BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470074
Length=2367
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G02010.1 | Symbols: SEC1A | secretory 1A | chr1:347891-35248... 3831 0.0
> AT1G02010.1 | Symbols: SEC1A | secretory 1A | chr1:347891-352480
FORWARD LENGTH=2460
Length=2460
Score = 3831 bits (2074), Expect = 0.0
Identities = 2246/2323 (97%), Gaps = 35/2323 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 CTGTTGGGTTACCAATGTCGTTCTCCGATTCAGAGTCATCCTCTCAC------GGAGGAG 129
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 142 CTGTTTGGTTACCAATGTCGTTCTCCGATTCAGAGTCATCCTCTCACGGAGGAGGAGGAG 201
Query 130 GAGATTACAAGTTCTTTCGTCAGATCAGCCGCGATCGATTGCTACACGAGATGCTTGGAT 189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 202 GAGATTACAAGTTCTTTCGTCAGATCAGCCGCGATCGATTGCTCCACGAGATGCTTGGAT 261
Query 190 CTACCAAAACCGGGGATTCTAAAGCTTGGAAGATACTAATAATGGATAGAGTTACGGTCA 249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 262 CTACCAAAACCGGGGATTCTAAAGCTTGGAAGATACTAATAATGGATAGAGTTACGGTCA 321
Query 250 AAGTAATGTCTCAGTCTTGCAAGATGGCTGATATCACTGATCAAGGCATTTCCTTGGTGG 309
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 322 AAGTAATGTCTCAGTCTTGCAAGATGGCTGATATCACTGATCAAGGCATTTCCTTGGTAG 381
Query 310 AAGAACTTTTTAAGAGAAGGGAACCAATGCCTGGCATGGACGCTATCTACTTTATCCAAC 369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 AAGAACTTTTTAAGAGAAGGGAACCAATGCCTGGCATGGACGCTATCTACTTTATCCAAC 441
Query 370 CTTCCAAAGAGAACATTGTCATGTTTCTATCCGACATGTCTGGCCGGGAACCCTTGTACA 429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 CTTCCAAAGAGAACATTGTCATGTTTCTATCCGACATGTCTGGCCGGGAACCCTTGTACA 501
Query 430 GGAAGGCATTTATCTTTTTCAGTTCCACTATCCCCAAAGAATTGGTCAATCACATCAAAA 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 GGAAGGCATTTATCTTTTTCAGTTCCACTATCCCCAAAGAATTGGTCAATCACATCAAAA 561
Query 490 GTGATTCTAGCGTTTTACCACGCATTGGTGCTTTACGCGAGATGAACATGGAGTATTTCC 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 GTGATTCTAGCGTTTTACCACGCATTGGTGCTTTACGCGAGATGAACATGGAGTATTTCC 621
Query 550 CCATAGATAATCAGGGATTTCTAACTGATCATGAGCAAGCACTGGAAACGCTCTATGCTG 609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 622 CCATAGATAATCAGGGATTTCTAACTGATCATGAGCAAGCATTGGAAACGCTCTATGCTG 681
Query 610 ACGATGCTGAGAATTCACGCCACTTTAATATTTGTTTGAATATGATGGCTACTAGAATTG 669
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 682 AAGATGCTGAGAATTCACGCCACTTTCATATTTGTTTGAATATTATGGCTACTAGAATTG 741
Query 670 CTACCGTTTTTGCTTCACTCAAGGAACTACCCTTTGTTCGGTATCAAGCTGCTAAGTCCA 729
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 742 CTACCGTATTTGCTTCCCTCAAGGAACTACCCTTTGTTCGGTATCGAGCTGCTAAGTCCA 801
Query 730 CTGCTTCGAGGGACTTGGTTCCATCAAAGCTTGCTGCTGCAATTTGGGACTGTATCTCAA 789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 CTGCTTCGAGGGACTTGGTTCCATCAAAGCTTGCTGCTGCAATTTGGGACTGTATCTCAA 861
Query 790 AATATAAAGCCATTCCCAACTTCCCCCAGACCGAAACATGTGAGCTGCTCATTGTGGATA 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 AATATAAAGCCATTCCCAACTTCCCCCAGACCGAAACATGTGAGCTGCTCATTGTGGATA 921
Query 850 GATCAGTGGATCAGATCGCTCCTATCATACATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATG 909
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GATCAGTGGATCAGATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATG 981
Query 910 ATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAGGTTCCCAGTAAAACTGGTGGGC 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 ATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAGGTTCCCAGTAAAACTGGTGGGC 1041
Query 970 CTCCGGAGAAAAAGGAGATAGTTCTTGAAGATCATGATCCAGTGTGGCTTGAGCTTCGAC 1029
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 CTCCGGAGAAAAAGGAGATAGTGCTTGAAGATCATGATCCAGTGTGGCTTGAGCTTCGAC 1101
Query 1030 ACACACATATAGCAGATGCCAGCGAGCGTTTGCATGAGAAAATGACCAACTTTGCTTCAA 1089
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 ACACACATATAGCAGATGCTAGCGAGCGTTTGCATGAGAAAATGACCAACTTTGCTTCAA 1161
Query 1090 AGAACAAAGCCGCACAAATGAGATCAAGGGACGGTAGCGAGTTGTCTACACGAGATCTAC 1149
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 AAAACAAAGCCGCACAAATGAGATCAAGGGACGGTAGCGAGTTGTCTACACGAGATCTAC 1221
Query 1150 AGAAAATAGTTCAGGCTTTGCCGCAATATGGAGAACAAGTTGACAAACTCTCCACTCATG 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 AGAAAATAGTTCAGGCTTTGCCGCAATATGGAGAACAAGTTGACAAACTCTCCACTCATG 1281
Query 1210 TAGAGCTAGCTGGAAAAATTAATAGAATAATCAGAGACACAGGACTTCGGGATCTAGGGC 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1282 TAGAGCTAGCTGGAAAAATTAATAGAATAATCAGAGACACAGGACTTCGGGATCTTGGGC 1341
Query 1270 AGCTGGAACAAGATCTTGTTTTTGGAGATGCAGGTGCCAAGGACGTTATCAACTTTCTGA 1329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 AGCTGGAACAAGATCTTGTTTTTGGAGATGCAGGTGCCAAGGACGTTATCAACTTTCTGA 1401
Query 1330 GGACAAATCAGGACACAAACCCGGAAAACAAATTACGGCTATTGATGATTTATGCAACAG 1389
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1402 GGACGAATCAGGACACAAACCCGGAAAACAAATTACGGCTTTTGATGATTTATGCAACAG 1461
Query 1390 TGTACCCCGAGAAGTTTGAAGGTGACAAGGGTGTAAAGCTAATGCAGCTTGCTAGATTAT 1449
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 TGTACCCCGAGAAGTTTGAAGGTGACAAGGGTGTGAAGCTAATGCAGCTTGCTAGATTAT 1521
Query 1450 CACCTGTGGATATGAAGGTTATAAGCAACATGCAATTGATAGCTGGATCTCCAGAAAACA 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1522 CACCTGTGGATATGAAGGTTATAAGCAACATGCAATTGATAGCTGGATCCCCAGAAAACA 1581
Query 1510 AGGCTAAGTCCGGTAGTTTCTCCCTCAAATTTGACGCTGGAAAGACAAAACAAGCAAACA 1569
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 AAGCTAAGTCCGGTAGTTTCTCCCTCAAATTTGACGCTGGAAAGACAAAACAAGCAAACA 1641
Query 1570 GGAAAGATCGATCTGGTGAAGAAGAAACATGGCAACTGTTCCGGTTTTATCCCATGATAG 1629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1642 GGAAAGATCGATCTGGTGAAGAAGAAACATGGCAACTGTTCCGGTTTTATCCCATGATCG 1701
Query 1630 AGGAGCTGCTTGAGAAACTCGTGAAAGGCGATCTATCTAAAAGCGACTATCTATGTATGA 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 AGGAGCTGCTTGAGAAACTCGTGAAAGGCGATCTATCTAAAAGCGACTATCTATGTATGA 1761
Query 1690 ATCAATCAAGTCATAAGGAGGAGAGTGAACCAAGAACAGGGTCAGTAAGGAAGAGTTCTG 1749
| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 1762 ACCAATCAAGTCATAAGGAGGAGAGTGAAGCAAGAACAGGATCTGTCAGGAAGAGTTCTG 1821
Query 1750 CTCCTACAGCGGTTCCAGAGCGAAAAGCCACCCCTCATTCTATGAGATCAAGACGAACTG 1809
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1822 CTCCTACAGCGGTTCCAGAGAGAAAAGCCACCCCTCATTCTATGAGATCAAGACGAACTG 1881
Query 1810 CAACTTGGGCGCGTCCTCAT------GAC--T-------C-AGTG--T---TG---AAAA 1845
|||||||||||||||||||| ||| | | |||| | || ||||
Sbjct 1882 CAACTTGGGCGCGTCCTCATTCTTCTGACGATGGATATTCCAGTGACTCAGTGTTGAAAA 1941
Query 1846 GTGCTTCTACGGACTTCAAGAAGCTGGGGCAGCGCATCTTTGTATTCATTATTGGTGGGG 1905
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1942 GTGCTTCTACGGAGTTCAAGAAGCTGGGGCAACGCATCTTTGTATTCATAATTGGTGGGG 2001
Query 1906 CAACTCGATCCGAGCTCCGAGTTTGCCACAAGTTGACAAGCAGTTTGAGGAGAGAAGTGG 1965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 CAACTCGATCCGAGCTCCGAGTTTGCCACAAGTTGACAAGCAGTTTGAGGAGAGAAGTGG 2061
Query 1966 TACTAGGCTCCACTAGTTTCGACGATCCCCCACAGTACATCACGAAGCTGAAATTGCTGT 2025
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 TACTAGGCTCCACTAGTTTCGATGATCCCCCACAGTACATCACGAAGCTGAAATTGCTGT 2121
Query 2026 CGGAAAAAGACATACAAGGGGCTCCTGCCCAGCCCTTCAAACCACAATACTGGTGAATTT 2085
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 CGGAAAAAGACATACAAGGGGCTCCTGCTCAGCCCTTCAAACCACAATACTGGTGAATTT 2181
Query 2086 GACACAGCTTGAGTCTCAAAAATGTATTTAGGAGAAG-AAAAAATAAGGCTAATAATTTT 2144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2182 GACACAGCTTGAGTCTCAAAAATGTATTTAGGAGAAGTAAAAAAAAAGGCTAATAATTTT 2241
Query 2145 GCAATTGAAAGAAGAGTGGATAAGTAAATCTTGTCCAGAGACAAGACTTGGGATCAGGTT 2204
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 GCAATTGAAAGAAGAGTGGATAAGTAAACCTTGTCCAGAGACAAGACTTGGGATCAGGTT 2301
Query 2205 AGTAGAAACGTTATGGTGAAGACtttttttttATTGTTCTTGTTTCTCCTTGATCCCAAA 2264
||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2302 AGTAGAAACGTTATGGTGAAGACTTATTTTTT---GTTCTTGCTTCTCCTTGACCCCAAA 2358
Query 2265 CCCTCGCCTTTCGCTTATTTTTATTCTTCATATGGATCATTTTGGTTCATACTCTATATA 2324
|| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2359 CCGTCGCCTTTCCCTTATTTTTTTTCTTCATATGGGTCATTT-GGTTCATACTCTATATA 2417
Query 2325 CTTTTGTGTCACAATTAAACTCTATATATTAGTCTCTACGTCG 2367
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2418 CTTTTGTGTCACAATTTAACTCTATATATTAGTCTCTACGTCG 2460
Score = 67.6 bits (36), Expect = 5e-10
Identities = 72/87 (83%), Gaps = 12/87 (14%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTTCCCAAATTGTAAGCGGAGCCATACAAAC---------AATT--T-CTGACGATGAA 48
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||
Sbjct 36 TGTTCCCAATTTGTAAGCGGAGCCATACAAACAATTTGATGAATTGATGATGAAGATGAA 95
Query 49 AATGAAATCACTCCCCGTCTCCTCTTC 75
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 96 AATGAAATCACTCCCCGTCTCCTCTTC 122
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117519475845
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5