BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470832
Length=3488
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G07910.1 | Symbols: ATRNL, RNL, AtRLG1 | RNAligase | chr1:24... 5149 0.0
> AT1G07910.1 | Symbols: ATRNL, RNL, AtRLG1 | RNAligase | chr1:2445470-2454645
FORWARD LENGTH=3787
Length=3787
Score = 5149 bits (2788), Expect = 0.0
Identities = 3248/3461 (94%), Gaps = 67/3461 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGCTCCATCTGAAGCCGGAGATCGTTCCGTATCCGTTGTTGCAGAAGCAGTAAAC 60
||||||||||||| |||| |||| ||| |||| | | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 214 ATGGATGCTCCATTTGAATCCGGTGATAGTTCGGCAACAGTTGTTGCAGAAGCAGTAAAC 273
Query 61 AACCTATTTGGTGGGTTAATTCTTGAGGAAAGCAACACTAATGTTCCAGTCTTACCGAGT 120
|||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 274 AACCAATTTGGCGGGTTAAGTCTTAAGGAAAGCAACACTAATGCGCCAGTCTTACCGAGT 333
Query 121 CAAACTACAACTAACCATAGTGTTCAAAATCTGGTATGGAAACCTAAGTCATATGGAAC- 179
|||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 334 CAAACTACAAGTAACCACCGTGTTCAAAATCTAGTATGGAAACCTAAGTCATATGGAACA 393
Query 180 -----T-G-----C-T----------AG-TGGTAAAACATCGTCTGTCTCACAGGCAGGT 216
| | | | || ||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 394 GTTAGTGGATCATCTTCGGCAACAGAAGTTGGTAAAACATCGGCTGTCTCACAGATAGGT 453
Query 217 TCTTCTGGAGATGCAAAAGTTGGTCTCAATCTGAGCAAAATTTTCGGAGGTGATTTGTTG 276
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 454 TCTTCTGGAGATACAAAAGTTGGTCTCAATCTGAGCAAAATTTTCGGAGGTAATTTGTTG 513
Query 277 GAAAAGTTTTCGGTCGACAAATCGACTTATTGTCATGCTCAAATCAGAGCCACTTTCTAT 336
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 514 GAAAAATTTTCGGTGGACAAATCGACTTATTGTCATGCTCAGATCAGAGCCACTTTCTAT 573
Query 337 CCAAAATTTGAGAACGAAAAGACTGACCAAGAGATAAGAACAAGAATGATTGAGATGGTA 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 574 CCAAAATTTGAGAACGAAAAGACTGACCAAGAGATAAGAACAAGAATGATTGAGATGGTA 633
Query 397 TCTAAAGGATTGGCAACGCTAGAGGTATCTCTTAAGCATTCAGGCTCTCTCTTTATGTAC 456
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 634 TCTAAAGGATTGGCAACACTGGAGGTATCTCTTAAGCATTCAGGCTCTCTCTTTATGTAC 693
Query 457 GCCGGTCACAAGGGGGGAGCATATGCAAAGAACAGTTTTGGTAATATTTATACTGCGGTT 516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 694 GCCGGTCACAAGGGGGGAGCATATGCAAAGAACAGTTTTGGTAATATTTATACTGCGGTT 753
Query 517 GGTGTTTTTGTTCTTTCACGGATGTTCAGGGAGGCTTGGGGAACTAAGTCTCTAGAGAAA 576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||
Sbjct 754 GGTGTTTTTGTTCTTTCACGGATGTTCAGGGAGGCTTGGGGAACTAAGGCTCCAAAGAAA 813
Query 577 GAAGCAGAGTTCAATGATTTTCTTGAGAAAAATCGCATGTGCATATCTATGGAACTGGTA 636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 GAAGCAGAGTTCAATGATTTTCTTGAGAAAAATCGCATGTGCATATCTATGGAACTGGTA 873
Query 637 ACAGCTGTTCTTGGAGATCATGGTCAACGCCCACTGGATGATTATGTGGTAGTGACGGCC 696
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 874 ACCGCTGTTCTTGGAGATCATGGTCAACGCCCACTGGATGATTATGTGGTAGTGACTGCT 933
Query 697 GTTACCGAGTTAGGTAATGGTAAGCCCAAGTTCTATTCAACTTCCGAAATAATTGCATTT 756
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 934 GTTACCGAGTTAGGTAATGGGAAGCCCCAGTTCTATTCAACTTCCGAAATAATTTCATTT 993
Query 757 TGCCGGAAATGGCGTCTACCAACAAATCATGTTTGGCTGTTTTCCACAAGGAAATCAGTG 816
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 994 TGCCGGAAATGGCGTCTACCCACAAATCATGTTTGGCTGTTTTCCACAAGGAAATCAGTG 1053
Query 817 ACCTCTTTTTTCGCCGCGTTTGATGCACTCTGTGATGAAGGGATAGCAACCTCGGTCTGT 876
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1054 ACCTCTTTTTTCGCGGCGTTTGATGCACTGTGTGAAGAAGGGATAGCAACCTCGGTCTGT 1113
Query 877 AGGGCTCTTGATGAAGTAGCTGATATATCAGTCCCAGCCTCAAAGGACCATGTTAAGGTG 936
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 AGAGCTCTTGATGAAGTAGCTGATATATCAGTCCCAGCCTCAAAGGACCATGTTAAGGTG 1173
Query 937 CAGGGTGAGATATTAGAGGGTCTTGTTGCGCGTATAGTGAGCAGTCAGAG-TGCAAGAGA 995
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1174 CAGGGTGAGATATTAGAGGGTCTTGTTGCTCGTATCGTGAGCAGTCAGAGCT-CAAGAGA 1232
Query 996 TATGGAAAATGTCTTGAGAGATCATCCTCCACCACCCTGGGATGGAGCTAATCTTGATCT 1055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 TATGGAAAATGTCTTGAGAGATCATCCTCCACCACCCTGTGATGGAGCTAATCTTGATCT 1292
Query 1056 GGGACTCAGTCTAAGAGAGATATGTGCTTCCCATAGATCTAACGAGAAACAGCAAATGAG 1115
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1293 GGGACTCAGTCTAAGAGAGATATGTGCTGCCCATAGATCTAACGAGAAACAGCAAATGAG 1352
Query 1116 AGCACTTTTAAGGAGTGTTGGGCCAAGCTTTTGCCCTAGTGAAGTGGATTGGTTCGGAGA 1175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1353 AGCACTTTTAAGGAGTGTTGGGCCAAGCTTTTGCCCCAGTGACGTGGAATGGTTCGGAGA 1412
Query 1176 TG-ATCTCATCCGAAAAATGCTGACAAATCT-TTAT-AGGTTA-T-ATGTATATCTTTCA 1230
|| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| | | | || | ||| |||
Sbjct 1413 TGAATCTCATCCGAAAAGTGCTGACAAATCTGTTATAACAAAATTCCTGCA-ATC--TCA 1469
Query 1231 -CTTGCAG--T-GTC--CT--TTCA-T-GTGGAAATGGTACGCTTGATGAAGGAAAAACG 1280
| ||||| | || || | | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 GCCTGCAGATTATTCAACTAGTAAATTACAGGAAATGGTACGCTTGATGAAGGAAAAACG 1529
Query 1281 TCTTCCAGCCGCGTTCAAGTGTTACCATAATTTTCATAGAGCTGACGACATATCACCTGA 1340
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1530 TCTTCCAGCCGCATTCAAGTGTTACCATAATTTTCATAGAGCTGAGGACATATCACCTGA 1589
Query 1341 TAACCTATTTTATAAATTGGTTGTCCATGTGCACAGCGATTCAGGATTTAGGCGTTACCA 1400
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 TAACCTTTTTTATAAATTGGTTGTCCATGTGCACAGCGATTCAGGATTTAGGCGTTACCA 1649
Query 1401 AAAAGAGATGAGGCACATGCCTAGTTTGTGGCCTTTATATCGAGGTTTCTTTGTTGATAT 1460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 CAAAGAGATGAGGCACATGCCTAGTTTGTGGCCTTTATATCGAGGTTTCTTTGTTGATAT 1709
Query 1461 TAATTTGTTCAAGTCAAACAAAGTGAGGGATCTGATGGCTCTGAAAAGCATTGATAATGC 1520
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1710 TAATTTGTTCAAGTCAAACAAAGGGAGGGATCTGATGGCTCTGAAAAGCATTG---A--- 1763
Query 1521 GGTCAAAGATGCCAGTGAAAATGATGGTCAACGAGAAAAGGATGGTTTGGCTGATGGTGA 1580
| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1764 --T---A-ATGCCAGTGAAAATGATGGTCGAGGAGAAAAGGATGGTTTGGCTGATGATGA 1817
Query 1581 TGCTAACTTAATGATCAAATTAAAGTTTCTCACCTACAAGTTGAGAACCTTTTTGATCCG 1640
||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 TGCTAACTTAATGATTAAAATGAAGTTTCTCACATACAAGTTGAGAACCTTTTTGATCCG 1877
Query 1641 TAATGGCCTATCAATTCTATTTAAAGAAGGGCCAGCAGCTTACAAAACCTACTATCTTAG 1700
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1878 TAATGGCCTATCAATTCTATTTAAAGACGGGGCAGCAGCTTACAAAACTTACTACCTTAG 1937
Query 1701 ACAAATGAAAATCTGGGGTACGTCAGATGGAAAGCAGAAAGAACTTTGCAAAATGCTTGA 1760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1938 GCAAATGAAAATCTGGGGTACGTCAGATGGAAAGCAGAAAGAACTTTGCAAGATGCTTGA 1997
Query 1761 TGAATGGGCTGCTTACATAAGAAGAAAGTGTGGGAATGATCAGCTATCTTCATCAACATA 1820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 TGAATGGGCTGCTTACATAAGAAGAAAGTGTGGGAATGATCAGCTATCTTCATCAACATA 2057
Query 1821 CTTAAGTGAAGCTGAGCCATTCTTGGAGCAGTACGCGAAACGGAGCCCAATGAATCAGAT 1880
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||
Sbjct 2058 CTTAAGTGAAGCTGAGCCATTCCTGGAGCAGTACGCGAAACGGAGCCCAAAGAACCATAT 2117
Query 1881 TTTGATAGGGGCTGCTGGGAACCTTGTTAGAACTGAGGACTTCTTGGCCATTGTTGACGG 1940
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 TTTGATAGGGTCTGCTGGGAACCTAGTTAGAACTGAGGACTTCTTGGCCATTGTTGACGG 2177
Query 1941 TGATCTAGATGAAGAAGGCGATCTTGTGAAAAAAGAAGGAGTGACACCAGCTACTCCTGA 2000
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 TGATCTAGATGAAGAAGGCGATCTTGTGAAGAAACAAGGAGTGACACCAGCTACTCCTGA 2237
Query 2001 GCCAGCTGTGAAGGAAGCTGTCCAAAAGGATGAGGGGTTAATTGTGTTCTTTCCAGGGAT 2060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2238 GCCAGCTGTGAAGGAAGCTGTCCAAAAGGATGAGGGGTTAATTGTATTCTTTCCAGGAAT 2297
Query 2061 TCCTGGATGTGCTAAATCTGCACTTTGTAAGGAGTTATTGAACGCCCCAGGAGGCTTTGC 2120
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 TCCTGGATCTGCTAAATCTGCACTTTGCAAGGAGTTATTGAACGCCCCAGGAGGCTTTGG 2357
Query 2121 AGATGATAGGCCAGTGCATACTCTGATGGGTGATCTTGTCAAAGGAAAATATTGGCCAAA 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 AGATGATAGGCCAGTGCATACTCTGATGGGTGATCTTGTCAAAGGAAAATATTGGCCAAA 2417
Query 2181 GGTTGCTGATGAACGTCGTAAAAAACCACAATCGATTATGTTGGCTGACAAAAATGCTCC 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2418 GGTTGCTGATGAACGTCGTAAAAAACCACAATCGATTATGTTGGCTGACAAAAATGCCCC 2477
Query 2241 AAATGAAGATGTCTGGAGACAGATTGAAGACATGTGTCGGAGAACTAGGGCTTCTGCAGT 2300
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 AAATGAAGATGTCTGGAGACAGATTGAAGATATGTGTCGGAGAACTAGGGCTTCTGCAGT 2537
Query 2301 TCCAATCGTTGCTGATTCTGAAGGAACCGATACAAATCCATATTCACTTGATGCCTTGGC 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 TCCAATCGTTGCTGATTCTGAAGGAACCGATACAAATCCATATTCACTTGATGCCTTGGC 2597
Query 2361 TGTATTCATGTTCCGGGTACTTCAACGAGTTAACCATCCGGGAAAGCTCGACAAGGAATC 2420
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 TGTATTCATGTTCCGTGTACTTCAACGAGTTAACCATCCGGGAAAGCTCGACAAGGAATC 2657
Query 2421 TTCAAATGCAGGCTATGTGTTATTGATGTTTTATCACCTTTATGAGGGAAAGAACCGCAA 2480
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2658 TTCAAATGCAGGTTATGTGCTATTGATGTTTTATCACCTTTATGAGGGAAAGAACCGTAA 2717
Query 2481 TGAATTTGAGAGTGAATTGATTGAGCGCTTTGGCTCCCTCATCAAGATGCCACTATTGAA 2540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 TGAATTTGAGAGTGAATTGATTGAGCGCTTTGGCTCCCTCATCAAGATGCCACTATTGAA 2777
Query 2541 ATCAGACAGGGCTCCTTTACCTGATCCTGTTAAATCAGTTCTTGAGGAGGGCATAGATTT 2600
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2778 ATCAGACAGGACTCCTTTACCTGATCCTGTTAAATCAGTTCTTGAGGAGGGCATTGATTT 2837
Query 2601 GTTCAATCTCCACAACAGAAGACATGGGAGACTCGAGTCGACAAAAGGAACATATGCAGC 2660
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 GTTCAATCTCCATAGTAGAAGACATGGGAGACTCGAGTCAACAAAAGGAACATATGCAGC 2897
Query 2661 AGAATGGACCAAATGGGAGAAACAACTACGAGATACTTTAGTTGCGAATTCTGAGTATCT 2720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2898 GGAATGGACCAAATGGGAGAAACAACTACGAGATACTCTAGTTGCAAATTCTGAGTATCT 2957
Query 2721 CAATTCTATTCAGGTTCCATTTGAGTCTGTGGTTCATCTAGTGCGAGAAGAGCTaaaaaa 2780
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2958 CAGTTCTATTCAGGTTCCATTTGAGTCTATGGTTCATCAAGTGCGAGAAGAGCTAAAAAC 3017
Query 2781 aaTCGCAAAGGGTGAATACAAGCCACCAAGTTCAGAGAAAACAAAACATGGGTCTATTGT 2840
||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 3018 AATAGCGAAGGGTGATTACAAGCCACCAAGTTCGGAGAAAAGAAAACACGGGTCTATTGT 3077
Query 2841 TTTCGCTGCCATCAACTTGCCTGCTACTCAAGTTCACAGTCTTCTTGAAAAGTTAGCCGC 2900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3078 TTTCGCTGCCATCAACTTGCCTGCTACTCAAGTTCACAGTCTTCTTGAAAAGTTGGCTGC 3137
Query 2901 AGCAAACCCAACAATGAGATTTTTTCTAGAGGGCAAGAAAAAGACCATACAGGAAAAACT 2960
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3138 AGCAAACCCAACAATGAGATCTTTTCTAGAGGGAAAGAAAAAGAGCATACAGGAAAAACT 3197
Query 2961 TGAACGGTCTCATGTGACGCTTGCCCACAAGAGAAGCCATGGCGTAGCAGCTGTAGCCAG 3020
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3198 TGAACGGTCTCACGTGACGCTCGCCCACAAGAGAAGCCATGGCGTAGCAACTGTAGCCAG 3257
Query 3021 CTATGGTCAGCACTTGAACAGAGAGATACCCGTAGAGCTCACGGAGCTCATCTACAACGA 3080
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3258 CTATAGTCAGCACTTGAACAGAGAGGTACCCGTAGAGCTCACCGAGCTCATCTACAACGA 3317
Query 3081 CAAGATGGCAGCTCTAACTGCCAATGTCGGATGTGTGGACGGAGAGACGGTAGTCTCCAA 3140
||||||||| |||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3318 CAAGATGGCTGCTCTAACAGCCCATGTTGGATCTGTGGACGGAGAGACCGTAGTCTCCAA 3377
Query 3141 GAACGAATGGCCACATGTTACGTTGTGGACTGCAGAAGGCGTTACTGCGAAAGAGGCCAA 3200
||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3378 GAACGAATGGCCACATGTTACATTGTGGACAGCGGAAGGCGTTACTGCGAAAGAGGCCAA 3437
Query 3201 CACGTTACCTCAGCTTTACTTAGAAGGGAAGGCGAGCCGCTTAGTGATAGATCCTCCGGT 3260
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3438 CACGTTACCTCAGCTTTACTTAGAAGGAAAGGCGAGCCGCTTGGTGATAGATCCTCCGGT 3497
Query 3261 GTCAATCTCGGGTCCTCTGGAGTTTTTCTGAATACTT-ATTAAACATGGAAGGTGCTCTC 3319
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||
Sbjct 3498 GTCAATCTCAGGTCCTCTGGAGTTTTTCTGAATACTTGATTAAACATGGAAGTT--TCTC 3555
Query 3320 TCTTGAGG----TTGCTCGTGGAATGGGACACTTATGGTTGTTATTATAATAAACCGTTT 3375
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||| |||
Sbjct 3556 TCTTGAGGGAGGTTGCTCGTGGAATGGGACACATATGGTTGTTAT-A-A-TAAACCATTT 3612
Query 3376 CCATTGTCATGAGATTTTGAGGTTAATATATT-TTTATTTG 3415
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3613 CCATTGTCATGAGATTTTGAGGTTAATATATACTTTACTTG 3653
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173627789723
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5