BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg471988 Length=2486 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G17760.1 | Symbols: CSTF77, ATCSTF77 | Tetratricopeptide rep... 4023 0.0 > AT1G17760.1 | Symbols: CSTF77, ATCSTF77 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | chr1:6110107-6116617 REVERSE LENGTH=2652 Length=2652 Score = 4023 bits (2178), Expect = 0.0 Identities = 2306/2369 (97%), Gaps = 3/2369 (0%) Strand=Plus/Plus Query 120 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACGTATATCACCATTGCGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 179 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 269 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACTTATATTACCATTGAGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 328 Query 180 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACAACGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 239 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 329 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACATCGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 388 Query 240 AAGAGAGCTTTGCA-TCTACCAATTGCACAGGCGACGCCCATCTACGAGCAGCTTTTGTC 298 |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 389 AAGAGAGCTTTGCATTC-ACCAATTGCACAGGCGACGCCGATCTACGAGCAGCTTTTGTC 447 Query 299 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATATTGGAAGCAATATGTGGAGGCACACATGGCTGTAAA 358 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 448 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATTTTGGAAGCAATATGTGGAGGCACAGATGGCTGTAAA 507 Query 359 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 508 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 567 Query 419 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 568 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 627 Query 479 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATCGGGACAGACATAGC 538 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 628 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATTGGGACAGACATCGC 687 Query 539 ATCTGGGCCTATATGGACCGAGTACATTACCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 598 ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 688 ATCAGGGCCTATATGGACTGAGTACATTGCCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 747 Query 599 AAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTCCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 658 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 748 CAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTTCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 807 Query 659 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAGAACTTCGAAAATTCTGTTAA 718 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| Sbjct 808 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAAAACTTCGAAAATACTGTTAA 867 Query 719 TCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGCGCCAGGGC 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 868 CCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGTGCCAGGGC 927 Query 779 TGTATATAGGGAACGCAAGAAGTATATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 838 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 928 TGTATATAGGGAGCGCAAGAAGTACATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 987 Query 839 ACCAACAGGATCTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCTTGGAAAAAGTTTTTGTCCTT 898 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 988 ACCAACAGGAACTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCCTGGAAAAAGTTCTTGTCCTT 1047 Query 899 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCTTCAACTCAGCGGATTATATATGC 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| Sbjct 1048 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCGTCAACTAAGCGGATTATATATGC 1107 Query 959 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1108 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1167 Query 1019 GTGGCATGTAAAATCTGGTACCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1078 |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1168 GTGGCACGTAAAATCTGGTTCCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1227 Query 1079 GGCCATTCCTGATTCGGAAATGTTGAAATATGCTTATGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1138 |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1228 AGCCATTCCTGATTCAGAGATGTTGAAATATGCTTTTGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1287 Query 1139 AGCAATTCAGTCAGCAAAGAAATTATATGAAAGCATTTTGGGGGTTAGCACAAACTCTTT 1198 ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1288 AGCAATTCAGTCAGCGAAGAAATTATATGAAAACATTTTGGGGGCTAGCACAAACTCTTT 1347 Query 1199 GGCACATATACAATTCCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1258 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1348 GGCACATATACAATACCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1407 Query 1259 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1408 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1467 Query 1319 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATATTTGAGGAGGG 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1468 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATCTTTGAAGAGGG 1527 Query 1379 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTGAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1438 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1528 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTAAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1587 Query 1439 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACATTACCAGC 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1588 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACGTTACCAGT 1647 Query 1499 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1648 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1707 Query 1559 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1618 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1708 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1767 Query 1619 GGGATCTTCTCCTCTAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1678 ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1768 GGGGTCTTCTCCTCCAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1827 Query 1679 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1828 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1887 Query 1739 GAATCTGAATAAGAAAGTAGGGAAGACAAATCTACCTCATGGTCCTGCGGCTATAGGTAG 1798 ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1888 GAATCTGAATAAGAAAGCAGGGAAAACAAATCTACCTCATGTTCCTGCGGCTATAGGTAG 1947 Query 1799 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCGCAGATGGTTGTTCAAGACCC 1858 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1948 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCTCAGATGGTTGTTCAAGACCC 2007 Query 1859 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTACAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 1918 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2008 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTGCAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 2067 Query 1919 CTTCCCAAGTATTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACGTTTGACGAATT 1978 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 2068 CTTCCCAAGTACTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACATTTGACGAAAT 2127 Query 1979 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGTTAGCGTTTTTAGCTAACTTACCTATTGTTGACGG 2038 ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 2128 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGGTAGCATTTTTAGCTAACTTGCCTATTGTGGACGG 2187 Query 2039 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGTGACTTTCCAACAGG 2098 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2188 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGCGACTTTCCAACAGG 2247 Query 2099 TCAAATTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2158 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2248 TCAAACTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2307 Query 2159 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTcaaagattaccaagagacagaagagctacaaagagaaa 2218 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2308 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTCAAAGATTACCAAGAGACAGAAGAGCTACAAAGAGAAA 2367 Query 2219 agattcagacaggcaagaagaagaTGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2278 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2368 AGATTCAGACAGGCAAGAAGAAGATGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2427 Query 2279 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGAAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2338 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2428 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGGAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2487 Query 2339 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCAGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2398 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2488 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCTGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2547 Query 2399 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTATT-CTTGTAATTTATTTC 2457 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 2548 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTAATACTTGTAATTTATTTC 2607 Query 2458 CCCCAACAATTCTAACTTATGCAATAAAA 2486 |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2608 CCCCAACAATTCCAACTTATGCAATAAAA 2636 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 123360512837 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5