BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471128
Length=3464
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G10130.1 | Symbols: ECA3, ATECA3 | endoplasmic reticulum-typ... 5666 0.0
> AT1G10130.1 | Symbols: ECA3, ATECA3 | endoplasmic reticulum-type
calcium-transporting ATPase 3 | chr1:3310930-3322213 FORWARD
LENGTH=3478
Length=3478
Score = 5666 bits (3068), Expect = 0.0
Identities = 3357/3490 (96%), Gaps = 45/3490 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGCCTACCCGCTAATTCATCTAAAAGTGTTTCTCAGCAGCAGCACTTGACTTTCACTT 60
||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2 GAAGCCTACCCGCTAATTCATGT-AAAGTGTATCT------CAGCACTTGACTTTCA-GT 53
Query 61 C-CAGCGATC-G-GACGGAGAAGCTCATGAAAGCTGCTGCTGGCGTTACAAGTTGTCATC 117
| |||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 54 CTCAGCGATCGGAGACGGAGAAGCTCATGGAA---GCTGCTGGCGTTACAAGTTCTCATC 110
Query 118 TTCTCTAGTCTTTTCCATTTCACCTCATTTTCGTCGGCGACCC-AATCGACGTTTTGGGA 176
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 111 TTCTCTAGTCTTTTACATTTCACCTCCCTTTCGTCGGCGACCCAAATCCACGTTTTGGGA 170
Query 177 ATTTCTCCCCCAAAATCAGACACCCTAGG-TTTCTCCAACATGGAAGACGCCTATGCCAG 235
||| ||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 171 ATTCCTCCCTAAAAATCAGAAACCCTTGGCTTT-TCCAACATGGAAGACGCCTACGCCAG 229
Query 236 ATCTGTCTCTGAGGTCCTTGATTTCTTTGGGGTAGACCCAACAAAGGGTCTTTCCGATTC 295
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 230 ATCTGTCTCAGAGGTGCTTGATTTCTTTGGGGTAGACCCAACAAAGGGTCTTTCTGATTC 289
Query 296 TCAGGTTGTTCATCATTCTAGGCTTTATGGCAGG-A---A-----T-----G----GAAC 337
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | | | ||||
Sbjct 290 TCAGGTTGTTCATCATTCCAGGCTTTATGGCAGGAATGTACTGCCTGAAGAGAAAAGAAC 349
Query 338 TCCATTCTGGAAACTGGTTCTGAAACAATTCGATGATTTACTTGTCAAGATATTGATTGT 397
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 GCCATTCTGGAAACTGGTTCTGAAACAGTTTGATGATTTACTTGTCAAGATATTGATTGT 409
Query 398 GGCTGCAATTGTTTCTTTCGTATTGGCTTTGGCTAATGGAGAGACTGGTTTAACAGCATT 457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 GGCTGCAATTGTTTCTTTCGTATTGGCTTTGGCTAATGGAGAGACTGGTTTAACAGCATT 469
Query 458 TCTGGAGCCTTTTGTAATTCTGCTGATATTGGCTGCAAATGCGGCAGTGGGGGTGATCAC 517
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 TCTGGAGCCTTTTGTCATTCTGCTGATATTGGCTGCAAATGCGGCAGTGGGGGTGATCAC 529
Query 518 GGAGACTAATGCTGAGAAGGCTCTTGAGGAGCTACGCGCCTACCAAGCAAATATAGCTAC 577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 GGAGACTAATGCTGAGAAGGCTCTTGAGGAGCTACGTGCCTACCAAGCAAATATAGCTAC 589
Query 578 AGTGTTGCGAAATGGGTGCTTCTCTATCCTACCAGCAACAGAGCTGGTTCCAGGCGACAT 637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 AGTGTTGCGAAATGGGTGCTTCTCTATCCTACCAGCAACAGAGCTGGTTCCAGGCGACAT 649
Query 638 TGTTGAAGTTACTGTGGGATGTAAGATTCCAGCTGACCTGAGGATGATTGAGATGTCTAG 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 TGTTGAAGTTACTGTGGGATGTAAGATTCCAGCTGACCTGAGGATGATTGAGATGTCTAG 709
Query 698 CAATACGTTTCGAGTTGATCAAGCCATTCTAACTGGTGAAAGCTGCTCCGTGGAAAAAGA 757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 710 CAATACGTTTCGAGTTGATCAAGCCATTCTAACTGGTGAAAGCTGTTCCGTGGAAAAAGA 769
Query 758 TGTTGACTGTACTTTAACAACAAATGCTGTCTACCAAGACAAGAAAAATATTTTATTTTC 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 TGTTGACTGTACTTTAACAACAAATGCTGTCTACCAAGACAAGAAAAATATTTTATTTTC 829
Query 818 GGGAACTGATGTGGTCGCGGGTAGGGGGAGGGCTGTTGTCATTGGAGTTGGTTCAAACAC 877
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 GGGAACTGATGTGGTCGCGGGTAGGGGAAGGGCTGTTGTCATTGGAGTTGGTTCAAACAC 889
Query 878 CGCGATGGGTAGCATACACGATTCTATGTTGCAGACAGATGATGAGGCAACTCCATTGAA 937
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 CGCAATGGGTAGCATACACGATTCTATGTTGCAGACAGATGATGAGGCAACTCCATTGAA 949
Query 938 AAAGAAGCTGGACGAGTTTGGCAGCTTTTTGGCTAAGGTTATTGCGGGGATTTGTGTACT 997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 950 AAAGAAGCTGGACGAGTTTGGCAGCTTTTTGGCTAAGGTAATTGCGGGTATTTGTGTACT 1009
Query 998 TGTGTGGGTTGTCAACATTGGTCACTTCAGTGACCCTTCTCATGGTGGATTTTTTAAAGG 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 TGTGTGGGTTGTCAACATTGGTCACTTCAGTGACCCTTCTCATGGTGGATTTTTTAAAGG 1069
Query 1058 CGCAATTCACTATTTTAAGATTGCAGTTGCCCTTGCTGTTGCAGCTATTCCTGAAGGACT 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 CGCAATTCACTATTTTAAGATTGCAGTTGCCCTTGCTGTTGCAGCTATTCCTGAAGGACT 1129
Query 1118 TCCTGCTGTCGTTACAACGTGTTTAGCTCTTGGAACAAAGAAAATGGCTCGTTTGAATGC 1177
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TCCTGCTGTCGTGACAACGTGTTTAGCTCTTGGAACAAAGAAAATGGCTCGTTTGAATGC 1189
Query 1178 TATTGTACGGTCATTGCCATCTGTAGAGACGCTTGGGTGCACCACTGTAATTTGCAGTGA 1237
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1190 TATTGTACGGTCATTACCATCTGTCGAGACGCTTGGGTGCACTACTGTAATTTGCAGTGA 1249
Query 1238 CAAGACTGGAACATTGACAACCAATATGATGTCGGTGTCTAAGATATGTGTAGTCCAATC 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 CAAGACTGGAACATTGACAACCAATATGATGTCGGTGTCTAAGATATGTGTAGTCCAATC 1309
Query 1298 TGCAGAGCATGGTCCTATGATTAATGAATTCACTGTTAGTGGGACAACTTATGCACCAGA 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 TGCAGAGCATGGTCCTATGATTAATGAATTCACTGTTAGTGGGACAACTTATGCACCAGA 1369
Query 1358 AGGTACCGTCTTTGACAGCAATGGGCTGCAGCTTGATTTACCTGCTCAGTCACCTTGCCT 1417
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 AGGTACCGTCTTTGACAGCAATGGGATGCAGCTTGACTTACCTGCTCAGTCACCTTGCCT 1429
Query 1418 TCATCATTTAGCAATGTGTTCATCACTCTGCAATGACTCCATCTTGCAATACAATCCAGA 1477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 TCATCATTTAGCAATGTGTTCATCACTCTGCAATGACTCCATCTTGCAATACAATCCAGA 1489
Query 1478 TAAAGATTCTTATGAAAAAATTGGAGAGTCGACTGAAGTTGCTCTTCGAGTTCTGGCAGA 1537
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1490 TAAGGATTCTTATGAAAAAATTGGAGAGTCAACTGAAGTTGCTCTTCGAGTTCTTGCAGA 1549
Query 1538 AAAGGTTGGGCTCCCTGGTTTTGATTCAATGCCTTCTGCTCTAAACATGCTGAGCAAGCA 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1550 AAAGGTTGGGCTCCCTGGTTTTGATTCAATGCCTTCTGCTCTAAACATGTTGAGCAAGCA 1609
Query 1598 TGAACGTGCATCATATTGCAACCATTATTGGGAAAACCAATTCAAAAAGGTTTATGTTTT 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 TGAACGTGCATCATATTGCAACCATTATTGGGAAAACCAATTCAAAAAGGTTTATGTTTT 1669
Query 1658 GGAGTTTACCCGTGATCGCAAAATGATGAGCGTCCTATGTAGCCATAAGCAAATGGATGT 1717
||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 GGAGTTTACTCGTGACCGAAAAATGATGAGCGTCCTATGTAGCCATAAGCAAATGGATGT 1729
Query 1718 AATGTTCTCAAAGGGTGCTCCAGAGAGTATAATAGCTAGGTGTACTAAAATTCTTTGCAA 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1730 TATGTTCTCAAAGGGTGCTCCAGAGAGTATAATAGCTAGGTGTAATAAAATTCTCTGCAA 1789
Query 1778 CGGTGATGGTTCTGTTATTCCTCTAACTGCTGCAGCCCGTGCAGAGCTTGAGTCAAGGTT 1837
|||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1790 CGGTGATGGTTCTGTTGTTCCTCTAACTGCTGCTGGCCGTGCAGAGCTTGAGTCGAGGTT 1849
Query 1838 CCACAGTTTTGGCGATGAAACATTGAGATGCTTAGCATTAGCATTTAAAACCGTGCCCCA 1897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1850 TTACAGTTTTGGCGATGAAACATTGAGATGCTTAGCATTAGCATTTAAGACCGTGCCCCA 1909
Query 1898 CGGTCAACAAACTATTTCCTATGATAATGAGAACGACCTGACGTTTATTGGGTTGGTGGG 1957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 CGGTCAACAAACTATTTCCTATGATAATGAGAACGACCTGACGTTTATTGGGTTGGTGGG 1969
Query 1958 AATGCTTGATCCACCAAGAGAAGAAGTGAGAGATGCTATGCTTGCGTGTATGACTGCTGG 2017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 AATGCTTGATCCACCAAGAGAAGAAGTGAGAGATGCTATGCTTGCGTGTATGACTGCTGG 2029
Query 2018 GATACGTGTTATAGTTGTTACTGGGGATAACAAGTCCACAGCAGAGTCACTATGTAGAAA 2077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 GATACGTGTTATAGTTGTTACTGGGGATAACAAGTCCACAGCAGAGTCACTATGTAGAAA 2089
Query 2078 AATAGGGGCTTTTGACAATCTGGTAGACTTTTCTGGTATGTCCTACACCGCTTCTGAATT 2137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 AATAGGGGCTTTTGACAATCTGGTAGACTTTTCTGGTATGTCCTACACCGCTTCTGAATT 2149
Query 2138 TGAACGGCTTCCAGCGGTGCAGCAAACTCTAGCACTGCGACGGATGACACTTTTTTCCAG 2197
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TGAACGGCTTCCAGCAGTGCAGCAAACTCTAGCATTGCGACGGATGACACTTTTTTCCAG 2209
Query 2198 GGTTGAACCTTCCCACAAAAGGATGCTTGTTGAAGCCCTACAGAACCAAAACGAAGTGGT 2257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2210 GGTTGAACCTTCCCACAAAAGGATGCTTGTTGAAGCCCTACAGAAACAAAACGAAGTGGT 2269
Query 2258 GGCAATGACTGGTGATGGCGTCAATGATGCCCCTGCATTGAAGAAAGCTGACATTGGGAT 2317
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 GGCAATGACTGGTGATGGCGTTAATGATGCCCCTGCATTGAAGAAAGCTGACATTGGGAT 2329
Query 2318 TGCCATGGGTTCTGGAACAGCTGTAGCAAAGAGTGCTTCAGATATGGTTTTGGCTGATGA 2377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 TGCCATGGGTTCTGGAACAGCTGTAGCAAAGAGTGCTTCAGATATGGTTTTGGCTGATGA 2389
Query 2378 TAATTTTGCTTCAATTGTTGCGGCTGTTGCAGAAGGAAGGGCTATATATAATAACACAAA 2437
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 TAATTTTGCTTCAATAGTTGCGGCTGTTGCAGAAGGAAGGGCTATATATAATAACACAAA 2449
Query 2438 GCAATTCATTAGATACATGATCTCATCAAATATAGGGGAAGTGGTCTGTATTTTTGTTGC 2497
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2450 GCAATTCATTAGATACATGATTTCTTCAAATATAGGGGAAGTGGTCTGTATATTTGTTGC 2509
Query 2498 AGCTGTACTGGGAATCCCTGATACCCTGGCACCTGTTCAACTTCTGTGGGTCAATTTGGT 2557
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 AGCTGTACTGGGAATCCCTGATACCTTGGCACCTGTTCAACTTCTGTGGGTCAATTTGGT 2569
Query 2558 AACAGATGGATTGCCTGCCACTGCCATTGGCTTTAATAAACAAGATTCCGATGTTATGAA 2617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 AACAGATGGATTGCCTGCCACTGCCATTGGCTTTAATAAACAAGATTCCGATGTTATGAA 2629
Query 2618 GGCAAAACCCCGAAAGGTTGGTGAAGCAGTGGTCACTGGGTGGTTATTCTTCCGCTACTT 2677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2630 GGCAAAACCCCGAAAGGTTGGTGAAGCAGTGGTCACTGGGTGGTTATTCTTCCGCTATTT 2689
Query 2678 GGTTATCGGAGTTTATGTCGGCCTGGCAACTGTTGCTGGCTTTATATGGTGGTTTGTTTA 2737
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 GGTTATCGGAGTTTATGTCGGCCTGGCCACTGTTGCTGGCTTTATATGGTGGTTTGTTTA 2749
Query 2738 CTCTGATGGTGGCCCTAAACTTACTTACAGTGAACTGATGAACTTTGAAACGTGCGCACT 2797
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2750 CTCTGATGGTGGTCCTAAACTTACTTACAGTGAACTGATGAACTTTGAAACTTGCGCACT 2809
Query 2798 TAGAGAGACAACTTATCCCTGCAGCATATTTGAGGATAGGCACCCATCTACTGTGGCTAT 2857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810 TAGAGAGACAACTTATCCCTGCAGCATATTTGAGGATCGGCACCCATCTACTGTGGCTAT 2869
Query 2858 GACAGTACTTGTTGTTGTCGAGATGTTTAATGCTCTAAATAACCTCAGCGAAAATCAATC 2917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 GACAGTACTTGTTGTTGTCGAGATGTTTAATGCTCTAAATAACCTCAGCGAAAATCAATC 2929
Query 2918 TCTTCTGGTTATAACCCCAAGGAGTAACTTATGGCTTGTTGGTTCAATTATTCTGACAAT 2977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2930 CCTTCTGGTTATAACCCCAAGGAGTAACTTATGGCTTGTTGGTTCAATTATCCTGACGAT 2989
Query 2978 GCTTCTGCACGTGCTAATATTATATGTTCATCCACTGGCAGTCTTATTTTCTGTGACGCC 3037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2990 GCTTCTGCACGTGCTAATATTATATGTTCATCCACTGGCAGTCTTATTTTCTGTCACGCC 3049
Query 3038 ATTATCCTGGGCCGAGTGGACTGCTGTTCTGTATCTTTCGTTTCCAGTTATCATCATCGA 3097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3050 ATTATCCTGGGCCGAGTGGACTGCTGTTCTGTATCTTTCGTTTCCAGTTATCATCATCGA 3109
Query 3098 TGAGCTTCTGAAGTTCCTCTCTAGAAATACAGGGATGAGATTCAGGTTCAGATTGAGGAA 3157
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3110 TGAGCTTCTGAAGTTCCTCTCTAGAAATACAGGCATGAGATTCAGGTTCAGATTGAGGAA 3169
Query 3158 GGCTGATTTGCTCCCCAAGGACCGGCGAGACAAGTAGGATAAGAAAACAAGAGATGGCTT 3217
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3170 GGCTGATTTACTCCCCAAGGACCGGCGTGACAAGTAGGATAAGAAAGCAAGAGATGGCTT 3229
Query 3218 TTTCGTCATACAGAGtttttttG-GGAT-TATAGATACAACAACACACAGAGAAGGGAAT 3275
|||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3230 TTTCGTCATACAGATTTTTTTTTTGGCTATATAGATACAACAGCACACAGAGAAGGGAAC 3289
Query 3276 CTTGGGAGATTCTAATG-CAATCCAAAAAGCCCCAAACACCATAAACCATAAAACTCTTT 3334
|||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 CTTGGGAGATTCTAATTTCAATCCAAAAAGCCCCCAACACCATAAACCATAAAACTCTTT 3349
Query 3335 CGCTTTTGATTGTACCAAATTTCACTGTATGCTTACATCAAATCAATGACTACTGCTCTG 3394
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3350 CGCTTTTGATTGTACCAAATTTCACTGTATTCTTACATCAAATCAATGACTAGTGCTCTT 3409
Query 3395 TGTCATTCTCTGTACCAAAGTGAATCGGAAGTTCTAACATTTACAACTTATAATGTGATT 3454
||| | | || | || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3410 TGTG-T-CA-TG--C-AA-GTGAATCGGAAATTCTAACATTTACAACTTAAAATGTGATT 3462
Query 3455 CGCAGATTAT 3464
||||||||||
Sbjct 3463 CGCAGATTAT 3472
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 172423783091
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5