BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471310
Length=2499
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G11710.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3238 0.0
> AT1G11710.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:3948714-3951359 FORWARD LENGTH=2646
Length=2646
Score = 3238 bits (1753), Expect = 0.0
Identities = 2029/2160 (94%), Gaps = 27/2160 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGCCGTCGCCGTCGCCGGAATTACTCATCGTGGTTT-TCAAACGCTAAGATAGAGGC-CG 58
||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |
Sbjct 9 CGCCGTCGCCGTCACCAGAGTTACTCATCGTGGTTTGTCAAACGCT-AG--CGAGGCTC- 64
Query 59 GTGTATTGGAAGATAATGCCTTCGAATTCTACGTTTAAAAACCTCTGTCTTGATTTAGGG 118
||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 65 ATGTATCGGACGATCATGCCTTCGAATTCTACGTTTAAAGACCTCTGTCTAGATTTAGGG 124
Query 119 TTTTTGCTTCTAGGGTTTATCGTTATCTGA-GTTTTTCCT-TGTACCGTATGTTCGCTCA 176
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||
Sbjct 125 GTTTTGCTTCTAGGGTTTATCGTTATCTGAGGTTTTT-CTGTGTACCGTATGTTCGGTCA 183
Query 177 CGTTTTCTCCAGAAGAACGAGCTTCCTGGTACGTTGCTTTCACGTCGCTAAGAAATTCTC 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 184 CGTTTTCTCCAGAAGAACGAGCTTCCTGGTACGTTGCTTTCACGTTGCTAAGAAATTCTC 243
Query 237 GAATCCTGAGCCGGAAGACATTCTCTTTAGTGCTCTCTGTTTGAATTTAAAACAGAGAAG 296
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 244 GAATCCTGAGCCGGAAGATATTCTCTTTAGTGCTCTCTGTTTGAATTTAAGACAGAGAAG 303
Query 297 ATGGAACACTCTTCATCAATTCTCCTCAAGTCTCACAAATCCGTTGATAAGTCGAGTTCT 356
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 ATGGAACACTCTTCATCAATTCTCCTCGAGTCTCACAAATCCGTTGATAAGTCGAGTTCT 363
Query 357 TCGAC-AGTTTCGAAGCTCGCCGAAGCTAGCTTTAGAATTCTACAATTGGGTTTT-AGAG 414
||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| || |
Sbjct 364 TCG-CGAGTTTCGAAGCTCGCCGAAGTTAGCTCTAGAGTTCTACAATTGGGTTTTAAG-G 421
Query 415 AACAACACTGTGGCTAAGTCCGAGAATCGATTCGAAGCCTCTTGTGTGATGATTCATTTG 474
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 AGTAACACTGTGGCTAAGTCTGAGAATCGATTCGAAGCCTCTTGTGTGATGATTCATTTG 481
Query 475 CTGGTCGATTCGAGAAGATTTGATGATGCTTTATCAATAATGGTGAATTTGATGTCTGTA 534
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 482 CTGGTTGGTTCGAGAAGATTTGATGATGCTTTATCAATAATGGCGAATTTGATGTCTGTA 541
Query 535 GAAGGTGAAAAGTTGAGTCCTTTACATGTTTTGTCGGGTTTGATTCGAAGTTACCAAGCC 594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 GAAGGTGAAAAGTTGAGTCCTTTACATGTTTTGTCGGGTTTGATTCGAAGTTACCAAGCT 601
Query 595 TGTGGTTGGAGTCTTGATGTGTTTGATTCATTGGTTAGAGCTTGTACACAGAATGGTGAT 654
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TGTGGTTCGAGTCCTGATGTGTTTGATTCATTGGTTAGAGCTTGTACACAGAATGGTGAT 661
Query 655 GCTCAAGGAGCTTATGAAGTGATTGAGCAGACGAGAACAGAGGGTTTTTGGGTTTCTGTT 714
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||
Sbjct 662 GCGCAAGGAGCTTATGAAGTGATTGAGCAGACGAGAGCAGAAGGTTTTTGTGTTTCTGTT 721
Query 715 CATGCGTTGAATAATTTTATGGGTTGTTTGTTGAATTTGAATGAGATTGATTGGTTTTGG 774
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 722 CATGCGTTGAATAATTTTATGGGTTGTTTATTGAATGTGAATGAGATTGATAGGTTTTGG 781
Query 775 ATGGTTTACAAGGAAATGGATTCTCTGGGGTATGTTGAGAATGTGAATACTTTTAATCTT 834
| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 782 AAGGTTTACAAGGAAATGGATTCTTTAGGGTATGTTGAGAATGTGAATACATTTAATCTG 841
Query 835 GTTATTTATTCGTTTTGTAAGGAGAATAAGTTGTTTGAAGCGTTATCTGTGTTTTACCGG 894
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 GTTATATATTCGTTTTGTAAGGAGAGTAAGTTGTTTGAAGCGTTATCTGTGTTTTACCGG 901
Query 895 ATGTTGAAATGTGGGGTTTGGCCTAATGTTGTTAGCTTTAATATGATGATTGATGGAGCT 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 ATGTTGAAATGTGGGGTTTGGCCTAATGTTGTTAGCTTTAATATGATGATTGATGGAGCT 961
Query 955 TGTAAGACGGGTGATATGAGATTTGCCTTGCAGCTCTTAGGGAAGATGGGAGTGATGTCG 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 962 TGTAAGACGGGTGATATGAGATTTGCCTTGCAGCTTTTAGGGAAGATGGGAATGATGTCT 1021
Query 1015 GGAAACTTTGTCTCACCTAATGCTGTGACGTACAATTCGGTTATCAATGGGTTTTGCAAG 1074
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1022 GGAAACTTTGTTTCACCTAATGCTGTGACGTACAATTCTGTTATCAACGGGTTTTGCAAG 1081
Query 1075 GCGGGGAGATTGGATTTGGCGGAAAGAATCCGTGGTGAAATGGTTAAATCAGGTGTTGAT 1134
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1082 GCCGGGAGATTGGATTTGGCGGAAAGAATCCGTGGTGACATGGTCAAATCAGGTGTTGAT 1141
Query 1135 TGCAATGAAAGAACCTATGGAGCTTTAGTGGATGCGTATGGTAGAGCTGGAAGCTCAGAT 1194
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TGCAATGAAAGAACCTATGGAGCTTTGGTGGATGCGTATGGTAGAGCTGGAAGCTCAGAT 1201
Query 1195 GAAGCCTTAAGGTTGTGTGATGAGATGACGAGTAAGGGACTTGTGGCCAATACTGTTATC 1254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1202 GAAGCCTTAAGGTTGTGTGATGAGATGACGAGTAAGGGACTTGTGGTAAATACAGTTATC 1261
Query 1255 TATAACTCTATTGTTTATTGGCTGTTTATGGAAGGTGACACT-GAAGGAGCAATGA-TGG 1312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||
Sbjct 1262 TATAACTCTATTGTTTATTGGCTGTTTATGGAAGGTGACA-TAGAAGGAGCTATGTCTG- 1319
Query 1313 TGTTGCGTGAAATGA-TCAG-AAAAAGGATGCAAATTGATGGGTTTACTCAAGCCATTGT 1370
|||||||||| |||| | || ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGTTGCGTGATATGAAT-AGTAAAAAT-ATGCAAATTGATCGATTTACTCAAGCCATTGT 1377
Query 1371 TGTCAGAGGTCTATGCAGAAACGGATATGTAGCGGAAGCTGTTGAGTTTCATAGACAGAT 1430
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1378 TGTCAGAGGTCTATGCAGAAACGGATATGTAAAGGAAGCTGTTGAGTTTCAGAGACAGAT 1437
Query 1431 TTCAGAGAAGAAACTCGTGGAAGATATAGTTTGTCACAACACGCTTATGCACCATTTTGT 1490
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TTCAGAGAAGAAGCTCGTGGAAGATATAGTTTGTCACAACACGCTTATGCACCATTTTGT 1497
Query 1491 AAGGGATAAAAAGCTGGTGTGTGCTGATCAGATTCTAGGGAGTATGTTGGTTCACGGTTT 1550
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1498 AAGGGATAAAAAGCTGGCGTGTGCTGATCAGATTCTAGGGAGTATGTTGGTTCAAGGTTT 1557
Query 1551 -AGGTCTCGATGCGATTTCGTTTGGTACTTTGATTGATGGATACCTAAAGGAAGGGAAGT 1609
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1558 GAG-TCTCGATGCGATTTCGTTTGGTACTTTGATTGATGGATACCTAAAGGAAGGTAAGT 1616
Query 1610 TGGAAAGAGCTATCGATATATACGATGGTATGATCAAGATGAATAAAACGCCGAATCTTG 1669
||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1617 TGGAAAGAGCTCTCGAGATATATGATGGTATGATCAAGATGAATAAAACATCGAATCTTG 1676
Query 1670 TGATTTACAATTCAATTGTGAATGGATTAAGCAAGAGAGGAATGGCTGGTGCGGCTGAAG 1729
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1677 TGATTTACAATTCAATTGTGAATGGATTAAGTAAAAGAGGAATGGCTGGTGCAGCTGAAG 1736
Query 1730 CGGTTGTGAACGCTATGGAAAGCAAGGACACTGTAACTTACAACACGCTGTTGAACGAGT 1789
| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CAGTTGTGAACGCTATGGAAATCAAGGACATTGTAACTTACAACACGCTGTTGAACGAGT 1796
Query 1790 CTCTGAAAATTGGGAATGTCGAAGAAGCTGACAAAATCTTATCTAGAATGCAGAAACAGG 1849
|||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1797 CTCTCAAAACCGGGAATGTCGAAGAAGCTGACGATATCTTATCTAAAATGCAGAAACAGG 1856
Query 1850 ACAGCGAGAAATCGGTTAGTCTGGTGACTTACAACATCT-TGATCAATCACTTATGCAAG 1908
|| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ACGGTGAGAAATCGGTTAGTCTTGTGACTTTCAACAT-TATGATCAATCACTTATGCAAG 1915
Query 1909 TTTGGTTGTTACGAGAAAGCGAAGGAGGTATTGAAGATTATGGTTGAAAGAGGTGTTGTC 1968
||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TTTGGTTCTTATGAGAAAGCGAAGGAAGTTTTGAAGTTTATGGTTGAAAGAGGTGTTGTT 1975
Query 1969 CCGGATTCTATAACATATGGAACTCTGATTACATCGTTTAGTAAGAATCGCGGTCAAGAG 2028
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1976 CCGGATTCTATAACATATGGAACTTTGATTACATCGTTTAGTAAGCATCGCAGTCAAGAA 2035
Query 2029 GAAGTCGTTGAGCTTCATGATTA-TATGATTCTTCAAGGAGTTACACCTCATGAACATAT 2087
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AAAGTCGTTGAGCTTCATGATTACT-TGATTCTTCAAGGAGTTACACCTCATGAACATAT 2094
Query 2088 ATATCAATCTATAGTTCGTCCTCTTCTTGATGGAGAAAATGGAAGGCCATAGTCAAGAAA 2147
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2095 ATATCTATCTATAGTTCGTCCTCTTCTTGATAGAGAAAATGGAAGGCCTTAGTCAACAAA 2154
Score = 366 bits (198), Expect = 5e-100
Identities = 284/321 (88%), Gaps = 24/321 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 2142 AAGAAACTACTGAACCGGT-CGGAGGGTTTCTTTTGGAGGTACTGTACGGATCAGATTCG 2200
|||||||||||||| | || | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2183 AAGAAACTACTGAA-CTGTCCAGAGGGTTTGTTTTGGAGGTACGGTACGGATCAGATTCG 2241
Query 2201 TAT-CTAGTTCGTACACGTGGACCCTTGGACGATTCTTTGTAATCAACGGTCAGTGTTGG 2259
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 TATCCT-GTTCGTACACGTGGACCCTTGGACGATTCTTTGTAATCAACGGTCAGTGTTGG 2300
Query 2260 AAAAACAGGATCACTTAAGCTTAACGTGGACTTGTAAAGCGGGGATTGTCTGACACGTGG 2319
||| ||||||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 AAA--CAGGATCGCTT--G---A-CGTGGACCTGTAAAGCGGGGATTGTCTGACACGTGG 2352
Query 2320 CGCTAATGCATCGGCCAAACGATTTCGTTGTCACGAGCTATTA--A--C-----ACGTGA 2370
|||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| | | ||||||
Sbjct 2353 CGCTAATGCACCGGCCAAACAATTTGGTTGTCACGAGCTATTACGATACTTTCCACGTGA 2412
Query 2371 CTTGT--AAGAATTAACCGTCCAGATTATGTAATATTGGTAGACACCGTAAGGAATATTA 2428
|||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2413 TTTGTTTAAGA-TTAGCCGTCCAGATTATGTAATGTTGGTAGACACCGTAAGGAATATAA 2471
Query 2429 TCTGAGAAGCAGACGAATATT 2449
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 TCTGAGAAGCAGACGAATATT 2492
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124012683096
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5