BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471669
Length=3655
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G14790.1 | Symbols: RDR1, ATRDRP1 | RNA-dependent RNA polyme... 5258 0.0
> AT1G14790.1 | Symbols: RDR1, ATRDRP1 | RNA-dependent RNA polymerase
1 | chr1:5093961-5098032 REVERSE LENGTH=3807
Length=3807
Score = 5258 bits (2847), Expect = 0.0
Identities = 3279/3484 (94%), Gaps = 44/3484 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTTCTTTAGATAATTATTGTACTGGGGTCTTTGTTCCCATTGTAAATGAAAGTGAGAA 60
||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTTCTTTCGATAATTATTGTACTTGGTTCTTTGTTCTCAGTGTAAATGAAAGTGAGAA 60
Query 61 TCCAAAGGC---CATC----A--GAGGGAAGATCGATCAGTCATCGCCGCGGTAAGTCAT 111
||||||||| |||| | ||||||| | ||||| |||||||||| | | |
Sbjct 61 TCCAAAGGCTATCATCGGAAACTGAGGGAACAGAGATCATTCATCGCCGC-G---G---T 113
Query 112 CTGTTATAGAG-AAGATGGGGAAGACAATTCACGTGTTTGGATTCCCGAATGGTGTGAGC 170
|| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 114 -TGATATAGAGAAAGATGGGGAAGACAATTCAAGTGTTTGGATTCCCTAATGGTGTGAGC 172
Query 171 GCAGAGGAAGTTAAGAAATTTCTTGAAAGACTCACTGGTTCAGGCACTGTTTACGCTATC 230
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 173 GCAGAAGAAGTTAAGAAGTTTCTTGAAAGACTCACTGGTTCAGGCACTGTTTACGCAATC 232
Query 231 AAAGTTAGACAACCAAAGAAAGGTGGTCCAAGAGTCTTTGCCATTGTTCAATTCACAAAT 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 233 AAAGTTAGACAACCAAAGAAAGGTGGTCCAAGAGTCTATGCCATTGTTCAATTCACATCT 292
Query 291 GAGATATATGCAAGGCAGATCATCAC-GGGTGCCGCAGAACGTCGTCTTTATTATGGGAG 349
|||| | || | |||| ||||||||| | | || |||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 293 GAGAGACATACGAGGCTGATCATCACTGCG-GCAGCAGAA---CGTCTTTACTATGGAAG 348
Query 350 ATCTTATCTCAATGCTTTTGAAGTGGAACAAGACATTGTTCCAAAGCCAAGAGCTTCATT 409
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 ATCTTATCTCAAGGCTTTTGAAGTTGAACAAGACATTGTTCCAAAGCCAAGAGCTTCATT 408
Query 410 GCACAACATCTCTGGTTTAAAGATGTAT-TTTGGATGTCAAGTCTCAACTCAGACGCTTT 468
|||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||| | |||
Sbjct 409 ACACACCATCTCTGGTTTAAAGATGT-TCTTTGGATGTCAAGTCTCGACTAAGAAGTTTT 467
Query 469 TAACTCTCTGGAGTGCTCAAGATGTTTCTGTCTCGTTTGGAATTGGGATGAGGAAACTGC 528
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TAACTCTATGGAGTGCTCAAGATGTTTGTGTCTCGTTTGGAATTGGGATGAGGAAACTGC 527
Query 529 ATTTTTCGTTTTCTTGGTATCAAAAGGACTATCGTCTTGAGCTTTCGTATGAGAATATAT 588
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 ATTTTTCGTTTTCTTGGTATCAAAAGGATTATCGTCTTGAGCTTTCGTATGAGAATATAT 587
Query 589 GGCAGATCGATTTGCATTCCCCGCAAGGACGGGCGTCGAAGTTTCTTGTGATTCAGGTGA 648
||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 GGCAGATTGATTTGCATTCTCCGCAAGGACGATCATCGAAGTTTCTTGTGATTCAGGTGA 647
Query 649 TTGGTGCTCCTAAAATCTTTGAGAAAGAGGATCAACCTATCAATCTTTTGTTTGGAATGA 708
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 648 TTGGTGCTCCTAAAATATTTGAGAAAGAGGATCAACCTATCAATCTTTTGTTTGGAATAA 707
Query 709 TGGATTTTTACAGTGATGGGTCTGATGAGCAATGGATAAGGACTACAGATTTCACTTCAT 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 708 TGGATTTTTACAGTGATGGGTCTGATGAGCAATGGATTAGAACTACAGATTTCACTTCAT 767
Query 769 CTTCTTGTATCGGTCAATCAACAGCCTTCTGTTTAGAGCTTCCTGTTCATCTTAATGTTC 828
|||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 CTTCTTGTATTGGTCAATCAACAGCGTTTTGTTTAGAGCTTCCTGTTCATCTTAATGTTC 827
Query 829 CTGATTTCAGAGAGAATTTTGCCAACTATGCAGAGCACAGAGCCAGCACTTATCTCATTG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 828 CTGATTTCAGAGAGAATTTTGCCAACTATGCAGAGCACAGAGCCAGCTCTTTTCTCATTG 887
Query 889 AATCCGGTTCTAGCTATTCATCTAACGCGAACA-AGCTTGTTCCGGTTGTTGATCCTCCT 947
|||| |||||||||||||||||||| || |||| | |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 888 AATCTGGTTCTAGCTATTCATCTAATGCTAACACA-CTTGTTCCTGTTGTTGATCCTCCT 946
Query 948 CCAGGGTTTGA-TTTGCCTTTTGAGATCTTGTTTAAACTTAATACATTGGTGCAGAACGC 1006
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 947 CCAGGGTTT-AGTTTGCCTTTTGAGATCTTGTTTAAACTTAACACATTGGTGCAGAACGC 1005
Query 1007 GTGTCTCCCCGGGCCAGCTCTTGATCTTGA-TGTTTATCAGTTGCTTAATCCCa-aaaaa 1064
||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| || |||||
Sbjct 1006 GTGTCTCTCCGGGCCAGCTCTTGATCTTGACT-TTTATCGGTTGCTTAAT--CAGAAAAA 1062
Query 1065 aT-TGACAGAGCTCTCATAGATCACTGTCTTGAGAAACTCTTTTACCTTGGGGAATCTTG 1123
|| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||
Sbjct 1063 ATATGATAGAGCTCTCATAGATCACTGTCTTGAAAAACTCTTTCACCTTGGAGAATGTTG 1122
Query 1124 CTATGAGCCTGCTCGTTGGCTTCGCAAACAGTACAAGGAGTTGAGCTCGAAAGGAAAGCT 1183
|||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 1123 CTATGAGCCTGCTCATTGGCTTCGCGATGAGTACAAGAAGTGGATATCGAAAGGAAAGCT 1182
Query 1184 TCCACTGTCTCCTACGATATCTCTTGATGATGGACTTGTTTATATGTATCGCGTTCAAGT 1243
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 TCCACTGTCTCCTACAATATCTCTTGATGATGGACTTGTTTATATGTATCGCGTTCAAGT 1242
Query 1244 TACACCAGCAAGAGTCTATTTCTCTGGACCAGAGGTGAATGTTTCGAATCGTGTGCTTCG 1303
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1243 TACACCAGCAAGAGTCTATTTCTCTGGACCGGAGGTGAATGTTTCTAATCGTGTGCTTCG 1302
Query 1304 ACATTACTCCAAGTATATCAACAACTTCCTCAGGGTATCATTTGTTGATGAAGATCTTGA 1363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 ACATTACTCCAAGTATATCAACAACTTCCTCAGGGTCTCATTTGTTGATGAAGATCTTGA 1362
Query 1364 AAAAGTTCGTTCCATGGATCTGTCTCCACGCTCTTCTACTCAAAGAAGAACCAAGTTATA 1423
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 AAAGGTTCGTTCCATGGATCTATCTCCACGCTCTTCTACTCAAAGAAGAACCAAGTTATA 1422
Query 1424 CGACAGGATATACTCTGTCCTTCGCGATGGGATTGTCATAGGCGATAAGAAGTTTGAGTT 1483
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 CGACAGGATATATTCTGTTCTTCGCGATGGGATTGTCATAGGCGATAAGAAGTTTGAGTT 1482
Query 1484 TCTCGCCTTTTCTTCCAGCCAGTTGCGGGAGAACTCTGCTTGGATGTTTGCACCGATAGA 1543
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1483 TCTCGCCTTTTCTTCCAGCCAGTTGCGGGAGAACTCTGCTTGGATGTTTGCACCAATAGA 1542
Query 1544 GGGGCTAACATCAGCACACATCAGAGCTTGGATGGGTGATTTTGACCATATAAGAAATGT 1603
|| | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 TCGGATTACAGCAGCACATATCAGAGCTTGGATGGGTGATTTTGACCATATAAGAAATGT 1602
Query 1604 AGCAAAATATGCTGCAAGGCTTGGTCAATCATTTAGCTCGTCAAGAGAGACACTCAATGT 1663
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1603 AGCTAAATATGCTGCAAGGCTTGGTCAATCTTTTAGCTCTTCAAGAGAGACACTTAATGT 1662
Query 1664 TAGGAGTGATGAGATCGAAGTGATTCCTGATGTTGAGATTATATCTTTAGGGACACGCTA 1723
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 TAGGAGTGATGAGATTGAAGTGATTCCTGATGTTGAGATTATATCTTTAGGGACACGCTA 1722
Query 1724 TGTGTTTTCTGATGGAATAGGAAAGATCTCAGCTGAATTTGCTAGACGGGTGGCTAAGAA 1783
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || | |||
Sbjct 1723 TGTGTTTTCCGATGGAATAGGAAAGATATCAGCTGAATTTGCTAGAAAGGTAGCGAGGAA 1782
Query 1784 ATGTGGCCTCACAGAGTTTTCTCCATCTGCTTTTCAAATCCGTTATGGCGGTTATAAAGG 1843
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 ATGTGGTCTTACAGAGTTTTCTCCATCTGCTTTTCAAATCCGTTATGGCGGTTATAAAGG 1842
Query 1844 AGTGGTGGCTGTTGATCCAAACTCATCAAAGAAACTGTCTCTGAGGAAGAGTATGAGCAA 1903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 AGTGGTGGCTGTTGATCCAAACTCATCAAAGAAACTGTCTCTGAGGAAGAGTATGAGCAA 1902
Query 1904 ATTCGAGTCGGAGAACACGAAGCTTGATGTTTTGGCATGGAGCAAGTACCAACCTTGTTA 1963
|||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 ATTCGAATCGGAGAACACCAAGCTTGATGTTCTGGCGTGGAGCAAGTACCAACCTTGTTA 1962
Query 1964 TATGAACAGACAACTGATTACACTTTTGTCTACTCTCGGAGTTGA-GGACAGTGTATTTG 2022
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||
Sbjct 1963 TATGAACAGACAACTGATTACACTTTTGTCTACTCTTGGAGTT-ACGGACAGTGTGTTTG 2021
Query 2023 AGAAGAAACAAAGGGAAGTTGTGGATCGGCTCGACGCAATCTTAACTGATCCTTTGGAGG 2082
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |
Sbjct 2022 AGAAGAAACAAAGGGAAGTTGTGGATCGTCTCGACGCAATCTTGACTCATCCTTTGGAAG 2081
Query 2083 CTCACGAGGCTCTTGGTTTAATGGCTCCAGGGGAGAACACAAATATTCTCAAGGCATTGA 2142
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 CTCACGAGGCTCTTGGTTTAATGGCTCCAGGGGAAAACACAAATATTCTCAAGGCATTGA 2141
Query 2143 TCTTGTGTGGCTATAAACCTGACGCCGAACCTTTCCTTTCAATGATGCTTCAGAATTTCA 2202
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 TCTTGTGTGGCTATAAACCTGACGCTGAACCTTTCCTTTCAATGATGCTTCAGAATTTCA 2201
Query 2203 GGGCATCTAAGTTGTTAGAACTACGGACAAAAACAAGGATTTTCATTTCTGGTGGAAGAT 2262
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 GGGCATCTAAGTTGTTGGAACTACGGACAAAAACAAGGATTTTCATTTCTGGTGGAAGAT 2261
Query 2263 CTATGATGGGATGCCTAGATGAGACCAGAACATTGGAGTACGGTCAGGTAGTAGTGCAGT 2322
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2262 CTATGATGGGATGCCTAGACGAGACCAGAACACTGGAGTATGGTCAGGTAGTAGTGCAGT 2321
Query 2323 ATTCAGATCCCATGAGGCCGGGAAGGCGATTCATCATCACCGGACCTGTTGTTGTTGCGA 2382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2322 ATTCAGATCCCATGAGGCCGGGAAGGCGATTCATCATCACCGGACCTGTTGTTGTTGCCA 2381
Query 2383 AAAACCCTTGCTTGCATCCTGGTGACGTGCGTGTTCTTGAAGCTGTCAATGTCCCAGCTT 2442
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 AAAACCCATGCCTGCATCCTGGTGACGTGCGTGTTCTTCAAGCTGTCAATGTCCCAGCTT 2441
Query 2443 TGAATCACATGGTGGACTGCGTTGTTTTCCCGCAAAAGGGATTGAGGCCACACCCAAACG 2502
| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2442 TAAATCATATGGTGGACTGCGTTGTGTTCCCGCAAAAGGGCTTGAGGCCACACCCAAATG 2501
Query 2503 AATGTTCTGGGAGTGATTTAGATGGAGATATATACTTTGTATGTTGGGATCAAGAATTGA 2562
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 AATGTTCTGGGAGTGATTTAGATGGAGATATTTACTTTGTATGTTGGGATCAAGAATTGG 2561
Query 2563 TTCCACCAAGAACGTCTGAACCAATGGACTACACTCCTGAACCTGCTCAAATTTTGGATC 2622
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2562 TTCCGCCAAGAACGTCTGAACCAATGGACTACACTCCTGAACCAACTCAAATCTTGGATC 2621
Query 2623 ATGATGTCACAATTGAGGAAGTTGAAGAGTACTTCGCAAACTACATTGTGAATGATAGTT 2682
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 ATGATGTCACAATTGAGGAAGTTGAAGAGTACTTTGCGAACTACATTGTGAATGATAGTT 2681
Query 2683 TAGGTATCATCGCGAACGCTCATACCGCCTTTGCGGATAAGGAACCACTCAAGGCGTTTA 2742
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 TAGGGATCATCGCGAATGCTCATACCGCCTTTGCGGATAAGGAACCACTCAAGGCGTTTA 2741
Query 2743 GTGACCCATGCATTGAGCTTGCAAGGAAGTTTTCAGTTGCGGTAGATTTCCCAAAAACTG 2802
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 GTGACCCATGCATTGAGCTTGCAAAGAAGTTTTCAACTGCGGTAGATTTCCCAAAAACTG 2801
Query 2803 GTGTTGCCGCAGAGATACCGCAACATCTTTACGTGAAAGAGTATCCTGATTTCATGGAGA 2862
||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2802 GTGTTGCAGCTGTGATACCGCAACATCTTTACGTGAAAGAGTATCCTGATTTCATGGAGA 2861
Query 2863 AACCGGATAAGCCAACATATGAGTCGAAGAACGTGATCGGTAAGCTTTTTAGAGAGGTAA 2922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 AACCGGATAAGCCAACATATGAGTCGAAGAACGTGATTGGTAAGCTTTTTAGAGAGGTAA 2921
Query 2923 AAGAGCGAGCTCCACCGCTGATCTCGATCAAATCATTTACTCTTGATGTGGCCTTAAAGT 2982
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||
Sbjct 2922 AAGAGCGAGCTCCACCGTTGATCTCGATCAAATCATTCACGCTTGATGTGGCCTCAAAGT 2981
Query 2983 CTTATGATAAAGACATGGAAGTTGACGGATTTGAGGAGTATGTTGATGAAGCTTTCCACT 3042
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2982 CTTATGATAAAGACATGGAAGTTGACGGATTTGAGGAGTATGTTGATGAAGCTTTCTACC 3041
Query 3043 ACAAGGCGAATTATGATTTCAAGTTAGGTAATTTAATGGATTACTATGGGATTAAGACTG 3102
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3042 AGAAGGCGAATTATGATTTCAAGTTAGGTAATTTGATGGATTACTATGGGATTAAGACTG 3101
Query 3103 AGGCTGAGATACTTAGTGGTGGTATCATGAGGATGTCAAAGTCATTCACCAAGAGAAGAG 3162
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3102 AGGCTGAGATTCTTAGTGGTGGTATAATGAGGATGTCAAAGTCATTCACCAAGAGACGAG 3161
Query 3163 ATGCAGAGTCGATTGGAAGAGCGGTTCGTGCGTTGAGGAAAGAAACTTTGTCGTTGTTCA 3222
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3162 ATGCAGAATCGATTGGAAGAGCGGTTCGGGCGTTGAGGAAAGAAACTTTGTCGTTGTTCA 3221
Query 3223 ATGCTTCTGAAGAAGAA-AA--TGAGTCAGCAAAGGCTTCGGCTTGGTATCATATAACGT 3279
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3222 ATGCTTCTGAAGAAGAAGAAAATGAGTCAGCAAAGGCTTCGGCTTGGTATCATGTAACGT 3281
Query 3280 ACCACTCAAGTTACTGGGGACTTTATAATGAGGGTTTGAATCGTGACCATTTCTTAAGCT 3339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3282 ACCACTCAAGTTACTGGGGACTTTATAATGAGGGTTTGAATCGTGACCATTTCTTAAGTT 3341
Query 3340 TTGCGTGGTGCGTTTATGATAAGCTTGTGAGGATCAAGAAGACCAATGCT-GGGAGGCGT 3398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 3342 TTGCGTGGTGCGTTTATGATAAGCTTGTGAGGATCAAGAAGACCAAT-CTTGGGAGGCGT 3400
Query 3399 CAGAGGCAGGAGACGCTCGAGCGGTTAGGCCATGTTCTGCGTTT-GAGTTGAttttttat 3457
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 3401 CAGCGGCAGGAGACGCTCGAGCGGTTAGACCATGTTCTGCGTTTCG-GTTGATTTTTTTT 3459
Query 3458 tttt 3461
||||
Sbjct 3460 TTTT 3463
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 182005669204
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5