BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471060
Length=3685
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G09620.1 | Symbols: | ATP binding;leucine-tRNA ligases;amin... 5694 0.0
AT1G50130.1 | Symbols: | pseudogene, putative leucyl tRNA synt... 2183 0.0
> AT1G09620.1 | Symbols: | ATP binding;leucine-tRNA ligases;aminoacyl-tRNA
ligases;nucleotide binding;ATP binding;aminoacyl-tRNA
ligases | chr1:3112778-3116699 REVERSE LENGTH=3720
Length=3720
Score = 5694 bits (3083), Expect = 0.0
Identities = 3507/3708 (95%), Gaps = 43/3708 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGAAGTTAATCTTAAAGAAAAACCCTAGAAAATCATTCCTTATCTCTCTCAACTGGCT 60
||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| | |||||||
Sbjct 1 GAAGAAGGTAGTCTTAAAGAAAAACCCTAG-AAACCATTACTTATCTCTC-CCACTGGCT 58
Query 61 CTGTCTCCGTCAAATCTCGGATTGTTTTCGCGGTGGGCTCGATTCGTGATTCCTCAAAGT 120
||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 CTGTCTCTGTCAAATCTCGGATCGATTTCGCGGTGGGCTCGATTCGTGATTCCTCAAAGT 118
Query 121 TCATCATCCCTAAGGCATTGTCACTTAATGGCATCTGATTCGAAAAGCTTCGCGAGGAGA 180
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||
Sbjct 119 TCATCATCCCTAAGGCACTGTCACTTAATGGCATCGGAATCGAAAAGCTACGCTAGGAGA 178
Query 181 GATCGTCTTCTTGAGATTGAGG-TAGCGGTTCGCAAGTGGTGGGAAGATGAGGAAGTATT 239
|||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 179 GATCGTCTTCTTGAGATTGAGGCCA-CTGTTCGAAAGTGGTGGGAAGACGAGGATGTATT 237
Query 240 CAAG-GCTGAATCTCGTGAGAATCTTCCAAAACCTGGAGAAAAGTTCTTCTCAACCTTCC 298
| || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 238 C-AGAGCCGAATCTTGTGAGAATCTTCCAAAACCAGGAGAAAAGTTTTTCTCAACCTTCC 296
Query 299 CTTTCCCGTATATGAATGGTTATCTACACATTGGGCATGCCTTTTCATTGTCCAAGGTTG 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CTTTCCCGTATATGAATGGTTATCTACACATTGGGCATGCCTTTTCATTGTCCAAGGTTG 356
Query 359 ATTTTGCTTCTGCTTACCATAGGCTAAGAGGAGCTAATGTGCTTCTTCCCTTTGGTTTCC 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 357 ATTTTGCTTCTGCTTACCATAGGCTAAGAGGAGCTAATGTGCTTCTTCCATTTGGTTTCC 416
Query 419 ATTGTACTGGTATGCCTATTAAGGCATCTGCGGATAAGCTTTC-TCGTGAGATTCAACAG 477
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||
Sbjct 417 ATTGTACTGGTATGCCAATTAAGGCTTCTGCGGATAAGC-TTCGTCGTGAGATTGAACAG 475
Query 478 TTTGGTAACCCTCCTGTGTTCACTGCTGAAGACAACACCAAAGTTCCTGAAGTTCAGGAG 537
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TTTGGTAACCCTCCTGTGTTTACTGCTGAAGACACCACCAAAGTTCCTGAAGTTCAGGAG 535
Query 538 GAGAGCAGTGATACTATAGCTTTACC---T---GGTCAGTTCAAGGGAAAGAAGTCTAAG 591
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 GAGAGCAGTGATACTATAGCTTTACCGATTCCGGGTCAGTTCAAGGGAAAGAAGTCTAAG 595
Query 592 GTGGCTGCGAAATCTGGTGGACAGGTTTATCAGTGGGAGATTATGCGCAGTTTTGGTCTT 651
|| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GTTGCTGCCAAAGCTGGTGGACAGGTTTATCAGTGGGAGATTATGCGCAGTTTTGGTCTT 655
Query 652 ACTGACAGTGAGATTGCAAAGTTCCAAGATCCTTATGAATGGTTGTATTACTTTCCCCCT 711
|||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 ACTGACAGTGAGATTGCAAATTTCCGAGAGCCTTCTGAATGGTTGTATTACTTTCCCCCT 715
Query 712 TTGGCTGTTGAAGATCTCAGGGCATATGGATTGGGTTGTGATTGGAGACGCTCCTTTGTG 771
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 716 TTGGCTGTTGAAGATCTAAGGGCATATGGATTGGGTTGTGATTGGAGACGCTCGTTTGTG 775
Query 772 ACCACTGATGTTAATCCCTTTTTCGATGCCTTTGTGAGGTGGCAGATGAGGAAGTTGAAA 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 ACCACTGATGTTAATCCCTTTTTCGATGCCTTTGTGAGGTGGCAGATGAGGAAGTTGAAA 835
Query 832 TCTATGGGAAAGATTGTTAAAGACCGCAGGTACACAATATTCTCACCGTTAGATGGCCAG 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 836 TCTATGGGAAAGATTGTTAAAGACCGCAGGTACACTATATTCTCACCTTTAGATGGCCAG 895
Query 892 CCTTGTGCTGATCACGACCGTGCTACTGGCGAAGGTGTTCAGCCTCAAGAGTACACACTC 951
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 896 CCTTGTGCTGATCACGACCGTGCTACTGGGGAAGGTGTTCAGCCTCAAGAGTATACACTC 955
Query 952 ATTAAGATGGAAGTAGTCAAGCCATTTCCTCTGAAACTGGGTCCTTTGGAAGGTAAGAGA 1011
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 956 ATAAAGATGGAAGTAGTCAAGCCATTCCCTCTGAAACTGGGTCCTTTGGAAGGCAAGAGA 1015
Query 1012 GtttttttGGCTGCAGCTACTTTGAGACCTGAGACCATGTATGGACAAACAAACGCATGG 1071
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GTGTTTTTGGCTGCAGCTACTTTGAGGCCTGAGACCATGTATGGACAAACAAACGCATGG 1075
Query 1072 GTACTACCTGATGGGAAATATGGGGCTTATGAAATCAGTGAAACTGATGTCTTCATCCTT 1131
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1076 GTACTACCTGATGGGAAATATGGAGCTTATGAAATCAGCGAAACTGAGGTCTTCATCCTT 1135
Query 1132 ACTGAGAGAGCTGCACTCAACCTTGCGTACCAGAACTTCTCAAAGATCCCTCAGAAGCCT 1191
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||
Sbjct 1136 ACTGAGAGAGCTGCGCTCAACCTTGCGTACCAGAACTTTTCGAAGAACCCTCAGGAGCCT 1195
Query 1192 TCCTGCTTGGTTGAGTTGACCGGGTATGATCTGATTGGACTCCCTTTGAGGTCTCCTCTG 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TCCTGCTTGGTTGAGTTGACCGGGTATGATCTGATTGGACTCCCTTTGAGGTCTCCTCTG 1255
Query 1252 TCAGTCAACGAGATCATCTATGCTCTGCCCATGTTGACCATTCTGACCAACAAAGGTACT 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TCAGTCAACGAGATCATCTATGCTCTGCCCATGTTGACCATTCTGACCAACAAAGGTACT 1315
Query 1312 GGCATTGTCACCAGTGTGCCGAGTGATGCTCCTGATGATTACATGGCTTTACAAGATTTA 1371
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GGCATTGTCACCAGTGTGCCTAGTGATGCTCCTGATGATTACATGGCTTTACAAGATTTA 1375
Query 1372 ATCAAAAAGCCTGCTCTTCAAGATAAGTATGGTGTGAAAACGGAATGGGTGCCCACTGAA 1431
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1376 ATCAAAAAGCCTGCTCTTCAAGATAAGTATGGTGTGAAAACGGAATGGTTGCCCACTGAA 1435
Query 1432 ATCATTCCGATTATCAACATCCCGGAATTTGGGGATAAGGCTGCTGAAAAGGTCTGCTTG 1491
||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 ATCATACCGATCATCAACATTCCGGAATTTGGGGATAAAGCTGCTGAAAAGGTCTGCTTG 1495
Query 1492 GATCTGAAAATTAAAAGTCAAAATGATAAGGACAAGCTTGCAGAGGCTAAGAGGTTGACT 1551
||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GATCTGAAAATTAAAAGCCAAAACGATAAGGAAAAGCTTGCAGAGGCTAAGAGGTTGACT 1555
Query 1552 TACCTGAAAGGATTTACCGAAGGAACCATGCTTATTGGAGAGTTTGTTGGTAGGAAAGTT 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1556 TACCTGAAAGGATTTACCGAAGGAACCATGCTTATTGGAGAGTTTTTTGGTAGGAAAGTT 1615
Query 1612 CAAGAAATCAAGCCCATTATTAAGACAAAGCTCATAGAGACTGGCGAGGCAATCATATAC 1671
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 CAAGAAATTAAGCCCATTATCAAGACAAAGCTCATAGAGACTGGCGAGGCAATCATATAC 1675
Query 1672 AGTGAACCTGAGAAGCCGGTGATGTCAAGATCGGGTGATGAATGTGTTGTGGCTCTTACA 1731
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AGTGAACCCGAGAAGCCGGTGATGTCAAGATCGGGTGATGAATGTGTTGTGGCTCTTACA 1735
Query 1732 GATCAGTGGTACATAACGTACGGCGAATCAGAATGGAGGAAAATGGCTGAGGAATGCTTA 1791
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1736 GATCAGTGGTACATAACATACGGCGAATCAGAATGGCGGAAAATTGCTGAGGAATGCCTA 1795
Query 1792 TCAAAAATGAATCTCTATTCTGAAGAAACAAGGCATGGCTTTGAGCACACTTTGAGCTGG 1851
||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TCAAAGATGAATCTCTACTCTGATGAAACAAGGCATGGCTTTGAGCACACTTTGAGCTGG 1855
Query 1852 CTCAATCAGTGGGCTTGCTCACGGTCTTTTGGTCTAGGAACTCGTATTCCCTGGGATGAA 1911
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CTCAATCAGTGGGCTTGCTCACGATCTTTTGGTTTAGGAACTCGTATTCCCTGGGATGAA 1915
Query 1912 CAGTTCCTTGTGGAATCCTTATCTGATTCATCTCTTTATATGGCCTATTACACAGTTGCC 1971
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 CAGTTCCTAGTGGAATCCTTATCTGATTCATCTCTTTATATGGCCTATTACACAGTTGCC 1975
Query 1972 CATATCTTTCACGATGGAGACATGTATAAAGGTAGCAAGTCTTTGATCCGCCCTCAGCAG 2031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1976 CATATCTTTCACGATGGAGACATGTATAAAGGTAGCAAGTCTCTGATCCGCCCTCAGCAG 2035
Query 2032 ATGAATGATGAAGTTTGGGAGTATCTCTTCTGTGATGGCCCGTACCCAAAATCATCTGAT 2091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2036 ATGAATGATGAAGTTTGGGAGTATCTCTTCTGTGATGGCCCGTACCCTAAATCATCTGAT 2095
Query 2092 ATTCCATCAGCTGTCTTAAGCAAGATGAAGCAGGAATTTGATTACTGGTACCCGCTAGAT 2151
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2096 ATTCCATCAGCTGTCTTAAGTGAGATGAAGCAGGAATTTGACTACTGGTACCCGCTAGAT 2155
Query 2152 CTTCGAGTTTCAGGAAAGGATCTTATTCAGAATCATTTGACATTTTTCATCTACAACCAC 2211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CTTCGAGTTTCAGGAAAGGATCTTATTCAGAATCATTTGACATTTTTCATCTACAACCAC 2215
Query 2212 ACTGCACTAATGGCGAATCGTAACTGGCCACGTGGCATCAGATGTAATGGTCACATAATG 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2216 ACTGCACTAATGGCGAATCGTAACTGGCCACGTGGGATCAGATGTAATGGTCATATCATG 2275
Query 2272 CTGAATTCTGAAAAGATGTCAAAGTCAACCGGAAATTTCAGAACCTTGCGCCAGGCTATT 2331
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2276 CTGAATTCTGAAAAGATGTCAAAGTCTACTGGAAATTTCAGAACCCTGCGCCAGTCTATT 2335
Query 2332 GAAGAATTCTCTGCCACTGCTACAAGGTTTTCTTTGGCTGATGCTGGTGATGGTGTTGAC 2391
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GAAGAATTCTCTGCCACTGGTACAAGGTTTTGTTTGGCTGATGCTGGTGATGGTGTTGAT 2395
Query 2392 GATGCTAATTTTGTATTTGAAACTGCAAATGCTGCAATTTTGCGGCTGACAAAAGAGCTC 2451
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2396 GATGCAAATTTTGCATTTGAAACTGCAAATGCTGCAATTTTGCGGTTGACAAAAGAGCTC 2455
Query 2452 ACATGGATGGAAGAAGTTCTGGCTG-CTGAATCCTCTTTAAGAACTGGCCCTCCATCTAC 2510
|||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2456 ACATGGATGGAAGAAGTTCTGGATGTC-GAATCCTCTTTAAGAACGGGACCTCCATCTAC 2514
Query 2511 ATATGCTGATAAAGTGTTTGAAAATGACATGAACATTGCTATCAGATTGACTGAAAGAGC 2570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2515 ATATGCTGATAAAGTGTTTGAAAATGACATGAACATTGCTCTCAGATTGACTGAAAGAGC 2574
Query 2571 GTACAAAGATTGTTTGTTTAGGGAGGCACTTAAAAATGGGTTTTACGACTTACAAGCTGC 2630
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 GTACAAAGATTGTCTGTTTAGGGAGGCACTTAAAAATGGGTTTTACGACTTACAAGCTGC 2634
Query 2631 TCGGGATGAGTATAGACTCTCTTGTGGAACTGGAGGCATGAACCATGACTTGATACTGAC 2690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2635 TCGGGATGAGTATAGACTCTCTTGTGGAACTGGAGGCATGCACCATGACTTGCTACTGAA 2694
Query 2691 ATTTATGGATGTGCAAACACGCCTCATTGAACCAATCTGTCCCCAGTTTGCAGAATATGT 2750
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2695 ATTTATGGATGTGCAAACACGCCTCATTGTACCAATCTGTCCCCATTTTGCAGATTATGT 2754
Query 2751 TTGGAGGAAACTTTTGAAGAAGGAAGGTTGTGTAG-TAACAGCAGGCTGGCCACCATCAA 2809
|||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 TTGGAGGAAAGTTTTGAATAAGGAAGGTTGTGT-GCTCACAGCAGGCTGGCCACCATCAA 2813
Query 2810 ATGAGCCAGATTTGGTGCTCAAGAGTGCAAACAAATATTTGCAAGATTCTATTGTTTTAA 2869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2814 ATGAGCCAGATTTGGTGCTCAAGAGTGCAAACAAATATTTGCAAGATTCTATTGTGTTAA 2873
Query 2870 TGAGAAAGCTTCTACAAAAACAACTCTTAGGTTCCAAGAAGGCTGCTAAGAAAGGTGCTC 2929
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2874 TGAGAAAGCTTCTTCAAAAACAACTCTCAGGTTCCAAGAAGGGTGCTAAGAAAGGTGCTC 2933
Query 2930 AAGTAACAGCTGTGCCAGAGGAGAATTTAAAAGGCCTAGTATATGTGAATGAGCAATTTG 2989
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 AAGTAACAGCTGTGCCAGAGGGGAAGCTAAAAGGCCTAGTATATGTGAATGAGCAATTTG 2993
Query 2990 ATGGATGGAGAGCTCACTGCCTGAGGATTCTGCAAAGTAGATTTGACCAGCAAACCTGTC 3049
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 ATGGATGGAGAGCTCACTGCCTGCGGATTCTGCAAAGTAGATTTGACCAGCAAACCTGTA 3053
Query 3050 GTTTTGACCCGGATGCAGTGATACTTGCAGAACTAAAG-G-AGATATTGCAGCAGGAGGG 3107
|||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||| | | | | |||| |||||||||
Sbjct 3054 GTTTCCCCCCGGATACAGAGATGCTTGCAGAACTAA-GTGCA-ACATTGTTGCAGGAGGG 3111
Query 3108 ACATACAGAAAACTTCAAA-CAAATTCAGAAGGTTTGCATGCCTTTCCTTAAATTCAAGA 3166
| | | | || ||| ||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3112 A-A-A-A-AA--CTTGAAAGCCA-TTCAAAAGGTTTGCATGCCTTTCCTTAAATTCAAGA 3164
Query 3167 AGGACGAGGCAATAGCTATTGGCACTCAGGCTCTAAATTTGAGGTTGCCTTTTGGAGAGA 3226
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 3165 AGGACGAGGCAATATCTATTGGCACTCAGGCTCTGAACTTGAGGTTACCTTTTGGAGAGA 3224
Query 3227 TCGAAGTCCTTCAGAGTAACATGGACTTGATCAGGCGGCAACTTGGTCTTGAAGAGGTTG 3286
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 TCGAAGTCCTTCAGAGTAACAAGGACTTGATCAGGCGGCAACTTGGTCTTGAAGAGGTTG 3284
Query 3287 AAATATATTCTGCAAGTAACCCTGATGATGTTTTAAAAGCTGGTCCACTTGCTTCACTGC 3346
||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 3285 AAATATATTCTGCAAGTGACCCTGATGATGTTTCAATAGCTGGTCCACATGCTTCGCTGC 3344
Query 3347 TG-CAGCAGAATCCTCCATCTCCTGGCAGCCCAACCGCCATCTTTGTGACCAGCACAAGT 3405
|| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3345 TGAC-GCAGAATCCTCCATCTCCAGGCAGCCCAACTGCCATCTTTGTGACCAGCACAAGT 3403
Query 3406 GTCTGCCCTCCAGCCTAAAAGTGTTGTTCAAAGGAAAAGCGTGGGACAAGTTTCAACTAC 3465
|||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404 GTCTGCCCTCCATCCTAAAAGCGTTGTTCAAAAGAAAAGCGTGGGACAAGTTTCAACTAC 3463
Query 3466 TAGTCAAGAAGTTTGCAGGATTTTTTGGTATTTTATACAAGTTAGACtttttttG-CTTC 3524
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||
Sbjct 3464 TAGTCAAGAAGTTTGCAGGATTTTT-GGTATTTTATACAAGTTGGACTATTTT-GACTTC 3521
Query 3525 TTTGCTGAGTTTTCCCCTTTTATTCCTGGTATTGTGTAGTAAAGATCATCTGTTCTTTCT 3584
||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 3522 TTTGCTGAGTTTTTCTCTTTTATTTCTGGTATTGTGTAGTAAT-ATCATCTGTTCTCTCT 3580
Query 3585 TATCGATACAACAATATCCTTGTTTCAA-------GTTTGCTTATTTGTTCTACTATTTT 3637
||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||
Sbjct 3581 TATTGATTCAACAATATCCTTGTTTCAACTTTCAAGTTTGCTTATATGTTCTGCTCTTTT 3640
Query 3638 CTCCTGATCAGCTTTCTAGATTTATTTACTGGGCTGAAACAAAGTTAA 3685
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3641 CTCCTGATCAGCTTTCTAGATTTCTTTACTGGGCTGAAACAAAGTTAA 3688
> AT1G50130.1 | Symbols: | pseudogene, putative leucyl tRNA synthetase,
similar to leucyl tRNA synthetase GB:BAA95667 GI:7804450
from (Homo sapiens); blastp match of 51% identity and
2.5e-213 P-value to GP|26340206|dbj|BAC33766.1||AK049472 unnamed
protein product {Mus musculus} | chr1:18566604-18569401
FORWARD LENGTH=2798
Length=2798
Score = 2183 bits (1182), Expect = 0.0
Identities = 1513/1665 (91%), Gaps = 53/1665 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1746 AACGTACGGCGAATCAGAATGGAGGAAAATGGCTGAGGAATGCTTATCAAAAATGAATCT 1805
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 AACGTACGGCGAATCAGAATGGCGGAAAATGGCTGAAGAATGCTTATCAAAAATGAATCT 1233
Query 1806 CTATTCTGAAGAAACAAGGCATGGCTTTGAGCACACTTTGAGCTGGCTCAATCAGTGGGC 1865
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1234 CTACTCTGAGGAAACAAGGCATGGCTTTGAGCACACTTTGAGCTGGCTCATTCAGTGGGC 1293
Query 1866 TTGCTCACGGTCTTTTGGTCTAGGAACTCGTATTCCCTGGG---ATGAACAGTTCCTTGT 1922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||
Sbjct 1294 TTGCTCACGGTCTTTTGGTCTAGGAACTCGTATTCCTTGGGATAATGAACGGTTCCTTGT 1353
Query 1923 GGAATCCTTATCTGATTCATCTCTTTATATGGCCTATTACACAGTTGCCCATATCTTTCA 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 GGAATCCTTATCTGATTCATCTCTTTATATGGCCTATTATACAGTTGCCCATATCTTTCA 1413
Query 1983 CGATGGAGACATGTATAAAGGTAGCAAGTCTTTGATCCGCCCTCAGCAGATGAATGATGA 2042
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 CGACGGAGACATGTATAAAGGAAGCAAGTCTTTGATCCGTCCTCAGCAGATGAATGATGA 1473
Query 2043 AGTTTGGGAGTATCTCTTCTGTGATGGCCCGTACCCAAAATCATCTGATATTCCATCAGC 2102
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1474 AGTTTGGGAGTATCTCTTCTGTGATGGTCCGTATCCAAAATCAACTGATATTCCATCAGC 1533
Query 2103 TGTCTTAAGCAAGATGAAGCAGGAATTTGATTACTGGTACCCGCTAGATCTTCGAGTTTC 2162
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 TGTTTTAAGTAAGATGAAGCAGGAATTTGACTACTGGTACCCGCTAGATCTTCGAGTTTC 1593
Query 2163 AGGAAAGGATCTTATTCAGAATCATTTGACATTTTTCATCTACAACCACACTGCACTAAT 2222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1594 CGGAAAGGATCTTATTCAGAATCATTTGACATTTTTCATCTATAACCACACTGCACTAAT 1653
Query 2223 GGCGAATCGTAACTGGCCACGTGGCATCAGATGTAATGGTCACATAATGCTGAATTCTGA 2282
|| ||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1654 GGAGAAGCGTAACTGGCCACGGGGTATCAGATGTAATGG-CACATTATGCTCAATTCTGA 1712
Query 2283 -AAAGATGTCAAAGTCAACCGGAAATTTCAGAACCTTGCGCCAGGCTATTGAAGAATTCT 2341
||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1713 GAAA-ATGTCAAAGTCAACTGGAAATTTCAGAACCCTGCGCCAGGCTATCGAAGAATTCT 1771
Query 2342 CTGCCACTGCTACAAGGTTTTCTTTGGCTGATGCTGGTGATGGTGTTGACGATGCTAATT 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1772 CTGCCACTGCTACAAGGTTTTCTTTGGCTGATGCTGGTGATGGCGTTGACGATGCAAATT 1831
Query 2402 TTGTATTTGAAACTGCAAATGCTGCAATTTTGCGGCTGACAAAAGAGCTC-ACATGGATG 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||
Sbjct 1832 TTGTATTTGAAACTGCAAATGCTGCAATTTTGCGGCTGGTGAAACAGCTCGA-ATGGATG 1890
Query 2461 GAAGAAGTTCTGGCTGCTGAATCCTCTTTAAGAACTGGCCCTCCATCTACATATGCTGAT 2520
|||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 GAAGAAAAACTGGCTGCTGAATCCTCTTTGAGAACGGGGCCTCCATCTACATATGCTGAT 1950
Query 2521 AAAGTGTTTGAAAATGACATGAACATTGCTATCAGATTGACTGAAAGAGCGTACAAAGAT 2580
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1951 AAAGTGTTTGAGAATGACATTAACATTGCTATCAGATTGACTGAAAAAGCGTACAAAGAA 2010
Query 2581 TGTTTGTTTAGGGAGGCACTTAAAAATGGGTTTTACGACTTACAAGCTGCTCGGGATGAG 2640
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2011 TGTTTGTTTAGGGAGGCACTTAAGAATGGGGTTTACGACTTACAAGCTGCTCGAGATGAG 2070
Query 2641 TATAGACTCTCTTGTGGAACTG--G-AGGCATGAACCATGACTTGATACTG-ACATTTAT 2696
|||||| ||||||||| | || | | ||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 2071 TATAGAAACTCTTGTGGCAGTGACGAAAATATGAACCATGACTTGATACTGAAC-TTCAT 2129
Query 2697 GGATGTGCAAACACGCCTCATTGAACCAATCTGTCCCCAGTTTGCAGAATATGTTTGGAG 2756
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2130 GGATGTGCAAACACGCCTCATTGAACCAATCTGTCCCCAGTTTGCAGAATATGTATGGAG 2189
Query 2757 GAAACTTTTGAAGAAGGAAGGTTGTGTAGTAACAGCAGGCTGGCC-ACCATCAAATGAGC 2815
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2190 GAAACTTTTGAAGAAGGAAGGTTCTGTGGTAACAGCAGGCTGGCCTAC-ATCAAATGAGC 2248
Query 2816 CAGATTTGGTGCTCAAGAGTGCAAACAAATATTTGCAAGATTCTATTGTTTTAATGAGAA 2875
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2249 CAGATTTGGTTCTCAAGAGTGCTAACAAATATTTGCAAGATTCTATTGTCTTAATGAGAA 2308
Query 2876 AGCTTCTACAAAAACAACTCTTAGGTTCCAAGAAGGCTGCTAAGAAAGGTGCTCAAGTAA 2935
|||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2309 AGCT-CT-----------T---AGGTTCCAAGAAGGCTGCTAAGAAAGGTGCTCAAGTAA 2353
Query 2936 CAGCTGTGCCAGAGGAGAAT-TTAAAAGGCCTAGTATATGTGAATGAGCAATTTGATGGA 2994
|||| | ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2354 CAGCAGCGCCAGCGG-GAAAGTTAATAGGCCTAGTATATGTGAATGAGCAATTTGATTGA 2412
Query 2995 TGGAGAGCTCACTGCCTGAGGATTC-TGCAAAGTAGATTTGACCAGCAAACCTGTCGTTT 3053
||||||||||||||||| | | ||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2413 TGGAGAGCTCACTGCCTCAAG-TTCCTGCAAAGCAAATTTGACCAGCAAACCTATCGTTT 2471
Query 3054 TGACCCGGATGCAGTGATACTTGCAGAACTAAAGGAGATATTGCAGCAGGAGGGACATAC 3113
|| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |
Sbjct 2472 TGCCCCTGATGCAGAGATAATTGCAGAACTAAAGGAGATATTACAGAAGGATGGACA-A- 2529
Query 3114 AGAAAACTTCAAACAAATTCAGAAGGTTTGCATGCCTTTCCTTAAATTCAAGAAGGACGA 3173
| | | | ||| || ||| |||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 2530 -G----C---AGA-AAA--CA-----TTTACATGCCTTTCGTTAAATTCAAGAAGAAGGA 2573
Query 3174 GGCAATAGCTATTGGCACTCAGGCTCTAAATTTGAGGTTGCCTTTTGGAGAGATCGAAGT 3233
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 2574 GGCAATATCTATTGGCATTCAGGCTCTAAATTTGAGGCTGCCTTTTGGAGAGATTGAAGT 2633
Query 3234 CCTTCAGAGTAACATGGACTTGATCAGGCGGCAACTTGGTCTTGAAGAGGTTGAAATATA 3293
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2634 CCTTAAGAGTAACATGGACTTGATCAAGCGGCAACTTGGTCTTGAAGAG-TTGAAGTATA 2692
Query 3294 TTCTGCAAGTAACCCTGATGATGTTTTAAAAGCTGGTCCACTTGCTTCACTGCTGCAGCA 3353
|||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |
Sbjct 2693 TTCTGCAAGTGACCCTGATGATGTTTCAAAAGCTGGTCCACATGCTTCACTGCTGAAGAA 2752
Query 3354 GAATCCTCCATCTCCTGGCAGCCCAACCGCCATCTTTGTGACCAG 3398
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 GAATCCTCCATCTCCGGGCAATCCAACCGCCATCTTTGTGACCAG 2797
Score = 1567 bits (848), Expect = 0.0
Identities = 1074/1183 (91%), Gaps = 15/1183 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 148 ATGGCATCTGATTCGAAAAGCTTCGCGAGGAGAGATCGTCTTCTTGAGATTGAGGTAGCG 207
||||||||||| || || ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCATCTGAATCCAATAGCTTTGCGAAAAGAGATCGTCTTCTCGAGATTGAGGTAGCA 60
Query 208 GTTCGCAAGTGGTGGGAAGATGAGGAAGTATTCAAGGCTGAATCTCGTGAGAATCTTCCA 267
||||| ||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GTTCGAAAGTGGTGGGAGGATGAGGATGTTTTCAGGGCTGAATCTCGTGATCATCTTCCA 120
Query 268 AAACCTGGAGAAAAGTTCTTCTCAACCTTCCC-TTTCCCGTATATGAATGGTTATCTACA 326
|| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAGCCAGGAGAAAAGTTCTTCTCCACTTTCCCTTTTCCC-TATATGAATGGTTATCTACA 179
Query 327 CATTGGGCATGCCTTT-TCATTGTCCAAGGTTGATTTTGCTTCTGCTTACCATAGGCTAA 385
||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 180 CATTGGGCATG-CTTTCTCACTCTCCAAGGTTGATTTTGCTTCTGCTTACCATAGACTAA 238
Query 386 GAGGAGCTAATGTGCTTCTTCCCTTTGGTTTCCATTGTACTGGTATGCCTATTAAGGCAT 445
|||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 239 GAGGTGCCAATGTGCTTCTTCCTTTTGGTTTCCACTGTACTGGTATGCCTATTAAGGCTT 298
Query 446 CTGCGGATAAGCTTTCTCGTGAGATTCAACAGTTTGGTA-ACCCTCCTGTGTTCACTGCT 504
| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||||
Sbjct 299 CCGCGGATAAGCTTTCTCGTGAGATCCTACAGTTTGG-AGACCCTCCTGTCTTCCCTGCT 357
Query 505 GAAGACAACACCAAAGTTCCTGAAGTTCAGGAGGAGAGCAGTGATACTA-TAGCTTTACC 563
|||| | ||| || |||| ||||||| |||||| |||||||||| | |||||| |
Sbjct 358 CAAGA-TA-ACC-TAGCTCCTCAAGTTCACGAGGAGGGCAGTGATAC-ACCGGCTTTAAC 413
Query 564 TGGTCAGTTCAAGGGAAAGAAGTCTAAGGTGGCTGCGAAATCTGGTGGACAGGTTTATCA 623
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 GGGTCAGTTCAAGGGAAAGAAGTCTAAGGTGGCTGCGAAATCTGGTGGACAGGTTTATCA 473
Query 624 GTGGGAGATTATGCGCAGTTTTGGTCTTACTGACAGTGAGATTGCAA-AGTTCCAAGATC 682
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 474 GTGGCAGATTATGCGCAGTTTTGGTCTTACTGACAGTGAGATTGCAAGATTTCGG-GATC 532
Query 683 CTTATGAATGGTTGTATTACTTTCCCCCTTTGGCTGTTGAAGATCTCAGGGCATATGGAT 742
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 533 CAGATGAATGGTTGTATTACTTTCCCCCTTTGGCTGTTGAAGATCTCAAGGCATATGGAT 592
Query 743 TGGGTTGTGATTGGAGACGCTCCTTTGTGACCACTGATGTTAATCCCTTTTTCGATGCCT 802
|||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 593 TGGGCTGTGACTGGAGACGGTCATTTGTGACTACTGATGTTAATCCTTTTTTCGATGCCT 652
Query 803 TTGTGAGGTGGCAGATGAGGAAGTTGAAATCTATGGGAAAGATTGTTAAAGACCGCAGGT 862
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 653 TTGTGAGGTGGCAGATGAGGAAGTTGAAAGCTCTGGGAAAGATTGTCAAAGACTGTAGGT 712
Query 863 ACACAATATTCTCACCGT-TAGATGGCCAGCCTTGTGCTGATCACGACCGTGCTACTGGC 921
|||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 ACACAATATTCTCACC-TCTAGATCGCCAGCCTTGTGCTGATCACGACCGTGCTACTGGT 771
Query 922 GAAGGTGTTCAGCCTCAAGAGTACACACTCATTAAGATGGAAGTAGTCAAGCCATTTCCT 981
||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 772 GAAGGTGTTCAGCCTCAGGAGTATACTCTCATAAAGATGGAAGTAGTGAAGCCATTTCCT 831
Query 982 CTGAAACTGGGTCCTTTGGAAGGTAAGAGAGtttttttGGCTGCAGCTACTTTGAGACCT 1041
||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 832 CTGAAACTGAGTCCTTTGGAAGGAAAAAGAGTGTTTTTGGCTGCAGCTACTTTGAGGCCT 891
Query 1042 GAGACCATGTATGGACAAACAAACGCATGGGTACTACCTGATGGGAAATATGGGGCTTAT 1101
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 892 GAGACCATGTATGGACAAACAAACGCTTGGGTACTACCTGATGGGAAATATGGAGCTTAT 951
Query 1102 GAAATCAGTGAAACTGATGTCTTCATCCTTACTGAGAGAGCTGCACTCAACCTTGCGTAC 1161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||
Sbjct 952 GAAATCAGTGAAACTGATGTCTTCATCCTTACTGAGAGATCTGCACTCAACCGTGCCTAC 1011
Query 1162 CAGAACTTCTCAAAGATCCCTCAGAAGCCTTCCTGCTTGGTTGAGTTGACCGGGTATGAT 1221
|||||||||||||||| |||| |||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1012 CAGAACTTCTCAAAGAACCCTAAGAAACCATCTTGCTTGGTCGAGTTGACCGGTTATGAT 1071
Query 1222 CTGATTGGACTCCCTTTGAGGTCTCCTCTGTCAGTCAACGAGATCATCTATGCTCTGCCC 1281
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 CTGATTGGACTCCCTCTGAAGTCTCCTCTGTCAGTGAACGAGATCATCTATGCTCTGCCC 1131
Query 1282 ATGTTGACCATTCTGACCAACAAAGGTACTGGCATTGTCACCA 1324
|||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1132 ATGTCAACGATTCTAACCAACAAAGGTACTGGTATCGTCACCA 1174
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 183510677494
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5