BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471639
Length=3570
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G14610.1 | Symbols: TWN2, VALRS | valyl-tRNA synthetase / va... 5666 0.0
> AT1G14610.1 | Symbols: TWN2, VALRS | valyl-tRNA synthetase /
valine--tRNA ligase (VALRS) | chr1:5008244-5014533 REVERSE LENGTH=3632
Length=3632
Score = 5666 bits (3068), Expect = 0.0
Identities = 3373/3522 (96%), Gaps = 14/3522 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTTCAATTAGCCCTAGCAGGTTTTCTGTCTATGTCACTACTCTTCCTCAGAAGAGCCAA 60
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 17 ATTTCAATTAGCCCTAGCAGGTTTTTTGTCTATGTCACTACTCTTCCTAAGAAGAGCCAA 76
Query 61 GCCGTTATTTGTATCTTGTTCTTCAGCTTCTCGTTCTCAG-GCCACCTTCTTATCTCCGA 119
|||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | ||| ||||||||||||||
Sbjct 77 GCCGTTATTTGTATCTTGTTGTTCAGCTACTCATTCTC-GCTCCAGCTTCTTATCTCCGA 135
Query 120 CGCTTACGAATCAGCTCCTGCGTTCGTTTCACGGTTCCAGAACAATGTCTGAATCagaga 179
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 136 CGCTTACGAATCAGCTAGTTCGTTCGTTTCACGGTTCCAGAACAATGTCGGAATCAGAGA 195
Query 180 agaagatccttacagaggaggagcttgagcggaagaagaagaaggaagagaagaataaag 239
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 196 AGAAGATCCTGACAGAGGAGGAGCTTGAGCGGAAAAAGAAGAAGGAAGAGAAGGCTAAAG 255
Query 240 aaaaggagttgaagaagcaaaaagctttggagaaagCGAGGCTGGCAGAACTGAAGGCAA 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 256 AAAAGGAGTTGAAGAAGCAAAAAGCTTTGGAGAAAGAGAGGCTGGCTGAACTGAAGGCAA 315
Query 300 AACAGGCCAAAGATGGAACTAATGTCCCCAAAAAGAGCGCAAAGAAGAGTTCCAAACGGG 359
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 AACAGGCCAAAGATGGAACTAATGTCCCTAAAAAGAGCGCAAAGAAGAGTTCCAAACGGG 375
Query 360 ATGTGTCAGAAGAGAATCCTGAGGATTTTGTGGACCCTGAAACTCCTCTTGGTGAGAGGA 419
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 376 ATGCGTCAGAAGAGAATCCTGAGGATTTTGTGGACCCTGAAACTCCTCTTGGAGAGAGGA 435
Query 420 AAAGGCTTTCTTCACAGATGGCCAAACAATACAGTCCTGCTGCGGTAGAGAAATCATGGT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||
Sbjct 436 AAAGGCTTTCTTCACAGATGGCCAAACAATACAGCCCTGCTACCGTGGAGAAATCATGGT 495
Query 480 ATGCTTGGTGGGAGAAATCCGACCTTTTTAAGGCGGATGCTAACAGTTCCAAGCCACCTT 539
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 496 ATGCTTGGTGGGAGAAATCTGACCTTTTTAAGGCGGATGCTAAGAGTTCCAAGCCACCTT 555
Query 540 TTGTTATTGTTCTTCCTCCTCCAAATGTGACCGGAGCCTTGCATATTGGCCATGCGCTAA 599
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 556 TTGTAATTGTTCTTCCTCCTCCAAATGTGACTGGAGCCTTGCATATTGGCCATGCGCTTA 615
Query 600 CAGCTGCAATTGAGGATACAATTATTCGTTGGAAGAGAATGTCTGGGTATAATGCTTTGT 659
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 CATCTGCAATTGAGGATACAATTATTCGTTGGAAGAGAATGTCTGGGTATAATGCTTTGT 675
Query 660 GGGTACCCGGGGTTGACCATGCTGGTATAGCTACACAGGTTGTGGTCGAGAAAAAGCTCA 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 676 GGGTACCCGGGGTTGACCATGCTGGTATAGCTACACAGGTGGTGGTCGAGAAAAAGATCA 735
Query 720 TGCGTGAGAGAGGAATGACTAGGCATGATGTTGGCCGTGAAGAATTCGTAAAGGAAGTGT 779
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 TGCGTGATAGAGGCATGACTAGGCATGATGTTGGCCGTGAAGAATTCGTAAAGGAAGTGT 795
Query 780 GGAAGTGGAAGAACCAGTACGGCGGAACAATTCTAACACAGCTACGGAGCCTAGGAGCTT 839
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 796 GGAAGTGGAAGAACCAGTACGGCGGTACAATTCTAACACAGCTACGGCGACTAGGAGCTT 855
Query 840 CTCTTGATTGGTCTCGTGAGTGTTTTACAATGGACGAGCAAAGATCAAAAGCTGTCACTG 899
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 CTCTCGACTGGTCTCGTGAGTGTTTTACAATGGACGAGCAAAGATCAAAAGCTGTCACTG 915
Query 900 AGGCCTTTGTACGGTTATACAAAGAAGGGCTTATATATAGGGATATTCGGCTTGTTAATT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 AGGCCTTTGTACGGTTATACAAAGAAGGGCTTATATATAGGGATATTCGGCTTGTTAATT 975
Query 960 GGGATTGTGTTTTGAGAACAGCCATATCTGATGTTGAGGTTGAGTATATCGACATTAAAG 1019
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 GGGATTGTATTTTGAGAACAGCCATATCTGATGTTGAGGTTGAGTATATCGACATTAAAG 1035
Query 1020 AAAGAACGCTACTAAAGGTTCCTGGCTATGAGAAGCCAGTAGAATTTGGTCTTCTTACCT 1079
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 AAAAAACGCTACTAAAAGTTCCTGGCTATGAGAAGCCAGTAGAATTTGGTCTTCTTACCT 1095
Query 1080 CGTTTGCTTACCCTCTGGAGGGAGGCTTGGGAGAGGTTGTTGTTGCCACTACCAGGGTGG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 CGTTTGCTTACCCTCTGGAGGGAGGCTTGGGAGAGGTAATTGTTGCCACTACCAGGGTGG 1155
Query 1140 AAACGATGCTTGGGGATACTGCTATTGCTATTCATCCTGATGATGCAAGATACAAACATC 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1156 AAACGATGCTTGGGGATACTGCTATTGCTATTCATCCTGATGATGCAAGATACAAGCATC 1215
Query 1200 TTCATGGGAAGTTTGCTGTGCACCCATTTAATGGACGGAAGTTACCTATTATCTGTGATG 1259
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 TTCATGGGAAATTTGCTGTGCACCCATTTAATGGGCGGAAGTTACCTATTATCTGTGATG 1275
Query 1260 GAATACTTGTTGATCCAAATTTTGGCACTGGTTGTGTTAAGATTACTCCTGCCCATGACC 1319
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1276 GAATACTTGTTGATCCAAATTTTGGTACTGGTTGTGTTAAGATTACTCCTGCCCATGATC 1335
Query 1320 CCAATGATTGTGAGGTTGGAAAGCGCCACAAGCTGGAATTTATAAATATATTCACTGATG 1379
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1336 CCAATGACTGTGAGGTTGGAAAGCGCCACAAGCTGGAATTTATAAATATATTCACAGATG 1395
Query 1380 ATGGGAAAATCAACACAAATGGCGGGTCTGACTTCGCAGGGATGCCACGCTTTGCAGCTC 1439
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 ATGGAAAAATCAACACAAATGGTGGGTCTGACTTCGCAGGGATGCCACGCTTTGCAGCTC 1455
Query 1440 GAGAGGCAGTTGTTGAAGCTCTGCAGAAGCAGGGGCTGTACAGAGGTGCCAAAAACAATG 1499
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 GTGAGGCAGTTGTTGAAGCTCTGCAGAAGCAGGGGCTGTACAGAGGTGCCAAAAACAATG 1515
Query 1500 AAATGAGGCTTGGACTTTGCTCAAGAACTAGTGATGTTATTGAGCCTATGATAAAGCCCC 1559
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1516 AAATGAGGCTTGGACTTTGCTCAAGAACTAATGATGTTATTGAGCCTATGATAAAGCCTC 1575
Query 1560 AATGGTACGTTAACTGCAGCATGATTGGAAAGGAGGCTCTTGATGTTGCTATTACTGATG 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1576 AATGGTACGTTAACTGCAGCATGATTGGAAAGGAGGCTCTTGATGTTGCTATCACTGATG 1635
Query 1620 AAAATAAGAAGCTCGAGTTTGTACCAAAGCAGTACACAGCAGAATGGAGAAGATGGCTAG 1679
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 AAAACAAGAAACTCGAGTTTGTACCAAAGCAGTACACAGCAGAATGGAGAAGATGGCTAG 1695
Query 1680 AAAACATACGGGACTGGTGTATTTCAAGACAGCTTTGGTGGGGCCACAGAATACCAGCAT 1739
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1696 AGAACATACGTGACTGGTGTATTTCAAGACAGCTTTGGTGGGGACACAGAATACCAGCAT 1755
Query 1740 GGTATGCCACTCTAGAGGAAGATCAGCTCAAGGAGGTTGGTGTGTACAGTGACCATTGGG 1799
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1756 GGTATGCCACTCTAGAGGAGGATCAGCTCAAGGAGGTTGGTGCATACAGTGACCATTGGG 1815
Query 1800 TTGTTGCTAGAACCGAGGACGATGCTCAAAAAGAGGCTGCTCAGAAATTTGCGGGGAAGA 1859
||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1816 TTGTTGCTAGAACTGAGGACGATGCTCGAGAAGAGGCTGCTCAGAAATTTTTGGGGAAGA 1875
Query 1860 AGTTTGAACTCACTCGAGATCCTGATGTGCTTGATACATGGTTTTCTGCTGGGCTCTTTC 1919
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1876 AGTTTGAACTCACTCGAGATCCTGATGTACTTGATACATGGTTTTCTTCTGGGCTCTTTC 1935
Query 1920 CATTATCTGTTCTGGGATGGCCAGATGTAACTGAGGACTTCAAAGCCTTCTATCCAACTT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 CATTATCTGTTCTGGGATGGCCAGATGTAACCGATGACTTCAAAGCCTTCTATCCAACTT 1995
Query 1980 CTGTTCTTGAAACTGGACATGATATTCTCtttttttGGGTTGCTCGTATGGTTATGATGG 2039
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 CTGTTCTTGAAACTGGACATGATATCCTCTTTTTTTGGGTTGCTCGTATGGTTATGATGG 2055
Query 2040 GAATGAAACTAGGTGGTGAGGTTCCATTCAGTAAGGTTTATTTCCATCCTATGATACGTG 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 GAATGAAACTAGGTGGTGAGGTTCCATTCAGTAAGGTTTATTTCCATCCTATGATACGTG 2115
Query 2100 ATGCACATGGGCGGAAGATGTCAAAATCTCTTGGAAATGTCATTGATCCGCTTGAAGTAA 2159
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2116 ATGCACATGGGCGTAAAATGTCAAAATCTCTTGGAAATGTCATTGATCCACTTGAAGTAA 2175
Query 2160 TAAACGGAGTAACTCTTGAAGGTCTTCATAAGAGATTAGAAGAAGGTAACTTGGATCCAA 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2176 TAAACGGAGTAACTCTTGAAGGTCTTCATAAGAGATTAGAAGAGGGTAACTTGGATCCAA 2235
Query 2220 AAGAGGTGGTTGTTGCCAAAGAAGGACAAGTGAAGGACTTTCCAAATGGTATCCCTGAAT 2279
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2236 AAGAGGTGATTGTTGCCAAAGAAGGACAAGTGAAGGACTTTCCAAATGGTATCCCTGAAT 2295
Query 2280 GTGGTGCTGACGCTCTTCGATTTGCGCTCGTCTCTTACACTGCCCAGTCTGATAAAATTA 2339
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2296 GTGGCACTGACGCTCTTCGGTTTGCGCTCGTCTCTTACACTGCTCAGTCTGATAAAATTA 2355
Query 2340 ACTTGGACATTCTCCGAGTTGTTGGTTACCGTCAATGGTGTAATAAACTGTGGAACGCCG 2399
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 ACTTGGACATTCTTCGAGTTGTTGGTTACCGTCAATGGTGTAATAAACTGTGGAACGCCG 2415
Query 2400 TCAGATTTGCAATGATGAAGCTTGGGGATGATTATACCCCTCCGCAGACTCTAAGTCCTG 2459
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2416 TCAGATTTGCAATGATGAAGCTTGGCGATGGTTATACTCCTCCGCAGACTCTAAGTCCTG 2475
Query 2460 AAACCATGCCTTTCAGCTGCCAATGGATTCTCTCTGTTTTAAATAAGGCAGTATCAAAGA 2519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2476 AAACCATGCCTTTCAGCTGCCAATGGATTCTCTCTGTTCTAAATAAGGCAATATCAAAGA 2535
Query 2520 CAGTAGAGTCACTGGATGCATTTGAGTTCTCGGATGCAGCCAATACAGTATATGCATGGT 2579
|||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2536 CAGTGGTGTCACTAGATGCATTTGAGTTCTCGGATGCAGCCAACACAATATATGCATGGT 2595
Query 2580 GGCAATACCAATTCTGTGATGTGTACATTGAAGCAATTAAGCCTTATTTTGCTGGTGACA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2596 GGCAATACCAATTCTGTGATGTGTACATTGAAGCAATTAAGCCTTATTTTGCTGGTGACA 2655
Query 2640 ACCCAACGTTTGCTTCAGAGAGGGCTCATGCACAACATGCTCTCTGGATAAGTCTGGAGA 2699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2656 ACCCAACGTTTGCTTCAGAGAGGGCTCATGCACAACATGCTCTCTGGATAAGTCTGGAGA 2715
Query 2700 CCGGCTTGAGACTGCTTCACCCACTTATGCCTTTTGTTACTGAAGAGCTATGGCAGCGAC 2759
| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2716 CTGGTTTGAGACTGCTTCACCCATTTATGCCTTTTGTTACTGAAGAGCTATGGCAACGAC 2775
Query 2760 TTCCCTCACCCAAAGACACTGAAAGAAAAGCTTCTATCATGATATGTGACTACCCATCTG 2819
||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 TTCCCGCACCCAAAGACACAGAAAGAAAGGCTTCTATCATGATATGTGACTACCCATCTG 2835
Query 2820 CCATAGAGAATTGGACAAATGAGAAAGTGGAGAGCGAAATGGAAACCATTCTCGCGACCG 2879
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || |
Sbjct 2836 CCATAGAGAACTGGTCAAATGAGAAAGTGGAGAGCGAAATGGACACCGTTCTGGCAACTG 2895
Query 2880 TGAAATGCATGAGGGCACTCAGGGCAGGGTTGCTGGAGAAACAGAAAAATGAAAGGTTAC 2939
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2896 TGAAATGCATGAGAGCACTCAGGGCAGGGTTGCTGGAGAAACAGAAAAACGAAAGGTTAC 2955
Query 2940 CTGCTTTTGCTCTGTGTGAAAACAACGTAACATCTGAAATTGTAAAGTCTCACGAGTTGG 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2956 CTGCTTTTGCTCTGTGTGAAAACAACGTAACATCTGAAATTGTTAAGTCTCACGAGTTGG 3015
Query 3000 AGATCAGAACCCTTGCAAATCTATCATCCTTAGAGGTTTTG-CTAAAAGGAGAACACGCA 3058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||| |||
Sbjct 3016 AGATCAGAACCCTTGCAAATCTATCATCCTTAGAGGTTGTGTC-AAAAGGACAACATGCA 3074
Query 3059 GCCCCACCTGGATCTTCAGTTGAGACAGTGAACGAGAACCTCAAAGTGTATCTAAAAGTG 3118
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3075 GCACCACCTGGATCTTCAGTTGAGACGGTGAACGAGAACCTCAAAGTATATCTTGAAGTG 3134
Query 3119 GACGGAGCCATTAACGCAGAAGCCGAACAAGAAAAAATCAGAAACAAGATTGGTGAATTA 3178
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3135 GACGGAGCCATTAACACAGAAGCTGAACAAGAAAAAATCAGAAACAAGATTGGTGAACTA 3194
Query 3179 CAAAAACAAAAGGAGAAGTTGCAGAAGATGATGAGCGTGTCTACTTACGAAGAGAAGGTC 3238
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3195 CAAAAACAAAAAGAGAAGTTGCAGAAGATGATGAGTGTGTCTACTTACGAAGAGAAGGTC 3254
Query 3239 CCTGCGAATATAAAAGAAGACAACGCAAACAAGCTTGCTAAGATTCTCCAAGAATTCGAT 3298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3255 CCTGCGAATATAAAAGAAGACAACGCAAACAAGCTTGCTAAGATACTCCAAGAATTCGAT 3314
Query 3299 TTCTTTGAGAAGGAAAGTGCTCGTCTTGCTGCAGAAACAAGCAATTCAGGAAATCAATGA 3358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3315 TTCTTTGAGAAGGAAAGTGCTCGTCTTGCTGCAGAAACAAGCAATTCAGGAAATCAATAA 3374
Query 3359 ACGGAACAGAAGAACTGAGACACA-A-AGTCACAGTTTCTATCTGAGGAGGCCAACAAAT 3416
| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 3375 ATGGAACTGAAGAACTGAGACACAGAGAGTCACAGTTTCTATCTGCGAAGGCCAACAAAT 3434
Query 3417 GAAATATTTCAGGTTTAAGAAACTATGTTTGATGATGTTATGTTATTGTGAACTAGGTTT 3476
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||
Sbjct 3435 GAAATATTTCAGGTT-AAGAAACTATGTCTGATGATGTTAT-T----GTGAACTAGTTTT 3488
Query 3477 GAGTTTTAACAATATTTTTACTACATCTCTCTGAAAAGAAGA 3518
||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3489 GAGTTATAACACTATTTTTACTACATCTCT--GAAAAGAAGA 3528
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177741479049
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5