BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472012
Length=2404
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G17980.1 | Symbols: PAPS1 | poly(A) polymerase 1 | chr1:6187... 3792 0.0
> AT1G17980.1 | Symbols: PAPS1 | poly(A) polymerase 1 | chr1:6187507-6191708
REVERSE LENGTH=2667
Length=2667
Score = 3792 bits (2053), Expect = 0.0
Identities = 2305/2423 (95%), Gaps = 31/2423 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAAAAGAGAGGAAAAGAACAAAGTAAGTAAGATCGATGGCTAGTGTCCAGCAAAATGGG 60
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 AAAAAAGAGAGGAAAAGAGCAAAGTAAGTAGGATAGATGGCTAGTGTCCAGCAAAATGGG 314
Query 61 CAAAGGTTTGGCATTACAGAACCTATCTCTTTGGGAGGACCAACGGAGCTTGATGTCATC 120
||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 315 CAACGGTTTGGCGTTTCAGAACCTATCTCTATGGGAGGACCAACGGAGTTTGATGTGATC 374
Query 121 AAGACTAGAGAGCTCGAGAAGCACTTGCAAGATGTTGGATTGTACGAGAGTAAGGAGGAA 180
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 375 AAGACAAGAGAGCTCGAGAAGCACTTGCAAGATGTTGGATTGTACGAGAGCAAGGAGGAA 434
Query 181 GCTGTTAGAAGGGAGGAGGTTCTGGGGATACTAGATCAGATTGTAAAAACATGGATTAAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 GCTGTTAGAAGGGAGGAGGTTCTGGGGATACTAGATCAGATTGTAAAAACATGGATTAAA 494
Query 241 ACAATCAGCCGCGCCAAAGGGTTGAATGATGAGCTGCTTCATGTGGCGAATGCGAAGATA 300
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 495 ACAATCAGCCGCGCCAAAGGGTTGAATGATCAGCTGCTTCATGAGGCGAATGCAAAGATA 554
Query 301 TTTACTTTCGGTTCTTATCGACTAGGGGTACATGGACCTGGTGCTGATATAGACACTTTA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 TTTACTTTCGGTTCTTATCGACTAGGGGTACATGGACCTGGTGCTGATATAGACACTTTA 614
Query 361 TGTGTGGGACCTAGACATGCAACTAGAGAAGGTGATTTCTTTGGTGAGCTACAAAGGATG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 615 TGTGTGGGACCTAGACATGCAACTAGAGAAGGTGATTTCTTTGGTGAGCTACAAAGAATG 674
Query 421 TTGTCAGAAATGCCTGAAGTAACCGAACTGCACCCCGTGCCTGATGCTCATGTTCCATTG 480
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 CTGTCAGAAATGCCGGAAGTAACTGAACTGCACCCTGTGCCTGATGCTCATGTTCCATTG 734
Query 481 ATGGGATTCAAACTTAATGGAGTTTCGATAGATCTCCTTTATGCACAACTTCCACTCTGG 540
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 ATGGGATTCAAACTTAATGGAGTTTCTATAGATCTCCTTTATGCACAACTTCCACTCTGG 794
Query 541 GTTATACCTGAGGACTTAGATATATCACAGGACTCCATTCTACAGAATGCTGATGAGCAA 600
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 GTTATACCTGAGGACTTAGATTTATCACAGGACTCCATTCTACAGAATGCTGATGAGCAA 854
Query 601 ACTGTTCGAAGCCTCAACGGTTGTAGAGTTACTGACCAAATCTTGCGTCTGGTTCCAAAC 660
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 ACTGTTCGAAGTCTCAACGGTTGTAGAGTTACTGACCAAATCTTGCGTCTGGTTCCAAAC 914
Query 661 ATTCAGAATTTCAGGACAACATTAAGATGCATGCGATTTTGGGCCAAACGACGTGGAGTA 720
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 ATTCAGAATTTCAGAACAACATTAAGATGCATGAGATTTTGGGCCAAACGACGTGGAGTA 974
Query 721 TACTCTAATGTCTCGGGATTTCTTGGTGGTATAAACTGGGCATTGCTTGTAGCTCGGATA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 TACTCTAATGTCTCGGGATTTCTTGGTGGTATAAACTGGGCATTGCTTGTAGCTCGGATA 1034
Query 781 TGTCAACTTTATCCTAACGCCCTCCCAAATATGTTAGCGTCTCGGTTCTTTAGGGTCTAC 840
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1035 TGTCAACTTTATCCTAACGCCCTCCCTAATATTTTAGTGTCTCGGTTCTTTAGGGTCTTC 1094
Query 841 AATCAATGGCGTTGGCCGAATC-CCGTTCTTCTTTGTTCTATGGATGAAGGATCC-TTCG 898
|||||||| ||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||||||| || |
Sbjct 1095 TATCAATGGAATTGGCCGAA-CGCCATTTTTCTTTGTTCTCCGGATGAAGGATCCCTT-G 1152
Query 899 GTCTTCAAGTTTGGGATCCTAGAAGAAACCCAAAGGACCGGTTGCATATAATGCCCATCA 958
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 GTCTTCAAGTTTGGGATCCTAGAATAAACCCAAAGGATCGGTTGCATATAATGCCCATCA 1212
Query 959 TTACTCCCGCTTATCCTTGTATGAACTCCAGTTACAATGTCTCTGCAAGTACATTGCGGA 1018
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1213 TTACTCCTGCTTATCCTTGTATGAACTCTAGTTACAATGTCTCTGAAAGTACATTGCGGA 1272
Query 1019 TTATGACAGGAGAGTTTCAGAGAGGAAAAGAAATATGTGAGGCTATGGAAGCAAACAAAG 1078
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1273 TTATGAAAGGAGAGTTTCAGAGAGGAAACGAAATATGTGAGGCTATGGAATCAAACAAAG 1332
Query 1079 CTGATTGGGATACCCTTTTTGAGCCATTTGCATTCTTTGAAGCGTATAAAAACTATCTTC 1138
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1333 CTGACTGGGATACCCTTTTTGAGCCATTTGCATTCTTTGAAGCGTATAAAAACTATCTAC 1392
Query 1139 AGATAGACATTTCCGCTGCAAATGTCGATGATCTAAGAAAATGGAAAGGCTGGGTTGAGT 1198
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 AGATAGACATTTCTGCTGCAAATGTCGATGATCTAAGAAAATGGAAAGGCTGGGTTGAGT 1452
Query 1199 CACGCCTCCGCCAGCTCACACTGAAGATCGAGAGACATACTTATGATATGCTTCAGTGCC 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||
Sbjct 1453 CACGCCTCCGCCAGCTCACACTGAAGATCGAGAGACATT-TTAA-A-ATGCTTCATTGCC 1509
Query 1259 ACCCTCATCCCCATGATTTTCAAGACGCATCCCGGCCACTCCATTGCTCTTACTTCATGG 1318
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 ACCCTCATCCCCATGATTTTCAAGACACATCCCGGCCACTCCATTGCTCTTACTTCATGG 1569
Query 1319 GTCTGCAACGTAAACAAGGAGTTCCAGCAGCAGAAGGCGAGCAATTTGATATCAGAAGAA 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1570 GTCTGCAACGTAAACAAGGAGTTCCAGCAGCAGAAGGCGAGCAATTCGATATCAGAAGAA 1629
Query 1379 CCGTTGAGGAGTTTAAACACACTGTCAACGCTTACACATTGTGGATTCCCGGGATGGAGA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1630 CCGTTGAGGAGTTTAAACACACTGTCAACGCTTACACATTGTGGATTCCAGGGATGGAGA 1689
Query 1439 TTAGTGTCAGCCATATAAAACGGAGAAGCTTACCTAATTATGTGTTTCCTGGTGGAGTTA 1498
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 TTAGTGTTGGCCATATAAAACGGAGAAGCTTACCTAATTTTGTGTTTCCTGGTGGAGTTA 1749
Query 1499 GACCTTCACATACCTCTAAAGGAACATGGGACAGCAATCGCCGTTCAGAGCACAGAAATT 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1750 GACCTTCACATACCTCTAAAGGAACATGGGACAGCAATCGCCGTTCAGAGCACAGAAATT 1809
Query 1559 CTTCTACATCAAGTGCACTAGCTGCTACTACTACCACTACTGAAATGAGTTCTGAAAGTA 1618
|||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1810 CTTCTACATCAAGTGCACCAGCTGCTACTACCACTACTACCGAAATGAGTTCTGAAAGTA 1869
Query 1619 AAGCTGGTTCTAACAGTCCAGTTGATGGGAAGAAGAGAAAATGGGGAGATAATGAAACAC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1870 AAGCTGGTTCTAACAGTCCAGTTGATGGGAAGAAGAGAAAATGGGGAGATAGTGAAACAC 1929
Query 1679 TCACCGATCAGCTAAGGAACTATAAACACATTGCTGTTTCAGTGCCTGTAGAGAATTGTG 1738
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930 TCACCGATCAGCCAAGGAACTCTAAACACATTGCTGTTTCAGTGCCTGTAGAGAATTGTG 1989
Query 1739 AAGGCGGGAGTCCAAATCCATCTGTTGGATCGATTTGTTCAAGTCCTATGAAAGATTATT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1990 AAGGCGGGAGTCCAAATCCATCTGTTGGATCAATTTGTTCAAGTCCTATGAAAGATTATT 2049
Query 1799 GTACAAACGGTAAATCTGAGCCTATTAGTAAGGATCCACCAGAGAATGTTGTTGCTTTCA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2050 GTACAAACGGTAAATCTGAGCCTATTAGTAAGGATCCACCAGAAAATGTTGTTGCTTTCA 2109
Query 1859 GTAAGGAACCAGCAGAGAGTCTTCCGATAGAAAAGATAGCCACTCCTCAAGCTCCTAGTC 1918
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2110 GTAAGGATCCACCAGAGAGTCTTCCGATAGAAAAGATAGCCACTCCTCAAGCTC--A-T- 2165
Query 1919 AAGAAACTGAGGAGCTTGAAGAAAGTTTTGATTTTGGAAATCAAGTGGTTGAGCAGATAT 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2166 --GAAACTGAGGAGCTTGAAGAAAGTTTTGATTTTGGAAACCAAGTGATTGAGCAGATAT 2223
Query 1979 CTCATAAAGTTGCAATCCTGACTGCTACTGCAACTATACCTCCATTCGAAGCTGCTTCAA 2038
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2224 CTCATAAAGTTGCAGTCCTGTCTGCTACTGCAACTATACCTCCATTCGAAGCTACTTCAA 2283
Query 2039 ATGGCTCTGCATTCCCTAACGAAGCAGTGGAAGAACTTGAGGTTCTTCCCATGCGACAGC 2098
|||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2284 ATGGCTCTCCTTTCCCTTATGAAGCAGTGGAAGAACTTGAGGTTCTTCCCACGCGACAGC 2343
Query 2099 CCGATGCGGCACATAGACCTTCAGTACAACAGCGAAAACCGATAATCAAATTGAGCTTCA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 CCGATGCGGCACATAGACCTTCAGTACAACAGCGAAAACCGATAATCAAATTGAGCTTCA 2403
Query 2159 CGTCTCTAGGCAAAACCAATGGCAAGTAATAATGGCTTTTCCCTACATTGTCAAGAATCT 2218
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2404 CGTCTCTAGGCAAAACCAATGGCAAGTAATAATGGCTTTTCCCTACATTGCCAAGAATCT 2463
Query 2219 TAG--CACTTA------T--G---T-T-AAGTTGAGGGGTTCTTGTTACTTTATGTCTTA 2263
|| |||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2464 CAGAGCACTTACGGAAATTCGAGATGTTAAGTTGAGGGGTTCTTGTTACTTTATGTCTTA 2523
Query 2264 TATT-ATATGCTTCTCTTAGATGTTCCATGACCTCATGTAAAACTCGTTTGGATAAGATT 2322
|||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2524 TATTTATATGCTTTTCTTAGATGTTGCATGATCTCATGTAAAACTCGTTTGGATAAGATT 2583
Query 2323 AATGTAATGTGTTCTTGTCTATGGATCCCAAACACTTTTTCTGTCCTGAACAAAAGTCTG 2382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||
Sbjct 2584 AATGTAATGTGTTCTTGTCTATGGATCCCAAACACTTTTTCTGTCATAAATAAAAGTCTG 2643
Query 2383 CATTGAGTTCT-CTTCACAGATA 2404
||||||| | ||||||| |||
Sbjct 2644 GGTTGAGTT-TACTTCACATATA 2665
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119376896010
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5