BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471769
Length=2260
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G15740.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat family protein | ... 3306 0.0
> AT1G15740.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat family protein
| chr1:5410908-5414919 FORWARD LENGTH=2295
Length=2295
Score = 3306 bits (1790), Expect = 0.0
Identities = 1985/2077 (96%), Gaps = 21/2077 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCTCACCTTCCTTGTTCAATCACCGTTTCGTCAAAAT-----CA-CAAC--AAC-aaaaa 51
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||| ||| |||||
Sbjct 1 CCTCACCTTCCTTGTTCAATCACCGTCTCCTCAAAATCACAACACCAACAAAACAAAAAA 60
Query 52 aaGGTTTCGATCAAAGAGATCACTGTTAAACCACT-ATAAAATTTCCTCAGGACTAGTAA 110
||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 AAGGTTTTGATCAAAGAGATCACTGTTAAACC-CTCACAAAATTTCCTCAGGACTAATAA 119
Query 111 TCTGCGATCGATCGTCGTTATGATAAGTCTCTAAAGAAGATTGATGATTCTGGATTACAT 170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCTGCGATCGATCGTCGTTATGATAAGTCTCTAAAGAAGATTGATGATTCTGGATTACAT 179
Query 171 CATCATGGGAGGAGCTTGCTCAAGGAAGAGAGATCAACAAGTTGAAGATATTTTAAGCAG 230
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 180 TATCATGGGAGGAGCTTGTTCAAGGAAGAGAGATCAACAAGTTGAGGATATTTTAAACAG 239
Query 231 AGGTGTCTCTGGAAAATATAGCAAGAGTTCAAGTTCGAAATGGTTAGCTACTTCGCTCTC 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AGGTGTCTCTGGAAAATATAGCAAGAGTTCAAGTTCGAAATGGTTAGCTACTTCGCTCTC 299
Query 291 TAGGTCTGGCTCGGATGTTAAACGGAAAAATGGAGAATGCCCGTCGCTTATGGAGCTCTG 350
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TAGGTCTGGCTCCGATGTTAAACGGAAGAATGGAGAATGCCCGTCGCTTATGGAGCTCTG 359
Query 351 TATCCTCAAGATACAGGAGGACGTAGATAGATATACCAAGTTCTCTGATCTACCTAGAGA 410
| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 TGTCCGCAAGATACAGGAGGACATTGATAGATATACCAAGTTCTCTGACCTACCTAGAGA 419
Query 411 TATCAGTCAGCAGATTTTTGATGAATTGGTGTATTCCCAGCGGTTAACTTTAAAGTCTCT 470
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 420 TATCAGTCAGCAGATTTTTGATGAATTGGTTTATTCCCAGAGGTTAACTTTAAAGTCTCT 479
Query 471 TGAGGCATTTCGGGACTGTGCAATCCAGGATCTTTGCTTGGGGGAATACCCTGGAGTTAA 530
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TGAGGCATTTCGGGACTGTGCAATCCAGGATCTTTACTTGGGGGAATACCCTGGAGTTAA 539
Query 531 TGATGACTGGATAGATGTTATCTCTTCGCAAAGTACATCGTTACTTTCTGTTGATTTTTC 590
|||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 TGATGACTGGATGGATGTCATCTCCTCGCAAAGTACATCGTTGCTTTCTGTTGATTTTTC 599
Query 591 GGGGTCTGATATCACAGACTCTGGACTGGTTTCTCTAAAAGGTTGCACAAACCTGGAATC 650
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGGGTCTGATATCACAGACTCTGGACTGGTTTCTTTAAAAGGTTGCACAAACCTGGAATC 659
Query 651 CTTAAACTTTAATTTCTGTGATCAGATATCCAACCGTGGGCTCGAGCATCTCAGCGGCCT 710
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 660 TTTAAACTTTAATTTCTGTGACCAGATATCCAACCGTGGGCTTGTGCATCTCAGCGGCCT 719
Query 711 CTCAAATTTGACAAGCCTGAGCTTCAGAAGGAATGCTGCAATCACTGCACAAGGCATGCG 770
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CTCAAATTTGACGAGCCTGAGCTTTAGAAGGAATGCTGCAATCACTGCACAAGGCATGCG 779
Query 771 TGCGTTATCCAACTTGGTTAACATGAAGAAACTAGATCTTGAGAAGTGTCCTGGGATTCA 830
||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 780 TGCATTATCCAACTTGGTTAACTTGAAGAAGCTAGATCTTGAGAAGTGTCCTGGGATTGA 839
Query 831 CGGTGGGCTTGTTCACCTGCGAGAC-TTAACCAAACTAGAGTCCTTGAACATAAAGTGGT 889
||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CGGTGGGCTTGTTCACCTGCGAG-CTTTAACCAAGCTAGAGTCCTTGAACATAAAGTGGT 898
Query 890 GTAACTGCATAACGGATGCAGATATGGAGCCCCTCTCAGAACTTACAAATCTGCGGAGCT 949
||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 899 GTAACTGCATAACTGATGCAGACATGGAGCCTCTTTCAGTACTTACAAATCTGAGGAGCT 958
Query 950 TACAAATTTGCTGCAGTAGGATTACCGATATTGGTATTAGCTACCTTAAAGGGCTAAACA 1009
|||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TACAGATTTGCTGCAGTAAGATTACCGATATCGGTATTAGCTACCTTAAAGGGCTAAACA 1018
Query 1010 AGCTTAATTTATTGAACTTGGAGGGGTGCCGTCATGTTACTGCTGCATGCTTGGACACAC 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGCTTAATTTATTGAACTTGGAGGGGTGCCGTCATGTTACTGCTGCATGCTTGGACACAC 1078
Query 1070 TCACAGCTCTTACAGGGTTGATGTTTTTGAACCTCAATAGATGTAATTTTTCAGACAGCG 1129
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCACAGCTCTTGCAGGGTTGATGTATTTGAACCTCAATAGATGTAATTTTTCAGACAGCG 1138
Query 1130 GGTGTGAAAAGTTTTCTGATTTAATTAATTTGAAGATATTAAACTTGGGCATGAACAGCA 1189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1139 GGTGTGAAAAGTTTTCTGATTTAATTAATTTGAAGATACTAAACTTGGGCATGAACAACA 1198
Query 1190 TTACAAATTCATGCTTGGTCCACCT-AAGAGGTTTGACAAAGTTGGAGAGCTTGAATTTG 1248
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1199 TTACAAATTCATGCTTGGTCCACCTGAA-AGGTTTGACAAAGTTGGAAAGCTTGAATTTG 1257
Query 1249 GATTCTTGTAGAATTGGTGATGAAGGACTGGTACATTTATCAGGTATGCTTGAGTTGAAA 1308
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GATTCTTGTAGAATTGGTGACGAAGGACTGGTACATTTATCAGGTATGCTTGAGTTGAAA 1317
Query 1309 TCTCTGGAGTTGTCCGATACCGAAGTAGGAAGCAATGGTCTTCGCCATCTCTCTGGCCTG 1368
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TCTCTGGAGTTGTCTGATACCGAAGTAGGAAGCAATGGTCTTCGCCATCTCTCTGGCCTG 1377
Query 1369 TCAAACCTAGAGAGCATAAACTTGTCATTTACTGTTGTGACCGATAGCGGTTTAAGGAAA 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1378 TCAAACCTAGAGAGCATAAACTTGTCATTTACTGTTGTGACCGATAGCGGTTTAAGAAAA 1437
Query 1429 TTATCTGGTTTGACATCTCTTCGAACACTGAATCTGGATGCTCGTCATGTTACTGATGCT 1488
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TTATCTGGTTTGACATCTCTTCGAACATTGAATCTGGATGCTCGTCATGTTACTGATGCT 1497
Query 1489 GGTCTTTCCGCGCTTACAAGTTTGACAGGGTTGACTCACCTCGATCTCTTCGGTGCTCGT 1548
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GGTCTTTCCGCGCTCACAAGTTTGACAGGGTTGACGCACCTTGATCTCTTCGGTGCTCGT 1557
Query 1549 ATCACAGATTCTGGAACAAATCACCTACGAAACCTGAAGAAACTGCAGTCACTTGAAATA 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ATCACAGATTCTGGAACAAATCACCTACGAAACCTGAAGAAACTGCAGTCACTTGAAATA 1617
Query 1609 TGTGGTGGTGGATTAACCGATACTGGTGTCAAGAACATAAAAGATCTTTCATCCCTCACT 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGTGGTGGTGGATTAACCGATACTGGTGTCAAGAACATAAAAGATCTTTCATCCCTCACT 1677
Query 1669 CTCCTCAATCTATCACAAAACTCCAATCTCACAGACAAAACACTGGAGTTGATTTCCGGA 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1678 CTCCTCAATCTATCACAAAACTCCAATCTCACAGACAAAACACTGGAGTTGATTTCTGGA 1737
Query 1729 TTGACGGGATTGGTCTCTCTAAACGTCTCAAACTCTCGAGTATCGAGCTCAGGACTACGT 1788
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1738 TTGACCGGATTGGTCTCTCTGAACGTCTCAAACTCTCGAGTATCAAGCTCAGGACTACGT 1797
Query 1789 CACCTGAAGCCATTGAAGAACCTGAGATCTCTGACCTTGGAGTCCTGCAAGCTCTCTGCT 1848
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 CACCTGAAGCCATTGAAGAACTTGAGATCTCTGACCTTGGAGTCCTGCAAGCTCTCTGCT 1857
Query 1849 AACGACATCAGGAAGCTTCAGGCGACTGATCTGCCAAACTTAGTCAACTTCCGTCCTGAA 1908
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AATGACATCAGGAAGCTTCAGGCGACTGATCTGCCAAACTTGGTCAACTTCCGTCCTGAA 1917
Query 1909 TAAAATTCTATGT-CGAAAAGGTAA-TTCACGAACTCTGTAAATAGATCGATCTCTTCTG 1966
|||||| ||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1918 TAAAATAATATGTTC-AAA-GGCAAATTCACGAACTCTGTAAATAGATCGATCTCCTCTG 1975
Query 1967 GTCTCAGACAAAGCCACTGCTCTTATATATATATCGTCAAAAGCTATGCTCTTCTTCGGA 2026
||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 GTCTCAGACTAAGACACTGCTCTTAGATATAT--CGTCAAAAGCTATGCTCTTCTTCGGA 2033
Query 2027 TTATTTGCTGAAGAAACTGTAAATAAAGCTTCATTCA 2063
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2034 TTATTTGCTGAAGAAACTGTAAATAAAGCTTCTTTCA 2070
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112148017530
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5