BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471988
Length=2486
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G17760.1 | Symbols: CSTF77, ATCSTF77 | Tetratricopeptide rep... 4023 0.0
> AT1G17760.1 | Symbols: CSTF77, ATCSTF77 | Tetratricopeptide repeat
(TPR)-like superfamily protein | chr1:6110107-6116617
REVERSE LENGTH=2652
Length=2652
Score = 4023 bits (2178), Expect = 0.0
Identities = 2306/2369 (97%), Gaps = 3/2369 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 120 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACGTATATCACCATTGCGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 179
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACTTATATTACCATTGAGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 328
Query 180 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACAACGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACATCGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 388
Query 240 AAGAGAGCTTTGCA-TCTACCAATTGCACAGGCGACGCCCATCTACGAGCAGCTTTTGTC 298
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 389 AAGAGAGCTTTGCATTC-ACCAATTGCACAGGCGACGCCGATCTACGAGCAGCTTTTGTC 447
Query 299 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATATTGGAAGCAATATGTGGAGGCACACATGGCTGTAAA 358
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 448 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATTTTGGAAGCAATATGTGGAGGCACAGATGGCTGTAAA 507
Query 359 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 567
Query 419 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 627
Query 479 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATCGGGACAGACATAGC 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 628 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATTGGGACAGACATCGC 687
Query 539 ATCTGGGCCTATATGGACCGAGTACATTACCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 598
||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 ATCAGGGCCTATATGGACTGAGTACATTGCCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 747
Query 599 AAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTCCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 658
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 CAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTTCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 807
Query 659 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAGAACTTCGAAAATTCTGTTAA 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 808 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAAAACTTCGAAAATACTGTTAA 867
Query 719 TCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGCGCCAGGGC 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 868 CCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGTGCCAGGGC 927
Query 779 TGTATATAGGGAACGCAAGAAGTATATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 838
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 TGTATATAGGGAGCGCAAGAAGTACATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 987
Query 839 ACCAACAGGATCTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCTTGGAAAAAGTTTTTGTCCTT 898
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 988 ACCAACAGGAACTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCCTGGAAAAAGTTCTTGTCCTT 1047
Query 899 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCTTCAACTCAGCGGATTATATATGC 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1048 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCGTCAACTAAGCGGATTATATATGC 1107
Query 959 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1167
Query 1019 GTGGCATGTAAAATCTGGTACCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1078
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 GTGGCACGTAAAATCTGGTTCCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1227
Query 1079 GGCCATTCCTGATTCGGAAATGTTGAAATATGCTTATGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1138
|||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228 AGCCATTCCTGATTCAGAGATGTTGAAATATGCTTTTGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1287
Query 1139 AGCAATTCAGTCAGCAAAGAAATTATATGAAAGCATTTTGGGGGTTAGCACAAACTCTTT 1198
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1288 AGCAATTCAGTCAGCGAAGAAATTATATGAAAACATTTTGGGGGCTAGCACAAACTCTTT 1347
Query 1199 GGCACATATACAATTCCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1258
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 GGCACATATACAATACCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1407
Query 1259 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1467
Query 1319 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATATTTGAGGAGGG 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1468 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATCTTTGAAGAGGG 1527
Query 1379 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTGAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTAAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1587
Query 1439 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACATTACCAGC 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1588 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACGTTACCAGT 1647
Query 1499 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1707
Query 1559 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1767
Query 1619 GGGATCTTCTCCTCTAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1678
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768 GGGGTCTTCTCCTCCAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1827
Query 1679 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1887
Query 1739 GAATCTGAATAAGAAAGTAGGGAAGACAAATCTACCTCATGGTCCTGCGGCTATAGGTAG 1798
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1888 GAATCTGAATAAGAAAGCAGGGAAAACAAATCTACCTCATGTTCCTGCGGCTATAGGTAG 1947
Query 1799 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCGCAGATGGTTGTTCAAGACCC 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCTCAGATGGTTGTTCAAGACCC 2007
Query 1859 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTACAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 1918
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTGCAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 2067
Query 1919 CTTCCCAAGTATTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACGTTTGACGAATT 1978
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2068 CTTCCCAAGTACTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACATTTGACGAAAT 2127
Query 1979 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGTTAGCGTTTTTAGCTAACTTACCTATTGTTGACGG 2038
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2128 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGGTAGCATTTTTAGCTAACTTGCCTATTGTGGACGG 2187
Query 2039 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGTGACTTTCCAACAGG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2188 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGCGACTTTCCAACAGG 2247
Query 2099 TCAAATTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2158
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2248 TCAAACTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2307
Query 2159 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTcaaagattaccaagagacagaagagctacaaagagaaa 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTCAAAGATTACCAAGAGACAGAAGAGCTACAAAGAGAAA 2367
Query 2219 agattcagacaggcaagaagaagaTGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2368 AGATTCAGACAGGCAAGAAGAAGATGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2427
Query 2279 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGAAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2338
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGGAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2487
Query 2339 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCAGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCTGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2547
Query 2399 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTATT-CTTGTAATTTATTTC 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2548 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTAATACTTGTAATTTATTTC 2607
Query 2458 CCCCAACAATTCTAACTTATGCAATAAAA 2486
|||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2608 CCCCAACAATTCCAACTTATGCAATAAAA 2636
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123360512837
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5