301 CACTTGGACTTGGCTACTAGTTGTTATGCTCATGCCTGTGGCAAATTCCCTAATAATTTG 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 490 CACTTGGACTTGGCTACTAGTTGTTATGCTCATGCCTGTGGCAAATACCCTAATAATTTG 549
Query 361 GAGCTTATGATGGGGCTCTTCAATTGCTATGTTCGTGAATATTCTTTTGTGAAGCAGCAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 550 GAGCTTATGATGGGGCTCTTCAATTGCTATGTTCGCGAATATTCATTTGTGAAGCAGCAA 609
Query 421 CAGACAGCCATCAAAATGTACAAACTTGCCGGAGAAGAAAGGTTCTTACTTTGGGCTGTT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 CAGACAGCCATCAAAATGTACAAACTTGCCGGAGAAGAAAGGTTCTTACTTTGGGCTGTT 669
Query 481 TGTAGCATCCAATTACAAGTGCTATGCGATAAGAGTGGGGAGAAGCTGTTGCTTCTGGCT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 TGTAGCATCCAATTACAAGTGCTATGCGATAAGAGTGGGGAGAAGCTGTTGCTTCTGGCT 729
Query 541 GAGGGTTTACTTAAGAAGCACATTGCCTCTCATAGTATGCATGAGCCAGAAG 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 GAGGGTTTACTTAAGAAGCACATTGCCTCTCATAGTATGCATGAGCCAGAAG 781
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152005837290
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5