BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471376
Length=1418
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G12260.1 | Symbols: VND4, EMB2749, ANAC007, NAC007 | NAC 007... 2342 0.0
> AT1G12260.1 | Symbols: VND4, EMB2749, ANAC007, NAC007 | NAC 007
| chr1:4162832-4165852 REVERSE LENGTH=1871
Length=1871
Score = 2342 bits (1268), Expect = 0.0
Identities = 1372/1421 (97%), Gaps = 12/1421 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATTCATTTTCCCACGTCCCTCCGGGTTTTAGATTTCACCCGACAGATGAAGAACTT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 458 ATGAATTCATTTTCCCACGTCCCTCCGGGTTTTAGATTTCACCCGACAGATGAAGAACTT 517
Query 61 GTAGACTACTACCTGAGGAAAAAAGTCGCATCGAAGAGAATAGAAATCGATTTCATAAAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 518 GTAGACTACTACCTGAGGAAAAAAGTCGCATCGAAGAGAATAGAAATTGATTTCATAAAG 577
Query 121 GACATTGATCTTTACAAGATTGAGCCATGGGACCTTCAAGAGTTGTGCAAAATTGGGCAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 GACATTGATCTTTACAAGATTGAGCCATGGGACCTTCAAGAGTTGTGCAAAATTGGGCAT 637
Query 181 GAAGAGCAGAGTGATTGGTACTTCTTTAGCCATAAAGACAAGAAATATCCCACAGGGACT 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 638 GAAGAGCAGAGTGATTGGTACTTCTTTAGCCATAAAGACAAGAAGTATCCCACAGGGACT 697
Query 241 CGAACCAATAGAGCAACAAAAGCTGGATTTTGGAAAGCCACTGGAAGAGATAAGGCTATC 300
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 698 CGAACCAATAGAGCAACAAAAGCAGGGTTTTGGAAAGCCACCGGAAGAGATAAGGCTATC 757
Query 301 TATTTGAGGCATAGTCTAATTGGTATGGGGAAAACACTTGTGTTTTACAAGGGAAGAGCC 360
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 TATTTGAGGCATAGTCTAATTGGCATGAGGAAAACACTTGTGTTTTACAAGGGAAGAGCC 817
Query 361 CCGAATGGACAAAAGTCCGATTGGATCATGCATGAATACCGCTTAGAAACCGATGAAAAC 420
|| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 CCAAATGGACAAAAGTCTGATTGGATCATGCACGAATACCGCTTAGAAACCGATGAAAAC 877
Query 421 GGAACTCCTCAGGAAGAAGGATGGGTTGTGTGTAGGGTTTTCAAGAAAAGATTGGCTGCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 878 GGAACTCCTCAGGAAGAAGGATGGGTTGTGTGTAGGGTTTTCAAGAAGAGATTGGCTGCA 937
Query 481 GTTAGACGAATGGGAGATTACGACTCATCGCCTTCACATTGGTACGATGATCAACTTTCT 540
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 GTTAGACGAATGGGAGATTACGACTCATCCCCTTCACATTGGTACGATGATCAACTTTCT 997
Query 541 TTTATGGCCTCCGAGCTCGAGACAAACGGTCAACGACGGATTCTACCCAATCATCATCAT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 998 TTTATGGCCTCCGAGCTCGAGACAAACGGTCAACGACGGATTCTCCCCAATCATCATCAG 1057
Query 601 CAGCAGCAGCACGAGCACCAACAACATATGCCATATGGCCTCAATGCATCTGCTTACGCT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 CAGCAGCAGCACGAGCACCAACAACATATGCCATATGGCCTCAATGCATCTGCTTACGCT 1117
Query 661 CTCAACAACCCTAACTTGCAATGCAAGCAAGAGCTAGAACTACACTATAACCACCTGGTA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1118 CTCAACAACCCTAACTTGCAATGCAAGCAAGAGCTAGAACTACACTACAACCACCTGGTA 1177
Query 721 CAACGAAATCATCTTCTTGATGAATCTCATTTATCATTCCTCCAACTTCCTCAACTAGAA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178 CAACGAAATCATCTTCTTGATGAATCTCATTTATCGTTCCTCCAACTTCCTCAACTAGAA 1237
Query 781 AGCCCTAAGATTCAACAAGATAACAGTAATTGCAACTCTCTTCCTTATGGAACAAGCAAC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 AGCCCTAAGATTCAACAAGATAACAGTAATTGCAACTCTCTTCCTTATGGAACAAGCAAC 1297
Query 841 ATCGATAATAACTCGAGCCATAATGCTAACTTGCAGCAATCAAATCTCGCGCATGAGGAA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1298 ATCGATAATAACTCGAGCCATAATGCTAACTTGCAGCAATCAAATATCGCGCATGAGGAA 1357
Query 901 CACTTGAATCAAGGAAATCAGAACTTCAGCTCTCTATACATGAACAGCGGCAATGAGCAA 960
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1358 CAATTGAATCAAGGAAATCAGAACTTCAGCTCTCTATACATGAACAGCGGCAACGAGCAA 1417
Query 961 GTGATGGACCAAGTCACGGACTGGAGAGTTCTCGATAAATTTGTAGCTTCTCAGCTAAGC 1020
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1418 GTGATGGACCAAGTCACAGACTGGAGAGTTCTCGATAAATTTGTTGCTTCTCAGCTAAGC 1477
Query 1021 AACGAGGAGGCCGCCACAGCTTCTGCATCTATACAGAACAATGCCAAGGACACAAGCAAT 1080
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 AACGAGGAGGCTGCCACAGCTTCTGCATCTATACAGAATAATGCCAAGGACACAAGCAAT 1537
Query 1081 GCTGAGTACCAAGTTGATGAAGAAAAAGATCCGAAAAGGGCTTCAGACATGGGAGAAGAA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 GCTGAGTACCAAGTTGATGAAGAAAAAGATCCGAAAAGGGCTTCAGACATGGGAGAAGAA 1597
Query 1141 TATGCTGCTTCTACTTCTTCGAGTTGTCAAATTGATCTATGGAAGTAAGCAGAAAGAGAA 1200
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1598 TATACTGCTTCTACTTCTTCGAGTTGTCAGATTGATCTATGGAAGTGAGCTGAAAGAGAA 1657
Query 1201 GATtatataatataaatgcatatatacctatatataCGTACACACGAACACTAATCAAGT 1260
|| |||||| || || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658 GAC-ATATAA-ATGCATATATACATATATATATATACGTACACACGAACACTAATCAAGT 1715
Query 1261 GTAgatgatgatgatgatgatgGTACAGATTTATATTTGCTTTGATTGATTCTTACTACA 1320
|||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 GTAGATGATGATGATG--G-T---ACAGATTTATATTTGCTTTGATTGATTCTTACTACA 1769
Query 1321 TTATTGAACTTATGGT-ATATGCATATATACATTGCGTATCTATGCATGT--ATACTTGT 1377
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1770 TTATTGAACTTATG-TCATATGCATATATACATTGCGTATCTATGCATATTTATACTTGT 1828
Query 1378 ACTCACTATGATTAACCATATATAAACTCTAATCTAAATGT 1418
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1829 ACTCAATATGATTAACCATATATAAACTCTAATCTAAATGT 1869
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69879158640
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5