BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471132
Length=3644
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G10170.1 | Symbols: ATNFXL1, NFXL1 | NF-X-like 1 | chr1:3333... 5441 0.0
> AT1G10170.1 | Symbols: ATNFXL1, NFXL1 | NF-X-like 1 | chr1:3333595-3337491
REVERSE LENGTH=3897
Length=3897
Score = 5441 bits (2946), Expect = 0.0
Identities = 3271/3429 (95%), Gaps = 18/3429 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 194 CCT-ATAACCACCACCAAAGGAGTAATAACAACATTGGTCCACCTCCACCTAATCGACAT 252
||| ||||||| || ||||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 361 CCTGATAACCAGCATCAAAGGAGTGAT---AACAGTGGTCCACCTCAACCTTATCGACAT 417
Query 253 AGAAGAAATAATGCGCCTGATAACCACCACCAAAGGATTGATAACAACCTTGGTCCACCT 312
|||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||
Sbjct 418 AGAAGAAATAATGCTCCTGAGAACCAGCACCAAAGGAGTGATAAC-A--TTGGTCCACCT 474
Query 313 CCACCTAATCGTCAAAGAAGGAATAATGCTTCTGGAACTCTGCCTGATAATCGCCAAAGA 372
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 475 CCACCTAATCGACAAAGAAGGAATAATGCTTCTGGAACTCTGCCAGATAATCGCCAAAGA 534
Query 373 GTTGCATCTAGGACACGGCCTGTGAATCAGGGGAAAAGGGTAGCTAAGGAGGAGAATATT 432
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 535 GTTGCATCTAGGACGCGGCCTGTGAATCAGGGGAAAAGGGTAGCGAAGGAGGAGAATGTT 594
Query 433 GTGTCGACAGACCCAAACTTGCCTCAACTTGTTCAAGAGTTACAGGAGAAGCTGGTGAAG 492
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 595 GTGTTGACAGACCCAAACTTGCCTCAACTTGTTCAAGAGTTACAGGAGAAGCTTGTCAAG 654
Query 493 AGCTCTATTGAGTGTATGATTTGTTATGACAAGGTTGGTCGCTCTGCCAATATCTGGTCA 552
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 655 AGTTCTATTGAGTGTATGATTTGTTATGACAAGGTTGGGAGGTCTGCCAATATCTGGTCA 714
Query 553 TGCTCCAGCTGTTATTCCATCTTCCATATCAACTGTATCAAGAGGTGGGCTCGAGCACCA 612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TGCTCCAGCTGTTATTCCATCTTCCATATCAACTGTATCAAGAGGTGGGCTCGAGCACCA 774
Query 613 ACTTCAATTGATTTGCTAGCTGAGAAAAATCAAGGTGATAACTGGAGATGTCCAGGTTGC 672
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 ACTTCAGTTGATTTGCTAGCTGAGAAAAACCAAGGTGATAACTGGAGATGTCCAGGTTGC 834
Query 673 CAATCTGTACAGTTGACATCTTCTAAAGAGATTTGCTATCAGTGCTTTTGTGGAAAGAGA 732
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 835 CAATCTGTACAGTTGACATCATCTAAAGAGATTTCCTATCGGTGCTTTTGTGGAAAGAGA 894
Query 733 AGAGATCCACCGTCTGATCCTTATCTCACTCCACACTCATGTGGGGAACCATGCGGGAAA 792
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 895 AGAGATCCACCGTCTGACCCATATCTCACTCCACACTCATGCGGGGAACCATGTGGGAAA 954
Query 793 CCGCTGGAGAAAGAGCTTGCAGCAGCTGGGACGACTAAAGAGGATCTTTGTCCTCATGCA 852
||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 955 CCGCTGGAGAAAGAGTTTGCACCTGCTGAGACGACTGAAGAGGATCTTTGTCCTCATGTA 1014
Query 853 TGTGTGTTGCAGTGTCATCCTGGTCCATGTCCTCCCTGTAAGGCGTTTGCTCCACCTCGT 912
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1015 TGTGTTTTGCAGTGTCATCCTGGTCCATGTCCTCCCTGTAAAGCCTTTGCTCCACCTCGT 1074
Query 913 AGCTGTCCTTGTGGTAAGAAGATGTTTACTACTAGATGCTCCGAGCGGAGATCTGATCTT 972
|||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 AGCTGTCCTTGTGGGAAAAAGATGGTTACTACTAGATGCTCCGAGCGGAGATCTGATCTT 1134
Query 973 ATTTGTGGGCAGCGTTGCGATAAGCTTCTCAATTGCGGGCGTCATCAATGTGAAAGGACA 1032
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GTTTGTGGGCAGCGTTGCGATAAGCTTCTTAGTTGCGGGCGTCATCAATGTGAAAGGACA 1194
Query 1033 TGTCATGTTGGCCCTTGTGATCCTTGTCAGGTACTGGTTAATGCCACATGTTTCTGCAAG 1092
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TGTCATGTTGGCCCTTGTGATCCTTGTCAGGTACTGGTAAATGCCACATGTTTCTGCAAG 1254
Query 1093 AAAAAAGTGGAGACTGTCATTTGCGGTGATATGAATGTGAAGGGGGAATTGAAAGCAGAA 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AAAAAAGTGGAGACTGTCATTTGCGGTGATATGAATGTGAAGGGGGAATTGAAAGCAGAA 1314
Query 1153 GATGGTGTGTATTCGTGCAGTTTTAACTGTGGGAAGCCTCTTGGATGTGGTAATCATTTC 1212
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GATGGTGTCTATTCATGCAGTTTTAACTGTGGGAAGCCTCTTGGATGTGGTAATCATTTC 1374
Query 1213 TGTTCCGAGGTCTGCCATCCAGGACCTTGCGGAGACTGCGACTTACTGCCCAGTAGAGTT 1272
||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TGTTCCGAGGTATGCCATCCTGGACCTTGCGGGGACTGTGACTTACTGCCCAGTAGAGTT 1434
Query 1273 AAGACATGCTATTGTGGGAAAACACGTTTAGAAGAACAGATCAGGCGGAGTTGCTTGGAC 1332
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1435 AAGACATGCTATTGTGGGAATACGCGTTTAGAAGAACAGATCAGGCAGAGTTGCTTGGAC 1494
Query 1333 CCAATTCCTTCTTGTTCAAATGTATGTAGGAAGCTTCTTCCTTGTAGGTTACATACTTGC 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CCAATTCCTTCTTGTTCAAATGTATGTAGGAAGCTTCTTCCTTGTAGGTTACATACTTGC 1554
Query 1393 AATGAGATGTGCCATGCAGGTGATTGCCCGCCTTGTTTGGTCCAAGTTAACCAGAAATGC 1452
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AATGAGATGTGCCATGCAGGTGATTGCCCGCCTTGTTTAGTCCAAGTTAACCAGAAATGC 1614
Query 1453 CGGTGTGGGTCAACATCCAGGGCTGTGGAATGCTACATAACAACTTCATCAGAGACAGAG 1512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1615 CGGTGTGGGTCAACATCCAGGGCTGTGGAATGCTACATAACAACTTCCTCAGAGGCAGAG 1674
Query 1513 AAGTTTGTGTGCGCTAAGCCATGTGGACGTAAGAAGAACTGTGGGAGACATAGATGTAGC 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AAGTTTGTGTGCGCTAAGCCATGTGGACGTAAGAAGAACTGTGGGAGACATAGATGTAGC 1734
Query 1573 GAGCGTTGCTGCCCTCTCTTGAACGGGAAGAAAAATGATCTATCTGGCGATTGGGACCCA 1632
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GAGCGTTGCTGCCCTCTCTTGAACGGGAAGAAGAATGATTTATCTGGCGATTGGGACCCA 1794
Query 1633 CACGTCTGCCAAATACCTTGTCAGAAGAAGCTGAGGTGCGGGCAGCATTCCTGTGAATCT 1692
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 CATGTCTGCCAAATACCTTGTCAGAAGAAGCTAAGGTGTGGGCAGCATTCCTGTGAATCT 1854
Query 1693 TTATGTCACAGTGGACATTGCCCTCCTTGTCTAGAGATGATCTTCACTGATCTTACATGT 1752
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TTATGTCACAGTGGACATTGCCCTCCTTGTCTCGAGATGATCTTCACTGATCTTACATGT 1914
Query 1753 GCTTGTGGAAGAACTTCGATTCCTCCACCACTACCATGTGGGACACCTGTTCCTAGCTGT 1812
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GCTTGTGGAAGAACTTCGATTCCTCCTCCACTATCATGTGGGACACCTGTTCCTAGCTGT 1974
Query 1813 CAGCTTCCATGCTCC-ATTCCTCAGCCTTGTGGCCATTCTGATACGCATGGATGCCATTT 1871
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 CAGCTTCCATGC-CCGATTCCTCAGCCTTGTGGCCATTCTGATACGCATGGATGCCATTT 2033
Query 1872 TGGAGATTGTCCTCCTTGTTCTGCCCCTGTGGAAAAGAAGTGCGTTGGTGGTCATGTGGT 1931
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 TGGAGATTGTCCTCCTTGTTCTACCCCTGTGGAAAAGAAGTGCGTTGGTGGTCATGTGGT 2093
Query 1932 TCTCAGAAACATACCTTGTGGGTTGAAAGACATTAGATGTAACAAGATTTGTGGAAAGAC 1991
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2094 TCTCAGAAACATACCCTGTGGGTTGAAAGACATTAGATGTACCAAGATTTGTGGAAAGAC 2153
Query 1992 GAGACGTTGTGGCATGCATGCTTGTGCCAGAACTTGTCACCCTGAGCCTTGTGACAGCTT 2051
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2154 GAGGCGTTGTGGCATGCATGCTTGTGCCAGAACTTGTCACCCGGAGCCTTGTGACAGCTT 2213
Query 2052 CAATGAATCTGAAGCAGGTATGCGTGTTACGTGTAGACAGAAGTGTGGTGCTCCTAGAAG 2111
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2214 CAATGAATCTGAAGCAGGTATGCGTGTTACGTGTAGACAGAAATGTGGTGCTCCTAGAAC 2273
Query 2112 AGATTGCAGACACACTTGTGCAGCGCTCTGCCATCCTTCCGCGCCTTGCCCTGACCTAAG 2171
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 AGATTGCAGACACACTTGTGCAGCACTCTGCCATCCTTCTGCGCCTTGCCCTGACCTAAG 2333
Query 2172 CTGTGAATTTTCAGTCACAATTACTTGTTCATGTGGTCGCATAACCGCTACGGTTCCTTG 2231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2334 ATGTGAATTTTCAGTCACAATTACTTGTTCATGTGGTCGTATAACCGCTACGGTCCCTTG 2393
Query 2232 TGATGCTGGAGGAAGAAGTGCCAACGGTTCTAATGTTTACTCTGCGGCCTATGATGAAGC 2291
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2394 TGATGCTGGGGGAAGAAGTGCCAACGGTTCTAATGTTTACTGTGCGGCCTATGATGAAGC 2453
Query 2292 CTCTGTTTTACAGAAGCTTCCAGCCCCACTTCAGCCTGTTGAGTCGAGCGGAAACCGAAT 2351
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2454 CTCTGTTTTACAGAAGCTTCCAGCTCCACTTCAGCCTGTTGAATCGAGCGGAAACCGTAT 2513
Query 2352 CCCTCTCGGACAGAGAAAGCTTTCGTGTGATGATGAGTGTGCGAAGCTGGAGCGTAAGCG 2411
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 CCCCCTCGGGCAGAGAAAGCTTTCGTGTGATGATGAGTGTGCGAAGCTGGAGCGTAAGCG 2573
Query 2412 GGTTCTTCAAGATGCATTTGATATCACTCCCCCAAATCTGGAGGCATTACATTTCAGCGA 2471
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 GGTTCTTCAAGATGCATTTGATATAACTCCCCCAAATCTGGAGGCATTACATTTCAGCGA 2633
Query 2472 GAATTCTGCTATGACAGAGATTATTTCAGACCTTTATAGGCGTGATCCAAAGTGGGTACT 2531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 GAATTCTGCTATGACAGAGATTATTTCAGACCTTTATAGGCGTGATCCAAAGTGGGTACT 2693
Query 2532 GGCTGTTGAAGAGCGCTGCAAGTTCTTGGTACTTGGGAAAGCAAGAGGAAGCACAAGTGC 2591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 GGCTGTTGAAGAGCGCTGCAAGTTCTTGGTACTTGGGAAAGCAAGAGGAAGCACAAGTGC 2753
Query 2592 CCTTAAGGTCCATGTCTTCTGCCCTATGCAGAAGGATAAACGAGACACGGTTCGGCTTAT 2651
||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2754 CCTTAAGGTCCATATCTTCTGCCCGATGCAGAAGGATAAACGAGACACGGTTCGACTTAT 2813
Query 2652 AGCTGAGAGGTGGAAACTTGGTGTTAGCAATGCAGGGTGGGAGCCAAAACGGTTTACAGT 2711
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 AGCTGAGAGGTGGAAACTTGGTGTTAGCAACGCAGGGTGGGAGCCAAAACGGTTTACAGT 2873
Query 2712 GGTTCACGTAACACCGAAATCGAAACCGCCAACACGGATCATTGGAGCTAGGGGTGGTGC 2771
||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2874 GGTTCACGTAACAGCAAAATCGAAACCGCCAACAAGGATCATTGGAGCTAGGGGTGGTGC 2933
Query 2772 TATCTCGATAGGAGGGCCACACCCACCATTCTTTGATCCGCTGGTGGATATGGATCCGGG 2831
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2934 TATCTCGATAGGAGGGCCACACCCACCGTTCTATGATTCGCTGGTGGATATGGATCCTGG 2993
Query 2832 ACTTGTGGTTTCTTTACTGGATCTTCCGAGAGAGGCGAATATCAGCGCCTTGGTACTGAG 2891
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 ACTTGTGGTTTCTTTTCTGGATCTTCCGAGAGAGGCGAATATCAGCGCCTTGGTACTGAG 3053
Query 2892 ATTTGGGGGTGAATGTGAGCTTGTTTGGCTGAATGACAAGAATGCTTTAGCCGTGTTCCA 2951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3054 ATTTGGGGGTGAATGTGAGCTTGTTTGGCTGAATGACAAGAATGCTTTAGCGGTGTTCCA 3113
Query 2952 CGACCATGCCCGAGCTGCCACTGCCATGAGGAGGCTTGAGCACGGTTCAGTATACCATGG 3011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3114 CGACCATGCCCGAGCTGCCACTGCCATGAGGAGGCTTGAGCACGGTTCAGTATATCATGG 3173
Query 3012 AGCTGTGGTTGTGCAGAACGACGGGCAATCTCCATCACTTAATAATGCATGGGGAAAATT 3071
|||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3174 AGCTGTGGTTGTCCAGAGCGGCGGGCAATCTCCATCACTTAATAATGTATGGGGAAAATT 3233
Query 3072 ACCTGGCGGATCGGCATGGGATGTTCACAAAGGAAATCCATGGAGGAAAGCTGTGATTCA 3131
||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3234 ACCTGGCAGCTCGGCGTGGGATGTTGACAAAGGAAATCCATGGAGGAGAGCTGTGATTCA 3293
Query 3132 GGAGAGTGATGACTCCTGGGGAGCTGAAGATTCGCCCATTGGAGGATCATCTACAGATGT 3191
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3294 GGAGAGTGATGACTCCTGGGGAGCTGAAGATTCCCCCATTGGAGGATCATCTACAGATGC 3353
Query 3192 TCAAGCCTCTGCACAGAGATCAGCAAAGAGCAA-TACTCCAATCGTTACCTCGGTTAACC 3250
|||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3354 TCAAGCCTCTGCGCTGAGATCAGCAAAGAGCAACT-CTCCAATTGTTACCTCGGTTAACC 3412
Query 3251 GTTGGAGTGTTTTGGAGCCCGAGAAGGCCAGCACATCCACTTTAGAGCCACTTGCTCAGA 3310
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 3413 GTTGGAGTGTTTTAGAGCCCAAGAAGGCCAGCACATCCACTTTGGAGCCAATTGCTCAGA 3472
Query 3311 TAGAAGAGAGCAGCAGTTCAAAAACTACCGGTAAACAACCGGTGGAAGGCTCTGGTGAAG 3370
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3473 TAGAAGAGAGCAGTAGTTCAAAAACTACCGGTAAACAACCGGTGGAAGGCTCCGGTGAAG 3532
Query 3371 AAGTGGTGGATGACTGGGAGAAGGTATGTGAGTGAGAGCAGATGCCAAACAACTGTGATT 3430
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||
Sbjct 3533 AAGTGGTGGATGACTGGGAGAAGGTATGTGAGTGAGAGCATATACCCAACGACTGTGATT 3592
Query 3431 GGTTTTCAACTTCTTTGTGATGTATGAAAAAGGCAGATTGTTGAGACGTATATAACGGAG 3490
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 3593 GGTTTTCAACTTCTTTGTGATGTATGAAAACGGCAGATTGTTCAGACGTATATAATGGAG 3652
Query 3491 AATGTATGCGTCATGCGTGTGCGAATGCTGTGATGAGTCCATTTCAGAGCTTAGGTGATA 3550
| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3653 ACTGTATGCGTG-TGCGT-----A-TGCTGTGATGAGTCCATTTCAAAGCTTAGGTGATA 3705
Query 3551 GCCAACGAAGTGCCGTTTTTGTTTTGGCATCTATGACGTTTGCTTCGTTTATTTATATAT 3610
|||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||||||||| ||
Sbjct 3706 GCCAACGACGTGCCGTTTTTGTTTTGGCATCTTTGGCGTGCGTTTGGTTTATTTATGTAG 3765
Query 3611 TAACTAAAA 3619
|||||||||
Sbjct 3766 TAACTAAAA 3774
Score = 375 bits (203), Expect = 1e-102
Identities = 317/366 (87%), Gaps = 32/366 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCTTTCAAGTCAGGAGAGATAGGACCGATGATAGG--TC-TCGATTCAACCCTCAG 57
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||||
Sbjct 1 ATGAGCTTTCAAGTCAGGCGAGATAGGAGCGATGATAGGTCTCATCGATTCAATCATCAG 60
Query 58 CAAACGTGGATTCCTAGAAACGCATCTACCTCGAGCGTGGTGGTAAATGAGCCTTTGCTT 117
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAAACGTGGATTCCTAGAAACTCATCTACCTCGAGCGTGGTGGTAAATGAGCCTTTGCTT 120
Query 118 CCTCC---T--A-AT-GAAA----G----CCTTGA---T-G--CTGCATCCCGTCCTCTT 156
||||| | | || |||| | |||||| | | |||||||||||||| ||
Sbjct 121 CCTCCTAATACAGATAGAAATTCTGAAACCCTTGATGCTGGTTCTGCATCCCGTCCTGTT 180
Query 157 TATCTGCAAAGGCAGCATAACGCTTCTGGTCCTCCGCCCTATAACCACCACCAAAGGAGT 216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TATCTGCAAAGGCAGCATAACGCTTCTGGTCCTCCGTCCTATAACCACCACCAAAGGAGT 240
Query 217 AATAACAACATTGGTCCACCTCCACCTAATCGACATAGAAGAAATAATGCGCCTGATAAC 276
| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 AGTAACA---TTGGTCCACCTCCACCTAATCAACATAGAAGATATAATGCGCCTGATAAC 297
Query 277 CACCACCAAAGGATTGATAACAACCTTGGTCCACCTCCACCTAATCGTCAAAGAAGGA-A 335
|| || ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||| | |
Sbjct 298 CAGCATCAAAGGAGTGATAACA---TTGGTCCACCTCAACCTAATCAACATAGAAG-ATA 353
Query 336 TAATGC 341
||||||
Sbjct 354 TAATGC 359
Score = 84.2 bits (45), Expect = 8e-15
Identities = 61/68 (90%), Gaps = 3/68 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 199 AACCACCACCAAAGGAGTAATAACAACATTGGTCCACCTCCACCTAATCGACATAGAAGA 258
||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 439 AACCAGCACCAAAGGAGTGAT---AACATTGGTCCACCTCCACCTAATCGACAAAGAAGG 495
Query 259 AATAATGC 266
||||||||
Sbjct 496 AATAATGC 503
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 181453832831
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5