BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471472
Length=2157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G13190.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) fami... 3120 0.0
> AT1G13190.1 | Symbols: | RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family
protein | chr1:4498881-4501613 FORWARD LENGTH=2179
Length=2179
Score = 3120 bits (1689), Expect = 0.0
Identities = 2028/2182 (93%), Gaps = 62/2182 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTATCGGATAAGAAAGAAGAACATCTCGAGTCTCGACGAATACGACTCTCTCTTCCTCC 60
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 13 TCTATCGGATAAGAAAG-AGAACATCCCGAGTCTCGACGAATACGA--CTCTCTTCCTCC 69
Query 61 GATCTCATC-ACAACTCTTTCGTTGAAGCTCTG-AT-T---C--T-----AATTCCGGAG 107
||||||||| | |||||||||| | |||||||| | | | | ||||||||||
Sbjct 70 GATCTCATCAAAAACTCTTTCGCTAAAGCTCTGTTTCTGGGCGTTCAAACAATTCCGGAG 129
Query 108 CTTGTGGGAATCTCAAC-GGAGAAGGCGGCGAA-G-C-AACAAGAAGTCAAATGGCCAGT 163
|||| ||| ||||||| | | ||| ||| | | | ||| |||| | | | | |
Sbjct 130 TTTGTCGGATTCTCAACTTCCGTATACGGAGAAGGTCGAGCAACAAGT---A-GTCAAAT 185
Query 164 TTGTATAAATTCAATGACTGAAGAAAACGACTATGGAGGTAATCAGAAGATACTACATCA 223
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 186 TTGTATAAATTCAATGACTGAAGAAAACGATTATGGAGGTAATCAGAAGATACTTCATCA 245
Query 224 AGGAAGTGGAACTATACCTGCGCTAGCGGATGAAGAACTTATGGGAGACGATGATGAGTA 283
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 246 AGGAAGTGGAACTATACCTGCTCTAGCGGATGAAGAACTGATGGGAGACGATGATGAGTA 305
Query 284 CGATGATCTGTATAGCGATGTTAATGTTGGTGAGAGTTTCTTCCAAGCTCATAATCAGCC 343
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 TGATGATTTGTATAGCGATGTTAATGTTGGTGAGAGTTTCTTCCAAGCTCATAATCAGCC 365
Query 344 TCAACCACCAGCTCAGGTCGGTGGTACGGGTAATGCAAGTCTTCAAGCTCAGACTAGTCA 403
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 366 TCAACCACCAGCTCAGGTC---AATACGAGTAATGCAAGTCTTCAAGCTCAGAATAGTCA 422
Query 404 TGTTGCTGCTGAACCGAGAATGGGAATTGTATCTGGAGGTACGGTTGAAGGGAAGTATCG 463
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 423 TGTTGCTGCTGAACCGAGGATGGGAATTGTATCTGGAGGTACAGTTGAAGGGAAGTATCG 482
Query 464 AAACGATGGGGGGCATAATGGAACCAGTGGACCAGACACAAGATCAGATGTTTATCCACA 523
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 AAATGATGGGGGGCATAATGGAATCAGTGGACCAGACACAAGATCAGATGTTTATCCACA 542
Query 524 AGCTTCTTCTTTTGGAGGAAAAGGGTTGAATATTGATATCCAATCCAACAAAATCGGGCA 583
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 543 AGCATCTTCTTTTGGAGCAAAAGGGTTGAATATTGATATCCAATCCAACAAAATCGCTCA 602
Query 584 ACAAGGATCAAC-ATCTGTTGTGTTAAACAACCATGGTTTTTCAGGGAATGCTGTAAATG 642
|||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 603 ACAAGGATCAACGA-CTGTTGTGTTAAACAATCATGGTTTTTCGGGGAATGCGGTAAATG 661
Query 643 TGCCTGAGCTGCCTGTGCATAACCCCTATGGTGCTCCGCCTCAAGGTGCTCAGCAGATTC 702
|||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TGCCTGAGATGCCTGTCCATAACTCCTATGGTGCTCCTCCTCAAGGTGCTCAGCAGATTC 721
Query 703 CTGTTAGCCAGATGAGTGTGAATCCAAATGTAATGATGAACAAAAGCCCTACGCAGCCAT 762
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 722 CTGTTAGCCAGATGAGTGTGAATCCAAATGTTATGATGAACAAAAGCCCTACGCAGTCAT 781
Query 763 TCGTTGTGGACAATGGAAACACCATGCTTTTTGTTGGAGAGTTACACTGGTGGACGACGG 822
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TTGTTGTGGACAATGGAAACACCATGCTTTTTGTTGGAGAGTTACACTGGTGGACGACGG 841
Query 823 ATGCAGAGATTGAGAGTGTTCTTTCTCAGTATGGAAGAGTCAAAGAGATCAAGTTTTTCG 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 ATGCAGAGATTGAGAGTGTTCTTTCTCAGTATGGAAGAGTCAAAGAGATCAAGTTTTTCG 901
Query 883 ACGAGAGAGTTAGTGGCAAATCTAAAGGGTATTGTCAGGTTGAATTCTACGATTCAGCTG 942
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 902 ATGAGAGAGTTAGTGGCAAGTCTAAAGGGTATTGTCAGGTTGAATTCTATGATTCAGCTG 961
Query 943 CTGCAGCCTCTTGCAAAGAAGGAATGAATGGTTACATTTTCAACGGTAAAGCATGTGTTG 1002
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 962 CTGCAGCCGCTTGCAAAGAAGGAATGAATGGTTTCATTTTCAATGGTAAAGCATGTGTTG 1021
Query 1003 TAGCCTTTGCTTCTCCTGAAACACTGAAGCAGATGGGAGCTAATTTCACAGGGAGGAACC 1062
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TAGCCTTTGCCTCTCCTGAAACACTGAAGCAGATGGGAGCTAATTTCACAGGGAGGAACC 1081
Query 1063 AAGGACAAAACCAAATTCAAAACAGAAGGCCTCTGAATGAAGGAATGGGAAGAGGT---A 1119
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1082 AAGGACAAAACCAAATTCAAAATAGAAGGCCTCTGAATGAAGGAATGGGAAGAGGTAACA 1141
Query 1120 ACAACAACAACAACATGAATACGCAAAATGGAGAAGGTGGAAGAAATTATGGTAGAGGTG 1179
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1142 ACAACAACAACAACATGAATACACAAAATGGAGATGGTGGAAGAAATTACGGTAGAGG-G 1200
Query 1180 GG-TTTGCACGTGGTGGCCAAGGAATGAGCAACCGTGGAGGTCCTTGGGGTGGTGGAATG 1238
|| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1201 GGATTTGCGCGTGGTGGCCAAGGAATGGGCAACCGTGGAGGTGCTTGGGGTGGTGCAATG 1260
Query 1239 AGAGGTAGAGGGCCAAACAACATGGCTAGTGGTTCTGCTACTGGGCCGTATGGGCCTGGA 1298
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||
Sbjct 1261 AGAGGTAGAGGGGTAAACAACATGGCTAGTGGTTCTGGTGCTGGACCGTATGGGCCTGGA 1320
Query 1299 CTAGCTGGTCCTGCATTTGGTGGTATGATGCATCCACAGGGTATGATGGGAGCTGGTGGG 1358
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTAGCGGGTCCTGCATTTGGTGGTATGATGCATCCACAGGGTATGATGGGAGCTGGTGGG 1380
Query 1359 TTTGATCCAACATTCATGGGTCGGGGTGGTGGTTATGGAGGGTATTCAGGTATTGCCTAC 1418
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTTGATCCAACGTTCATGGGTCGGGGTGCTGGTTATGGAGGGTATTCAGGTATTGCCTAC 1440
Query 1419 CCTGGGATGCCTCATTCTTATCCAGGTGTTAATGCAATGGGAATGGTTGGGATTGCTCCT 1478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CCTGGGATGCCTCATTCTTATCCAGGTGTTAATGCAATGGGAATGGTTGGGATTGCTCCT 1500
Query 1479 CATGTCAATCCAGCCTTTTTTGGCACGGGAATGGGAACAATGGGTAGCTCGGGGATGAAT 1538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1501 CATGTCAATCCAGCCTTTTTTGGCACGGGAATGGGAACAATGGGTAGCTCAGGGATGAAT 1560
Query 1539 GGAGTTCATGCAGCAGCGATGTGGAGCGAAGCTAATGGAGGTGGTGGTGAAGAGGGTGGT 1598
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GGAGTTCATGCAGCAGCGATGTGGAGTGAGGCTAATGGAGGTGGTGGTGAAGAGGGTGGT 1620
Query 1599 TCTGAATATGGTGGGTATGAAGATGAAACCCAAGAGAAAGAAGAAAAGCCATCACGAGAT 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TCTGAATATGGTGGGTATGAAGATGAAACCCAAGAGAAAGAAGAAAAGCCATCACGAGAT 1680
Query 1659 AAAGAACGGGCTACCGCGGAACGTGACTGGTCCGAGAACAGTGGTGACAGAAGACACAAG 1718
||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AAAGAACGGGCTACCACAGAACGTGACTGGTCTGAGAACAGTGGTGACAGAAGACACAAG 1740
Query 1719 AGTCACCGTGAAGAAAAAGATAGTCACCGTGAGTATAAGCAGCAGAGAGACCGTGATTCT 1778
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AGTCACCGTGAAGAGAAAGATAGTCACCGTGAGTATAAGCAGCAGAGAGACCGTGATTCT 1800
Query 1779 GATGAGTTCGATAGAGGACAATCTAGCTTGAAATCTCGAAGCAGATCAAGAATGTCAGAA 1838
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1801 GATGAGTTTGATAGAGGACAATCTAGCTTGAAATCTCGAAGCAGATCAAGAATGTCCGAA 1860
Query 1839 GATGATCATAGGTCCAGGTCAAGAGATGCAGACTATGGAAAGAGGAGACGAGGTGACTGA 1898
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GATGATCATAGATCCAGGTCAAGAGATGCAGACTATGGAAAGAGGAGACGAGGTGACTGA 1920
Query 1899 GAAAGAACCTCTAATGTTCTTCGTCTCTCTCTTGCTGCATCTAAACGATGACATTTTTAA 1958
||||||||||| ||||||||||||||| | | | |||| |||||| ||
Sbjct 1921 GAAAGAACCTCCCATGTTCTTCGTCTCT-T-T------A-------GATGCCATTTT-AA 1964
Query 1959 GTTACTCTTCCTACTAAATCTATCTCTTTAGTCTTTATTATCAAA-TATTGGATACAATG 2017
|||||||| | ||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1965 GTTACTCT-C-TACTATATCTATCTCTTTA-T----ATCATCAAAATATTGGATACAATG 2017
Query 2018 TTTCTCTATACTTTATTTACTGGTAGTCAGTCTTTGGAGACGAGCATATAT-T-TGTAAA 2075
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 2018 TTTCTCTATACTTTATTTACTGATAGTCAGTCTTTGGAGACTAGCATATATATATGTAAA 2077
Query 2076 CTATGTTTTGTTTTATTGATGGTTCTACATTTGTTATTGTGAATCATTATAGCTTCAAGA 2135
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||
Sbjct 2078 CTATGTTTTGTTTTATTGATGGTTCTA--TTTGTTATTGTCAATCATTACAGCTTCTAGA 2135
Query 2136 ATGTCGTTTGGTTAAGAGGAAA 2157
||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2136 ATGTCGTTTGGTTAAGATGAAA 2157
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106977361395
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5