BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470477
Length=3460
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G04920.1 | Symbols: ATSPS3F, SPS3F | sucrose phosphate synth... 5587 0.0
> AT1G04920.1 | Symbols: ATSPS3F, SPS3F | sucrose phosphate synthase
3F | chr1:1391502-1395864 REVERSE LENGTH=3469
Length=3469
Score = 5587 bits (3025), Expect = 0.0
Identities = 3325/3470 (96%), Gaps = 20/3470 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGCTCTCTGTTTCTTTCTTTCACACTAACCCCAAATT-TAGTTTCTTACTCTCCAAGAAA 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1 AGCTCTCTGTTTCTTTCTTTCACACTAACCCC-AATTCTAGTTTCTTACTCTCC----AA 55
Query 60 GAAAGAAAGAGCACCGATCTCTA-TTTTCTCGAGAAACAGAAGGAAAAACTCAGGATGGC 118
|||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||
Sbjct 56 GAAACAAAGAGCACCGATCTC-AGTTTTCTCGAGAAACAG-AGGACAAACTCAGAATGGC 113
Query 119 GGGGAACGAGTGGATAAATGGATATCTGGAGGCTATTCTTGATAGCCAAGCTCAGGGGAT 178
||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 114 GGGGAACGAGTGGATAAATGGGTATTTGGAGGCGATTCTTGACAGCCAAGCTCAGGGGAT 173
Query 179 TGAAGAAACACAGCAGAAACCACAAGCTGCTGTGAATCTGAGAGAAGGAGATGGACAATA 238
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 174 TGAAGAAACGCAGCAGAAACCACAAGCTTCTGTGAATCTGAGAGAAGGTGATGGACAATA 233
Query 239 TTTCAATCCGACTAAATACTTCGTTGAGGAAGTTGTGACTGGTGTCGATGAAACCGATCT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 TTTCAATCCGACTAAATACTTCGTTGAGGAAGTTGTGACTGGTGTCGATGAAACCGATCT 293
Query 299 TCACCGGACTTGGCTCAAAGTCGTAGCCACTCGCAATTCTCGTGAACGTAACTCTCGATT 358
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 294 TCACCGGACTTGGCTCAAAGTTGTAGCCACTCGCAATTCTCGTGAACGTAACTCTCGGTT 353
Query 359 GGAGAATATGTGTTGGAGAATCTGGCATCTCACTCGCAAGAAGAAGCAGTTGGAATGGGA 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 GGAGAATATGTGTTGGAGAATCTGGCATCTCACTCGCAAGAAGAAGCAGTTGGAATGGGA 413
Query 419 GGATTCTCAGCGAATAGCGAATAGGAGATTGGAAAGAGAACAGGGAAGGAGAGATGCGAC 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 414 GGATTCTCAGCGAATAGCGAATAGGAGATTGGAAAGAGAACAGGGAAGAAGAGATGCGAC 473
Query 479 GGAGGATTTGTCTGAGGATTTATCAGAAGGAGAGAAAGGAGATGGTCTTGGAGAAATTGT 538
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AGAGGATTTGTCTGAAGATTTATCAGAAGGAGAGAAAGGTGATGGTCTTGGAGAAATTGT 533
Query 539 GCCACCGGAGACACCTCGAAAACAACTGCAACGCAATTTATCCAATCTTGAAATCTGGTC 598
| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 534 TCAACCGGAGACACCTCGAAGACAATTGCAACGCAATTTATCCAATCTCGAAATCTGGTC 593
Query 599 TGATGATAAGAAGGAGAATCGTCTTTACGTTGTCCTCATCAGTTTGCATGGGTTGGTTCG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 TGATGATAAGAAGGAGAATCGTCTTTACGTTGTCCTCATCAGTTTGCATGGGTTGGTTCG 653
Query 659 TGGAGAAAACATGGAGCTTGGTAGCGATTCGGATACTGGTGGACAAGTCAAATATGTTGT 718
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 654 TGGAGAAAACATGGAGCTTGGTAGCGATTCCGATACTGGTGGACAGGTGAAATATGTTGT 713
Query 719 GGAGCTAGCTCGAGCTTTAGCGAGAATGCCTGGTGTGTACCGAGTTGATCTGTTTACTCG 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 GGAGCTAGCTCGAGCTTTAGCGAGAATGCCTGGTGTGTACCGAGTTGATCTGTTTACTCG 773
Query 779 CCAAATATGCTCGTCAGAAGTTGATTGGAGCTATGCAGAGCCAACGGAGATGCTAACCAC 838
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 CCAGATATGCTCATCAGAAGTTGATTGGAGCTATGCAGAGCCAACGGAGATGCTAACCAC 833
Query 839 TGCTGAAGATTGTGATGGCAATGAAACCGGGGAAAGCAGCGGAGCTTATATCATTAGGAT 898
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 834 TGCTGAAGATTGTGATGGCGATGAAACCGGGGAAAGCAGCGGAGCATATATCATTAGGAT 893
Query 899 ACCATTTGGTCCACGGGATAAGTACTTAAGA-AAAGAGATTCTCTGGCCGTATGTGCAAG 957
||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 894 ACCGTTTGGTCCACGGGATAAGTACTTAA-ACAAAGAGATTCTCTGGCCGTTTGTCCAAG 952
Query 958 AGTTTGTTGATGGAGCTTTAGCTCACATTCTAAACATGTCAAAAGTTTTGGGAGAACAGA 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 953 AGTTTGTTGATGGAGCTTTAGCTCACATTCTAAACATGTCAAAAGTTTTGGGAGAGCAGA 1012
Query 1018 TTGGGAAGGGGAAACCTGTGTGGCCATATGTGATTCACGGGCATTACGCGGATGCAGGGG 1077
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1013 TTGGGAAGGGGAAGCCTGTGTGGCCATATGTGATTCATGGACATTACGCGGATGCAGGGG 1072
Query 1078 ATAGCGCTGCTCTGCTTTCTGGTGCGTTGAACGTTCCTATGGTCCTGACGGGTCATTCTC 1137
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 ATAGTGCCGCTCTGCTTTCTGGTGCGTTGAACGTTCCTATGGTCCTGACGGGTCATTCTC 1132
Query 1138 TAGGAAGAAACAAGCTTGAGCAGCTTTTGAAACAAGGGAGGCAATCAAAGGAGGATATAA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 TAGGAAGAAACAAGCTTGAGCAGCTTTTGAAACAAGGGAGGCAATCAAAGGAGGATATAA 1192
Query 1198 ATTCCACATATAAGATCAAGAGGAGGATCGAGGCCGAGGAGCTATCTCTGGATGCTGCAG 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 ATTCCACATATAAGATCAAGAGGAGGATCGAGGCCGAGGAGCTATCTCTGGATGCTGCAG 1252
Query 1258 AGCTTGTTATAACAAGCACGAGGCAGGAGATTGATGAACAATGGGGACTTTATGATGGGT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1253 AGCTTGTTATAACAAGCACGAGGCAGGAGATTGATGAACAGTGGGGACTTTATGATGGGT 1312
Query 1318 TCGATGTAAAACTCGAGAAAGTCTTGAGAGCTCGTGCTAGACGCGGTGTTAATTGCCACG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TCGATGTAAAACTCGAGAAAGTCTTGAGAGCTCGTGCTAGACGCGGTGTTAATTGCCACG 1372
Query 1378 GAAGGTTCATGCCAAGAATGGCGGTTATTCCTCCGGGGATGGATTTCACAAACGTTGAGG 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GAAGGTTCATGCCAAGAATGGCGGTTATTCCTCCGGGGATGGATTTCACAAACGTTGAGG 1432
Query 1438 TTCAAGAAGATACACCTGAGGGTGATGGAGATTTAGCTTCCTTAGTAGGAGTAACCGAGG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1433 TTCAAGAAGATACACCTGAGGGTGATGGAGATTTAGCTTCCTTAGTAGGAGGAACCGAGG 1492
Query 1498 GATCTTCTCCTAAAGCGGTTCCAACTATCTGGTCTGATGTTATGAGGTTTTTTACAAATC 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 GATCTTCTCCTAAAGCGGTTCCAACTATCTGGTCTGAAGTTATGAGGTTTTTTACAAATC 1552
Query 1558 CTCACAAACCTATGATCTTGGCATTATCTAGACCAGACCCAAAGAAGAACATAACCACTC 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 CTCACAAACCTATGATCTTGGCATTATCTAGACCAGACCCAAAGAAGAACATAACCACTC 1612
Query 1618 TTCTGAAAGCCTTTGGCGAATGTCGGCCTCTACGGGAACTAGCTAATCTCACTTTGATTA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TTCTGAAAGCCTTTGGCGAATGTCGGCCTCTACGGGAGCTAGCTAATCTCACTTTGATTA 1672
Query 1678 TGGGAAATCGAGATGATATAGATGAGCTGTCATCTGGAAACGCTAGCGTTCTTACAACCG 1737
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TGGGAAATCGAGATGATATAGATGAGTTGTCATCTGGAAACGCTAGCGTTCTTACAACCG 1732
Query 1738 TCTTGAAACTCATTGACAAATATGATCTTTACGGGTCTGTCGCATATCCAAAGCATCATA 1797
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 TCTTGAAACTCATCGACAAATATGATCTTTACGGGTCTGTCGCATATCCAAAGCATCATA 1792
Query 1798 AACAGTCTGATGTTCCTGATATATACCGACTTGCTGCAAATACAAAGGGTGTTTTCATAA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 AACAGTCTGATGTTCCTGATATATACCGACTTGCTGCAAATACAAAGGGTGTTTTCATAA 1852
Query 1858 ATCCAGCTTTGGTTGAGCCTTTTGGCCTTACACTCATTGAGGCTGCAGCTCACGGACTTC 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 ATCCAGCTTTGGTTGAGCCTTTTGGCCTTACACTCATTGAGGCTGCAGCTCACGGACTTC 1912
Query 1918 CGATGGTGGCAACAAAGAATGGAGGAACAGTTGATATACATCGGGCATTGCACAACGGGT 1977
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1913 CGATGGTAGCAACAAAGAATGGAGGACCAGTTGATATTCATAGGGCATTGCACAACGGTT 1972
Query 1978 TGCTTGTGGATCCACACGATCAAGACGCGATAGCGAATGCGTTGCTGAAGCTGGTATCTG 2037
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1973 TGCTTGTGGATCCACACGATCAAGAAGCGATAGCGAATGCGTTGTTGAAGCTGGTATCTG 2032
Query 2038 AGAAGAATTTATGGCATGAGTGCAGGATTAACGGTTGGAAGAACATTCACCTCTTCTCAT 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 AGAAGAATTTATGGCATGAGTGCAGGATTAACGGTTGGAAGAACATTCACCTCTTCTCAT 2092
Query 2098 GGCCTGAGCATTGCCGTACTTACCTGACACGTATAGCTGCGTGCCGTATGAGACATCCGC 2157
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 GGCCTGAGCATTGCCGGACTTACCTTACACGTATAGCCGCGTGCCGTATGAGACATCCGC 2152
Query 2158 AGTGGCAGACAGATGCGGACGAAGTGGCTGCTCAAGACGATGAATTTTCACTCAACGACT 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 AGTGGCAGACAGATGCGGACGAAGTGGCTGCTCAAGACGATGAATTTTCACTCAACGACT 2212
Query 2218 CTCTTAAAGACGTTCAAGACATGTCTCTGAGACTCTCTATGGATGGAGATAAACCATCGT 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 CTCTTAAAGACGTTCAAGACATGTCTCTGAGACTCTCTATGGATGGAGATAAACCATCGT 2272
Query 2278 TGAACGGATCTCTTGAACCAAATTCTGCTGATCCGGTTAAACAAATCATGAGCCGGATGA 2337
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 TGAACGGGTCTCTTGAACCGAATTCTGCTGATCCGGTTAAACAAATCATGAGCCGGATGA 2332
Query 2338 GGACACCCGAAATCAAGAGTAAACCAGAATTACAGGGGAAGAAACAAACTGATAACTTGG 2397
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2333 GGACACCTGAAATCAAGAGTAAACCAGAATTACAGGGGAAGAAACAAAGTGATAACTTGG 2392
Query 2398 GGAGCAAGTATCCGGTTTTGAGGCGACGAGAACGGTTGGTGGTTTTAGCGGTTGATTGCT 2457
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 GTAGCAAGTATCCGGTTTTGAGGCGACGGGAACGGTTGGTGGTTTTAGCGGTTGATTGCT 2452
Query 2458 ATAACAATGAGGGAGCGCCCGATGAGAAAGCTATGGTTCCGATGATTCAGAATATCATCA 2517
|| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 ATGACAATGAGGGAGCTCCGGATGAGAAAGCAATGGTTCCGATGATTCAGAATATCATCA 2512
Query 2518 AAGCCGTGCGATCGGATCCTCAGATGGCTAAAAACTCTGGTTTTGCGATTTCCACTTCTA 2577
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AAGCCGTGCGATCGGATCCACAGATGGCTAAAAACTCTGGTTTTGCGATTTCCACTTCTA 2572
Query 2578 TGCCGCTTGATGAATTAACTCGCTTTTTGAAGTCTGCCAAGATTCAGGTGAGTGAGTTCG 2637
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 TGCCGCTTGATGAATTAACTCGCTTCTTGAAGTCTGCCAAGATTCAGGTGAGTGAGTTCG 2632
Query 2638 ACACACTAATATGCAGCAGCGGGAGCGAAGTGTATTACCCAGGAGGGGAAGACGGAAAGC 2697
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2633 ACACATTAATATGCAGCAGCGGGAGCGAAGTGTATTATCCAGGAGGGGAAGAGGGAAAGC 2692
Query 2698 TTCTTCCGGATCCTGACTACTCCTCGCATATCGATTACCGATGGGGCATGGAAGGGCTTA 2757
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 TTCTTCCGGATCCTGACTATTCCTCGCATATCGATTACCGATGGGGCATGGAAGGGCTTA 2752
Query 2758 AGAACACGGTGTGGAAACTGATGAACACAACTGCTGTTGGTGGTGAGGCAAGAAACAAGG 2817
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 AGAACACGGTGTGGAAACTGATGAACACTACTGCTGTTGGTGGTGAGGCAAGAAACAAGG 2812
Query 2818 GCTCTCCAAGTCTTATTCAAGAGGATCAGTCATCGAGCAATTCACATTGCGTCGCGTATT 2877
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || |||
Sbjct 2813 GCTCTCCAAGTCTTATTCAAGAGGATCAGGCATCTAGCAATTCCCATTGCGTTGCATATA 2872
Query 2878 TGATCAAAGATCGTTCCAAGGTGATGAGAGTGGATGACTTGCGTCAGAAGTTACGATTAA 2937
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2873 TGATCAAAGATCGTTCCAAGGTGATGAGAGTAGATGACTTACGTCAGAAGTTACGACTAA 2932
Query 2938 GAGGCCTTCGTTGCCATCCTATGTATTGTCGAAATTCAACGAGAATGCAGATTGTTCCTC 2997
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2933 GAGGCCTTCGTTGCCATCCAATGTATTGTCGGAATTCAACGAGAATGCAGATCGTTCCTC 2992
Query 2998 TTCTTGCTTCTCGATCTCAAGCACTCAGGTACTTGTTCGTGCGGTGGAGGCTAAACGTGG 3057
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2993 TTCTTGCTTCTCGATCTCAAGCTCTCAGGTACTTGTTCGTGCGGTGGAGGCTAAATGTGG 3052
Query 3058 CTAACATGTACGTGGTGGTTGGGGACCGCGGCGATACAGACTATGAAGAATTGATCTCCG 3117
| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3053 CGAACATGTACGTGGTGGTTGGAGATCGTGGCGATACGGACTATGAGGAATTGATATCCG 3112
Query 3118 GAACACACAAGACTGTGATCGTCAAGGGGCTCGTCACATTGGGTTCTGATGCTCTTCTCC 3177
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3113 GCACACACAAGACTGTTATCGTCAAGGGGCTCGTCACATTGGGTTCTGATGCTCTTCTCC 3172
Query 3178 GGTCAACAGATCTTCGAGACGACATCGTTCCAGCAGAGAGTCCTTTTATCGGTTTTCTCA 3237
|||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 GGTCAACAGACCTCCGAGACGACATCGTTCCATCAGAGAGTCCTTTTATCGGTTTTCTCA 3232
Query 3238 AGGCTGATTCACCGGTTCAGGAAATAACCGACATTTTTAAGCAGCTCTCCAAAGCCACCG 3297
||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 3233 AGGTTGATTCACCGGTTAAGGAGATAACCGACATTTTTAAGCAGCTCTCGAAAGCCACTG 3292
Query 3298 CTTGATTCAACTAATATTCAATTCGCC-GGTTCGACCATGTAGATTGATTTGTT-ATTTA 3355
|||||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 3293 CTTGATTCCACTAATATCCAATTCTCCCGGTTCAACCATGTAGATTAATTTGTTTATTTA 3352
Query 3356 TTTTCTT-TT-TTAATTCTAAAGTTAAATTTTTGGTATCTTGGTCGATCAAATTTTAGGA 3413
|||||| || || || | || || ||||||||| |||| ||||| || ||||||
Sbjct 3353 TTTTCTACTTGTT--TTGGGACTTTTAAGTTTTGGTATTTTGGCCGATCGAACATTAGGA 3410
Query 3414 TTTAACAAGTTT-TCTA--TAAAATAAAAGTTACAAACAGTGAAGTCGAG 3460
||||||| | || | || |||||||||| || |||| ||||||||||||
Sbjct 3411 TTTAACAGGCTTCTATACATAAAATAAAATTTTCAAATAGTGAAGTCGAG 3460
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 172223115319
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5