BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472179
Length=2332
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G19520.1 | Symbols: NFD5 | pentatricopeptide (PPR) repeat-co... 3699 0.0
> AT1G19520.1 | Symbols: NFD5 | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing
protein | chr1:6759965-6762778 FORWARD LENGTH=2442
Length=2442
Score = 3699 bits (2003), Expect = 0.0
Identities = 2229/2336 (95%), Gaps = 23/2336 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGCTAAAGTTAGGGTTTTGCCGAGATTTATCGTTCTATCTTCATCTCTGTTAAACCCTTC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||| ||||
Sbjct 9 AGCTAAAGTTAGGGTTTTGCCGAGATTTATCG-----TC--C-T-TCTGTTAAACTCTTC 59
Query 61 AGAGAAAGATGAAATCTTTCCTCGTCTCTCGACAAGCGATCCACCGTATTTCACTATTAT 120
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GGAGAAAGATGAAATCTTTCCTCCTCTCTAGACAAGCGATCCACCGTATTTCACTATTAT 119
Query 121 CTTCAAAAACCCCAACTTTCTGCAGAAACTTCTCCGCCATTACATCTTCAATTTCTCACT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 120 CTTCAAAAACCCCAACTTTCTGCAGAAACTTCTCCGCCATTACATCCACCATTTCTCACT 179
Query 181 CTGATCGTCATCTAAGAAGCTACGACGAACAAA-CCCATTTACAAAATGAAAAAATCCCT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||
Sbjct 180 CTGATCGTCATCTAAGAAGCTACGACGAACAAACCCCA-TTCCAAAATGTCGAAATCCCT 238
Query 240 AGACCCATTTCATCTTTCAATCGATATTTCCACTTTACTCGCGAGTCCCGACTCGGTGAG 299
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 239 AGACCCATTTCATCATTCAATCGATATTTCCACTTTACTCGCGAGTCCCGACTCAGTGAA 298
Query 300 TCCAGTGCCGCCATTGACGACTCAAATGACCAGGAAGAAGACGACGAAGACGAAGATGGG 359
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || || |||||||||||
Sbjct 299 TCCAGTGCCGCCATTGACGACTCAAATGACC---AAG-AG--GAAGATGACGAAGATGGA 352
Query 360 ACAACAAACGAGTTCCTCTCACGATTCGTTTGGATAATGCGTGGGAAAGTCTCAGAAGCT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 ACAACAAACGAGTTCCTCTCACGATTCGTTTGGATAATGCGTGGGAAAGTCTCAGAAGCT 412
Query 420 TACCCAGATTGTGACAAGAAGATGATTGATGGTATGCTTCTGCTTATTGTAGAGAAAGTC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 413 TACCCAGATTGTGACAAGAAGATGATTGATGGTATGCTTCTGCTTATTGTTGAGAAAGTC 472
Query 480 GTGGAAGAGATCGAAAGAGGTGGATTCAATAAAGTTGGATCAGCTCCACCTTCGCCGTCA 539
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 473 GTGGAAGAAATCGAAAGAGGTGGATTCAATAAAGTTGGATCAGCTCCACCTTCACCGTCA 532
Query 540 TCGGAGTTTAGCGATGATCTATGGGCTACGATTTGGGAAGTTAGTAATACAGTGTTGAAA 599
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 TCGGAGTTTAGCGATGATCTATGGGCTACTATCTGGGAAGTTAGTAATACAGTGTTGAAA 592
Query 600 GATATGGAGAAAGAGAGGAAGAAAGAGAAGATGAAGCAATACGTTCAATCTCCTGAAGTG 659
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GATATGGAGAAAGAGAGGAAGAAGGAGAAGATGAAGCAATACGTTCAATCTCCTGAAGTG 652
Query 660 ATGGAGATGTGTAGGTTTGCTGGAGAAATTGGTATTCGTGGTGATTTGCTTAGAGAACTT 719
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 ATGGAGATGTGTAGGTTTGCTGGAGAGATTGGTATTCGTGGTGATTTGCTTAGAGAACTT 712
Query 720 AGATTCAAATGGGCTAGAGAGAAAATGGAAGACGCTGAGTTTTATGAGAGTTTGGAACAG 779
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 AGATTTAAATGGGCAAGAGAGAAAATGGACGACGCTGAGTTTTATGAGAGTTTGGAACAG 772
Query 780 CAACGTGATTTGGATAATGCAATAAGGGAATCTGAAACTGTGGATGGAGAAGTAGAAGAA 839
|||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 CAACGTGATTTGGATAATTCGATTAGGGAATCTGAAACTGTGGATGGAGAAGTAGAAGAA 832
Query 840 GAAGGGTTTATTCCCTCTGATGAAATTGAGTCTAGGAGTATCTCTCTTCCTAAACGAAAG 899
||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 833 GAAGGGTTTGTTCCTTCTGATGAAGTTGAATCTAGGAGTATCTCCCTTCCTAAACGAAAG 892
Query 900 GGGAAGTTCAAGTACAAGATTTACGGGCTTGAGTTATCGGATCCGAAATGGGTTGAAATG 959
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 GGGAAGTTGAAGTACAAGATCTACGGGCTTGAGTTGTCGGATCCGAAATGGGTTGAAATG 952
Query 960 GCTGATAAAATTCATGAAGCTGAGGAAGAGGCTGATTGGAGAGAGCCTAAACCTGTAACT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 GCTGATAAAATTCATGAAGCTGAGGAAGAGGCTGATTGGAGAGAGCCTAAACCTGTAACT 1012
Query 1020 GGAAAGTGCAAATTGGTTATGGAGAAGCTTGAGTCTTTGCAGGAGGGAGATGATCCTTCA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 GGAAAGTGCAAATTGGTTATGGAGAAGCTTGAGTCTTTGCAGGAGGGAGATGATCCTTCA 1072
Query 1080 GGGTTTCTTGCTGAATGGGCTGAGTTATTGGAGCCTAACCGTGTGGATTGGATTGCTTTA 1139
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 GGGTTGCTTGCTGAATGGGCTGAGTTATTGGAGCCTAACCGTGTGGATTGGATTGCTTTA 1132
Query 1140 CTTAATCAGTTGCGAGAAGGAAACACTAATGCATACTTAAAGGTGGCAGAACGTGTCCTG 1199
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1133 ATTAATCAGTTGCGAGAAGGAAACACTCATGCATACTTAAAGGTGGCAGAGGGTGTCCTG 1192
Query 1200 GATGAAAAATCGTTCAACGCTAGCATCTCAGACTACTCAAAACTCATCCATATCCATGCT 1259
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 GATGAAAAATCGTTCAACGCTAGCATCTCGGACTACTCAAAACTCATCCATATCCATGCT 1252
Query 1260 AAAGAGAATCACATTGAAGATGTTGAGAGGATTCTAAAGAAAATGTCTCAAAATGGGATC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 AAAGAGAATCACATTGAAGATGTTGAGAGGATTCTAAAGAAAATGTCTCAAAATGGGATC 1312
Query 1320 TTTCCAGACATTTTAACCGCCACTTCGTTGGTTCATATGTACAGTAAATCAGGCAACCTT 1379
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1313 TTTCCAGACATTTTAACCGCCACTGCGTTGGTTCATATGTACAGTAAATCAGGCAACTTT 1372
Query 1380 GAGCGTGCAACAGAGGCATTTGAAAACTTGAAGAGCTATGGGTTACGGCCAGACGAGAAG 1439
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GAGCGAGCAACAGAGGCATTTGAAAACTTGAAGAGCTATGGGTTACGGCCAGACGAGAAG 1432
Query 1440 ATCTACGAAGCCATGATCATGGGCTATGTAAACGCTGGCAAGCCTAAACTAGGTGAGAGG 1499
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 ATCTACGAAGCCATGATCCTGGGCTATGTAAACGCTGGCAAGCCTAAACTAGGTGAGAGG 1492
Query 1500 TTGGTGAAAGAGATGCAAGCAAAGGAGTTGAAAGCCTCGGAAGAAGTTTACATGGCTCTG 1559
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TTGATGAAAGAGATGCAAGCAAAGGAGTTGAAAGCCTCAGAAGAAGTTTACATGGCTCTG 1552
Query 1560 CTTCGAGCTTATGCACAAATGGGAGATGCCAATGGAGCTGCAGGGATTTCTTCTTCAATG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1553 CTTCGAGCTTATGCACAAATGGGAGATGCCAATGGAGCTGCGGGGATTTCTTCTTCAATG 1612
Query 1620 CTGTATGCATCAAACAATCCACTGAGCTTTGAAGCATATAGTTTATTTGTGGAAGCATAC 1679
| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 CAGTATGCATCAGACGGTCCACTGAGCTTTGAAGCATATAGTTTATTTGTGGAAGCATAT 1672
Query 1680 GGGAAAGCAGGGCAGGTGGATAAAGCTAAAAGCAACTTTGATGAAATGAGAAAGCTTGGC 1739
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 GGGAAAGCAGGTCAGGTGGATAAAGCGAAAAGTAACTTTGATGAAATGAGAAAGCTTGGC 1732
Query 1740 CACAAACCCGATGACAAGTGCATTGCAAATTTGGTCCGAGCATATAAGGGAGAGAACTCA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CACAAACCCGATGACAAGTGCATTGCAAATTTGGTCCGAGCTTATAAGGGAGAGAACTCA 1792
Query 1800 TTAGATAAGGCACTGAGACTTTTGTTGCAGCTGGAGAAAGATGGGATTGAAATTGGTGTG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 TTAGATAAGGCACTGAGACTTTTGTTGCAGCTGGAGAAAGATGGGATTGAAATTGGTGTG 1852
Query 1860 ATCACTTACACAGTTCTTGTTGATTGGATGGCTAATCTCGGGCTTATCGAGGAAGCTGAG 1919
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 ATCACTTACACCGTTCTTGTTGATTGGATGGCTAATCTTGGGCTTATCGAGGAAGCTGAG 1912
Query 1920 CAGCTTCTGGTAAAGATCTCTCAGCTAGGAGAAGCTCCACCATTTGAGCTCCAGGTGAGC 1979
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1913 CAGCTTCTGGTTAAGATCTCTCAGTTAGGAGAAGCTCCACCATTTGAACTCCAGGTGAGC 1972
Query 1980 TTGTGCTGTATGTATTCTAGTGTGAGGAACGAGAAGAAGACTCTTCAAGCTCTTGGGGTT 2039
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 TTGTGCTGTATGTATTCGGGTGTGAGGAATGAGAAGAAGACTCTTCAAGCTCTTGGGGTT 2032
Query 2040 TTGGAAGCTAAGAGAGATCAAATGGGACCTAACGAGTTTGACAAAGTTATAACTGCGTTG 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2033 TTGGAAGCTAAGAGAGATCAAATGGGACCTAACGAGTTTGACAAAGTTATAAGTGCGTTG 2092
Query 2100 AAAAAGGGTGGGTTTGAAAAAGATGCGAGAAGAATGTATAAGTATATGGAAGCTCGAAAG 2159
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 AAAAGGGGTGGGTTTGAAAAAGATGCGAGAAGAATGTACAAGTATATGGAAGCTCGAAAG 2152
Query 2160 TTTTTGCCTTCACAGAGATTGCAGATGGATATGGTTGCACCACCTCGAGCTTTTGGGTCT 2219
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 TTTTTACCTTCACAGAGATTGCAGATGGATATGGTTGCACCACCTCGAGCTTTTGGGTCT 2212
Query 2220 GGTTCTGGTAGAGTGAGACGGTAAGAAACTCGTAAGTGGAAAAATCTCA--AAACTTATT 2277
|| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2213 GGATCTGGTAGAGTGAGACGATTT-AA-CTCGTAAGTGGAAAAATCTTTTGAAACTTATT 2270
Query 2278 TATCATTC-TGTGTTCAATCTTCTAAGTCAACTCACATTCCGAGTTTCCATTGATT 2332
| ||| | |||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2271 CACCAT-CGTGTGTTCAATGTTCTGAGCCAACTCACATTACGAGTTTCCATTGATT 2325
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115762456770
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5