BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471949
Length=2369
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G17440.1 | Symbols: EER4, TAF12B | Transcription initiation ... 3031 0.0
> AT1G17440.1 | Symbols: EER4, TAF12B | Transcription initiation
factor TFIID subunit A | chr1:5983984-5987784 REVERSE LENGTH=2497
Length=2497
Score = 3031 bits (1641), Expect = 0.0
Identities = 1908/2030 (94%), Gaps = 46/2030 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 359 CAACAACAGATTATGCACCAAATGTCTTCATCTCCGATTCCGCAATTATCGCAGCAACAG 418
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 494 CAACAACAGATTATGCAGCAAATCTCTTCATCTCCGATTCCACAATTATCGCCGCAACAG 553
Query 419 CAACAGATTCTTCAGcaacaacaacaacaacacaTGACTTCACAGCAAATCCCAATGTCC 478
|||||||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 CAACAGATTC-T--G------CAGCAACAACACATGACTTCACAGCAAATCCCAATGTCG 604
Query 479 AATTACCAAATAGCTCAATCTCTTCAGCGATCTCCTTCTATCTCTCGCCTGAGCCAAATT 538
| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 605 AGTTACCAAATTGCTCAATCTCTTCAGCGATCCCCTTCTCTTTCTCGCCTGAGCCAAATT 664
Query 539 CAGCAACAACAACAACAGCAGCAGCAACATCAAGGTCAATACGGCAACGTTTTGAGGCAG 598
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 665 CAG------CAACAACAGCAGCAGCAGCATCAAGGTCAATACGGCAACGTGTTGAGACAG 718
Query 599 CAAGCTGGATTGTACGGGACCATGAACTTTGGTGGCTCAGGTTCAGTTCAACAGAGCCAG 658
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CAAGCTGGTTTGTACGGAACCATGAACTTTGGTGGCTCAGGTTCAGTTCAACAGAGCCAG 778
Query 659 CAGAATCAGCAGATGGTTAACCCTAATATGTCCAGAGCAGCTTTAGTTGGCCAAAGCGGT 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 779 CAGAATCAGCAGATGGTTAACCCTAATATGTCCAGAGCAGGTTTAGTTGGCCAAAGCGGT 838
Query 719 CACTTGCCAATGCTTAACGGCGCAGCTGGATCAGCTCAGATGAATATTCAGCCCCAATTA 778
|||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 839 CACTTGCCTATGCTTAACGGTGCTGCTGGAGCTGCTCAGATGAATATTCAACCCCAATTA 898
Query 779 TTGGCAGCTTCGCCGAGGCAGAAATCTGGCCTGGTTCAAGGTTCGCAGTTTCATCCGGGA 838
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTGGCTGCTTCGCCGAGGCAGAAATCTGGCATGGTTCAAGGTTCGCAGTTTCATCCGGGA 958
Query 839 AGTTCTGGACAACAGTTACAAGGGATGCAAGCAATGGGAATGATGGGATCACTCAATTTG 898
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 959 AGTTCTGGACAACAGTTACAAGGGATGCAAGCTATGGGAATGATGGGATCACTGAATTTG 1018
Query 899 ACCTCGCAGATGAGAGGCAACCCTGCTCTCTATGCGCAGCAGCGAATCAGCCCGGGCCAG 958
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||
Sbjct 1019 ACCTCGCAAATGAGAGGTAACCCTGCTCTCTATGCGCAGCAGAGAATCAACCCGGGGCAG 1078
Query 959 ATGAGACAGCAATTGTCACAGCAAAACGCTCTTACTTCACCTCAGGTCCAGAACCTCCAG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATGAGACAGCAATTGTCACAGCAAAACGCTCTTACTTCACCTCAGGTCCAGAACCTCCAG 1138
Query 1019 AGAACATCTTCTCTCGCATTTATGAATCCTCAGCTATCGGGTTTGGCCCAGAATGGACAA 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AGAACATCTTCTCTCGCATTTATGAATCCTCAGCTATCGGGTTTGGCCCAGAATGGACAA 1198
Query 1079 GCTGGCATGATGCAAAACTCCTTGTCACAGCAGCAATGGCTGAAGCAAATGTCGGGAATA 1138
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GCTGGCATGATGCAAAACTCTTTGTCACAGCAGCAATGGCTGAAGCAAATGTCGGGAATA 1258
Query 1139 ACGAGCCCCAATTCATTTCGCCTCCAACCGAGTCAAAGGCAGGCTCTACTCTTACAGCAG 1198
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1259 ACGAGCCCCAATTCATTCCGACTCCAACCGAGTCAAAGACAGGCTCTTCTCTTACAGCAG 1318
Query 1199 CAGCAGCA--A-CAACAAC---TGCCCTCTCCTCAGTTACATCAATCTTCTATGTCCTTG 1252
|||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CAGCAGCAGCAACAACAACAACTGTCCTCTCCTCAGTTACATCAATCTTCTATGTCCTTG 1378
Query 1253 AATCAGCAGCAGTTATCACAGATAATACAACAACAGCAGCAACAATCACAATTAGGCCAG 1312
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AATCAGCAGCAGATATCACAGATAATACAACAGCAGCAGCAACAATCACAATTAGGCCAG 1438
Query 1313 TCGCAGATGAACCATTCCCATTCCcaacaacaactacaacagatgcagcaacaaatacag 1372
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1439 TCGCAGATGAACCAATCCCATTCCCAACAACAACTACAACAGATGCAGCAGCAACTACAG 1498
Query 1373 cagcaaccacaacagcagatgcagcagca--a-caacaaca---gcaaatgcagattaat 1426
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1499 CAGCAACCACAACAGCAGATGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAGCAAATGCAGATTAAT 1558
Query 1427 caacaacagcCATCTCCAAGGATGTCGAGTCATGCAGGACAAAAATCTGTCAGTTTAACG 1486
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CAACAACAGCCATCTCCAAGGATGTTGAGTCATGCAGGACAAAAATCTGTCAGTTTAACG 1618
Query 1487 GGTTTACAACCAGATGCTACACAATCGGGTACAACAACACCAGGTGGTAGCTCAAGCCAA 1546
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GGTTCACAACCAGAGGCTACACAATCGGGTACAACAACACCAGGTGGTAGCTCAAGCCAG 1678
Query 1547 GGAACAGAAGCAACAAACCAACTCCTTGGTAAAAGGAAGATACAGGATCTGGTTTCGCAG 1606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GGAACAGAAGCAACAAACCAACTCCTTGGTAAAAGGAAGATACAGGATCTGGTTTCGCAG 1738
Query 1607 GTGGATGTACATGCTAAATTGGATCCTGATGTTGAAGACCTCCTTTTGGAGGTGGCAGAT 1666
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GTGGATGTACATGCGAAACTGGATCCTGATGTTGAAGACCTCCTTTTGGAGGTGGCAGAT 1798
Query 1667 GACTTCATTGATTCGGTGACATCTTTTGCATGTAGCTTGGCTAAGCATCGTAAATCATCC 1726
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GACTTCATTGATTCGGTCACATCTTTTGCATGTAGCTTGGCTAAGCATCGTAAATCATCT 1858
Query 1727 GTATTGGAGCCCAAGGATATATTACTCCACCTAGAGAAAAACTTGCACTTGACAATTCCT 1786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GTATTGGAGCCCAAGGATATATTACTCCACCTAGAGAAAAACTTGCACTTGACAATTCCT 1918
Query 1787 GGATTCTCAAGCGACAATAAACGCCAAACAAAAACTGTACCAACTGATCTCCACAAGAAG 1846
||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GGATTCTCAAGTGAGGATAAACGTCAAACAAAAACTGTACCAACTGATCTCCACAAGAAG 1978
Query 1847 CGACTTGCAATGGTGCGTGCATTACTAGAATCCTCAAAACCAGAGACGAATGCAAGCAAT 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CGACTTGCAATGGTGCGTGCATTACTAGAATCCTCAAAACCAGAGACGAATGCAAGCAAT 2038
Query 1907 TCCAAGGAAAGTATGAGACAAGTGATGGTGAACCCAAATGGTCCAAATCATCTCTTAAGA 1966
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2039 TCCAAGGAAACTATGAGACAAGCGATGGTGAACCCAAATGGTCCGAATCATCTCTTAAGA 2098
Query 1967 CCATCCCCAAGTTCAGAACAATTGGTTTCGCAAACATCCGGTCCTCACATATTACAACAT 2026
|| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CCCTCCCAAAGTTCAGAACAATTGGTTTCGCAGACATCCGGTCCTCACATATTACAACAC 2158
Query 2027 ATGACACGATACTAAAGGACTTGAATATAAAAGCCTGAGCCAGCTCTCACTGCTATGTTC 2086
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATGACACGATACTAAAGGACTTGAATATAGAAGCCTGAGCCAGCTCTCACTGCTATGTTC 2218
Query 2087 ATCTTCTTGGTAAACACTGCAGGAGTTTACACATCTACGGAGAGT-GAAGGCACAAGGAG 2145
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2219 ATCTTCTTGGT------TGCAGGAGTTTACACATCTATGGAGAGTTGAAGGCACAAGTAG 2272
Query 2146 TCAAACTGTATGTATTATATATATAATTCATGAGTCTTATAGGCAATCAAATAATAATAC 2205
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2273 TGAAACTGTATGTATTATATATAAAATTCATGAGTCTTATAGGCAATCAAATAATA---C 2329
Query 2206 AGTTATTTTT--CATAGTTGTGGGActttctaactatttcttcttcttt---agtgggtt 2260
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2330 AGTTATTTTTTTCGTAGTTGTGGGACTTTCTAACTATTTCGTCTTCTTTTTTAGTGGGTT 2389
Query 2261 tttgtctttctc-ttttgtaattttttAGTTGTCCACTCCATTTTAAGCTTGAAAGTGTT 2319
||||| ||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2390 TTTGTTTTT-TCCTTTTGTAATTTT--AGTTGTCCTCTCCATTTTAAGCTTGAAAGTTTT 2446
Query 2320 AGCCCTTTGATGACTCAGCATTTGATGATGTGTTAAATGATGTAAACTAT 2369
||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2447 AGCTCTTTGATGACTCAGCAGTTGATGATATGTTAAATGATGTCAACTAT 2496
Score = 532 bits (288), Expect = 4e-150
Identities = 343/369 (93%), Gaps = 5/369 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTGTTCTTCACACCTGGGTTTCTTCTAATGGCGGAACCAATTCCTTCATCGTCTCTGTC 60
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 94 CTTCTTCTTCACAGCTGGGTTTCTTCTAATGGCGGAACCGATTCCCTCATCGTCTCTGTC 153
Query 61 ACCGAAATCTCTTCAATCTCCTAATCCCATGGAACCTTCTCCTGCATCTTCTGCTCCTTT 120
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 154 ACCGAAATCTCTACAATCTCCTAATCCTATGGAACCTTCTCCTGCATCTTCTACTCCTTT 213
Query 121 ACCTTCATCATCATCTCAACAACAACAACTCATGACAGCCCCGGTTTCCAATTCTGTTAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 214 ACCTTCATCATCATCTCAACAACAACAACTCATGACAGCTCCGATTTCCAATTCTGTTAA 273
Query 181 TTCCGCGGCGTCTCCGGCTATGACTGTAACTACCACCGAAGGTGTTGTAATTCAGAACAA 240
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 274 TTCCGCTGCGTCTCCGGCGATGACTGTAACTACCACCGAAGGTATTGTAATTCAGAACAA 333
Query 241 TTCGCAACCTATCATCTCGTCTCCGAACCCTA---CTTCGAACCCAGCC-GTCGGAGCTC 296
||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||| |||||| || |||||||||
Sbjct 334 TTCGCAACCTAACATCTCCTCTCCCAACCCTACTTCTTCTAACCCA-CCAATCGGAGCTC 392
Query 297 AGATCCCGTCGCCTTCTCCTCTCTCTCATCCTTCTTCCTCTCTAGATCAGCAAACACAGA 356
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 393 AGATCCCGTCGCCTTCTCCTCTCTCTCACCCTTCTTCATCTTTAGATCAGCAAACACAGA 452
Query 357 CTCAACAAC 365
|||| ||||
Sbjct 453 CTCAGCAAC 461
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117619876935
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5