BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471457
Length=1554
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G13040.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 2549 0.0
> AT1G13040.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like)
superfamily protein | chr1:4447647-4449200 FORWARD LENGTH=1554
Length=1554
Score = 2549 bits (1380), Expect = 0.0
Identities = 1497/1555 (96%), Gaps = 2/1555 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATCAGACGCTGGGCGCAGTACGCCTTGCATACCGCTCGCGTATAGCTAACCTCGTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATCAGACGCTGGGCGCAGTACGCCTTGCATACCGCTCGCGTATAGCTAACCTCGTT 60
Query 61 AAATCGGGTATGATTGACAACGCTGTTCAGGTGTTCGATGAAATGCGTCACTCAAGCTAC 120
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAATCAGGTATGATTGACAACGCTGTTCAGGTGTTCGATGAAATGCGTCACTCAAGCTAC 120
Query 121 CGAGTTTTCTCCTCCGATTATAATCGTTTCATCGGGGTTTTGGTTAAAGAGTCTAGATTT 180
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 CGAGTTTTCTCCTTCGATTATAATCGTTTCATCGGGGTTTTGGTTAGAGAGTCTAGATTT 180
Query 181 GAGCTTGCTGAGGCAATATATCGGGATATGATGCCTATGGGTTTTTCTCTCATCCCCTTC 240
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAGCTTGCTGAGGCAATATATTGGGATATGAAGCCCATGGGTTTTTCTCTCATCCCCTTC 240
Query 241 ACTTACTCGAGGTTTATCTCGGGTTTATGTAAAGTTAAAAAATTTGAGCTTATTGATGCT 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 241 ACTTACTCAAGGTTTATCTCGGGTTTATGTAAAGTTAAAAAATTTGATCTCATTGACGCT 300
Query 301 CTTCTGAGGGATATGGAAACCCTTGGATTCATACCAGATATATGGGCGTTTAACATTTAT 360
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||
Sbjct 301 CTACTGAGTGATATGGAAACCCTTGGATTCATACCAGATATCTGGGCGTTCAATGTCTAT 360
Query 361 TTGGATCTGTTGTGTCGAGAGAATAAGGTAGGTTTTGCTGTTCAGACGTTCTTTTGTATG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTGGATCTGTTGTGTCGAGAGAATAAGGTAGGTTTTGCTGTTCAGACGTTCTTTTGTATG 420
Query 421 GTTCAAAGAGGTAGGGAACCCGATGTTGTATCTTATACTATACTTATTAATGGGTTATTT 480
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTCAGAGAGGTAGGGAACCTGATGTTGTATCTTATACTATACTTATTAATGGGTTATTT 480
Query 481 AGAGCTGGTAAGGTCACTGATGCTGTTGAGATTTGGAATGCAATGATTCGTAGCGGGGTT 540
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGAGCTGGTAAGGTTACTGATGCTGTTGAGATTTGGAATGCAATGATTCGTAGCGGGGTT 540
Query 541 AGTCCGGATAATAAAGCATGTGCAGCACTTGTTGTTGGGTTATGTCATGCTCGGAAAGTT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AGTCCGGATAATAAAGCATGTGCAGCACTTGTTGTTGGGTTATGTCATGCTCGGAAAGTT 600
Query 601 GATTTGGCTTATGAGATGGTGGCGGAGGAGATCAAGAGTGCAAGAGTTAAGCTTAGTACA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 601 GATTTGGCTTATGAGATGGTGGCGGAGGAGATCAAAAGTGCACGAGTTAAGCTTAGTACA 660
Query 661 GTGGTGTATAATGCGTTGATTAGTGGGTTTTGTAAAGCGGGTAGAATAGAAAAGGCAGAA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTGGTGTATAATGCGTTGATTAGTGGGTTTTGTAAAGCGGGTAGAATAGAAAAGGCAGAA 720
Query 721 GCTTTAAAATCATTTATGAGTAAGATTGGGTGTGAGCCGGATCTTGTCACATACAATGTG 780
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 721 GCTTTAAAATCATATATGAGTAAGATTGGGTGTGAGCCGGATCTTGTTACGTACAATGTG 780
Query 781 TTGTTAAATTATTATTATGATAACAATATGTTGAAGAGAGCGGAAGGGGTGATGACTGAG 840
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 781 TTGTTGAATTATTATTATGATAACAATATGTTGAAGAGAGCGGAAGGGGTGATGGCTGAG 840
Query 841 ATGGTAAGAAGCGGGATACAGCTTGATGCTTATAGTTATAACCAGTTGCTTAAGCGGCAT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATGGTAAGAAGCGGGATACAGCTTGATGCTTATAGTTATAACCAGTTGCTTAAGCGGCAT 900
Query 901 TGCAGGGTTAGTCATCCTGATA-GATGCTATTCCTTCATGTTAAAGGAGATGGAGCCTAG 959
|||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGCAGGGTTAGTCATCCTGATAAG-TGCTATAACTTCATGGTAAAGGAGATGGAGCCTAG 959
Query 960 AGGTTTCTGTGATGTTGTCTCCTACAGTACTCTGATTGAAACATTCTGTAGGGCGTCAAA 1019
|||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGGTTTTTGTGATGTCGTTTCGTACAGTACTCTGATCGAAACATTCTGTAGGGCGTCAAA 1019
Query 1020 CACTAAGAAGGCTTACAAGCTCTTTGAGGAAATGAGACAGAAGGGGATAGTAACGAATGT 1079
||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||
Sbjct 1020 CACGAGGAAGGCTTACAGGCTCTTTGAGGAGATGAGACAGAAAGGGATGGTAATGAATGT 1079
Query 1080 GGTCACGTATACGAGTCTTATCAAGGCTTTTCTTAGGGAAGGTAACTCTAGTGTTGCAAA 1139
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1080 GGTCACATACACGAGTCTTATCAAGGCTTTTCTTAGGGAAGGTAACTCTAGCGTTGCAAA 1139
Query 1140 GAAGCTCCTTGATCAGATGACAGAGTTAGGCCTGTCGCCAGATCGCATTTTCTACACGAC 1199
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GAAGCTTCTTGATCAGATGACAGAGTTAGGTCTGTCACCAGATCGCATTTTCTACACGAC 1199
Query 1200 AATCCTGGACCATTTGTGTAAATCCGGAAATGTCGACAAGGCTTATGGTATTTTTAATGA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1200 AATCCTGGACCATTTGTGTAAATCCGGAAATGTGGACAAGGCTTATGGTGTTTTTAATGA 1259
Query 1260 CATGATAGAGCATGAAATTACACCGGATGCGATTTCATACAACTCCCTTATTAGTGGCCT 1319
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CATGATAGAGCACGAAATTACACCGGATGCGATTTCATACAACTCCCTTATTAGTGGCCT 1319
Query 1320 CTGCAGGTCTGGTAGAGTAACTGAAGCTATAAAATTGTTTGAGGACATGAAGGGTAAAGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 CTGCAGGTCTGGTAGAGTAACTGAAGCTATAAAATTGTTTGAGGACATGAAAGGTAAAGA 1379
Query 1380 ATGTTGTCCTGATGAATTAACCTTCAAGTTCATTATCGGAGGACTCATACGGGaaaaaaa 1439
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1380 ATGTTGTCCTGATGAATTAACTTTCAAGTTCATTATCGGAGGACTCATACGGGGAAAAAA 1439
Query 1440 aTTATCAGCAGCCTACAAGGTTTGGGATCAGATGATGGATAAAGGATTCACGCTTGATAG 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATTATCAGCAGCCTACAAGGTTTGGGATCAGATGATGGATAAAGGATTCACGCTTGATAG 1499
Query 1500 GGATGTGTCCGATACACTCATCAAGGCTAGCTGTTCAATGAGTGCTGATGTGTAG 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1500 GGATGTGTCCGATACACTCATCAAGGCTAGCTGTTCAATGAGTGCTGATGCGTAG 1554
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76706432760
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5