BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471752
Length=2601
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G15510.1 | Symbols: ATECB2, ECB2, VAC1 | Tetratricopeptide r... 4349 0.0
> AT1G15510.1 | Symbols: ATECB2, ECB2, VAC1 | Tetratricopeptide
repeat (TPR)-like superfamily protein | chr1:5329111-5331711
FORWARD LENGTH=2601
Length=2601
Score = 4349 bits (2355), Expect = 0.0
Identities = 2520/2602 (97%), Gaps = 2/2602 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTCTTCTGCTCAAAGTCCTCACTTTTATCTCAATCCAGGCAAGTCCAACTCTTTC 60
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGTCTTCTGCTCAAAGTCCTCATTTTTATCTCAATCCAGGCAAGTCCAACTCTTTT 60
Query 61 CAGAGCAAAGCTCATAAACACAGAAACGTTAATTTCTATTGGAATTTTGGATTTCGGAAA 120
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 61 CAGAGCAAAGCTTATAAACAGAGAAACGTTAATTTCTATTGGAATTTTGGAATTCGGAGA 120
Query 121 CTTTTCTTGAGAAAATCTCGAGGACTATCTGTTCTTAGCTCGAGTTCTAGTAGTACCCAC 180
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CTTTTCTTGAGAAAATCTCAAGGACTATCTGTTCTTAGCTCGAGTTCGAGTAGTACCCAC 180
Query 181 TTTTCGAATTCTCAATTACATGGGCTTTGCGCGAATGGGAAGCTGGAGGAAGCTATGAAG 240
|||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTTCGAATTCTCAGTTACATGGACTCTGCGCGAATGGGAAGCTGGAGGAAGCTATGAAG 240
Query 241 CTTCTCAATTCTATGCAGGAGTTGCGGGTTGCGGTAGACGAAGATGTGTTTGTGGCTTTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTCTCAATTCTATGCAGGAGTTGCGGGTTGCGGTAGACGAAGATGTGTTTGTGGCTTTG 300
Query 301 GTTAGGCTGTGCGAGTGGAAGAGAGCACATGAGGAAGGTTCTAAGGTTTATTCTATTGCT 360
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTAGGCTGTGCGAGTGGAAGAGAGCACAGGAGGAAGGTTCTAAGGTTTATTCTATTGCT 360
Query 361 CTCAGTTCTATGAGCAGTCTGGGTGTTGAACTCGGTAACGCGTTTCTCGCTATGTTTGTG 420
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTCAGTTCCATGAGCAGTCTTGGTGTTGAACTCGGTAACGCGTTTCTCGCTATGTTTGTG 420
Query 421 AGGTTTGGTAATTTGGTTGATGCCTGGTATGTTTTCGGTAAAATGTCTGAGAGGAACTTG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 421 AGGTTTGGTAATTTGGTTGATGCCTGGTATGTTTTTGGTAAAATGTCTGAGAGAAACTTG 480
Query 481 TTTTCTTGGAATGTGTTGGTTGGTGGCTACGCAAAGCAAGGCTATTTCGACGAGGCGATG 540
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 481 TTTTCTTGGAATGTGTTGGTTGGTGGCTATGCAAAGCAAGGCTATTTCGATGAGGCTATG 540
Query 541 TGTTTGTATCATAGAATGTTGTGGGTTGGTGGTGTGAAGCCTGATGTCTATACGTTCCCC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGTTTGTATCATAGAATGTTGTGGGTTGGTGGTGTGAAGCCTGATGTCTATACGTTCCCC 600
Query 601 TGTGTATTGAGAACCTGTGGAGGTATACCTGATCTAGCTCGAGGAAGAGAGGTTCATGTT 660
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 601 TGTGTGTTGAGAACCTGTGGAGGTATACCTGATCTAGCTCGAGGAAAAGAGGTTCATGTT 660
Query 661 CATGTGGTTCGATACGGATATGAATTGGATATTGATGTTGTAAACGCTTTGATTACTATG 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 661 CATGTGGTTCGATACGGATATGAATTGGATATTGATGTGGTTAACGCTTTGATTACTATG 720
Query 721 TATGTGAAGTGTGGTAATGTCAAGAGCGCAAGGTTGCTTTTTGATAGAATGCCCAGGAGA 780
||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 721 TATGTGAAGTGTGGTGATGTGAAGAGCGCGAGGTTGCTTTTTGATAGAATGCCTAGGAGA 780
Query 781 GATATAATCTCGTGGAACGCAATGATCTCGGGGTATTTTGAGAATGGGATGTGTCATGAA 840
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GATATAATCTCATGGAACGCAATGATCTCAGGGTATTTTGAGAATGGGATGTGTCATGAA 840
Query 841 GGATTGAAGTTATTCTTTGCAATGCGTGGGCTTTCTGTTGATCCTGATTTGATGACCTTG 900
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGATTGGAGTTATTCTTTGCAATGCGTGGGCTTTCCGTTGATCCTGATTTGATGACCTTG 900
Query 901 ACAAGTGTTATCTCTGCCTGTGAGCTTCTTGGAGATAGAAGGTTAGGAAGGGATATTCAT 960
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACTAGTGTTATCTCTGCCTGTGAGCTTCTTGGAGATAGAAGGTTAGGAAGGGATATTCAT 960
Query 961 GCTTATGTGATAACCACGGGTTTTGCTGTTGACATATCTGTCTGCAATTCGTTAACGCAG 1020
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 961 GCGTATGTGATAACCACGGGTTTCGCTGTTGACATATCTGTCTGCAACTCTTTAACGCAG 1020
Query 1021 ATGTACTTATATGCTGGGTCATGGCGTGAAGCTGAAAAACTGTTCAGCAGAATGGATTGC 1080
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1021 ATGTACTTAAATGCTGGGTCATGGCGTGAAGCTGAAAAACTGTTCAGCAGAATGGAGCGC 1080
Query 1081 AAAGACATTGTGTCATGGACCACTATGATTTCAGGCTATGAGTATAATTTTCTGCCCGAG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAAGACATTGTGTCATGGACCACTATGATTTCAGGCTATGAATATAATTTTCTGCCCGAT 1140
Query 1141 AAGGCCATAGACACTTACAGAATGATGGATCAAGATTCTGTGAAGCCAGACGAGATAACA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAGGCCATAGACACTTACAGAATGATGGATCAAGATTCTGTGAAGCCAGACGAGATAACA 1200
Query 1201 GTAGCTGCTGTTCTATCTGCTTGTGCTACTCTAGGTGATCTTGACACAGGTGTTGAGCTC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1201 GTAGCTGCTGTTCTATCTGCTTGTGCTACTCTAGGTGATCTTGACACTGGTGTTGAGCTC 1260
Query 1261 CATAAGCTTGCGATTAAGGCAAGGCTCATATCCTATGTGATTGTTGCAAACAATCTCATT 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1261 CATAAGCTTGCGATTAAGGCAAGGCTCATATCCTATGTGATTGTCGCAAACAATCTCATT 1320
Query 1321 AATATGTACTCAAAGTGCAAATGCATTGATAAGGCCTTGGACATCTTCCATAACATCCCC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AATATGTACTCAAAGTGCAAATGCATTGATAAGGCCTTGGATATCTTCCATAACATCCCC 1380
Query 1381 CGCAAGAATGTAATATCTTGGACATCGATTATTGCAGGGCTTCGACTCAACAACCGGTGT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CGCAAGAATGTAATATCTTGGACATCGATTATTGCAGGGCTTCGACTCAACAACCGGTGT 1440
Query 1441 TTTGAGGCCTTGATATTCTTCCGGCAGATGAAAATGACGTTGCAGCCAAATGCAATAACC 1500
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTTGAGGCCTTGATATTCCTCCGGCAAATGAAAATGACGTTGCAGCCAAATGCAATAACC 1500
Query 1501 TTAACAGCTGCATTAGCAGCTTGTGCTAGAATCGGGGCTCTGATGTGTGGGAAAGAGATT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TTAACAGCTGCATTAGCAGCTTGTGCTAGAATCGGGGCTCTGATGTGTGGGAAAGAGATT 1560
Query 1561 CATGCCCATGTACTGAGAACAGGAGTGGGACTTGATGATTTTCTTCCAAATGCACTCTTA 1620
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CATGCCCATGTACTGAGAACAGGAGTGGGGCTTGATGATTTTCTTCCAAATGCACTCTTA 1620
Query 1621 GACATGTATGTACGGTGCGGGAGAATGAACATTGCATGGAATCAGTTCAACTCACAGAAA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GACATGTATGTACGGTGCGGGAGAATGAACACTGCTTGGAGTCAGTTCAACTCACAGAAA 1680
Query 1681 AAAGATGTCTCATCATGGAACATTCTTCTTACTGGATATTCAGAGCGGGGTCAAGGGTCG 1740
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AAAGATGTCACATCATGGAACATTCTTCTTACTGGATATTCAGAGCGGGGTCAAGGGTCG 1740
Query 1741 GTGGTGGTAGAGTTATTTGATAGAATGGTTAAGTCCAGAGTAAGGCCAGATGAGATTACA 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATGGTGGTAGAGTTATTTGATAGAATGGTTAAGTCCAGAGTAAGGCCAGATGAGATTACA 1800
Query 1801 TTCATCTCATTGTTATGTGGTTGTAGCAAATCCCAAATGGTGAGACAAGGTTTGATGTAC 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTCATCTCATTGTTATGTGGTTGTAGCAAATCCCAAATGGTGAGACAAGGTTTGATGTAC 1860
Query 1861 TTCAGCAAAATGGAAGAGTATGGTGTTACCCCAAACTTGAAGCACTATGCGTGCGTGGTT 1920
|| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTTAGCAAAATGGAGGATTATGGTGTTACCCCAAACTTGAAGCACTATGCGTGCGTGGTT 1920
Query 1921 GATTTGCTTGGCCGTGCAGGCGAATTACAAGAAGCACACAATTTTATTCAGAAAATGCCA 1980
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATTTGCTAGGCCGTGCAGGCGAGTTACAAGAAGCACACAAGTTTATTCAGAAAATGCCA 1980
Query 1981 GTAACACCAGATCCAGCCGTATGGGGAGCTATGCTTAATGCATGCAGGATTCACCACAAC 2040
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GTAACACCAGATCCAGCCGTATGGGGAGCTTTGCTTAATGCATGCAGGATTCACCACAAA 2040
Query 2041 ATTGATCTTGGTGAGCTATCAGCGCAGCGTATATTTGAGCTGGACAAAGGAA-GTGTTGG 2099
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | || |||||||
Sbjct 2041 ATTGATCTTGGTGAGCTATCAGCGCAACATATATTTGAGCTGGACAA-GAAAAGTGTTGG 2099
Query 2100 CTATTACATTCTGTTATGTAATCTGTATGCTGATTGTGGAAAATGGAGAGAAGTTGCAAA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTATTACATTCTGTTATGTAATCTGTATGCTGATTGTGGAAAATGGAGAGAAGTTGCAAA 2159
Query 2160 AGTGAGGAGAATGATGAAAGAAAACGGGCTAACAGTTGATGCAGGATGCAGTTGGGTTGA 2219
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AGTGAGAAGAATGATGAAAGAAAACGGGCTAACAGTTGATGCAGGATGCAGTTGGGTTGA 2219
Query 2220 GGTAAAGGGTAAAGTTCATGCCTTTCTTAGCGATGACAAGTACCATCCTCAAACAAAAGA 2279
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AGTAAAGGGTAAAGTTCACGCCTTTCTTAGCGATGACAAGTACCATCCTCAAACAAAAGA 2279
Query 2280 GATCAACACTGTTTTAGAGGGGTTCTATGAGAAAATGAGTGAAGTTGGGCTAACTACAAG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2280 GATCAACACTGTTTTAGAGGGGTTCTATGAGAAAATGAGTGAAGTTGGGCTTACTAAAAT 2339
Query 2340 TTCAGAATCAAGTTCTATGGATGAGACAGAGATTTCGAGAGATGAGATATTCTGTGGACA 2399
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 TTCAGAATCGAGTTCTATGGATGAGACAGAGATTTCGAGAGATGAGATATTCTGTGGACA 2399
Query 2400 TAGCGAGAGAAAGGCCATTGCATTCGGTCTGATCAACACGGTCCCAGGAATGCCTATTTG 2459
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2400 TAGCGAGAGAAAGGCCATTGCATTTGGTCTGATCAACACGGTCCCAGGAATGCCAATTTG 2459
Query 2460 GGTAACAAAGAATCTAAATATGTGTGAAAGTTGCCATGATACAGTAAAGTTCATCTCCAA 2519
||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GGTAACAAAGAATCTCAGTATGTGTGAAAATTGCCATGATACAGTAAAGTTCATCTCCAA 2519
Query 2520 AACAGTAAGAAGAGAAATCTCGGTTAGAGATTCTGAGCATTTCCACAACTTTAAAGATGG 2579
||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2520 AACAGTAAGAAGAGAAATCTCAGTAAGAGATGCTGAGCATTTCCACCACTTTAAAGATGG 2579
Query 2580 AGAATGTTCATGTGGAGGTTAG 2601
||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2580 AGAATGTTCATGTGGAGATTAG 2601
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129129711282
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5