BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470715
Length=3191
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G06950.1 | Symbols: ATTIC110, TIC110 | translocon at the inn... 5221 0.0
> AT1G06950.1 | Symbols: ATTIC110, TIC110 | translocon at the inner
envelope membrane of chloroplasts 110 | chr1:2130142-2135665
REVERSE LENGTH=3314
Length=3314
Score = 5221 bits (2827), Expect = 0.0
Identities = 3064/3176 (96%), Gaps = 26/3176 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTTCCCTTGTCTACTGTTTTTCGTTAAACCCTAC---T-TTC------T--ACGAC 48
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||
Sbjct 14 TCTTCTTCCGTTGTCTACTGTTTTTCGTTAAACCCTACGATTCTTCTTTTTTTCAACGAC 73
Query 49 TGCTCGGATCCTTCTCAGTAGAGGGAACCATGAATCCCTCACTCGTCACCGCCATTAACG 108
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 74 TGCTCGGATCTTTCTCAGTAGAGGGAACCATGAATCCCTCACTCGTCACCGCCATTAACG 133
Query 109 CTCCAATTTCACCTTCTCCTCGGTCTCCTCTTCTTTCTCACTTCCTACCTTCTTTACCTC 168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 134 CTCCAATTTCACCTTCTCCTCGGTCTCCTCTTCTTTCTCACTTCCTACCTACTTTACCTC 193
Query 169 ACCGTTTCTCCAAGTCTGAGTGTCTGA-CTCGCCGTCGTTATCGAGTTTCGTTACCTCGT 227
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 194 ACCGTTTCTCCAAGTCTGAGTGTCT-ATCTCGCCGTCGTTATCGAGTTTCGTTCCCTCGT 252
Query 228 AGCTCAGCTGCTTCCTCCGACC-A--A-C--TA--T-CGCAGGCGAAGAATCCCGGTTTC 278
|||||||||||||||||||||| | | | || | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 253 AGCTCAGCTGCTTCCTCCGACCAACTATCAGTATCTACGCAGGCGAAGAATCCCGGTATC 312
Query 279 CAT-GGAGATAAGAAGGAGCTCACTGGATTGCAACCGATTGTTGAGAAAATGACGCCGCC 337
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 313 CATGGGA-ATAAGAAGGAGCTCACTGGATTGCAACCGATTGTTGAGAAAATGACACCGCC 371
Query 338 GGTGAGGCTAGCCACTTCAGCTGTTGTTTTAGCGGCGTCTTTAGCTACTGGTTACGGTCT 397
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 372 GGTGAGGCTAGCGACTTCAGCTGTTGTATTAGCGGCGTCTTTAGCTACTGGTTACGGCCT 431
Query 398 TGGGCTTCGTTTAGCCGGCTCCAGGAATATTGCCTTTGGTGGGGCTGCTGTTGCTGGAGC 457
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 TGGGCTCCGTTTAGCCGGCTCCAGGAATATTGCCTTTGGTGGGGCTGCTGTTGCTGGAGC 491
Query 458 CGCTGGTGGAGCTGTCGTGTATGCGTTGAACTCTGCTGTACCGGAGGTGGCTGCTATCAG 517
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 492 CGCCGGTGGAGCTGTCGTATATGCGTTGAACTCTGCTGTACCGGAGGTAGCTGCTATCAG 551
Query 518 TTTGCATAATTATGTTGCCGACTTCGAAGATCCTGCCTCTGTCACGAAAGATGATGTAGA 577
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 552 TTTGCATAATTATGTTGCCGAATTCGAAGATCCTGCCTCTGTGACGAAAGATGATGTAGA 611
Query 578 AAAGATTGCTGATAGGTATGGTGTCAACAAAGGAGACGAAGCATTCCAGGCTGAGATTTG 637
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 AAAGATCGCTGATAGGTACGGTGTCAACAAAGGAGACGAAGCATTCCAGGCTGAGATTTG 671
Query 638 TGATATCTATTGCCGGTATGTAACTTCCGTGCTTCCAACTGAAGGACAGTCTCTTAAAGG 697
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 TGATATTTATTGCCGGTATGTAACTTCCGTGCTTCCAACTGAAGGACAGTCTCTTAAAGG 731
Query 698 GGATGAAGTGGCGAAGATAATCAAGTTCAAAAATGCTTTAGGGATAGACGACCCTGATGC 757
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 732 GGATGAAGTGGCGAAGATAGTCAAGTTCAAAAATGCTTTAGGGATAGACGAACCTGATGC 791
Query 758 AGCTGCCATGCACATGGAGATTGGCCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTAGAGACTGGGGA 817
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 792 AGCTGCCATGCACATGGAGATTGGTCGCAGGATTTTTAGGCAAAGGCTTGAGACTGGGGA 851
Query 818 ACGTGAAGGTGATGCAGAACAGCGTCGGGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCT 877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 GCGTGAAGGTGATGCAGAACAGCGTCGGGCATTTATGAGGCTTGTATATGTTTCAGCTCT 911
Query 878 TGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCTTTTGCCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGA 937
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 TGTGTTTGGAGATGCTTCATCCTTCCTTCTACCTTGGAAGCGAGTATTGAAGGTCACAGA 971
Query 938 TGCTCAGGTTGAGATTGCTATTCGTGAAAATGCAAAGCAGCTGTATGCCGAACGGTTAAA 997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 TGCTCAGGTTGAGATTGCTATTCGTGAAAATGCAAAGCAGCTGTATGCCGAACGGTTAAA 1031
Query 998 ATTAGTTGGTAGAGCTATTAACGTAGAAAACCTTGTGGACCTTAGAAAAGCACAACTATC 1057
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1032 ATTAGTTGGTAGAGATATTAACGTAGAAAACCTTGTGGACCTTAGAAAATCACAACTATC 1091
Query 1058 ATTCAAGCTTTCTGATGAGCTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAGGTAGT 1117
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1092 ATTCAAGCTCTCTGATGAGCTTGCTGAAGACCTGTTTAGAGAGCATACGAGAAAAGTAGT 1151
Query 1118 CGTAGAGAACATTTCATCGGCACTCAGCATACTAAAATCCCGCACACGAGCAGTGAAGAG 1177
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1152 CGTAGAGAACATTTCATCGGCACTCAGCATACTCAAATCCCGCACACGAGCAGCGAAGAG 1211
Query 1178 TTTGGCATCTGTCGTGGAAGAGCTTGAAAAAGTACTGGAGTTTAATAACCTGCTGGTTTC 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1212 TTTGGCATCTGTCGTGGAAGAGCTTGAAAAAGTACTGGAGTTTAACAACCTGCTAGTTTC 1271
Query 1238 CTTGAAAAGTCATTCAGAGGCAGATCAATTTGCACGCGGGGTTGGCCCTATTTCTTTGAT 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 CTTGAAAAGTCATTCAGAGGCAGATCAATTTGCACGCGGGGTTGGCCCTATTTCTTTGAT 1331
Query 1298 AGGTGATGAGTCTGATTTTGAGAGGAGAATGGATGATTTGAAGCTCCTTTATAGAGCATA 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 AGGTGATGAGTCTGATTTTGAGAGGAGAATGGATGATTTAAAGCTCCTTTATAGAGCATA 1391
Query 1358 TGTTACCGATGCTTTAGCTGGTGGGCGCTTAGAAGAAAATAAGCTCGTGGCAACGAGCCA 1417
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1392 TGTTACAGATGCTTTATCTGGTGGGCGCTTAGAAGAAAATAAGCTCGTGGCAATGAGCCA 1451
Query 1418 ACTTAGAAACATACTCGGACTGGGAAAACGAGAAGCTGAAGCTATTAGTGTTGATGTTAC 1477
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 ACTTAGAAACATACTCGGTCTGGGAAAACGAGAGGCTGAAGCTATTAGTGTTGATGTTAC 1511
Query 1478 GTCCAAGGCTTACCGTAAAAGACTTGCTAACGCTGTCTCTAGTGGTGATCTTGAAGCACA 1537
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1512 GTCCAAGTCTTACCGTAAAAGACTTGCTAACGCTGTTTCTAGTGGTGACCTTGAAGCACA 1571
Query 1538 AGACAGTAAAGCAAAATACCTTCAAAAGCTCTGCGAAGAGCTGCACTTTGATGCACAGAA 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 AGACAGTAAAGCAAAATACCTTCAAAAGCTCTGCGAAGAGCTGCACTTTGATGCACAGAA 1631
Query 1598 GGCAGGCGCAATCCATGAAGAAATCTATCGGCAGAAGCTTCAACAGTGTGTTACTGATGG 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 GGCAGGCGCAATCCATGAAGAAATCTATCGGCAGAAGCTTCAACAGTGTGTTACTGATGG 1691
Query 1658 AGAGCTGAGCGATGACAATGTTGCTGCTTTATTAAGGTTAAGAGTTATGCTGTGTATTCC 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1692 AGAGCTGAGCGATGACAATGTTGCTGCTTTATTAAGGTTAAGAGTTATGTTGTGTATTCC 1751
Query 1718 CCAGCAAACTGTTGAGACAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAACTATATTTGAAAAGGTTGT 1777
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1752 CCAGCAAACTGTTGATACAGCTCATGCAGAAATCTGTGGAACCATATTTGAAAAGGTTGT 1811
Query 1778 CAGGGATGCAATCTCTTCTGGAGTGGATGGCTATGATGCTGAAACTCGCAAATCAGTAAG 1837
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1812 CAGGGATGCCATTTCTTCTGGAGTGGATGGTTATGATGCTGAAACTCGCAAATCAGTTAG 1871
Query 1838 AAAGGCTGCACATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTATTGCTAGCAAAGC 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 AAAGGCTGCACATGGTCTTCGGTTATCCAGAGAGACTGCCATGTCTATTGCTAGCAAAGC 1931
Query 1898 TGTCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGAGCAGCCGAGAACCGTACTGA 1957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 TGTCCGTAGGGTTTTCACAAACTATATCAGACGAGCAAGAGCAGCCGAGAACCGTACTGA 1991
Query 1958 GTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAGATGATTGCTTTCAACACGTTAGTTGTGACTGAAATGGT 2017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1992 TTCAGCAAAGGAGCTCAAGAAGATGATTGCTTTCAACACGTTGGTTGTGACTGAAATGGT 2051
Query 2018 GGCTGACATTAAGGGAGAATCTTCTGATAAGGCACCTGAGGAGGACCCTGTTGAAGAGAA 2077
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2052 GGCTGATATCAAGGGAGAATCTTCTGATAAGGCACCTGAGGAGGACCCTGTTCAAGAGAA 2111
Query 2078 AGAAGAAGATGGTGAAGATGAGGAATGGGGATCCCTTGAATCGCTCAGAAAGACAAGACC 2137
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 AGAAGAAGATGATGAAGATGAAGAATGGGGATCCCTTGAATCGCTCAGAAAGACAAGACC 2171
Query 2138 CAACAAGGAACTCGCTGAGAAAATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAAATAACTCTCAAAGA 2197
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2172 CGACAAGGAACTCGCTGAGAAAATGGGAAAGCCTGGCCAGACTGAGATAACTCTCAAAGA 2231
Query 2198 TGACCTTCCCGACAGGGACAGAATAGATCTTTACAAAACATACTTGCTCTACTGTGTAAC 2257
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 TGACCTTCCCGACAGGGACAGAATAGATCTCTACAAAACATACTTGCTCTACTGTGTAAC 2291
Query 2258 TGGAGAGGTAACAAGAATCCCTTTTGGCGCCCAGATCACAACAAAGAGAGACGATTCAGA 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 TGGAGAGGTAACAAGAATCCCTTTTGGCGCCCAGATCACAACAAAGAGAGACGATTCAGA 2351
Query 2318 GTACTTGCTTCTGAATCAGCTTGGTGGGATTCTCGGATTGAGTTCGAAAGAAATAGTCAA 2377
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GTACTTGCTTCTAAATCAGCTTGGTGGGATTCTCGGATTGAGTTCGAAAGAAATAGTCAA 2411
Query 2378 CATTCACGTAGGTTTAGCTGAGCAGGCTTTTAGGCAACAAGCTGAAGTGATTTTAGCTGA 2437
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 CATTCACGTAGGTTTAGCCGAGCAGGCTTTTAGGCAACAAGCTGAAGTGATTTTAGCTGA 2471
Query 2438 TGGGCAATTGACAAAAGCTAGAGTAGAGCAGCTAGACGAGTTGCAAAAACAAGTTGGTTT 2497
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 TGGGCAATTGACAAAGGCTAGAGTAGAGCAGCTAGACGAGTTGCAAAAACAAGTTGGTTT 2531
Query 2498 GCCTCAGCCACAAGCCGAGAAGGTTATCAAGAATATAACCACCACAAAAATGGCAAACGC 2557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 GCCTCAGCCACAAGCCGAGAAGGTTATCAAGAATATAACCACCACAAAAATGGCAAACGC 2591
Query 2558 GATAGAAACTGCTGTTAACCAGGGAAGACTGAACATAAAGCAGATCCGGGAGCTCAAAGA 2617
|||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2592 GATAGAGACCGCTGTTAACCAAGGAAGACTGAACATAAAGCAGATACGGGAGCTCAAGGA 2651
Query 2618 GGCAAACGTCAGCCTGGACAGCATGATCGCTGTGAGTCTGAGAGAGAAATTATTCAAGAA 2677
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 GGCAAATGTCAGCCTGGACAGCATGATCGCTGTGAGTCTGAGAGAGAAATTATTCAAGAA 2711
Query 2678 GACAGTGAATGACATCTTCTCATCAGGAACTGGTGAATTCGATGAAATCGACGTCTACCA 2737
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 2712 GACAGTGAGTGACATCTTCTCATCAGGAACTGGTGAATTCGATGAAACCGAAGTCTACCA 2771
Query 2738 GACAATCCCATCCGATCTCAGCATTGATGTGGAAAAAGCCAAAAGAGTTGTCCATGATCT 2797
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 GACAATCCCATCCGATCTCAGTATTGATGTGGAAAAAGCCAAAAGAGTTGTCCATGATCT 2831
Query 2798 CGCTCAGAGTAGATTATCGAATTCGCTGGTCCAAGCCGTGGCATTACTCAGGCAGAGAAA 2857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 CGCTCAGAGTAGATTATCGAATTCGCTGGTCCAAGCCGTGGCATTACTCAGGCAGAGAAA 2891
Query 2858 CTCTAAAGGAGTGGTCTCCTCGCTGAATGATTTACTTGCATGTGACAAAGCTGTGCCGGC 2917
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2892 CTCTAAAGGAGTGGTCTTGTCGCTGAATGATTTGCTTGCATGTGACAAAGCTGTGCCGGC 2951
Query 2918 AGAGCCGATGTCATGGGAGGTCTCAGAGGAATTATCCGATCTATATGCTATTTATTCAAA 2977
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2952 TGAGCCAATGTCATGGGAGGTCTCAGAGGAATTATCTGATCTATATGCTATTTATTCAAA 3011
Query 2978 GAGTGATCCCAAACCCGCACCCGAAAAAGTCTCGAGGCTACAATATCTGTTGGGAATAGA 3037
||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3012 GAGTGATCCCAAACCCGCACCGGAAAAAGTTTTGAGGCTACAATATCTGCTGGGAATAGA 3071
Query 3038 TGATTCAACTGCAACTGCCCTCCGTGAAATGGAAGATGGAGCATTATCCTCTGCTGCAGA 3097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3072 TGATTCAACTGCAACTGCCCTCCGTGAAATGGAAGATGGAGCATTATCTTCTGCTGCAGA 3131
Query 3098 AGAGGGCAATTTCGTCTTTTAAATCTTTGGAGAAATGACTTGAGTTTTT-TGAATT 3152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||
Sbjct 3132 AGAGGGCAATTTCGTCTTTTAAATCTTTGGAGAAATCACTTGAGTTATTATGTATT 3187
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158728207652
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5