BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472068
Length=2862
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G18485.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3179 0.0
> AT1G18485.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:6363172-6366235 FORWARD LENGTH=3064
Length=3064
Score = 3179 bits (1721), Expect = 0.0
Identities = 1952/2065 (95%), Gaps = 9/2065 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 804 TGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACAGTTGTTACTGTGTTGCCAGTTTGTGCAAG 863
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 852 TGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACACTTGTTACTGTGTTGCCGGTTTGTGCAAG 911
Query 864 AGAAAGAGAAATAGGGGTGGGAAAAGGTGTTCATGGGTGGGCGGTGAAACTGAGTTTGGA 923
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 912 AGAAAGAGAAATAGGGTTGGGAAAAGGTGTTCATGGGTGGGCGGTGAAATTGAGGTTGGA 971
Query 924 CAAGGAACTAGTCGTTAACAATGCCTTAATGGACATGTACTCTAAATGCGGTTGCATAAC 983
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 972 CAAGGAACTAGTCCTTAACAATGCCTTAATGGACATGTACTCCAAATGCGGTTGCATTAC 1031
Query 984 TGATGCACAAATGATCTTTAAGTTGAACAGTAACAAGAATGTGGTTTCTTGGAATACAAT 1043
| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1032 TAATGCACAAATGATCTTTAAGATGAACAATAACAAGAATGTGGTTTCTTGGAACACAAT 1091
Query 1044 GGTAGGAGGTTTTTCAGCAGAGGGGGATATAAATGGGACGTTTGATCTTCTGAGACAGAT 1103
|||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1092 GGTAGGAGGTTTTTCAGCAGAGGGTGATACACATGGGACGTTTGATGTTCTGAGACAGAT 1151
Query 1104 GCTGGCAGAAAGTGAAGACGTCAAAGCGGACGAGGTAACCATTCTCAATGCAGTGCCAGT 1163
|||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1152 GCTGGCAGGAGGCGAAGATGTCAAAGCGGACGAGGTAACCATTCTAAATGCAGTGCCTGT 1211
Query 1164 TTGTTTTGATGAATCAGTCTTACCGAGCTTGAAGGAACTTCATTGTTACTCCTTAAAACA 1223
|||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 TTGTTTCCATGAATCATTCTTACCGAGTTTAAAGGAACTTCATTGTTACTCCTTAAAACA 1271
Query 1224 AGAATTTGTATACGATGAGTTATTAGCCAATGCCTTTGTTGCTTCTTATGCAAAGTGTGG 1283
||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 AGAGTTTGTATACAATGAGTTAGTAGCCAATGCCTTTGTGGCTTCTTATGCAAAGTGTGG 1331
Query 1284 CTCACTGAGTTATGCCCAGCGTGTTTTTCATGGAATAAGGAGTAAAACAGTGAACTCTTG 1343
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CTCACTGAGTTATGCCCAGCGTGTGTTTCATGGTATAAGGAGTAAAACAGTGAACTCTTG 1391
Query 1344 GAATGCTTTGATTGGCGGCTATGCTCAGAGCAGTGATCCGAGATTGTCCTTGGATGCCCA 1403
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1392 GAATGCTTTGATTGGCGGCCATGCTCAGAGCAATGATCCGAGATTGTCCTTGGATGCTCA 1451
Query 1404 TTTGCAGATGAAAAATTCTGGATTGCTACCTGATAATTTTACTGTCTGCAGTCTTCTCTC 1463
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1452 TTTGCAGATGAAAATTTCTGGATTGCTACCTGATAGTTTTACTGTCTGTAGTCTTCTTTC 1511
Query 1464 AGCTTGTTCTAAACTAAAATCCCTGCGGTTGGGAAAGGAAGTGCATGGGTTTATAATCCG 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 AGCTTGTTCTAAACTAAAATCCCTGCGGTTGGGAAAGGAAGTGCATGGGTTTATAATCCG 1571
Query 1524 AAATTGGTTAGAAAGAGATTTGTTTGTTTATTTATCAGTACTCTCATTATACATTCATTG 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 AAATTGGTTAGAAAGAGATTTGTTTGTTTATTTATCAGTACTCTCATTATACATTCATTG 1631
Query 1584 TGGGGAGCTATGCACTGTACAGGTATTATTTGATGCAATGGAAGATAAAAGCTTAGTATC 1643
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TGGGGAGCTATGCACTGTACAAGCATTATTTGATGCAATGGAAGATAAAAGCTTAGTATC 1691
Query 1644 TTGGAATACTGTAATCACTGGACACCTTCAGAATGGATTTCCTGAGAGAGCTTTGGGTTT 1703
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1692 TTGGAATACTGTAATCACCGGTTACCTTCAGAATGGATTTCCTGATAGAGCTTTGGGCGT 1751
Query 1704 GTTTAGACAAATGGTTTTGTATGGAATCCAGCCTTGTGGGATTTCTATGATGACTGTGTT 1763
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1752 CTTTAGACAAATGGTTTTGTATGGAATCCAGCTTTGTGGGATTTCTATGATGCCTGTGTT 1811
Query 1764 CGGTGCGTGTTCGCTGCTACCTTCTCTTCGACTGGGGAGAGAAGCGCATGCTTACGCTTT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1812 TGGTGCGTGTTCGCTGCTACCTTCTCTTCGACTGGGGAGAGAAGCGCATGCTTATGCTTT 1871
Query 1824 GAAGCACCTCCTGGAGGACAATGCGTTTATTGCATGTTCTATAATTGATATGTATGCCAA 1883
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1872 GAAGCACCTCCTGGAGGACGATGCGTTTATTGCATGTTCTTTAATTGATATGTATGCCAA 1931
Query 1884 GAATGGTGCTATAACGCAATCATCTAAGGTTTTTAACGGCTTGAAGGAGAAAAGTGCAGC 1943
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1932 GAATGGTTCTATAACACAATCATCTAAGGTTTTCAATGGCTTGAAGGAGAAAAGCACGGC 1991
Query 1944 GTCATGGAATGCCATGATAATGGGATATGGAATGCATGGGCGAGCAAAAGAGGCTATCAA 2003
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 1992 ATCTTGGAATGCCATGATAATGGGATATGGAATACATGGCCTAGCAAAAGAGGCTATAAA 2051
Query 2004 ACTCTTTGAAGAGATGCAAAGAACAGGTCGTAACCCTGATGACTTAACTTTCTTAGGTGT 2063
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2052 ACTCTTTGAAGAGATGCAAAGAACAGGTCATAACCCTGATGACCTAACTTTCTTAGGTGT 2111
Query 2064 TCTAACGGCTTGCAACCACAGTGGTCTGCTCCATGAAGGGCTGAGATATCTGGATCAGAT 2123
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2112 TCTAACGGCTTGCAACCATAGTGGTCTGATCCATGAAGGGCTGAGATATCTGGATCAAAT 2171
Query 2124 GAAGTCTTCCTTTGGGCTAAAGCCAAATTTAAAGCATTACGCTTGTGTCATTGACATGCT 2183
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 2172 GAAGTCTTCTTTTGGGCTAAAGCCAAATTTAAAGCATTATGCTTGTGTCATTGACATGTT 2231
Query 2184 AGGCCGAGCTGGGCAACTAGACAATGCTCTAAGGGTTGCTGCAGA-GA--TGTCTGAGGA 2240
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||
Sbjct 2232 AGGCCGAGCTGGGCAACTAGACAAGGCTCTAAGGGTTGTTGCAGAAGAGATGTCTGAGGA 2291
Query 2241 ACCTGACGTTGGAATTTGGAATTCTCTGCTCAGCTGGTGCAGAATCCATCAAAATCTGGA 2300
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 AGCTGACGTTGGAATTTGGAAGTCTCTGCTCAGCTCATGCAGAATCCATCAAAATCTGGA 2351
Query 2301 AATGGGAGAGAAAGTTGCTGCTAAGTTATTTGTATTAGAACCAGAAAAGCCTGAGAATTA 2360
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 AATGGGAGAGAAAGTTGCTGCTAAGTTATTCGAATTAGAACCAGAAAAGCCTGAGAATTA 2411
Query 2361 TGTTCTGCTTTCCAACTTATATGCAGGATTGGGGAAATGGGATGATGTGAGACAAGTGAG 2420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 2412 TGTTCTGCTTTCCAACTTATATGCAGGATTGGGGAAATGGGAAGACGTGAGAAAAGTGAG 2471
Query 2421 GCAGAGAATGAAGGAGATGAGTTTACGAAAGGATGCTGGATGCTCTTGGATCGAACTAAA 2480
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 ACAGAGAATGAACGAGATGAGTTTACGAAAGGATGCTGGATGCTCTTGGATCGAACTAAA 2531
Query 2481 C-GGAAAGGTTTTTAGCTTTGTTGTCGGTGAAAGATTCTTAGATGGTTTTGAGGAAATCA 2539
| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 CAGGAA-GGTATTTAGCTTTGTTGTCGGTGAAAGATTCTTAGATGGTTTTGAGGAAATCA 2590
Query 2540 AAAGTCTTTGGAGTATATTGGAGATGAAGATATGGAAGATGGGATACAGACCAGACACAA 2599
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AAAGTCTTTGGAGTATATTGGAGATGAAGATATCGAAGATGGGATACAGACCAGACACAA 2650
Query 2600 -GTTCAGTACAACATGATCTAAGTGAAGAAGAGAAGGTTGAACAGTTAAGGGGACACAGC 2658
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2651 TGT-CAGTACAACATGATCTAAGTGAAGAGGAGAAGATTGAACAGTTAAGGGGACACAGC 2709
Query 2659 GAGAAGCTTGCCATTACCTATGGATTGATCAAAACTTCAGAAGGAACAACTCTTAGAGTT 2718
|||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2710 GAGAAGCTTGCCCTTACCTACGGGTTGATTAAAACTTCAGAAGGAACAACTATTAGAGTT 2769
Query 2719 TACAAGAACTTAAGGATCTGTGTGGACTGTCACAATGCAGCGAAGTTGATCTCCAAAGTC 2778
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2770 TACAAGAACCTAAGGATCTGTGTGGACTGTCACAATGCAGCAAAGTTGATCTCCAAGGTC 2829
Query 2779 ATGGAAAGGGAAATAGTTGTGAGAGACAACAAAAGATTTCATCATTTCAATAA-GGGGTT 2837
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2830 ATGGAAAGGGAAATAGTTGTGAGGGACAACAAAAGGTTTCATCATTTCAAGAATGGGGTT 2889
Query 2838 TTGTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA 2862
| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2890 T-GTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA 2913
Score = 1197 bits (648), Expect = 0.0
Identities = 752/803 (94%), Gaps = 4/803 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCTGTTCTGCTTCCATTGCCACAATTATCCGTTTTGTTTGATTATCGCCGGAGC 60
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGGCTTCTGTTTTGCTTCCATTGCCACAAGTATTTGTTTTGTTTGATTATCGCAGGAGC 60
Query 61 CGTAAAGAGTCGAGCTTTCCTCGCGCCGACTACAATTCCAACGCCATTTCTTCTAATTCG 120
||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTAAAGAGTCAAGCTTTCCCCGCGCCGTCTACAATTCCAATTCCATTTCTTCTAATTCA 120
Query 121 ACCAACGCCAATCATTTCCTTCGTCGGATTTCTAACTTCTGTGAAACCGGAGACCTCGAC 180
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCAATGCCAATCATTTCCTTCGCCGGATTTCTAACTTCTGTGAAACCGGAGACCTCGAC 180
Query 181 AAGTCCTTTCGAGTTGTCCAGGAATTCGCTGGTGATGACGAGAGCTCGTCCGATGCGTTT 240
|||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGTCCTTTCGAACTGTCCAAGAATTCGTTGGCGATGACGAGAGCTCGTCCGATGCGTTT 240
Query 241 CTTCTTGTCCGAGAAGCTCTCGGGATTCTCTTACAAGCTTCTGGGAAGAGAAAAGACATT 300
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTCTTGTCCGAGAAGCTCTTGGGCTTCTCTTACAAGCTTCTGGGAAGAGAAAAGACATT 300
Query 301 GAAATGGGGAGAAAGATCCACCATTTGGTTTCTGGGTCGACCCGGTTAAGGAATGACGAC 360
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 GAAATGGGAAGAAAGATCCACCAGCTGGTTTCTGGGTCGACCCGGTTAAGGAATGATGAC 360
Query 361 GTTCTCTGCACCCGTATTATCACCATGTACGCTATGTGTGGCTCTCCTGATGATTCTCG- 419
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTCTCTGTACTCGTATTATCACCATGTACGCTATGTGTGGCTCTCCTGATGATTCTCGG 420
Query 420 TTCTGCT-TTTGATGCCTTGCGGAGTAAGAATCTCTTCCAGTGGAATGCTGTGATCAGCT 478
|| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 421 TT-TG-TGTTTGATGCCTTGCGGAGTAAGAATCTCTTCCAGTGGAATGCTGTTATCAGCT 478
Query 479 CTTACTCAAGAAACGAGCTTTACCATGAAGTGTTAGAGATGTTTATCAAGATGATCTCAA 538
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 479 CTTACTCAAGAAACGAGCTTTACGATGAAGTATTAGAGACGTTTATCGAGATGATCTCAA 538
Query 539 AGACTCATCTTTTACCGGATAATTTCACTTTTCCATGTGTGATTAAGGCTTGTGCTGGGA 598
|||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CGACTGATCTTTTACCGGATCATTTCACTTATCCATGTGTGATTAAGGCTTGTGCTGGGA 598
Query 599 TTTCTGATGTTGGGATTGGGCTTGCGGTTCATGGGTCGGTGGTGAAGACAGGATTGGTGG 658
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 TGTCTGATGTTGGGATCGGGCTTGCGGTTCATGGGTTGGTGGTGAAGACCGGATTGGTGG 658
Query 659 AAGATGTTTTTGTGGGTAACGCATTGGTGTCTTTCTATGGAACACATGGTTTTGTTTCTG 718
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 659 AAGATGTTTTTGTGGGTAATGCATTGGTGTCTTTCTATGGAACTCATGGTTTTGTTACTG 718
Query 719 ATGCCTTGAAACTGTTCGATATAATGCCTGAGAGAAACTTGGTTTCCTGGAACTCAATGA 778
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 719 ATGCCTTGCAACTGTTCGATATAATGCCTGAGAGAAATTTGGTTTCCTGGAACTCCATGA 778
Query 779 TTCGAGTGTTATCTGATAATGGT 801
|||||||||| || |||||||||
Sbjct 779 TTCGAGTGTTCTCGGATAATGGT 801
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142223283405
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5