BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472057
Length=2955
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G18370.1 | Symbols: HIK, ATNACK1, NACK1 | ATP binding microt... 4854 0.0
> AT1G18370.1 | Symbols: HIK, ATNACK1, NACK1 | ATP binding microtubule
motor family protein | chr1:6319650-6324222 REVERSE
LENGTH=3118
Length=3118
Score = 4854 bits (2628), Expect = 0.0
Identities = 2850/2959 (96%), Gaps = 7/2959 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTATAAAAACACCGGGAACTCCGGTTTCGAAGATGGACAGAACACCAGCTGTAACA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 ATGACTATAAAAACACCGGGAACTCCGGTTTCGAAGATGGACAGAACACCAGCTGTAACA 171
Query 61 CCAGGTGGAAGCTCAAGATCCAGGGAAGAGAAGATTGTTGTCACTGTAAGGTTAAGACCA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 172 CCAGGTGGAAGCTCAAGATCCAGGGAAGAGAAGATTGTTGTTACTGTAAGGTTAAGGCCA 231
Query 121 TTGAACAAGAAAGAACTGTTAGCTAAAGACCAAGTTGCTTGGGAATGTGTAGATGACCAC 180
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 232 ATGAATAAGAGAGAACTGTTAGCTAAAGACCAAGTTGCTTGGGAATGTGTAAATGACCAC 291
Query 181 ACCATTGTGTCTAAACCACAAGTTCAAGAACGTTTGCATCATCAGTCCTCATTTACATTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 ACCATTGTGTCTAAACCACAAGTTCAAGAACGTTTGCATCATCAGTCCTCATTTACATTT 351
Query 241 GATAAAGTTTTTGGACCAGAGAGTTTAACTGAGAATGTGTATGAAGATGGTGTTAAGAAT 300
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GATAAAGTTTTTGGACCAGAGAGTTTAACAGAGAATGTGTATGAAGATGGTGTTAAGAAT 411
Query 301 GTTGCATTGTCTGCTTTGATGGGCATCAATGCAACAATTTTTGCATATGGACAAACGAGC 360
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 412 GTTGCATTGTCTGCTTTGATGGGCATAAATGCAACAATATTTGCATATGGACAAACAAGC 471
Query 361 AGTGGTAAGACATATACCATGAGAGGAGTAACAGAGAAAGCTGTCAATGATATTTACAAT 420
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AGTGGAAAGACATATACCATGAGAGGAGTAACGGAGAAAGCTGTCAATGATATTTACAAT 531
Query 421 CACATTATTAAGACCCCTGAAAGAGATTTTACTATCAAGATTTCTGGTCTGGAAATATAT 480
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 CACATAATTAAGACCCCTGAAAGAGATTTTACTATCAAGATTTCTGGTCTGGAAATATAT 591
Query 481 AATGAAAATGTCAGAGATCTGCTGAATTCAGATTCCGGACGTGCCCTTAAACTCCTTGAT 540
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 AATGAAAATGTCAGAGATCTGCTCAATTCAGATTCGGGACGTGCCCTTAAACTCCTTGAT 651
Query 541 GATCCAGAGAAAGGTACCGTGGTTGAAAAACTGGTTGAAGAAACAGCTAATAACGATCAA 600
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 652 GATCCAGAGAAAGGTACTGTGGTTGAAAAACTGGTTGAAGAAACAGCTAATAACGAT-AA 710
Query 601 -CATTTGCGGCATCTGATTAGCATTTGTGAAGCTCAAAGACAAGTTGGGGAAACTGCTTT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 711 CCATTTGCGGCATCTGATTAGCATTTGTGAAGCTCAAAGACAAGTTGGAGAAACTGCTTT 770
Query 660 GAACGATACCAGCTCCCGGTCACACCAAATAATTAGACTAACGATACAAAGTACTCACCG 719
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 771 GAATGATACTAGCTCGCGGTCACACCAAATAATCAGACTGACAATACAAAGTACTCACCG 830
Query 720 CGAAAATTCAGATTGTGTGAGGTCATACATGGCTAGTCTGAACTTTGTGGACTTAGCAGG 779
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 CGAAAATTCAGATTGTGTGAGGTCATATATGGCTAGTCTGAACTTTGTGGACTTAGCAGG 890
Query 780 AAGCGAAAGAGCATCACAATCGCAGGCAGATGGAACGAGACTCAGGGAAGGTTGCCATAT 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 891 AAGCGAAAGAGCATCACAATCGCAGGCAGATGGAACGAGACTCAGGGAAGGTTGTCATAT 950
Query 840 CAATCTAAGTCTAATGACACTTACAACTGTCATAAGGAAGTTAAGTGTGGGGAAAAGAAG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 951 CAATCTAAGTCTAATGACACTTACAACTGTCATAAGGAAATTAAGTGTGGGGAAAAGAAG 1010
Query 900 CGGCCATGTACCTTACAGAGACTCCAAGCTTACTCGGATTTTACAGCATTCACTAGGTGG 959
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 CGGCCATATACCTTACAGAGACTCCAAGCTTACTAGGATTTTACAGCATTCACTAGGTGG 1070
Query 960 GAATGCTCGAACAGCCATTATATGTACATTGAGTCCAGCTTTGGCTCATGTTGAACAATC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 GAATGCTCGAACAGCCATTATATGTACATTGAGTCCAGCTTTGGCTCATGTTGAACAATC 1130
Query 1020 AAGAAATACTCTATACTTTGCCAACCGAGCCAAGGAAGTTACAAACAATGCCCACGTGAA 1079
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 AAGAAATACTCTATACTTCGCCAACCGAGCCAAGGAAGTTACAAACAATGCCCACGTGAA 1190
Query 1080 CATGGTTGTCTCTGATAAGCAACTAGTGAAACATCTTCAGAAAGAATTGGCTAGATTGGA 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1191 CATGGTTGTCTCTGATAAGCAACTAGTGAAACATCTTCAGAAAGAAGTGGCTAGATTGGA 1250
Query 1140 GGCCGAGCGTCGAACCCCTAATCCATCAAGTGAAAAGGATTTCAAGATCCAGCAGATGGA 1199
|||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 GGCCGAGCGTCGCACCCCTGGTCCATCGACAGAAAAGGATTTCAAGATCCAGCAGATGGA 1310
Query 1200 AATGGAAATCGAAGAGCTTAGGAGACAAAGAGATGATGCACAAATTCAACTTGAGGAGTT 1259
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 AATGGAAATCGGAGAGCTTAGAAGACAAAGAGATGATGCACAAATTCAACTTGAGGAGTT 1370
Query 1260 GCGCCAAAAGCTTCAAGGGGATCAGCAACAAAATAAGGGCCTAAATCCTTTTGAATCTCC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1371 ACGCCAAAAGCTTCAAGGGGATCAGCAACAAAATAAGGGCTTAAATCCTTTTGAATCTCC 1430
Query 1320 AGACCCACCGGTCAGAAAATGTCTTTCCTATTCTGTTGCCGTGACACCTAGCACGGAGAA 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 1431 AGACCCACCGGTCAGAAAATGTCTTTCCTATTCTGTTGCCGTAACGCCTAGCTCGGAGAA 1490
Query 1380 CAAAACGCTAAACCGGAATGAGAGAACAAGAAAGACCACGATACGCCAATCTATGATACG 1439
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1491 CAAAACGCTAAACCGGAATGAGAGAGCAAGAAAGACTACGATGCGCCAATCTATGATACG 1550
Query 1440 GCAATCATCAACTGCTCCTTTTACATTGATGCATGAAATCCGCAAACTTGAACACCTTCA 1499
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1551 GCAATCATCAACTGCTCCATTTACATTGATGCATGAAATCCGCAAACTCGAACACCTTCA 1610
Query 1500 AGAACAGTTAGGGGAGGAAGCAACGAAAGCTCTTGAAGTGTTACAGAAGGAAGTAGCCTG 1559
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1611 AGAACAGTTAGGGGAGGAAGCAACGAAAGCCCTTGAAGTGTTACAAAAGGAAGTAGCTTG 1670
Query 1560 CCATAGACTAGGGAATCAAGATGCAGCTCAAACAATAGCTAAGCTTCAAGCAGAGATAAG 1619
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 CCATAGACTAGGGAATCAAGATGCAGCTCAGACGATAGCTAAGCTTCAAGCAGAGATAAG 1730
Query 1620 GGAAATGCGTACTGTTAAACCATCTGCAATGCTTAAAGAGGTTGGAGATGTCATAGCTCC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 GGAAATGCGTACTGTTAAACCATCTGCAATGCTTAAAGAGGTTGGAGATGTCATAGCTCC 1790
Query 1680 TAACAAGAGCGTAAGTGCCAATCTCAAGGAAGAGATAACAAGGCTCCATTCACAAGGAAG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 TAACAAGAGCGTAAGTGCCAATCTCAAGGAAGAGATAACAAGGCTCCATTCACAAGGAAG 1850
Query 1740 CACCATTGCAAATCTAGAGGAGCAACTTGAGAGCGTTCAGAAGTCAATAGATAAGTTGGT 1799
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CACCATTGCGAATCTAGAGGAGCAACTTGAGAGCGTTCAGAAGTCAATAGATAAGTTGGT 1910
Query 1800 GATGTCTCTTCCAAGCAATATCAATGCTGGAGATGAGACCCCAAGGACAAAGAATCATCA 1859
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1911 GATGTCTCTTCCGAGCAATATCAGTGCTGGAGATGAGACTCCAAAGACAAAGAATCATCA 1970
Query 1860 TCATCAATCAAAGAAGAAGAAACTTCTTCCTCTGACACCAAGCAGCGTTTCCAACCGCCA 1919
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1971 TCATCAATCAAAGAAGAAGAAGCTTCTTCCTCTGACACCAAGCAGCGCATCCAACCGCCA 2030
Query 1920 GAATTTCTTGAAATCTCCATGCTCTCCTCTTTCCGCTTCTAGGCAAGTCTTGGATTGTGA 1979
||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 GAACTTCTTGAAATCTCCATGCTCTCCGCTTTCAGCTTCTAGGCAAGTCTTGGATTGTGA 2090
Query 1980 TGCGGAGAACAAAGCTCCTCAAGAGAACAACA-TCTCTGCAACTAGAGGGGCAACGACAC 2038
||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2091 TGCTGAGAACAAAGCTCCTCAAGAAAACAACAGT-TCTGCAGCTAGAGGGGCGACGACAC 2149
Query 2039 CACAAGGGTCTGAGAAAGAGACTCCACAGAAAGGAGAAGAAAGCGGAGATGTCTCGTCAA 2098
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 CACAGGGGTCTGAGAAAGAGACTCCACAGAAAGGAGAAGAAAGCGGAGATGTCTCGTCAA 2209
Query 2099 GAGAAAGCACACCAGGCTACAGGAGATCAAGCTCAGTGAACATGAAGAAAATGCAGCAAA 2158
||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 GAGAAGGTACTCCAGGCTACAGAAGATCAAGCTCAGTGAACATGAAGAAAATGCAGCAAA 2269
Query 2159 TGTTCCAAAATGCAGCAGAGGAGAACGTGAGAAGCATAAGAGCATACGTAACTGAACTCA 2218
|||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2270 TGTTTCAAAACGCAGCAGAGGAGAATGTAAGAAGCATAAGAGCATACGTAACCGAACTCA 2329
Query 2219 AAGAACGTGTAGCTAAACTACAGTATCAGAAACAACTTCTCGTTTGTCAGGTGCTTGAGT 2278
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 AAGAACGAGTAGCTAAACTACAGTACCAGAAACAACTTCTCGTTTGTCAGGTGCTTGAGT 2389
Query 2279 TGGAAGCAAATGATGGAGCTGGATATAGTGTAGAGAACGAGGAGAACACGATAATAGAAG 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2390 TGGAAGCAAATGATGGAGCTGGATATAGTGTAGAGAACGAGGAGAACACGATAATGGAAG 2449
Query 2339 ATGAAGAGCAGAGTCAAGTTGCGTGGCATATAACTTTCATAGAGGAAAGACAACAGATCA 2398
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2450 ATGAAGAGCAGAATCAAGTGGCGTGGCATATAACTTTCATAGAGGAAAGACAACAGATCA 2509
Query 2399 TAGAGCTGTGGCATGTTTGCCATGTCTCCATAATCCACAGGACACAATTCTATCTACTGT 2458
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2510 TAGAGCTGTGGCATGTCTGCCATGTCTCCATAATCCACAGGACACAATTCTACCTACTGT 2569
Query 2459 TCAAAGGTGATCAAGCCGATCAAATCTACATGGAAGTCGAGCTAAGACGGTTAACTTGGT 2518
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 TCAAAGGTGACCAAGCCGATCAAATCTACATGGAAGTCGAGCTAAGACGGTTAACTTGGT 2629
Query 2519 TAGAACAACATCTAGCAGAAGTAGGTAATGCAACTCCAGCTCGAAACTGCGACGAATCCG 2578
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2630 TAGAACAACATCTAGCAGAAGTAGGAAACGCAACTCCAGCTCGAAACTGCGATGAATCTG 2689
Query 2579 TAGTTTCTCTATCATCAAGTATAAAAGCATTGAGAAGAGAGCGAGAGTTTTTGGCGAAAA 2638
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2690 TGGTTTCTCTATCATCAAGTATAAAAGCATTGAGAAGAGAGCGAGAGTTTTTGGCGAAAA 2749
Query 2639 GGGTTAACTCAAGATTGACGCCTGAGGAGAGAGAGGAGCTGTATATGAAATGGGATGTGC 2698
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2750 GGGTTAACTCGAGATTGACGCCTGAGGAGAGAGAGGAGCTGTATATGAAATGGGATGTGC 2809
Query 2699 CATTGGAAGGGAAACAGAGGAAACTCCAGTTCGTGAACAAGCTATGGACTGATCCTTACG 2758
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2810 CATTGGAAGGGAAACAGAGGAAACTTCAGTTCGTGAACAAGCTATGGACTGATCCTTATG 2869
Query 2759 ATTCAAGGCACGTGCAAGAGAGTGCAGAGATAGTTGCGAAGCTAGTTGGATTCTGTGAAA 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 ATTCAAGGCACGTGCAAGAGAGTGCAGAGATAGTTGCGAAGCTAGTTGGATTCTGTGAAA 2929
Query 2819 GTGGTAACATCTCTAAAGAGATGTTCGAGCTCAATTTCGCTGTGCCTTCAGATAGAAGGC 2878
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
Sbjct 2930 GTGGCAACATCTCTAAAGAGATGTTTGAGCTCAATTTCGCAGTGCCTTCAGATAAAAGAC 2989
Query 2879 AGTGGAACATTGGTTGGGACAACATCTCTAATCTTCTTCACCTGTGAAGAAATTTTTGTG 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||
Sbjct 2990 AGTGGAACATTGGTTGGGACAACATCTCTAATCTTCTTCACCTATGAAGAC-TTATTGTG 3048
Query 2939 T-TTT-TGATTTGTAAAAG 2955
| ||| |||||||||||||
Sbjct 3049 TGTTTATGATTTGTAAAAG 3067
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146888809104
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5