BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472210
Length=3346
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G19850.1 | Symbols: MP, ARF5, IAA24 | Transcriptional factor... 4713 0.0
> AT1G19850.1 | Symbols: MP, ARF5, IAA24 | Transcriptional factor
B3 family protein / auxin-responsive factor AUX/IAA-related
| chr1:6886879-6891374 FORWARD LENGTH=3375
Length=3375
Score = 4713 bits (2552), Expect = 0.0
Identities = 2843/2983 (95%), Gaps = 21/2983 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 372 TGAGTCTTGCCAAAGCC----TAGTGTTGAGTGTGGGAGAGAC-AAACAGAACATTGAAC 426
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 404 TGAGTCTTGCTAAAGCCTAGTTAGTGTTGAGTGTGGGAGAGACAAAACAGAACATTGAAA 463
Query 427 AATCTCTTTGTATGATGGCTTCGTTGTCTTGTGTTGAAGACAAGATGAAAACAAGTTGTT 486
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 AATCTCTCTGTATGATGGCTTCATTGTCTTGTGTTGAAGACAAGATGAAAACAAGTTGTT 523
Query 487 TGGTTAATGGAGGAGGaacaataacaacaacaacaacaTCTCAATCTACTTTGCTTGAAG 546
|||||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 524 TGGTTAATGGTGGAGGAAC--T-ATAACAACAACAACATCTCAATCTACCTTGCTTGAAG 580
Query 547 AGATGAAGCTCTTGAAAGATCAGTCAGGAACAAGAAAGCCGGTAATAAACTCGGAGCTAT 606
|||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 AGATGAAGCTGTTGAAAGACCAGTCAGGTACAAGAAAGCCGGTAATAAACTCGGAGCTAT 640
Query 607 GGCACGCTTGTGCAGGCCCTTTGGTGTGTCTCCCTCAAGTTGGGAGCTTAGTGTATTACC 666
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 GGCACGCTTGTGCAGGCCCTTTGGTGTGTCTCCCTCAAGTTGGGAGCTTAGTGTATTACT 700
Query 667 TCTCACAAGGTCATAGCGAGCAGGTTGCTGTTTCAACCAGAAGGTCAGCAACAACACAAG 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 701 TCTCACAAGGTCATAGCGAGCAGGTTGCTGTTTCAACCAGAAGATCAGCAACAACACAAG 760
Query 727 TTCCTAACTACCCAAACCTTCCATCTCAGTTGATGTGTCAAGTCCATAATGTTACTCTTC 786
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 TTCCTAATTATCCGAACCTTCCATCTCAGTTGATGTGTCAAGTCCATAATGTTACTCTTC 820
Query 787 ATGCTGACAAAGACAGTGACGAAATCTATGCTCAGATGAGTCTTCAACCAGTTCACTCTG 846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 821 ATGCTGACAAAGACAGTGACGAAATCTATGCTCAGATGAGTCTTCAACCTGTTCACTCTG 880
Query 847 AGAGAGATGTGTTCCCTGTACCAGACTTTGGGATGTTAAGAGGAGGAAGTAAGCACCCGA 906
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||
Sbjct 881 AGAGAGATGTGTTCCCTGTACCAGACTTTGGAATGCT--GA-GAGGAAGTAAGCACCCGA 937
Query 907 CTGAGTTTTTCTGCAAAACACTTACTGCAAGTGACACAAGCACACATGGAGGTTTCTCCG 966
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 938 CTGAGTTTTTCTGCAAAACACTTACTGCAAGTGACACAAGCACACATGGAGGTTTCTCAG 997
Query 967 TGCCACGTAGAGCTGCAGAGAAGCTATTTCCACCATTAGACTACACAGCACAGCCGCCAA 1026
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 998 TGCCACGTAGAGCTGCAGAGAAGCTATTTCCACCATTGGACTACTCAGCACAGCCGCCAA 1057
Query 1027 CGCAAGAGCTTGTAGTTCGAGATCTCCATGAGAATACTTGGACATTTCGCCATATCTATC 1086
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1058 CGCAAGAGCTTGTAGTTCGAGATCTTCATGAGAATACTTGGACATTTCGCCATATCTACC 1117
Query 1087 GAGGGCAACCAAAGAGACATCTCCTAACAACCGGATGGAGTTTGTTCGTTGGATCAAAAA 1146
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1118 GAGGGCAACCAAAGAGACATCTCCTAACTACAGGATGGAGTTTGTTCGTTGGATCGAAGA 1177
Query 1147 GATTGAGAGCTGGGGATTCTGTTTTGTTCATCAGGGATGAAAAGTCGCAACTGATGGTCG 1206
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1178 GATTGAGAGCTGGGGATTCTGTTTTGTTCATCAGGGATGAGAAGTCACAACTTATGGTCG 1237
Query 1207 GTGTGAGGCGTGCCAATCGCCAACAAACAGCACTTCCTTCATCAGTTCTCTCAGCGGATA 1266
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 GTGTTAGGCGTGCCAATCGCCAACAAACAGCACTTCCTTCATCAGTTCTCTCAGCGGATA 1297
Query 1267 GTATGCACATCGGTGTTCTTGCTGCTGCTGCGCACGCAACTGCAAACCGAACTCCTTTCT 1326
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |
Sbjct 1298 GTATGCACATCGGTGTTCTTGCTGCTGCTGCTCACGCAACCGCCAACCGTACTCCTTTTT 1357
Query 1327 TGATATTCTATAATCCAAGAGCTTGTCCAGCAGAGTTTGTGATTCCTCTAGCTAAGTACC 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1358 TGATATTCTATAATCCAAGAGCTTGTCCAGCAGAGTTCGTGATCCCTCTAGCTAAGTACC 1417
Query 1387 GCAAGGCGATATGTGGGTCTCAGCTCTCAGTTGGTATGAGGTTTGGAATGATGTTTGAAA 1446
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1418 GTAAGGCGATATGCGGGTCTCAGCTCTCAGTTGGTATGAGATTTGGAATGATGTTTGAAA 1477
Query 1447 CTGAAGATTCCGGGAAACGAAGGTACATGGGAACCATTGTTGGAATCAGTGATCTGGATC 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1478 CTGAAGATTCCGGGAAACGAAGGTACATGGGAACTATTGTTGGAATCAGCGATTTGGATC 1537
Query 1507 CGTTGAGATGGCCTGGTTCTAAGTGGCGTAACCTTCAGGTGGAATGGGATGAGCCTGGAT 1566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1538 CGTTGAGATGGCCTGGTTCTAAGTGGCGTAACCTTCAGGTAGAATGGGATGAGCCTGGAT 1597
Query 1567 GTAATGATAAGCCTACTCGGGTCAGTCCATGGGATATCGAAACACCTGAAAGTCTCTTCA 1626
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 GTAATGATAAACCTACTCGGGTCAGTCCATGGGATATCGAAACACCTGAAAGTCTCTTCA 1657
Query 1627 TTTTTCCTTCTCTGACCTCAGGACTCAAACGTCAGCTCCATCCATCTTACTTTGCGGGTG 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1658 TTTTTCCTTCTCTGACCTCAGGACTCAAACGTCAGCTCCATCCATCTTACTTTGCTGGTG 1717
Query 1687 AAACTGAATGGGGTAGCTTGATAAAACGGCCACTTATACGTGTTCCTGATTCCGCGAACG 1746
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1718 AAACTGAATGGGGTAGCTTGATAAAACGGCCACTTATACGTGTTCCTGATTCCGCGAATG 1777
Query 1747 GGATTATGCCTTACACATCATTCCCTAATATGGCTTCGGAGCAGCTTATGAAAATGATGA 1806
|||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778 GGATTATGCCATATGCATCTTTCCCTAGTATGGCTTCGGAGCAGCTTATGAAAATGATGA 1837
Query 1807 TGAGGCCTCACAACAACCAAAATGTACCATCTTTCATGTCTGAGATGCAGCAGAATGTTG 1866
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1838 TGAGGCCTCACAACAACCAAAATGTACCATCTTTCATGTCTGAGATGCAGCAGAATATTG 1897
Query 1867 TAATGGGGCATGGAGGTTTTCTAGGAGATATGAAGATGCAGCAACCCATGATGATGAACC 1926
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1898 TAATGGGGAATGGAGGTTTGCTAGGAGATATGAAGATGCAGCAACCCCTGATGATGAACC 1957
Query 1927 AGAAATCTGAGATGTTGCAGCCACAAAACAAGCTAACAGTGAACCCATCTGCTTCTAATA 1986
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958 AGAAATCTGAGATGGTGCAGCCACAAAACAAGCTAACAGTGAACCCATCTGCTTCTAATA 2017
Query 1987 CGAGTGGCCAAGAACAGAATCTGTCACAGAGTATGAGTGCTCCTGC-AAAGCCTGACAAC 2045
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||
Sbjct 2018 CGAGTGGCCAAGAACAGAATCTTTCACAGAGTATGAGTGCTCCTGCTAAA-CCTGAGAAC 2076
Query 2046 TCAACACTTTCTGGCTGCAGCTCTGGTAGAGTCGAGCATGGACTTGAGCAGTCGATGGAA 2105
|| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2077 TCTACACTCTCTGGTTGCAGCTCTGGTAGAGTCCAACATGGACTTGAGCAGTCAATGGAA 2136
Query 2106 CAGGCAAGCCAGGTGACTACACCCACAGTGTGTAATGAGGAAAAGGTTAATCAGCTACTT 2165
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 CAGGCAAGCCAGGTTACTACATCCACAGTGTGTAATGAGGAAAAGGTTAATCAGCTACTT 2196
Query 2166 CAGAAACCGGGTTCTTCGTCTCCTGTACAAGCTGATCCATGTCTTGACATTAGTCAACAG 2225
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2197 CAGAAACCGGGTGCTTCGTCGCCTGTACAAGCTGATCAATGTCTTGACATTACTCATCAG 2256
Query 2226 ATTTACCCACCACAGTCTGATCCAATAAATGGATTCTCTTTCTTGGAAACTGATGAGCTG 2285
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2257 ATTTACCAACCACAGTCTGATCCAATAAATGGATTCTCTTTCCTGGAAACTGATGAGCTG 2316
Query 2286 ACATCACAAGTGTCTTCCTTCCAGTCTCTTGCCGGATCATACAAGCAACCATTTATGCTA 2345
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2317 ACATCACAAGTCTCTTCCTTCCAGTCTCTTGCCGGATCATACAAGCAACCATTCATTCTA 2376
Query 2346 TCCTCCCAGGATTCTTCAGCTGTTGGGTTACCGGATTCAACAAACTCACCAATGTTTCAC 2405
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2377 TCCTCCCAGGATTCTTCAGCTGTTGTGTTACCGGATTCCACAAACTCACCGCTGTTTCAT 2436
Query 2406 GATGTGTGGGACAATCAGTTGAACGGTCTCAAGTTTGACCAGTTCAGTCCCTTGATGCAG 2465
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437 GATGTGTGGGACACTCAGTTGAACGGTCTCAAGTTTGACCAGTTCAGTCCCTTGATGCAG 2496
Query 2466 CAGGACCTTTATGCTAGTCAGAATATTTGTATGAGTAATAGCACAACCAGCAACATTCTA 2525
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2497 CAGGACCTTTATGCTAGTCAGAATATCTGTATGAGTAATAGCACAACCAGTAACATTCTA 2556
Query 2526 GATCCTCCACTCTCAAACACAGTTCTTGATGACTTCTGTGCCATCAAGGAAACTGATTTC 2585
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2557 GATCCTCCACTCTCAAACACAGTCCTTGATGACTTCTGTGCCATCAAAGACACTGATTTC 2616
Query 2586 CAGAACCACCCTTCTAGTTGTTTGGTTGGAAACAACAACACTAGCTTTGCTCAAGATGTC 2645
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 CAGAACCACCCTTCTGGTTGTTTGGTTGGAAACAACAACACTAGCTTTGCTCAAGATGTC 2676
Query 2646 CAGTCACAGATCACATCAGCTAGCTTTGCAGACTCACAGGCCTTCTCTCGTCAAGATTTT 2705
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2677 CAGTCGCAGATCACATCAGCTAGCTTTGCAGACTCACAGGCCTTCTCTCGCCAAGATTTT 2736
Query 2706 CCAGATAATTCCGGAGGGACTGGTACATCTTCAAGCAATGTTGATTTTGATGATAGTAGT 2765
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2737 CCAGATAATTCTGGAGGCACTGGTACATCTTCAAGCAATGTTGATTTTGATGATTGTAGT 2796
Query 2766 CTGCTGCAAAATAGTAAAGGCTCATCATGGAAGAAAATTGCAACACCCCGCGTCCGAACC 2825
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2797 CTGCGGCAAAATAGTAAAGGCTCATCATGGCAGAAAATTGCGACACCCCGCGTCCGAACC 2856
Query 2826 TACACTAAGGTTCAAAAAACCGGGTCAGTAGGGAGGTCAATTGATGTCACAAGCTTCAAA 2885
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2857 TACACTAAGGTTCAAAAAACCGGGTCAGTCGGGAGATCAATTGATGTCACAAGCTTTAAA 2916
Query 2886 GACTACAAGGAGCTAAAATCTGCAATCGAGTGCATGTTTGGATTGGAAGGACTACTCACT 2945
|||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2917 GACTACGAGGAGCTAAAATCTGCTATCGAATGCATGTTTGGATTGGAAGGACTACTAACT 2976
Query 2946 CGGCCACAAAGCTCGGGTTGGAAGCTTGTATATGTTGATTATGAGAGTGATGTTCTACTT 3005
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2977 CACCCACAAAGCTCGGGTTGGAAGCTTGTATATGTTGATTATGAGAGTGATGTTCTGCTT 3036
Query 3006 GTAGGAGATGATCCATGGGAAGAGTTTGTGGGATGCGTTAGGTGCATAAGGATACTATCG 3065
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||
Sbjct 3037 GTAGGAGATGATCCATGGGAAGAGTTTGTGGGATGCGTAAGGTGCATAAGGATATTGTCG 3096
Query 3066 CCAACAGAGGTCCAGCAGATGAGTGAAGAAGGGATGAAGCTTTTGAACAGCGCGGGCATT 3125
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3097 CCAACTGAGGTCCAGCAGATGAGTGAAGAAGGGATGAAGCTTTTGAACAGCGCAGGCATT 3156
Query 3126 AACGATCTTAAGACTTCTGTTTCATAAATGTAGCAATATAAAAATGATCTCCTGCTGATT 3185
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3157 AACGATCTTAAGACTTCTGTTTCATAAATGTAACAATATAAAAATGATCTCATGCTGATT 3216
Query 3186 TGTAAGaaaaaaaaGAGAGTAAGAAACTGTTCTTCTCTCGAACTGGTAGAGGAGAAACCT 3245
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3217 TGTAAGAAAAAAAAGAGAGTAAGAAA-TGTTCTTTTCTCCAACTGGTAGAGGAGAAACCA 3275
Query 3246 TCTTGTTGTA-GCATTTGATGTGTTGTTCCCATTTGAGACCTGAAACTAAACTATATTCA 3304
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 3276 TCTTGTTGTAAGCATTTGATGTGTTGTTCCGATTTGAGACCTGAAACTA---TAT-T-CA 3330
Query 3305 TAT-ATGTAGTAGAGTGATGAATGAATCAGTAGTTGAGACAGT 3346
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 TATTATGTAGTAGAGTGATGAATGAATCAGTAGTTGAGACAGT 3373
Score = 580 bits (314), Expect = 2e-164
Identities = 358/378 (95%), Gaps = 7/378 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCGGAACCAAAGATAGAAAC--TGTGGTTTCATGATGGCACCTTTGGTTTCTCTTCTT 58
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCCGGAACCAAAGAAAGAAACTGTGTGGTTTCATGATGGCACCTTTGGTTTCTCTTCTT 60
Query 59 CATTGAAGGGTCGAATTTAGTCTgagaaaagaagagtggagagagagaaagaggagaggc 118
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CATTGAAGGGTCGAATTTGGTCTGAGAAAAGAAGAGTGGAGAGAGAGAAAGAGAAGAGGC 120
Query 119 aagagccccacaagagagaCATGCTTGTCTGTGTGTAGTCCCT-TTTTGTATGTTCTTTA 177
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 AAGAGCCCCACAAGAGAGACATGCTTGTCTGTGT--AGTCCCTATTTTGTATGTTCTTTA 178
Query 178 ATCTCTCCCACTCTGTTTTTGTCATGTATAAGGGTTTTTGTCCTTCGAATTTGGAGTTTT 237
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||
Sbjct 179 ATCTCTCCCACTCTGTTTTTGTCATGTGTAAGGGTTTT-GTCCTTCGATTTTGGAGTCTT 237
Query 238 CTTTAACCaaaaaaaaCCAGATTCCATGAAATGGCTTTGTCTTTAATTCTTTTGGTTTTT 297
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |
Sbjct 238 CTTTAACCAAAAAAAAACAGATTCCATGAAATGGCTTTGTCTTTAATTCCTCTGGTTTGT 297
Query 298 CCTGGATTTATCTTCTTGTAGCCTCTTTGCTCAGTAGAGCTCTTTT-GTCTCTTCTTGTG 356
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 298 CCTGGATTTATCTTCTTGTAGCCTCTTTGCTCAATAGAGCTCTTTTTGTCTCTTCTTGTA 357
Query 357 TTaaaaaaaaTAAAATGA 374
||||| ||||||||||||
Sbjct 358 TTAAATAAAATAAAATGA 375
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166504083817
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5